Спосіб зменшення в’язкості в процесі оцукрювання

Реферат: Винахід стосується композицій, які можуть застосовуватися для гідролізу біомаси, наприклад композицій, які містять поліпептид, що має активність сімейства глікозилгідролаз 61/ендоглюканази, способів гідролізу матеріалу на основі біомаси і способів зменшення в'язкості суміші на основі біомаси із застосуванням композиції, яка містить поліпептид, що має активність сімейства глікозилгідролаз 61/ендоглюканази. UA 115306 C2 (12) UA 115306 C2 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 ОПИС ПЕРЕХРЕСНЕ ПОСИЛАННЯ НА СПОРІДНЕНІ ЗАЯВКИ Дана заявка вимагає пріоритет на основі попередньої заявки на патент США № 61/453923, поданої 17 березня 2011 року, яка включена в цей документ за допомогою посилання у всій своїй повноті. ГАЛУЗЬ ВИНАХОДУ Даний винахід стосується композицій, придатних для гідролізу біомаси, способів застосування таких композицій для гідролізу матеріалів на основі біомаси і способів зменшення в'язкості сумішей біомаси для оцукрювання. ПЕРЕДУМОВИ ВИНАХОДУ Біоконверсія відновлюваної лігноцелюлозної біомаси в ферментований цукор, який потім ферментують з одержанням спирту (наприклад, етанолу), як альтернатива рідким видам палива, привертає інтенсивну увагу дослідників з 1970-х років, з моменту паливної кризи (Bungay H. R. "Energy: the biomass options". NY: Wiley; 1981; Olsson L., Hahn-Hagerdal В. Enzyme Microb Technol. 1996, 18:312-31; Zaldivar J. et al. Appl Microbiol Biotechnol. 2001, 56:17-34; Galbe M. et al. Appl Microbiol Biotechnol. 2002, 59:618-28). З деяких пір відомий спосіб одержання цукрів з матеріалів на основі лігноцелюлозної біомаси, так само, як і подальша ферментація, і перегонка цукрів з одержанням етанолу. Більша частина розробок в минулому була здійснена в період Другої світової війни, коли паливо користувалося великим попитом в таких країнах як Німеччина, Японія і Радянський Союз. Ці ранні способи були направлені, головним чином, на кислотний гідроліз, вони були складні в розробці і проектуванні і, як правило, були чутливі до невеликих змін в процесах, а саме температури, тиску і/або концентрацій кислоти. Повне обговорення цих ранніх способів представлене в "Production of Sugars from Wood Using Highpressure Hydrogen Chloride", Biotechnology and Bioengineering, Volume XXV, рр. 2757-2773 (1983). Великі постачання палива в період з Другої світової війни до початку 1970-х років уповільнили дослідження способів конверсії етанолу. Однак в зв'язку з паливною кризою 1973 року дослідники активізували свої зусилля з розробки способів утилізації деревини і сільськогосподарських відходів для одержання етанолу. Ці дослідження були особливо важливі для розвитку використання етанолу як добавки до бензину, з метою зменшення залежності Сполучених Штатів від зовнішнього виробництва палива, для збільшення октанового числа палива, а також зменшення забруднення вихлопними газами з метою захисту навколишнього середовища. Одночасно з "паливною кризою" Управління США з охорони навколишнього середовища (U.S. Environmental Protection Agency) ввело в дію нормативні документи, що вимагають зниження вмісту свинцевих добавок. Оскільки етанол фактично є замінником свинцю, деякі переробні заводи вибрали етанол як такий замінник в зв'язку з можливістю його легкого введення у виробничий процес переробного заводу без великих грошових інвестицій в капітальне обладнання. Продовжується оптимізація процесів оцукрювання в умовах високого тиску і високої температури газу, які були розроблені декілька десятиріч назад. Нові і поточні дослідження значною мірою направлені на процеси ферментативної конверсії, в яких використовують ферменти з різних організмів, таких як мезофільні і термофільні гриби, дріжджі і бактерії, розкладаючі целюлозу до ферментованих цукрів. Зберігається деяка невизначеність відносно цих способів, в основному відносно можливості розширення їх застосування до комерційних масштабів і ефективності процесу одержання етанолу. Целюлоза і геміцелюлоза є найбільш поширеними рослинними матеріалами, що виробляються в процесі фотосинтезу. Вони можуть піддаватися розкладанню для використання як джерела енергії численними мікроорганізмами, включаючи бактерії, дріжджі і гриби, які виробляють ферменти, здатні до гідролізу полімерних субстратів до мономерних цукрів (Aro et al., 2001). Організми часто виборні відносно цукрів, які вони використовують, і це визначає, які цукри краще усього виготовляти в ході конверсії. У міру наближення до вичерпання невідновних ресурсів ми визнаємо, що целюлоза має величезний потенціал для того, щоб стати головним відновним ресурсом енергії (Krishna et al., 2001). Ефективна утилізація целюлози за допомогою біологічних процесів потенційно може вирішити проблему недостачі продуктів харчування, тваринних кормів і палива (Ohmiya et al., 1997). Целюлази є ферментами, які гідролізують целюлозу (бета-1,4-глюкан або бета-D-глюкозидні зв'язки), в результаті чого утворюється глюкоза, целобіоза, целоолігосахариди і т. п. Традиційно целюлази були розділені на 3 основних класи: ендоглюканази (EC 3.2.1.4) ("EG"), екзоглюканази, або целобіогідролази (EC 3.2.1.91) ("CBH"), і бета-глюкозидази ([бета]-D 1 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 глюкозидглюкогідролаза; EC 3.2.1.21) ("BG") (Knowles et al., 1987 and Shulein, 1988). Ендоглюканази діють в основному на аморфні частини целюлозного волокна, в той час як целобіогідролази здатні також розкладати кристалічну целюлозу. Також було показано, що целюлази можна використовувати в розкладанні целюлозної біомаси до етанолу (при цьому целюлази розкладають целюлозу до глюкози, а дріжджі або інші мікроорганізми додатково здійснюють ферментацію глюкози з утворенням етанолу) при обробці деревної маси (Pere et al., 1996), для застосування як кормової добавки (WO 91/04673) і при вологому способі помелу зерна. Роздільне оцукрювання і ферментація являють собою процес, за допомогою якого целюлоза, присутня в біомасі, наприклад в кукурудзяних стеблах, розщеплюється до глюкози, після чого дріжджові штами перетворюють глюкозу в етанол. Одночасне оцукрювання і ферментація являють собою процес, за допомогою якого целюлоза, присутня в біомасі, наприклад в кукурудзяних стеблах, розщеплюється до глюкози, і в той же час і в тому ж реакторі дріжджові штами перетворюють глюкозу в етанол. Одержання етанолу з легкодоступних джерел целюлози забезпечує стабільне, відновлюване джерело палива. Целюлази продукуються різними бактеріями, дріжджами і грибами. Деякі види грибів продукують повну систему целюлази (тобто загальну целюлазу), здатну розкладати кристалічну целюлозу. Загальна целюлаза, особливо целюлаза, що зустрічається в природі, однак, не завжди здатна забезпечити ефективне розкладання, оскільки вона може не включати всі компоненти/види активності, необхідні для такого ефективного розкладання, наприклад активність кожного з класів СВН, EG і BG (Filho et al., 1996). Відомо, що окремі компоненти класів CBH, EG і BG самі по собі не приводять до ефективного гідролізу, але комбінація целюлаз типу EG і типу CBH приводить до взаємодії, що забезпечує більш ефективне розщеплення целюлози, ніж при використанні будь-якого з таких ферментів окремо (Wood, 1985; Baker et al., 1994; і Nieves et al., 1995). У даній галузі техніки відоме використання целюлаз в обробці тканин, для посилення очищувальної здатності композицій мийних засобів, для застосування як пом'якшувального засобу, для поліпшення зовнішнього вигляду бавовняних тканин і їх якості на дотик і т. п. (Kumar et al., 1997). Були описані композиції мийних засобів, що містять целюлазу, які мають поліпшені здатності до очищення (патент США № 4435307; заявки на патент Великобританії №№ 2095275 і 2094826) і використовуються в обробці тканин для поліпшення їх зовнішнього вигляду і якості на дотик (патенти США №№ 5648263, 5691178 і 5776757 і заявка на патент Великобританії № 1358599). Таким чином, целюлази, продуковані грибами і бактеріями, привернули значну увагу. Зокрема, було показано, що при ферментації Trichoderma spp. (наприклад, Т. longibrachiatum або Т. reesei) продукується повна целюлазна система, здатна розкладати кристалічну целюлозу. За минулі роки продукування целюлази Trichoderma поліпшилося за рахунок класичного мутагенезу, скринінгу, селекції і розробки недорогих умов для ферментації у великих масштабах з високою мірою очищення. У той час як багатокомпонентна целюлазна система Trichoderma spp. здатна до гідролізу целюлози до глюкози, існують целюлази з інших мікроорганізмів, зокрема штамів бактерій, що мають різні властивості для ефективного гідролізу целюлози, і було б доцільно стимулювати експресію цих білків в нитчастих грибах для одержання целюлази в промислових масштабах. Однак результати численних досліджень показують, що міра експресії бактеріальних ферментів в нитчастих грибах низька (Jeeves et al., 1991). Розчинні цукри, такі як глюкоза і целобіоза, мають множину застосувань в процесі одержання хімічних продуктів і біологічних продуктів. Оптимізація гідролізу целюлози дозволяє використовувати меншу кількість ферментів і поліпшити ефективність витрат на одержання розчинних цукрів. Ефективна конверсія лігноцелюлозної біомаси в ферментовані цукри є ключем до одержання біоетанолу економічно ефективним і екологічно безпечним способом. Для зменшення витрат енергії і витрат на обробку, зокрема на перегонку, мінімальна концентрація етилового спирту, вироблюваного в рентабельному процесі, повинна складати щонайменше 4 % (вага/об'єм). Таку підвищену концентрацію етилового спирту можна одержати шляхом обробки субстрату з високим вмістом сухої речовини у формі твердих частинок. Однак загальною проблемою, пов'язаною з оцукрюванням біомаси з високим вмістом сухої речовини, є висока в'язкість суспензії, яка перешкоджає перекачуванню суспензії або вимагає великих витрат енергії в процесі обробки. У процесі обробки субстрату з високим вмістом твердих частинок будуть виникати такі проблеми як: 1) недостатнє перемішування з обмеженим масообміном, 2) підвищення концентрації інгібіторів, таких як оцтова кислота, фурфураль, 5гідроксиметилфурфурол, розкладання фенольних одиниць лігніну, 3) інгібування продукування, 2 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 наприклад, глюкози, целобіози, етанолу, і 4) життєздатність ферментуючих мікроорганізмів. Висока в'язкість обмежує рівень сухих речовин в процесі, підвищуючи споживання енергії і води, зменшуючи ефективність розділення, випаровування і теплообмін і, зрештою, вихід етанолу. Тому зменшення в'язкості є доцільним, а ферменти грають ключову роль в руйнуванні розчинних/нерозчинних сполук, що є причиною високої в'язкості. Були проведені дослідження, направлені на підвищення концентрації твердої речовини і/або зменшення в'язкості в процесах оцукрювання. Наприклад, в ряді досліджень використовували операції з додаванням субстрату для того, щоб збільшити рівень твердих частинок в завантаженні субстрату біомаси. Використовували конструкцію гравіметричного змішувального реактора, яка дозволяла провести ферментативне зрідження партії і гідроліз попередньо обробленої соломи пшениці при концентрації твердих частинок до 40 %. У цій стратегії з додаванням субстрату здійснюють послідовне завантаження субстрату біомаси або субстрату з ферментами в процесі ферментативного гідролізу для здійснення гідролізу великої кількості субстрату, відносно низької в'язкості в процесі гідролізу і відносно високої концентрації глюкози в ході процесу. У альтернативному варіанті, для зменшення в'язкості суспензії можна здійснювати ферментативний попередній гідроліз лігноцелюлозної біомаси протягом певного періоду часу при оптимальній для ферментів температурі, наприклад 50 °C, забезпечуючи можливості перекачування насосом і перемішування. Зменшення в'язкості в ході попереднього гідролізу забезпечує можливість здійснення подальшої ферментації або SSF. Незважаючи на те, що були розроблені численні підходи, в даній галузі техніки зберігається потреба в розробці додаткових шляхів зменшення в'язкості і підвищення виходу бажаних ферментованих цукрів. Всі наведені тут посилання, включаючи патенти, заявки на патент і публікації, включені в цей документ у всій їх повноті за допомогою посилання. КОРОТКИЙ ОПИС Дане розкриття частково основується на несподіваному відкритті того, що включення певного ферменту ендоглюканази (наприклад, поліпептиду, що має активність ферментів сімейства глікозилгідролаз 61 ("GH61")/ендоглюканаз, такого як ендоглюканаза Т. reesei ("Eg4")) в суміш біомаси для оцукрювання суттєво зменшує в'язкість суміші. Дане розкриття також стосується включення такого ферменту(ів) для суттєвого поліпшення процесу оцукрювання і виходу бажаних ферментованих цукрів з даного субстрату на основі біомаси. У даному документі представлені поліпептиди, які мають активність ферментів сімейства глікозилгідролаз 61 ("GH61")/ендоглюканазну активність. Під "GH61/ендоглюканазною активністю" мається на увазі, що поліпептид має активність GH61 і/або ендоглюканазну активність. У деяких аспектах поліпептид є виділеним. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид), являє собою ендоглюканазу GH61, або ендоглюканазу IV ("EG IV") з різних видів, або поліпептид, відповідний (наприклад, гомологічний або з однаковими функціональними доменами, з однаковими мотивами GH61 і/або з однаковими консервативними залишками) ендоглюканазі GH61 (наприклад, поліпептид Eg4 T. reesei). Такі види включають: Trichoderma, Humicola, Fusarium, Aspergillus, Neurospora, Penicillium, Cephalosporium, Achlya, Podospora, Endothia, Mucor, Cochliobolus, Pyricularia, Chrysosporium, Aspergillus awamori, Aspergillus fumigatus, Aspergillus foetidus, Aspergillus japonicus, Aspergillus nidulans, Aspergillus niger, Aspergillus oryzae, Chrysosporium lucknowense, Fusarium bactridioides, Fusarium cerealis, Fusarium crookwellense, Fusarium culmorum, Fusarium graminearum, Fusarium graminum, Fusarium heterosporum, Fusarium negundi, Fusarium oxysporum, Fusarium reticulatum, Fusarium roseum, Fusarium sambucinum, Fusarium sarcochroum, Fusarium sporotrichioides, Fusarium sulphureum, Fusarium torulosum, Fusarium trichothecioides, Fusarium venenatum, Bjerkandera adusta, Ceriporiopsis aneirina, Ceriporiopsis aneirina, Ceriporiopsis caregiea, Ceriporiopsis gilvescens, Ceriporiopsis pannocinta, Ceriporiopsis rivulosa, Ceriporiopsis subrufa, Ceriporiopsis subvermispora, Coprinus cinereus, Coriolus hirsutus, Humicola insolens, Humicola lanuginosa, Mucor miehei, Myceliophthora thermophila, Neurospora crassa, Neurospora intermedia, Penicillium purpurogenum, Penicillium canescens, Penicillium solitum, Penicillium funiculosum, Phanerochaete chrysosporium, Phlebia radiate, Pleurotus eryngii, Talaromyces flavus, Thielavia terrestris, Trametes villosa, Trametes versicolor, Trichoderma harzianum, Trichoderma koningii, Trichoderma longibrachiatum, Trichoderma reesei, Trichoderma viride, Geosmithia emersonii або G. stearothermophilus. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид), являє собою ендоглюканазу GH61, вибрану з групи, що складається з поліпептидів з амінокислотними послідовностями, представленими на фігурі 1 даного розкриття. Наприклад, придатні ендоглюканази GH61 включають такі, які представлені їх 3 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 номерами доступу в GenBank CAB97283.2, CAD70347.1, CAD21296.1, CAE81966.1, CAF05857.1, EAA26873.1, EAA29132.1, EAA30263.1, EAA33178.1, EAA33408.1, EAA34466.1, EAA36362.1, EAA29018.1 і EAA29347.1, або такі, які мають назву St61 з S. thermophilum 24630, St61A з S. thermophilum 23839c, St61B з S. thermophilum 46583, St61D з S. thermophilum 80312, Afu61a з A. fumigatus Afu3g03870 (NCBI Ref: XP_748707), ендоглюканазу з NCBI Ref: XP_750843.1 з А. fumigatus Afu6g09540, ендоглюканазу А. fumigatus EDP47167, ендоглюканазу T. terrestris 16380, ендоглюканазу Т. terrestris 155418, ендоглюканазу T. terrestris 68900, Cg61A (EAQ86340.1) з С. globosum, Т. reesei Eg7, Eg4 T. reesei і ендоглюканазу з номером доступу в GenBank: XP_752040 з А. fumigatus Af293. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид), містить амінокислотну послідовність, яка характеризується щонайменше 60 % (наприклад, щонайменше приблизно 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %) ідентичності послідовності з будь-якою з SEQ ID NO:1-29 і 148. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид), містить амінокислотну послідовність, яка включає один або декілька мотивів послідовностей, вибраних з групи, що складається з: (1) SEQ ID NO:84 і 88; (2) SEQ ID NO:85 і 88; (3) SEQ ID NO:86; (4) SEQ ID NO:87; (5) SEQ ID NO:84, 88 і 89; (6) SEQ ID NO:85, 88 і 89; (7) SEQ ID NO:84, 88 і 90; (8) SEQ ID NO:85, 88 і 90; (9) SEQ ID NO:84, 88 і 91; (10) SEQ ID NO:85, 88 і 91; (11) SEQ ID NO:84, 88, 89 і 91; (12) SEQ ID NO:84, 88, 90 і 91; (13) SEQ ID NO:85, 88, 89 і 91; і (14) SEQ ID NO:85, 88, 90 і 91. У деяких варіантах здійснення, поліпептид складає щонайменше 100 (наприклад, щонайменше приблизно 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 220, 240 або більше) амінокислотних залишків в довжину. У деяких аспектах, поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, являє собою варіант ендоглюканази GH61, як, наприклад, поліпептид, вибраний зі списку, наведеного на фігурі 1. Придатні поліпептиди включають, наприклад, з номерами доступу в GenBank CAB97283.2, CAD70347.1, CAD21296.1, CAE81966.1, CAF05857.1, EAA26873.1, EAA29132.1, EAA30263.1, EAA33178.1, EAA33408.1, EAA34466.1, EAA36362.1, EAA29018.1 або EAA29347.1, або St61 з S. thermophilum 24630, St61A з S. thermophilum 23839c, St61B з S. thermophilum 46583, St61D з S. thermophilum 80312, Afu61a з А. fumigatus Afu3g03870 (NCBI Ref: XP_748707), фермент Afu6g09540 з А. fumigatus (NCBI Ref: XP_750843.1), фермент EDP47167 з А. fumigatus, фермент 16380 з Т. terrestris, фермент 155418 з Т. terrestris, фермент 68900 з T. terrestris і Cg61A з C. globosum (EAQ86340.1), Eg7 T. reesei, Eg4 T. reesei і фермент Af293 з A. fumigatus (з номером доступу в GenBank: XP_752040). У деяких аспектах, поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, являє собою варіант ферменту, що містить будь-яку з SEQ ID NO:1-29 і 148. Поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, може являти собою фермент, який складає щонайменше приблизно 100 (наприклад, щонайменше приблизно 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 220, 240 або більше) амінокислотних залишків в довжину, що містить один або декілька мотивів послідовностей, вибраних з: (1) SEQ ID NO:84 і 88; (2) SEQ ID NO:85 і 88; (3) SEQ ID NO:86; (4) SEQ ID NO:87; (5) SEQ ID NO:84, 88 і 89; (6) SEQ ID NO:85, 88 і 89; (7) SEQ ID NO:84, 88 і 90; (8) SEQ ID NO:85, 88 і 90; (9) SEQ ID NO:84, 88 і 91; (10) SEQ ID NO:85, 88 і 91; (11) SEQ ID NO:84, 88, 89 і 91; (12) SEQ ID NO:84, 88, 90 і 91; (13) SEQ ID NO:85, 88, 89 і 91; і (14) SEQ ID NO:85, 88, 90 і 91. Поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, може являти собою варіант ендоглюканази GH61, причому варіант має амінокислотну послідовність, що характеризується щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно будь-якими з 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 %) ідентичності з будь-якою з SEQ ID NO:1-18. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид, в тому числі варіант ендоглюканази GH61), має активність ендоглюканази. Варіант може містити щонайменше один мотив (щонайменше 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 або 8 мотивів), вибраний з SEQ ID NO:84-91. З метою даного розкриття ферменти можуть іменуватися згідно з їх функціональними здатностями. Наприклад, поліпептид ендоглюканази може називатися поліпептидом, що має ендоглюканазну активність, або навпаки. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (в тому числі варіант ендоглюканази GH61), містить один або декілька мотивів послідовностей, вибраних з: (1) SEQ ID NO:84 і 88; (2) SEQ ID NO:85 і 88; (3) SEQ ID NO:86; (4) SEQ ID NO:87; (5) SEQ ID NO:84, 88 і 89; (6) SEQ ID NO:85, 88 і 89; (7) SEQ ID NO:84, 88 і 90; (8) SEQ ID NO:85, 88 і 90; (9) SEQ ID NO:84, 88 і 91; (10) SEQ ID NO:85, 88 і 91; (11) SEQ ID NO:84, 88, 89 і 91; (12) SEQ ID NO:84, 88, 90 і 91; (13) SEQ ID NO:85, 88, 89 і 91; і (14) SEQ ID NO:85, 88, 90 і 91. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (в тому числі варіант), містить домен CBM (наприклад, функціональний домен CBM). У деяких аспектах 4 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (в тому числі варіант ендоглюканази GH61), містить каталітичний домен (наприклад, функціональний каталітичний домен). У даному документі також представлені варіанти поліпептидів EG IV. Наприклад, такі варіанти можуть характеризуватися щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %) ідентичності з якою-небудь з SEQ ID NO:1-29 і 148 або з їх відповідним зрілим поліпептидом. Наприклад, в даному документі представлені варіанти поліпептиду Eg4 T. reesei. Такі варіанти можуть характеризуватися щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 88 %, 90 %, 92,5 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 %) ідентичності відносно залишків 22-344 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах поліпептид або його варіант є виділеним. У деяких аспектах поліпептид або його варіант має ендоглюканазну активність. У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить залишки, відповідні щонайменше 5 залишкам (наприклад, щонайменше приблизно будь-якому числу залишків з 6, 7, 8, 9, 10, 11 або 12) з H22, D61, G63, C77, H107, R177, E179, H184, Q193, C198, Y195 і Y232 SEQ ID NO:27 або будь-яким відповідним консервативним залишкам з будь-яких інших поліпептидів. У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить залишки, відповідні H22, D61, G63, C77, H107, R177, E179, H184, Q193, C198, Y195 і Y232 SEQ ID NO:27. Поліпептид або його варіант може містити залишки, відповідні щонайменше 5 залишкам (наприклад, щонайменше приблизно будь-якому числу залишків з 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 або 19) з G313, Q314, C315, G316, G317, S321, G322, P323, T324, C326, A327, T331, C332, N336, Y338, Y339, Q341, C342 і L343 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить залишки, відповідні G313, Q314, C315, G316, G317, S321, G322, P323, T324, C326, A327, T331, C332, N336, Y338, Y339, Q341, C342 і L343 SEQ ID NO:27. Поліпептид або його варіант може містити домен CBM (наприклад, функціональний домен CBM). У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить каталітичний домен (наприклад, функціональний каталітичний домен). Також в даному документі представлені нуклеїнові кислоти або полінуклеотиди, кодуючі будь-який з представлених поліпептидів. Наприклад, в даному розкритті представлений полінуклеотид, кодуючий поліпептид, що характеризується щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %) ідентичності послідовності з будь-якою з SEQ ID NO:1-29 і 148. Наприклад, в даному документі представлені виділені нуклеїнові кислоти, що характеризуються щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 88 %, 90 %, 92,5 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 %) ідентичності з SEQ ID NO:30. Також представлені касети експресії, вектори і клітини, що містять вищеописані нуклеїнові кислоти. Також в даному документі представлені ферментні композиції (наприклад, композиції, що не зустрічаються в природі), які містять поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. У деяких аспектах композиція містить загальну целюлазу, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант). Поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, являє собою, наприклад, ендоглюканазу IV з Т. reesei ("Eg4 T. reesei") або її варіант. Варіантом Eg4 T. reesei може бути будь-який з варіантів, представлених в даному документі. У деяких аспектах ферментна композиція являє собою целюлазну композицію. Ферментна композиція може додатково містити одну або декілька геміцелюлаз і, таким чином, може також являти собою геміцелюлазну композицію. У деяких аспектах ферментна композиція містить щонайменше один (наприклад, щонайменше 2, 3, 4, 5, 6, 7 або 8) поліпептид целюлази. У деяких аспектах щонайменше один поліпептид целюлази являє собою поліпептид з ендоглюканазною активністю, поліпептид з целобіогідролазною активністю або поліпептид з βглюкозидазною активністю. У деяких аспектах композиція додатково містить щонайменше один (наприклад, щонайменше 2, 3, 4, 5, 6, 7 або 8) поліпептид геміцелюлази. У деяких аспектах щонайменше один поліпептид геміцелюлази являє собою поліпептид, що має ксиланазну активність, поліпептид, що має β-ксилозидазну активність, або поліпептид, що має L-αарабінофуранозидазну активність, або поліпептид, що має комбіновану ксиланазну/βксилозидазну активність, комбіновану β-ксилозидазну/L-α-арабінофуранозидазну активність або комбіновану ксиланазну/L-α-арабінофуранозидазну активність. У деяких аспектах композиція містить щонайменше один (наприклад, щонайменше 2, 3, 4, 5, 6, 7 або 8) поліпептид целюлази і щонайменше один (наприклад, щонайменше 2, 3, 4, 5, 6, 7 або 8) поліпептид геміцелюлази. У деяких аспектах ферментна композиція містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і додатково містить щонайменше 1 (наприклад, щонайменше 2, 3, 4 або 5) 5 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 поліпептид, що має ендоглюканазну активність, щонайменше 1 (наприклад, щонайменше 2, 3, 4 або 5) поліпептид, що має целобіогідролазну активність, щонайменше 1 (наприклад, щонайменше 2, 3, 4 або 5) поліпептид, що має β-глюкозидазну активність, щонайменше 1 (наприклад, щонайменше 2, 3, 4 або 5) поліпептид, що має ксиланазну активність, щонайменше 1 (наприклад, щонайменше 2, 3, 4 або 5) поліпептид, що має β-ксилозидазну активність, і/або щонайменше 1 (наприклад, щонайменше 2, 3, 4 або 5) поліпептид, що має L-αарабінофуранозидазну активність. У деяких аспектах композиція містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), і щонайменше один поліпептид, що має ксиланазну активність (наприклад, Xyn3 T. reesei, Xyn2 T. reesei, AfuXyn2, AfuXyn5 або їх варіанти). У деяких аспектах композиція додатково містить щонайменше один поліпептид, що має βглюкозидазну активність (наприклад, Fv3C, Pa3D, Fv3G, Fv3D, Tr3A, Tr3B, Te3A, An3A, Fo3A, Gz3A, Nh3A, Vd3A, Pa3G, Tn3B або їх варіанти). У деяких аспектах композиція додатково містить щонайменше один поліпептид, що має целобіогідролазну активність (наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти). У деяких аспектах композиція додатково містить щонайменше один поліпептид, що має ендоглюканазну активність, відмінний від ферменту GH61 (наприклад, EG1 T. reesei, EG2 T. reesei або їх варіанти). Композиція може містити поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), і щонайменше 1 поліпептид, що має β-глюкозидазну активність (наприклад, Fv3C, Pa3D, Fv3G, Fv3D, Tr3A, Tr3B, Te3A, An3A, Fo3A, Gz3A, Nh3A, Vd3A, Pa3G, Tn3B або їх варіанти). Композиція може містити поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має целобіогідролазну активність (наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти). Композиція може містити поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має ендоглюканазну активність (наприклад, EG1 T. reesei, EG2 T. reesei або їх варіанти). Композиція може містити поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має βксилозидазну активність (наприклад, Fv3A, Fv43A, Pf43A, Fv43D, Fv39A, Fv43E, Fo43A, Fv43B, Pa51A, Gz43A, Bxl1 T. reesei або їх варіанти). Композиція може містити поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має L-αарабінофуранозидазну активність (наприклад, Af43A, Fv43B, Pf51A, Pa51A, Fv51A або їх варіанти). Будь-яка з композицій, описаних в даному документі, може містити загальну целюлазу. Наприклад, представлена композиція, що містить загальну целюлазу, яка включає поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. У альтернативному варіанті, представлена композиція, яка містить загальну целюлазу з поліпептидом, що має GH61/ендоглюканазну активність. У деяких аспектах представлена композиція, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і поліпептид, що має ендоглюканазну активність, відмінний від поліпептиду, що має GH61/ендоглюканазну активність, поліпептид, що має целобіогідролазну активність, і поліпептид, що має β-глюкозидазну активність. Композиція додатково містить один або декілька поліпептидів геміцелюлази. Наприклад, композиція може містити один або декілька поліпептидів, що мають ксиланазну активність, один або декілька поліпептидів, що мають β-ксилозидазну активність, і/або один або декілька поліпептидів, що мають L-α-арабінофуранозидазну активність. Композиція може містити поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, щонайменше один поліпептид, що має ксиланазну активність (наприклад, Xyn3 T. reesei, Xyn2 T. reesei, AfuXyn2, AfuXyn5 або їх варіанти), і загальну целюлазу. У деяких аспектах представлена композиція, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, щонайменше один поліпептид, що має ксиланазну активність (наприклад, Xyn3 T. reesei, Xyn2 T. reesei, AfuXyn2, AfuXyn5 або їх варіанти), і щонайменше один інший поліпептид, що має геміцелюлазну активність. У деяких аспектах загальна целюлаза містить щонайменше один поліпептид, що має ендоглюканазну активність (наприклад, EG1 T. reesei, EG2 T. reesei або їх варіанти), який не є поліпептидом, що має GH61/ендоглюканазну активність. Загальна целюлаза може містити щонайменше один поліпептид, що має целобіогідролазну активність (наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти). Загальна целюлаза може містити щонайменше один поліпептид, що має β-глюкозидазну активність (наприклад, Fv3C, Pa3D, Fv3G, Fv3D, Tr3A, Tr3B, Te3A, An3A, Fo3A, Gz3A, Nh3A, Vd3A, Pa3G, Tn3B або їх варіанти). 6 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 У деяких аспектах в будь-якій з композицій, описаних в даному документі, щонайменше один поліпептид, що має ендоглюканазну активність, але не має GH61/ендоглюканазної активності, являє собою, наприклад, EG1 T. reesei (або його варіант) і/або EG2 T. reesei (або його варіант). У деяких аспектах щонайменше один поліпептид, що має целобіогідролазну активність, являє собою, наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти. У деяких аспектах щонайменше один поліпептид, що має β-глюкозидазну активність, являє собою, наприклад, Fv3C, Pa3D, Fv3G, Fv3D, Tr3A, Tr3B, Te3A, An3A, Fo3A, Gz3A, Nh3A, Vd3A, Pa3G і/або Tn3B або їх варіанти. У деяких аспектах щонайменше один поліпептид, що має ксиланазну активність, являє собою, наприклад, Xyn3 T. reesei, Xyn2 T. reesei, AfuXyn2 і/або AfuXyn5 або їх варіанти. У деяких аспектах щонайменше один поліпептид, що має β-ксилозидазну активність, являє собою, наприклад, β-ксилозидазу групи 1 або β-ксилозидазу групи 2, причому β-ксилозидазою групи 1 може бути поліпептид Fv3A, Fv43 або їх варіанти, а β-ксилозидазою групи 2 може бути поліпептид Pf43A, Fv43D, Fv39A, Fv43E, Fo43A, Fv43B, Pa51A, Gz43A, Bxl1 T. reesei або їх варіанти. У деяких аспектах щонайменше один поліпептид, що має β-ксилозидазну активність, являє собою, наприклад, Fv3A (або його варіанти) і/або Fv43D (або його варіанти). У деяких аспектах щонайменше один поліпептид, що має L-α-арабінофуранозидазну активність, може являти собою Af43A, Fv43B, Pf51A, Pa51A і/або Fv51A або їх варіанти. У деяких аспектах представлена композиція, яка містить виділений поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант). У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), експресується клітиною-хазяїном, в яку була вбудована нуклеїнова кислота, кодуюча поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. Наприклад, поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, експресується клітиною-хазяїном, а нуклеїнова кислота, кодуюча цей поліпептид, гетерологічна відносно клітини-хазяїна. У деяких аспектах представлена композиція, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), і додатково містить один або декілька поліпептидів целюлази і/або один або декілька поліпептидів геміцелюлази, причому поліпептид целюлази і/або поліпептид геміцелюлази експресується клітиною-хазяїном, і поліпептид целюлази і/або поліпептид геміцелюлази є геторологічним відносно клітини-хазяїна. У деяких аспектах представлена композиція, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і додатково містить щонайменше один поліпептид целюлази і/або щонайменше один поліпептид геміцелюлази, при цьому поліпептид целюлази і/або поліпептид геміцелюлази експресується клітиною-хазяїном, і поліпептид целюлази і/або поліпептид геміцелюлази є ендогенним відносно клітини-хазяїна. У деяких аспектах поліпептид целюлази являє собою поліпептид, що має ендоглюканазну активність (наприклад, EG1 T. reesei, EG2 T. reesei або їх варіанти), який відрізняється від поліпептиду, що має GH61/ендоглюканазну активність, поліпептид, що має целобіогідролазну активність (наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти), або поліпептид, що має β-глюкозидазну активність (наприклад, Fv3C, Pa3D, Fv3G, Fv3D, Tr3A, Tr3B, Te3A, An3A, Fo3A, Gz3A, Nh3A, Vd3A, Pa3G, Tn3B або їх варіанти). У деяких аспектах поліпептид геміцелюлази містить поліпептид, що має ксиланазну активність (наприклад, Xyn3 T. reesei, Xyn2 T. reesei, AfuXyn2, AfuXyn5 або їх варіанти), поліпептид, що має β-ксилозидазну активність (наприклад, Fv3A, Fv43A, Pf43A, Fv43D, Fv39A, Fv43E, Fo43A, Fv43B, Pa51A, Gz43A, Bxl1 T. reesei або їх варіанти), або поліпептид, що має L-α-арабінофуранозидазну активність (наприклад, Af43A, Fv43B, Pf51A, Pa51A, Fv51A або їх варіанти). У деяких аспектах композицію одержують з ферментативного бульйону. У деяких аспектах композицію одержують з ферментативного бульйону з інтегрованого штаму (наприклад, H3A/Eg4, № 27, як описано в прикладах даного документа), при цьому ген ендоглюканази GH61 інтегрують в генетичний матеріал штаму-хазяїна. У деяких аспектах композицію одержують з ферментативного бульйону зі штаму, причому нуклеїнова кислота, кодуюча поліпептид, що має GH6/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), гетерологічна відносно клітини-хазяїна, при цьому ендоглюканаза GH61 була, наприклад, інтегрована в штам або експресується вектором, введеним в штам хазяїна. Будь-які з представлених в даному документі композицій або способів, які включають поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), можуть включати загальну целюлазу. Композиція може являти собою ферментативний бульйон, що піддається мінімальній післявиробничій обробці (наприклад, очищення, фільтрація, 7 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 етап знищення клітин і/або ультрафільтрація і т. д.), і використовується як склад цільного бульйону. У деяких аспектах представлена композиція (наприклад, композиція, що не зустрічається в природі), що містить Eg4 T. reesei, Bgl1 T. reesei, Хyn3 Т. reesei, Fv3A, Fv43D і Fv51A або їх відповідні варіанти. Композиція може являти собою загальну целюлазу. Композиція може являти собою ферментативний бульйон, що піддається мінімальній післявиробничій обробці (наприклад, фільтрація, очищення, ультрафільтрація, етап знищення клітин і т. д.), і використовується як склад цільного бульйону. У деяких аспектах композиція містить виділений Eg4 T. reesei або його варіант. У деяких аспектах композиція містить щонайменше один з виділеного Bgl1 T. reesei, виділеного Хyn3 Т. reesei, виділеного Fv3A, виділеного Fv43D і виділеного Fv51A. Наприклад, який-небудь з вищезазначених поліпептидів можна вводити в композицію шляхом простого додавання або змішування очищених або виділених поліпептидів. У альтернативному варіанті, поліпептиди даного документа можуть експресуватися штамомхазяїном із застосуванням рекомбінантних технологій, і рівень експресії деяких з вищезазначених поліпептидів може бути підвищеним або зниженим в порівнянні з рівнями природної експресії в клітині-хазяїні. У деяких аспектах гени, кодуючі який-небудь з вищезазначених поліпептидів, можуть бути інтегровані в штам-хазяїн. У деяких аспектах композицію за даним розкриттям одержують з ферментативного бульйону зі штаму-хазяїна. У деяких аспектах композицію одержують з ферментативного бульйону з інтегрованого штаму (наприклад, H3A/Eg4, № 27, як описано в прикладах даного документа). У деяких варіантах здійснення ферментативний бульйон піддають мінімальній післявиробничій обробці і використовують як склад цільного бульйону. У деяких аспектах нуклеїнова кислота, кодуюча ендоглюканазу GH61, гетерологічна відносно клітини-хазяїна. У деяких аспектах щонайменше одна з нуклеїнових кислот, кодуючих Bgl1 T. reesei, Хyn3 Т. reesei, Fv3A, Fv43D або Fv51A, гетерологічна відносно клітини-хазяїна, експресуючої ендоглюканазу GH61 за даним винаходом. У деяких аспектах щонайменше одна з нуклеїнових кислот, кодуючих Bgl1 T. reesei, Хyn3 Т. reesei, Fv3A, Fv43D або Fv51A, є ендогенною відносно клітини-хазяїна, експресуючої ендоглюканазу GH61. Поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), може бути присутнім в ферментній композиції або в суміші біомаси для оцукрювання в кількості, достатній для підвищення виходу ферментованого цукру(ів) в результаті гідролізу матеріалу на основі біомаси (наприклад, щонайменше приблизно на 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 % або 90 %) в порівнянні з виходом, одержуваним з використанням контрольної ферментної композиції або контрольної суміші біомаси для оцукрювання, які є порівнянними з точки зору типів і концентрацій ферментних і інших включених до складу компонентів, в яких відсутні поліпептиди, що мають GH61/ендоглюканазну активність. Поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, може бути присутнім в ферментній композиції або в суміші біомаси для оцукрювання в кількості, достатній для зменшення в'язкості суміші біомаси для оцукрювання в процесі гідролізу матеріалу на основі цієї біомаси (наприклад, щонайменше приблизно на 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 % або 90 %) в порівнянні з в'язкістю контрольної суміші, яка є порівнянною з точки зору типів і концентрацій ферментних і інших включених до її складу компонентів, в якій відсутній поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. У деяких аспектах ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання містить щонайменше 1 поліпептид, що має ендоглюканазну активність, щонайменше 1 поліпептид, що має целобіогідролазну активність, щонайменше 1 поліпептид, що має βглюкозидазну активність, загальна кількість яких достатня для того, щоб викликати гідроліз матеріалу на основі біомаси, з яким поліпептиди вступають в контакт. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання може додатково містити щонайменше 1 поліпептид, що має ксиланазну активність, щонайменше 1 поліпептид, що має β-ксилозидазну активність, щонайменше 1 поліпептид, що має L-α-арабінофуранозидазну активність, і/або загальну целюлазу або їх суміш, загальна кількість яких достатня для того, щоб викликати гідроліз матеріалу на основі біомаси, з яким поліпептиди вступають в контакт. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), присутній в кількості, що складає від приблизно 0,1 ваг. % до приблизно 50 ваг. % (наприклад, від приблизно 0,5 ваг. % до приблизно 30 ваг. %, від приблизно 1 ваг. % до приблизно 20 ваг. %, від приблизно 5 ваг. % до приблизно 20 ваг. %, від приблизно 7 ваг. % до приблизно 20 ваг. % або від приблизно 8 ваг. % до приблизно 15 ваг. %) від загальної ваги білків в ферментній композиції або в суміші біомаси для оцукрювання. Наприклад, поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, присутній в кількості, яка 8 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 становить приблизно 8 ваг. %, приблизно 10 ваг. % або приблизно 12 ваг. % від загальної ваги білків в ферментній композиції або в суміші біомаси для оцукрювання. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання може містити більше одного поліпептиду, що має GH61/ендоглюканазну активність. Наприклад, ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання може містити Eg4 T. reesei (або його варіант), а також Eg7 T. reesei (або його варіант), при цьому загальна кількість поліпептидів, що мають GH61/ендоглюканазну (Eg4+Eg7) активність, складає від приблизно 0,1 ваг. % до приблизно 50 ваг. % (наприклад, від приблизно 0,5 ваг. % до приблизно 30 ваг. %, від приблизно 2 ваг. % до приблизно 20 ваг. %, від приблизно 5 ваг. % до приблизно 20 ваг. %, від приблизно 7 ваг. % до приблизно 20 ваг. % або від приблизно 8 ваг. % до приблизно 15 ваг. %) від загальної ваги білків в ферментній композиції або в суміші біомаси для оцукрювання. Поліпептид(и), що має GH61/ендоглюканазну активність, може експресуватися на основі полінуклеотидів, які є гетерологічними або ендогенними відносно клітини-хазяїна. У альтернативному варіанті, поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, можна вводити в ферментну композицію або суміш біомаси для оцукрювання у виділеній або очищеній формі. У деяких аспектах поліпептид, що має целобіогідролазну активність (наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти), присутній в кількості, яка складає від приблизно 0,1 ваг. % до приблизно 80 ваг. % (наприклад, від приблизно 5 ваг. % до приблизно 70 ваг. %, від приблизно 10 ваг. % до приблизно 60 ваг. %, від приблизно 20 ваг. % до приблизно 50 ваг. % або від приблизно 25 ваг. % до приблизно 50 ваг. %) від загальної ваги білків в ферментній композиції або суміші біомаси для оцукрювання. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання може містити більше одного поліпептиду, що має целобіогідролазну активність (наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти), при цьому загальна кількість поліпептидів, що мають целобіогідролазну активність, складає від приблизно 0,1 ваг. % до приблизно 80 ваг. % (наприклад, від приблизно 5 ваг. % до приблизно 70 ваг. %, від приблизно 10 ваг. % до приблизно 60 ваг. %, від приблизно 20 ваг. % до приблизно 50 ваг. % або від приблизно 25 ваг. % до приблизно 50 ваг. %) від загальної ваги білків в ферментній композиції або суміші біомаси для оцукрювання. Поліпептид, що має целобіогідролазну активність, в деяких аспектах експресується на основі нуклеїнової кислоти, гетерологічної або ендогенної відносно клітини-хазяїна. У деяких аспектах поліпептид, що має целобіогідролазну активність, можна вводити в ферментну композицію або суміш біомаси для оцукрювання у виділеній або очищеній формі. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання може містити один або декілька поліпептидів, що мають β-глюкозидазну активність (наприклад, Fv3C, Pa3D, Fv3G, Fv3D, Tr3A, Tr3B, Te3A, An3A, Fo3A, Gz3A, Nh3A, Vd3A, Pa3G, Tn3B або їх варіанти), при цьому загальна кількість поліпептидів, що мають β-глюкозидазну активність, складає від приблизно 0,1 ваг. % до приблизно 50 ваг. % (наприклад, від приблизно 1 ваг. % до приблизно 30 ваг. %, від приблизно 2 ваг. % до приблизно 20 ваг. %, від приблизно 5 ваг. % до приблизно 20 ваг. % або від приблизно 8 ваг. % до приблизно 15 ваг. %) від загальної ваги білків в ферментній композиції або суміші біомаси для оцукрювання. Поліпептид, що має β-глюкозидазну активність, може експресуватися на основі нуклеїнової кислоти, гетерологічної або ендогенної відносно клітини-хазяїна. Крім того, поліпептид, що має β-глюкозидазну активність, може бути введений в ферментну композицію або суміш біомаси для оцукрювання у виділеній або очищеній формі. У деяких аспектах ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання може містити один або декілька поліпептидів, що мають ксиланазну активність (наприклад, Xyn3 T. reesei, Xyn2 T. reesei, AfuXyn2, AfuXyn5 або їх варіанти), при цьому загальна кількість поліпептидів, що мають ксиланазну активність, складає від приблизно 0,1 ваг. % до приблизно 50 ваг. % (наприклад, від приблизно 1 ваг. % до приблизно 40 ваг. %, від приблизно 4 ваг. % до приблизно 30 ваг. %, від приблизно 5 ваг. % до приблизно 20 ваг. % або від приблизно 8 ваг. % до приблизно 15 ваг. %) від загальної ваги білків в ферментній композиції або суміші біомаси для оцукрювання. Поліпептид, що має ксиланазну активність, може експресуватися на основі нуклеїнової кислоти, гетерологічної або ендогенної відносно клітини-хазяїна. У деяких аспектах поліпептид, що має ксиланазну активність, можна вводити або домішувати в ферментну композицію або суміш біомаси для оцукрювання у виділеній або очищеній формі. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання може містити один або декілька поліпептидів, що мають L-α-арабінофуранозидазну активність (наприклад, Af43A, Fv43B, Pf51A, Pa51A, Fv51A або їх варіанти), при цьому загальна кількість поліпептидів з L-αарабінофуранозидазною активністю складає від приблизно 0,1 ваг. % до приблизно 50 ваг. % 9 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 (наприклад, від приблизно 1 ваг. % до приблизно 40 ваг. %, від приблизно 2 ваг. % до приблизно 30 ваг. %, від приблизно 4 ваг. % до приблизно 20 ваг. % або від приблизно 5 ваг. % до приблизно 15 ваг. %) від загальної ваги білків в складі ферментної композиції або суміші біомаси для оцукрювання. Поліпептид, що має L-α-арабінофуранозидазну активність, може експресуватися на основі нуклеїнової кислоти, гетерологічної або ендогенної відносно клітинихазяїна. У деяких аспектах поліпептид, що має L-α-арабінофуранозидазну активність, можна вводити або домішувати в ферментну композицію або суміш біомаси для оцукрювання у виділеній або очищеній формі. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання може містити один або декілька поліпептидів, що мають β-ксилозидазну активність (наприклад, Fv3A, Fv43A, Pf43A, Fv43D, Fv39A, Fv43E, Fo43A, Fv43B, Pa51A, Gz43A, Bxl1 T. reesei або їх варіанти), при цьому загальна кількість поліпептидів, що мають β-ксилозидазну активність, складає від приблизно 0,1 ваг. % до приблизно 50 ваг. % (наприклад, від приблизно 1 ваг. % до приблизно 40 ваг. %, від приблизно 4 ваг. % до приблизно 35 ваг. %, від приблизно 5 ваг. % до приблизно 25 ваг. % або від приблизно 5 ваг. % до приблизно 20 ваг. %) від загальної ваги білків в ферментній композиції або суміші біомаси для оцукрювання. Поліпептид, що має β-ксилозидазну активність, може експресуватися на основі нуклеїнової кислоти, гетерологічної або ендогенної відносно клітинихазяїна. Поліпептид, що має β-ксилозидазну активність, можна, в альтернативному варіанті, вводити в ферментну композицію або суміш біомаси для оцукрювання у виділеній або очищеній формі. У деяких аспектах представлена в даному документі ферментна композиція може являти собою загальну целюлазу. Загальна целюлаза може містити один або декілька поліпептидів, що мають ендоглюканазну активність (таких як, наприклад, Eg4 T. reesei, Eg1, Eg2, Eg7 або їх варіанти), експресованих на основі нуклеїнової кислоти, гетерологічної або ендогенної відносно клітини-хазяїна. Загальна целюлаза може також містити один або декілька поліпептидів, що мають целобіогідролазну активність (наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти), експресованих на основі нуклеїнової кислоти, гетерологічної або ендогенної відносно клітини-хазяїна. Загальна целюлаза може додатково містити один або декілька поліпептидів, що мають β-глюкозидазну активність (наприклад, Fv3C, Pa3D, Fv3G, Fv3D, Tr3A, Tr3B, Te3A, An3A, Fo3A, Gz3A, Nh3A, Vd3A, Pa3G, Tn3B або їх варіанти), експресованих на основі нуклеїнової кислоти, гетерологічної або ендогенної відносно клітини-хазяїна. Загальну целюлазу можна застосовувати у формі ферментативного бульйону з клітини-хазяїна. Бульйон можна піддавати мінімальній післявиробничій обробці, включаючи, наприклад, фільтрацію, очищення, ультрафільтрацію, етап знищення клітин і т. д., і таким чином бульйон можна використовувати для гідролізу біомаси в складі цільного бульйону. У деяких аспектах представлена в даному документі ферментна композиція здатна до перетворення матеріалу біомаси в ферментований цукор(ри) (наприклад, глюкозу, ксилозу, арабінозу і/або целобіозу). У деяких аспектах ферментна композиція здатна забезпечити одержання щонайменше приблизно 0,1 (наприклад, від 0,1 до 0,4) фракційного продукту, згідно з описаним в даному документі аналізом з калькофлуором. У деяких аспектах ферментна композиція може являти собою целюлазну композицію або геміцелюлазну композицію. Ферментна композиція може містити поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і додатково може містити один або декілька поліпептидів целюлази і/або один або декілька поліпептидів геміцелюлази, при цьому один або декілька поліпептидів мають GH61/ендоглюканазну активність, і один або декілька поліпептидів целюлази і/або один або декілька поліпептидів геміцелюлази домішують в суміш до того, як ця суміш буде використана для введення в контакт і гідролізу субстрату на основі біомаси в суміші біомаси для оцукрювання. У деяких аспектах один або декілька поліпептидів, що мають GH61/ендоглюканазну активність, один або декілька поліпептидів целюлази і один або декілька поліпептидів геміцелюлази в різний час додають до матеріалу на основі біомаси. Наприклад, поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, додають в матеріал на основі біомаси до або після того, як поліпептид целюлази і/або поліпептид геміцелюлази буде доданий в той же матеріал біомаси. У деяких аспектах композиція за даним винаходом містить щонайменше один поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і матеріал на основі біомаси, наприклад, в формі суміші. Наприклад, композиція може являти собою суміш для гідролізу, ферментативний бульйон/суміш або суміш біомаси для оцукрювання. Суміш може містити один або декілька ферментованих цукрів. 10 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Також в даному документі представлені способи гідролізу матеріалу на основі біомаси, які включають введення матеріалу біомаси в контакт з ферментною композицією (наприклад, композицією, що не зустрічається в природі), яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, в кількості, достатній для гідролізу матеріалу на основі біомаси в одержаній суміші біомаси для оцукрювання. Також в даному документі представлені способи зменшення в'язкості суміші біомаси і/або суміші біомаси для оцукрювання, які включають введення суміші в контакт з ферментною композицією (наприклад, композицією, що не зустрічається в природі), яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, який присутній в композиції в кількості, достатній для зменшення в'язкості суміші. У деяких аспектах суміш біомаси або суміш біомаси для оцукрювання містить матеріал на основі біомаси, також необов'язково ферментований цукор(ри), загальну целюлазу і/або композицію, яка містить поліпептид, що має целюлазну активність, і/або поліпептид, що має геміцелюлазну активність. В'язкість суміші можна зменшити щонайменше приблизно на 5 % (наприклад, щонайменше приблизно на 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 % або 90 %) в порівнянні з в'язкістю контрольної суміші, що містить ті ж компоненти в тих же концентраціях, за винятком того, що в суміші відсутній поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. Матеріал на основі біомаси може містити геміцелюлозу, целюлозу або їх суміш. Матеріал на основі біомаси може містити глюкан, ксилан і/або лігнін або їх суміш. У деяких аспектах матеріал на основі біомаси можна відповідно обробляти або проводити його попередню обробку кислотою або лугом. У деяких аспектах луг являє собою аміак. Спосіб за даним винаходом може додатково включати корекцію значення pH суміші біомаси до значення pH від приблизно 4,0 до приблизно 6,5 (наприклад, pH від приблизно 4,5 до приблизно 5,5). У деяких аспектах спосіб здійснюють при pH від приблизно 4,0 до приблизно 6,5 (наприклад, pH від приблизно 4,5 до приблизно 5,5). У деяких аспектах спосіб здійснюють протягом від приблизно 2 год. до приблизно 7 діб (наприклад, від приблизно 4 год. до приблизно 6 діб, від приблизно 8 год. до приблизно 5 діб або від приблизно 8 год. до приблизно 3 діб). Корекцію значення pH зручно проводити до введення суміші біомаси в контакт з поліпептидами або ферментною композицією. У деяких аспектах матеріал на основі біомаси присутній в суміші для оцукрювання у великих кількостях твердої речовини, наприклад матеріал біомаси в твердому стані складає щонайменше від приблизно 5 ваг. % до приблизно 60 ваг. % (наприклад, від приблизно 10 ваг. % до приблизно 50 ваг. %, від приблизно 15 ваг. % до приблизно 40 ваг. %, від приблизно 15 ваг. % до приблизно 30 ваг. % або від приблизно 20 ваг. % до приблизно 30 ваг. %) від загальної ваги ферментів разом з матеріалом на основі біомаси в складі суміші для оцукрювання. Під вагою матеріалу на основі біомаси в твердому стані мається на увазі вага матеріалу на основі біомаси в сухому стані, в сухому твердому стані, в природному стані або в необробленому стані або перед тим, як біомаса вступить в контакт з поліпептидами в ферментній композиції. Переважно матеріал на основі біомаси в його твердому стані складає щонайменше приблизно 15 ваг. % і навіть більш переважно щонайменше приблизно 20 ваг. % або 25 ваг. % від загальної ваги ферментів разом з матеріалом біомаси в суміші для оцукрювання. У деяких аспектах спосіб включає одержання ферментованого цукру(ів). Кількість одержуваного ферментованого цукру(ів) може бути підвищена при застосуванні способу за даним винаходом. Наприклад, кількість ферментованого цукру(ів), одержана із застосуванням описаних тут способів або композицій, підвищується щонайменше приблизно на 5 % (наприклад, щонайменше приблизно на 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 % або 90 %) в порівнянні з кількістю ферментованого цукру(ів), одержаною, коли той же матеріал на основі біомаси гідролізують ферментною композицією, яка містить ті ж поліпептидні компоненти в тих же концентраціях, за винятком того, що в ній відсутній поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. У деяких аспектах кількість ферментної композиції, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, є достатньою для того, щоб збільшити вихід ферментованого цукру(ів) щонайменше приблизно на 5 % (наприклад, щонайменше приблизно на 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 % або 90 %) в порівнянні з виходом ферментованого цукру(ів) з того ж матеріалу на основі біомаси за допомогою ферментної композиції, яка містить ті ж компоненти в тих же концентраціях, за винятком того, що в ній відсутній поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. У деяких аспектах кількість поліпептиду, що має GH61/ендоглюканазну активність, в суміші біомаси для оцукрювання є достатньою для того, щоб зменшити в'язкість суміші щонайменше приблизно на 11 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 5 % (наприклад, щонайменше приблизно на 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 % або 90 %) в порівнянні з в'язкістю контрольної суміші біомаси для оцукрювання, яка містить ту ж біомасу і той же склад поліпептидів в тих же концентраціях, за винятком того, що в ній відсутній поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. У деяких аспектах кількість композиції, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, використовуваної в процесі оцукрювання або гідролізу, складає від приблизно 0,1 мг до приблизно 50 мг білка (наприклад, від приблизно 0,2 мг до приблизно 40 мг білка, від приблизно 0,5 мг до приблизно 30 мг білка, від приблизно 1 мг до приблизно 20 мг білка або від приблизно 5 мг до приблизно 15 мг білка) на грам целюлози, геміцелюлози або суміші целюлози і геміцелюлоз в матеріалі на основі біомаси. Описана в даному документі кількість білка належить до ваги загального білка в ферментній композиції або суміші біомаси для оцукрювання. Білки включають поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і можуть включати інші ферменти, такі як поліпептид(и) целюлази і/або поліпептид(и) геміцелюлази. У деяких аспектах кількість поліпептиду, що має GH61/ендоглюканазну активність, використовуваного в процесі гідролізу або оцукрювання, складає від приблизно 0,2 мг до приблизно 30 мг (наприклад, від приблизно 0,2 мг до приблизно 20 мг, від приблизно 0,5 мг до приблизно 10 мг або від приблизно 1 мг до приблизно 5 мг) білка на грам целюлози, геміцелюлози або суміші целюлози і геміцелюлоз в матеріалі на основі біомаси. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має ендоглюканазну активність (наприклад, Eg1 T. reesei, Eg2 T. reesei і/або їх варіанти), використовувана в процесі гідролізу або оцукрювання, може містити від приблизно 0,2 мг до приблизно 30 мг (наприклад, від приблизно 0,2 мг до приблизно 20 мг, від приблизно 0,5 мг до приблизно 10 мг або від приблизно 1 мг до приблизно 5 мг) білка на грам целюлози, геміцелюлози або целюлози з геміцелюлозою в матеріалі на основі біомаси. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має целобіогідролазну активність (наприклад, CBH1 T. reesei, 7A, 7B А. fumigatus, 7A, 7B С. globosum, 7A, 7B Т. terrestris, CBH2 T. reesei, 6A Т. terrestris, 6A, 6B S. thermophile або їх варіанти), використовувана в процесі гідролізу або оцукрювання, може містити від приблизно 0,2 мг до приблизно 30 мг (наприклад, від приблизно 0,2 мг до приблизно 20 мг, від приблизно 0,5 мг до приблизно 10 мг або від приблизно 1 мг до приблизно 5 мг) білка на грам целюлози, геміцелюлози або целюлози з геміцелюлозою в матеріалі на основі біомаси. У деяких аспектах ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має βглюкозидазну активність (наприклад, Fv3C, Pa3D, Fv3G, Fv3D, Tr3A, Tr3B, Te3A, An3A, Fo3A, Gz3A, Nh3A, Vd3A, Pa3G, Tn3B або їх варіанти), використовувана в процесі гідролізу або оцукрювання, може містити від приблизно 0,2 мг до приблизно 30 мг (наприклад, від приблизно 0,2 мг до приблизно 20 мг, від приблизно 0,5 мг до приблизно 10 мг або від приблизно 0,5 мг до приблизно 5 мг) білка на грам целюлози, геміцелюлози або целюлози з геміцелюлозою в матеріалі на основі біомаси. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має ксиланазну активність (наприклад, Xyn3 T. reesei, Xyn2 T. reesei, AfuXyn2, AfuXyn5 або їх варіанти), використовувана в процесі гідролізу або оцукрювання, може містити від приблизно 0,2 мг до приблизно 30 мг (наприклад, від приблизно 0,2 мг до приблизно 20 мг, від приблизно 0,5 мг до приблизно 10 мг, від приблизно 0,5 мг до приблизно 5 мг) білка на грам целюлози, геміцелюлози або целюлози з геміцелюлозою в матеріалі на основі біомаси. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має β-ксилозидазну активність (наприклад, Fv3A, Fv43A, Pf43A, Fv43D, Fv39A, Fv43E, Fo43A, Fv43B, Pa51A, Gz43A, Bxl1 T. reesei і/або їх варіанти), використовувана в процесі гідролізу або оцукрювання, може містити від приблизно 0,2 мг до приблизно 30 мг (наприклад, від приблизно 0,2 мг до приблизно 20 мг, від приблизно 0,5 мг до приблизно 10 мг або від приблизно 0,5 мг до приблизно 5 мг) білка на грам целюлози, геміцелюлози або целюлози з геміцелюлозою в матеріалі на основі біомаси. Ферментна композиція або суміш біомаси для оцукрювання, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше 1 поліпептид, що має L-αарабінофуранозидазну активність (наприклад, Af43A, Fv43B, Pf51A, Pa51A, Fv51A і/або їх 12 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 варіанти), використовувана в процесі гідролізу або оцукрювання, може містити від приблизно 0,2 мг до приблизно 30 мг (наприклад, від приблизно 0,2 мг до приблизно 20 мг, від приблизно 0,5 мг до приблизно 10 мг або від приблизно 0,5 мг до приблизно 5 мг) білка на грам целюлози, геміцелюлози або целюлози з геміцелюлозою в матеріалі на основі біомаси. У деяких аспектах спосіб за даним винаходом здійснюють при температурі від приблизно 30 °C до приблизно 65 °C (наприклад, від приблизно 35 °C до приблизно 60 °C, від приблизно 40 °C до приблизно 60 °C або від приблизно 45 °C до приблизно 55 °C). Спосіб за даним винаходом може додатково включати етап приведення матеріалу на основі біомаси в контакт з ферментною композицією, яка містить загальну целюлазу. У деяких аспектах етап додаткового приведення матеріалу біомаси в контакт з композицією, яка містить загальну целюлазу, здійснюють до, після або одночасно з приведенням матеріалу на основі біомаси в контакт з ферментною композицією, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. У деяких аспектах спосіб за даним винаходом додатково включає етап приведення матеріалу на основі біомаси в контакт з ферментною композицією, яка містить поліпептид, що має целюлазну активність, і/або поліпептид, що має геміцелюлазну активність. Етап приведення матеріалу біомаси в контакт з композицією, яка містить поліпептид, що має целюлазну активність, і/або поліпептид, що має геміцелюлазну активність, можна здійснювати до, після або одночасно з приведенням матеріалу біомаси в контакт з ферментною композицією, яка містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність. У деякому аспекті композиція містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і додатково містить щонайменше один поліпептид целюлази і/або щонайменше один поліпептид геміцелюлази, при цьому поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і щонайменше один поліпептид целюлази і/або щонайменше один поліпептид геміцелюлази домішують в суміш перед тим, як її приводять в контакт з матеріалом біомаси. У деяких аспектах композиція містить поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і додатково містить один або декілька поліпептидів целюлази і/або один або декілька поліпептидів геміцелюлази, при цьому поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, і один або декілька поліпептидів целюлази і/або один або декілька поліпептидів геміцелюлази додають в матеріал на основі біомаси в різні моменти часу. Наприклад, поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант), додають до або після додавання одного або декількох поліпептидів целюлази і/або одного або декількох поліпептидів геміцелюлази. У деяких аспектах передбачаються способи використання даного винаходу і в промисловій і/або в комерційній сфері. Відповідно, спосіб або спосіб виробництва, збуту або іншого одержання комерційної вигоди з даних композицій, що містять придатні ендоглюканази GH61, охоплений обсягом даного розкриття. Спосіб включає, наприклад, застосування композицій або поліпептидів ендоглюканази GH61 або їх варіантів в торговій моделі постачання ферментів, при цьому ферменти і варіанти, а також композиції за даним винаходом постачають або продають виробникам цукрів на основі целюлози, певним підприємствам по очищенню етанолу (біоетанолу) або іншим виробникам біохімічних продуктів або біоматеріалів. Спосіб може також являти собою в деяких аспектах застосування композиції або поліпептидів ендоглюканази GH61 або їх варіантів в моделі біопереробки на місці, де поліпептиди або варіанти, або целюлоза, що не зустрічається в природі, і геміцелюлазні композиції за даним винаходом одержують за допомогою системи одержання ферментів, яка побудована виробником ферментів на ділянці, яка розташована на або поблизу заводу по виробництву цукру на основі целюлози, підприємств по очищенню біоетанолу або підприємств біохімічного виробництва/виробництва біоматеріалів. У деяких аспектах придатні субстрати на основі біомаси, що переважно піддаються попередній обробці, як описано в даному документі, можна піддавати гідролізу із застосуванням описаних способів оцукрювання і ферментів і/або ферментних композицій на підприємствах або поблизу підприємств по очищенню біоетанолу або підприємств біохімічного виробництва/виробництва біоматеріалів. Одержані в результаті ферментовані цукри можна потім піддавати ферментації на тих же підприємствах або на сусідніх підприємствах. Потрібно розуміти, що одну, деякі або всі властивості варіантів здійснення, описаних в даному документі, можна комбінувати з одержанням інших варіантів здійснення даного винаходу. Ці і інші аспекти даного винаходу будуть очевидні фахівцю в даній галузі. КОРОТКИЙ ОПИС ГРАФІЧНИХ МАТЕРІАЛІВ Досвідченому фахівцю буде зрозуміло, що креслення служать тільки для ілюстративних цілей і не призначені для того, щоб яким-небудь чином обмежити масштаб даної ідеї. 13 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 На фігурі 1 зображені певні амінокислотні послідовності різних поліпептидів, що мають GH61/ендоглюканазну активність. На фігурі 2 зображений процент ідентичності і розходження з використанням ClustalV (PAM250), що дозволяє порівнювати число амінокислотних послідовностей в різних поліпептидах, що мають GH61/ендоглюканазну активність, наприклад, таких, як представлені на фігурі 1 (SEQ ID NO:1-28). На фігурі 3 зображено вирівнювання послідовностей різних поліпептидів, що мають GH61/ендоглюканазну активність, наприклад, таких, як представлені на фігурі 1 (SEQ ID NO:128). Фігури 4A, 4B: на фігурі 4A зображена нуклеотидна послідовність Eg4 T. reesei (SEQ ID NO:30); на фігурі 4B зображена амінокислотна послідовність Eg4 T. reesei (SEQ ID NO:27). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, передбачувані консервативні домени виділені жирним шрифтом і передбачений лінкер виділений курсивом. На фігурі 5 зображено вирівнювання амінокислотної послідовності Eg4 T. reesei (TrEG4) (SEQ ID NO:27) з амінокислотною послідовністю Eg7 T. reesei (TrEG7 або TrEGb) (SEQ ID NO:26) і TtEG (SEQ ID NO:29). Фігури 6A, 6B: на фігурі 6A представлені консервативні залишки Eg4 T. reesei (TrEg4), одержані в результаті вирівнювання послідовності з відомими структурами TrEG7 (структура кристала в Protein Data Bank, номер доступу: pdb:2vtc) і TtEG (структура кристала в Protein Data Bank, номер доступу: pdb:3EII). На фігурі 6B представлені консервативні залишки домену CBM, одержані в результаті вирівнювання послідовності з відомими послідовностями Tr6A і Tr7A. На фігурі 7 наведений ряд мотивів амінокислотних послідовностей ендоглюканаз GH61. Кожне "а" в мотивах послідовностей представляє амінокислоту, яка може являти собою якунебудь з: аланіну, аргініну, аспарагіну, аспарагінової кислоти, цистеїну, глутамінової кислоти, глутаміну, гліцину, гістидину, ізолейцину, лейцину, лізину, метіоніну, фенілаланіну, проліну, серину, треоніну, триптофану, тирозину або валіну. Фігури 8A-8I: на фігурі 8A зображена плазміда pENTR-TOPO-Bgl1-943/942. На фігурі 8B зображений вектор експресії pTrex3g 943/942. На фігурі 8C зображена плазміда pENTR/Xyn3 T. reesei. На фігурі 8D зображений вектор експресії pTrex3g/Xyn3 T. reesei. На фігурі 8E зображена плазміда pENTR-Fv3A. На фігурі 8F зображена плазміда pTrex6g. На фігурі 8G зображений вектор експресії pTrex6g/Fv3A. На фігурі 8H зображена плазміда TOPO Blunt/Pegl1-Fv43D. На фігурі 8I зображена плазміда TOPO Blunt/Pegl1-Fv51A. На фігурі 9 представлена ферментна композиція інтегрованого штаму Т. reesei H3A. На фігурі 10 перераховані ферменти (очищені або неочищені), які окремо були додані до кожного із зразків прикладу 2, а також вихідні білкові концентрації цих ферментів. Фігура 11A-11D: на фігурі 11A показане вивільнення глюкози при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана шляхом додавання ферментних композицій, що містять різні очищені і неочищені ферменти з фігури 10, які були додані до інтегрованого штаму Т. reesei H3A згідно з прикладом 2; на фігурі 11B показане вивільнення целобіози при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана шляхом додавання ферментних композицій, що містять різні очищені і неочищені ферменти з фігури 10, які були додані до інтегрованого штаму Т. reesei H3A згідно з прикладом 2; на фігурі 11C показане вивільнення ксилобіози при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана шляхом додавання ферментних композицій, що містять різні очищені і неочищені ферменти з фігури 10, які були додані до інтегрованого штаму Т. reesei H3A згідно з прикладом 2; на фігурі 11D показане вивільнення ксилози при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана шляхом додавання ферментних композицій, що містять різні очищені і неочищені ферменти з фігури 10, які були додані до інтегрованого штаму Т. reesei H3A згідно з прикладом 2. Фігури 12A, 12B: на фігурі 12A зображена касета експресії Pegl1-Eg4-sucA, як описано в прикладі 3; на фігурі 12B зображена карта плазміди pCR Blunt II TOPO, що містить касету експресії pEG1-EG4-sucA, як описано в прикладі 3. На фігурі 13 показана величина або процент конверсії глюкану і ксилану в целобіозу, глюкозу, ксилобіозу і ксилозу за допомогою ферментної композиції, що містить ферменти, одержані за допомогою трансформантів інтегрованого штаму Т. reesei H3A, експресуючих Eg4 T. reesei відповідно до прикладу 3. На фігурі 14 показане збільшення процента конверсії глюкану, спостережуване при використанні зростаючої кількості ферментної композиції, одержаної за допомогою 14 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 трансформантів інтегрованого штаму Т. reesei H3A, експресуючих Eg4 T. reesei. Деталі експерименту описані в прикладі 3. На фігурі 15 наведена таблиця розрахунку дозування Eg4 T. reesei для прикладу 4 (експеримент 1). Зразок "№ 27" являє собою інтегрований штам H3A/Eg4, як описано в прикладі 4. Додані кількості очищеного Eg4 T. reesei наведені в "Описі зразків" або за допомогою ваг. % або за допомогою маси (в мг білка/г глюкану + ксилану). Фігури 16A, 16B: на фігурі 16A показаний вплив Eg4 T. reesei на вивільнення глюкози при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана згідно з прикладом 4; на фігурі 16B показаний вплив Eg4 T. reesei на вивільнення ксилози при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана. Yосі на цих фігурах позначають концентрації глюкози або ксилози, вивільнювані в реакційних сумішах. На осях X наведені назви/короткі описи зразків ферментних композицій. Це відповідає прикладу 4 (експеримент 1). Фігури 17A, 17B: на фігурі 17A представлена інша таблиця розрахунку дозування Eg4 T. reesei для прикладу 4 (експеримент 2). Зразки описані аналогічно зразкам на фігурі 15. Додані кількості очищеного Eg4 T. reesei відрізнялися меншим зростанням, ніж такі в прикладі 4, експеримент 1 (вище). На фігурі 17B представлена ще одна таблиця розрахунку дозування Eg4 T. reesei для прикладу 4 (експеримент 3). Зразки описані аналогічно зразкам на фігурах 16 і 17A. Додані кількості очищеного Eg4 T. reesei відрізнялися ще меншим зростанням, ніж такі в прикладі 4, експерименти 1 і 2 (вище). Фігури 18A, 18B: на фігурі 18A показаний вплив Eg4 T. reesei в різних кількостях (від 0,05 мг/г до 1,0 мг/г) на вивільнення глюкози при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана, як описано в прикладі 4; на фігурі 18B показаний вплив Eg4 T. reesei в різних кількостях (від 0,1 мг/г до 0,5 мг/г) на вивільнення глюкози при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана, як описано в прикладі 4. На фігурі 19 показаний вплив Eg4 T. reesei в ферментній композиції на вивільнення глюкози/ксилози при оцукрюванні попередньо обробленої розбавленим аміаком кукурудзяної соломи з різними концентраціями твердої речовини, як описано в прикладі 5. Концентрації твердої речовини позначені на Х-осі як #%. На фігурі 20 представлений процентний вихід мономерів ксилози, що вивільнилися із попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана, із застосуванням ферментної композиції, що містить Eg4 T. reesei відповідно до прикладу 6. На фігурі 21 представлений процентний вихід мономерів глюкози, що вивільнилися із попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана, із застосуванням ферментної композиції, що містить Eg4 T. reesei відповідно до прикладу 6. На фігурі 22 представлений вихід (мг/мл) загальної кількості ферментованих мономерів, що вивільнилися із попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана, із застосуванням ферментної композиції, що містить Eg4 T. reesei відповідно до прикладу 6. На фігурі 23 порівнюється кількості глюкози, що вивільнилася в результаті гідролізу, здійснюваного ферментною композицією без Eg4 T. reesei, в порівнянні з композицією, що містить Eg4 T. reesei при 0,53 мг/г. Експеримент описаний в прикладі 7. На фігурі 24 показане вивільнення мономера глюкози в результаті обробки попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана з використанням тільки Eg4 T. reesei згідно з прикладом 7. На фігурі 25 показана і порівняна ефективність оцукрювання ферментних композицій, продукованих інтегрованим штамом H3A T. reesei і інтегрованим штамом H3A/Eg4 (штам № 27), при дозуванні ферменту 14 мг/г. Це відповідає опису прикладу 8. На фігурі 26 показана і порівняна ефективність оцукрювання ферментних композицій, продукованих інтегрованим штамом H3A T. reesei і інтегрованим штамом H3A/Eg4 (штам № 27), при різних дозуваннях ферменту відносно кукурудзяної соломи, попередньо обробленої кислотою. Це відповідає опису прикладу 9. На фігурі 27 показана і порівняна ефективність оцукрювання ферментних композицій, продукованих інтегрованим штамом H3A T. reesei і інтегрованим штамом H3A/Eg4 (штам № 27), відносно попередньо оброблених розбавленим аміаком кукурудзяних листя, стебел і качанів згідно з прикладом 10. На фігурі 28 порівняна ефективність оцукрювання ферментної композиції, продукованої інтегрованим штамом H3A T. reesei і інтегрованим штамом H3A/Eg4 (штам № 27), виражена в кількості вивільненої глюкози або ксилози. Це відповідає прикладу 11. 15 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 На фігурі 29 показана зміна процента конверсії глюкану і ксилану при підвищених кількостях ферментної композиції, продукованої інтегрованим штамом H3A T. reesei і інтегрованим штамом H3A/Eg4 (штам № 27). Це відповідає опису прикладу 12. Фігура 30 являє собою таблицю, в якій наведений вплив додавання Eg4 T. reesei на оцукрювання попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана. Умови експерименту описані в прикладі 13. На фігурі 31 показаний гідроліз CMC за допомогою Eg4 T. reesei. Умови експерименту описані в прикладі 13. На фігурі 32 показаний гідроліз целобіози за допомогою Eg4 T. reesei. Умови експерименту описані в прикладі 13. На фігурі 33 показані кількості різних ферментних композицій для оцукрювання. Умови експерименту описані в прикладі 14. На фігурі 34 показана кількість глюкози, глюкози + целобіози або ксилози, одержаних за допомогою кожної з ферментних композицій, відповідних фігурі 33. Умови експерименту описані в прикладі 14. На фігурі 35 показані різні співвідношення сумішей CBH1, CBH2 і Eg2 T. reesei, як описано в прикладі 15. На фігурі 36 показана конверсія глюкану (%) із застосуванням різних ферментних композицій. Умови експерименту описані в прикладі 15. На фігурі 37 показаний вплив аскорбінової кислоти при застосуванні композиції, що містить Eg4 T. reesei, для обробки Avicel за присутності або відсутності CBH1, згідно з прикладом 22. На фігурі 38 показаний вплив аскорбінової кислоти на композицію, що містить Eg4 T. reesei, при застосуванні для обробки Avicel за присутності/відсутності CBH2, згідно з прикладом 22. Фігури 39A, 39B: на фігурі 39A показана кількість субстрату і різних ферментів, застосовуваних в експерименті прикладу 22, результат якого показаний на фігурі 37; на фігурі 39B показана кількість субстрату і різних ферментів, застосовуваних в експерименті прикладу 22, результат якого показаний на фігурі 38. На фігурі 40 показане одержання глюкози при гідролізі стрижня кукурудзяного качана із застосуванням різних ферментних композицій відповідно до експериментів, описаних в прикладі 16. Фігура 41 показує одержання ксилози при гідролізі стрижня кукурудзяного качана з використанням різних ферментних композицій, відповідно до експериментів, описаних в прикладі 16. На фігурі 42 показана в'язкість суміші для оцукрювання при застосуванні H3A і H3A, доданих з очищеним Eg4, в динаміці відповідно до опису прикладу 17. На фігурі 43 показана в'язкість суміші для оцукрювання при застосуванні H3A і H3A/Eg4 № 27 в динаміці відповідно до опису прикладу 18. На фігурі 44 показана в'язкість при оцукрюванні попередньо обробленого розбавленим аміаком стрижня кукурудзяного качана при вмісті твердих речовин 25 % і 30 % із застосуванням ферментативних бульйонів H3A або бульйону H3A/Eg4 № 27 при 14 мг/г целюлози відповідно до опису прикладу 19. На фігурі 45 показана концентрація глюкози при 6-годинному оцукрюванні, 25 % сухої речовини, 50 °C, pH 5,0, із застосуванням різних ферментних композицій згідно з прикладом 20. На фігурі 46 показана концентрація глюкози при 24-годинному оцукрюванні, 25 % сухої речовини, 50 °C, pH 5,0, із застосуванням різних ферментних композицій згідно з прикладом 20. На фігурі 47 показана концентрація глюкози при оцукрюванні в динаміці, при 25 % сухої речовини, 50 °C, pH 5,0, із застосуванням різних ферментних композицій згідно з прикладом 20. На фігурі 48 показана конверсія глюкану при оцукрюванні в динаміці, при 25 % сухої речовини, 50 °C, pH 5,0, із застосуванням різних ферментних композицій згідно з прикладом 20. На фігурі 49 представлений короткий опис послідовностей, вказаних в даному розкритті. Фігури 50A, 50B: на фігурі 50A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv3A (SEQ ID NO:35); на фігурі 50B показана амінокислотна послідовність Fv3A (SEQ ID NO:36). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 51A, 51B: на фігурі 51A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Pf43A (SEQ ID NO:37); на фігурі 51B показана амінокислотна послідовність Pf43A (SEQ ID NO:38). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом, передбачений вуглеводзв'язувальний модуль ("CBM") виділений заголовними буквами, а передбачений лінкер, що розділяє CD і CBM, виділений курсивом. 16 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Фігури 52A, 52B: на фігурі 52A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv43E (SEQ ID NO:39); на фігурі 52B показана амінокислотна послідовність Fv43E (SEQ ID NO:40). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 53A, 53B: на фігурі 53A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv39A (SEQ ID NO:41); на фігурі 53B показана амінокислотна послідовність Fv39A (SEQ ID NO:42). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 54A, 54B: на фігурі 54A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv43A (SEQ ID NO:43); на фігурі 54B показана амінокислотна послідовність Fv43A (SEQ ID NO:44). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом, передбачений CBM виділений заголовними буквами, а передбачений лінкер, що з'єднує консервативний домен і CBM, виділений курсивом. Фігури 55A, 55B: на фігурі 55A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv43B (SEQ ID NO:45); на фігурі 55B показана амінокислотна послідовність Fv43B (SEQ ID NO:46). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням. Передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 56A, 56B: на фігурі 56A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Pa51A (SEQ ID NO:47); на фігурі 56B показана амінокислотна послідовність Pa51A (SEQ ID NO:48). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням. Передбачений консервативний домен L-α-арабінофуранозидази виділений жирним шрифтом. Для експресії в Т. reesei геномну ДНК кодон-оптимізували (див. фігуру 73C). Фігури 57A, 57B: на фігурі 57A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Gz43A (SEQ ID NO:49); на фігурі 57B показана амінокислотна послідовність Gz43A (SEQ ID NO:50). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Для експресії в Т. reesei передбачену сигнальну послідовність замінили сигнальною послідовністю CBH1 T. reesei (myrklavisaflatara (SEQ ID NO:120)). Фігури 58A, 58B: на фігурі 58A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fo43A (SEQ ID NO:51); на фігурі 58B показана амінокислотна послідовність Fo43A (SEQ ID NO:52). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Для експресії в Т. reesei передбачену сигнальну послідовність замінили сигнальною послідовністю CBH1 T. reesei (myrklavisaflatara (SEQ ID NO:120)). Фігури 59A, 59B: на фігурі 59A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Af43A (SEQ ID NO:53); на фігурі 59B показана амінокислотна послідовність Af43A (SEQ ID NO:54). Передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 60A, 60B: на фігурі 60A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Pf51A (SEQ ID NO:55); на фігурі 60B показана амінокислотна послідовність Pf51A (SEQ ID NO:56). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен L-α-арабінофуранозидази виділений жирним шрифтом. Для експресії в Т. reesei передбачену сигнальну послідовність замінили кодон-оптимізованою сигнальною послідовністю CBH1 T. reesei (myrklavisaflatara (SEQ ID NO:120)) (підкреслена) і нуклеотидну послідовність Pf51A кодон-оптимізували для експресії. Фігури 61A, 61B: на фігурі 61A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча AfuXyn2 (SEQ ID NO:57); на фігурі 61B показана амінокислотна послідовність AfuXyn2 (SEQ ID NO:58). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен GH11 виділений жирним шрифтом. Фігури 62A, 62B: на фігурі 62A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча AfuXyn5 (SEQ ID NO:59); на фігурі 62B показана амінокислотна послідовність AfuXyn5 (SEQ ID NO:60). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен GH11 виділений жирним шрифтом. Фігури 63A, 63B: на фігурі 63A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv43D (SEQ ID NO:61); на фігурі 63B показана амінокислотна послідовність Fv43D (SEQ ID NO:62). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням. Передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 64A, 64B: на фігурі 64A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Pf43B (SEQ ID NO:63); на фігурі 64B показана амінокислотна послідовність Pf43B (SEQ ID NO:64). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. 17 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Фігури 65A, 65B: на фігурі 65A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv51A (SEQ ID NO:65); на фігурі 65B показана амінокислотна послідовність Fv51A (SEQ ID NO:66). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен L-α-арабінофуранозидази виділений жирним шрифтом. Фігури 66A, 66B: на фігурі 66A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Cg51B (SEQ ID NO:67); на фігурі 66B показана амінокислотна послідовність Cg51B (SEQ ID NO:68). Передбачена відповідна сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 67A, 67B: на фігурі 67A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv43C (SEQ ID NO:69); на фігурі 67B показана амінокислотна послідовність Fv43C (SEQ ID NO:70). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 68A, 68B: на фігурі 68A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv30A (SEQ ID NO:71); на фігурі 68B показана амінокислотна послідовність Fv30A (SEQ ID NO:72). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням. Фігури 69A, 69B: на фігурі 69A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv43F (SEQ ID NO:73); на фігурі 69B показана амінокислотна послідовність Fv43F (SEQ ID NO:74). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням. Фігури 70A, 70B: на фігурі 70A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Xyn3 T. reesei (SEQ ID NO:75); на фігурі 70B показана амінокислотна послідовність Xyn3 (SEQ ID NO:76). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Фігури 71A, 71B: на фігурі 71A показана амінокислотна послідовність Xyn2 T. reesei (SEQ ID NO:77). Сигнальна послідовність виділена підкресленням. Передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Кодуючу послідовність можна знайти в Torronen et al. Biotechnology, 1992, 10:1461-65. На фігурі 71B показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Xyn2 (SEQ ID NO:160). Фігури 72A, 72B: на фігурі 72A показана амінокислотна послідовність Bxl1 T. reesei (SEQ ID NO:78). Сигнальна послідовність виділена підкресленням. Передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Кодуючу послідовність можна знайти в Margolles-Clark et al. Appl. Environ. Microbiol. 1996, 62(10):3840-46. На фігурі 72B показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Bxl1 (SEQ ID NO:159). Фігури 73A-73F: на фігурі 73A показана амінокислотна послідовність Bgl1 T. reesei (SEQ ID NO:79). Сигнальна послідовність виділена підкресленням. Передбачений консервативний домен виділений жирним шрифтом. Кодуючу послідовність можна знайти в Barnett et al. BioTechnology, 1991, 9(6):562-567. На фігурі 73B показана розшифрована кДНК для Pa51A (SEQ ID NO:80). На фігурі 73C показана кодон-оптимізована кДНК для Pa51A (SEQ ID NO:81). На фігурі 73D показана кодуюча послідовність для конструкта, що містить сигнальну послідовність CBH1 (підкреслена), розташовану перед геномною ДНК, кодуючою зрілий поліпептид Gz43A (SEQ ID NO:82). На фігурі 73E показана кодуюча послідовність для конструкта, що містить сигнальну послідовність CBH1 (підкреслена), розташовану перед геномною ДНК, кодуючою зрілий Fo43A (SEQ ID NO:83). На фігурі 73F показана кодон-оптимізована кодуюча послідовність для конструкта, що містить сигнальну послідовність CBH1 (підкреслена), розташовану перед кодоноптимізованою ДНК, кодуючою зрілий Pf51A (SEQ ID NO:92). Фігури 74A, 74B: на фігурі 74A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Pa3D (SEQ ID NO:93); на фігурі 74B показана амінокислотна послідовність Pa3D (SEQ ID NO:94). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 75A, 75B: на фігурі 75A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv3G (SEQ ID NO:95); на фігурі 75B показана амінокислотна послідовність Fv3G (SEQ ID NO:96). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 76A, 76B: на фігурі 76A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv3D (SEQ ID NO:97); на фігурі 76B показана амінокислотна послідовність Fv3D (SEQ ID NO:98). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 77A, 77B: на фігурі 77A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fv3C (SEQ ID NO:99); на фігурі 77B показана амінокислотна послідовність Fv3C (SEQ ID NO:100). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. 18 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Фігури 78A, 78B: на фігурі 78A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Tr3A (SEQ ID NO:101); на фігурі 78B показана амінокислотна послідовність Tr3A (SEQ ID NO:102). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 79A, 79B: на фігурі 79A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Tr3B (SEQ ID NO:103); на фігурі 79B показана амінокислотна послідовність Tr3B (SEQ ID NO:104). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 80A, 80B: на фігурі 80A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Te3A (SEQ ID NO:105); на фігурі 80B показана амінокислотна послідовність Te3A (SEQ ID NO:106). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 81A, 81B: на фігурі 81A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча An3A (SEQ ID NO:107); на фігурі 81B показана амінокислотна послідовність An3A (SEQ ID NO:108). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 82A, 82B: на фігурі 82A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Fo3A (SEQ ID NO:109); на фігурі 82B показана амінокислотна послідовність Fo3A (SEQ ID NO:110). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 83A, 83B: на фігурі 83A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Gz3A (SEQ ID NO:111); на фігурі 83B показана амінокислотна послідовність Gz3A (SEQ ID NO:112). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 84A, 84B: на фігурі 84A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Nh3A (SEQ ID NO:113); на фігурі 84B показана амінокислотна послідовність Nh3A (SEQ ID NO:114). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 85A, 85B: на фігурі 85A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Vd3A (SEQ ID NO:115); на фігурі 85B показана амінокислотна послідовність Vd3A (SEQ ID NO:116). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. Фігури 86A, 86B: на фігурі 86A показана нуклеотидна послідовність, кодуюча Pa3G (SEQ ID NO:117); на фігурі 86B показана амінокислотна послідовність Pa3G (SEQ ID NO:118). Передбачена сигнальна послідовність виділена підкресленням, а передбачені консервативні домени виділені жирним шрифтом. На фігурі 87 показана амінокислотна послідовність Tn3B (SEQ ID NO:119). Стандартна програма прогнозування сигнальних послідовностей Signal Р (www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/) не представила передбаченої сигнальної послідовності. На фігурі 88 показане часткове вирівнювання амінокислотної послідовності доменів CBM Eg4 T. reesei (SEQ ID NO:27) з Tr6A (SEQ ID NO:31) і з Tr7A (SEQ ID NO:32). Фігури 89A-89C: на фігурі 89A показана амінокислотна послідовність Eg6 (SEQ ID NO:33) з Т. reesei. Виділена жирним шрифтом амінокислотна послідовність є передбаченою послідовністю сигнального пептиду. На фігурі 89B показана амінокислотна послідовність ендоглюканази S. coccosporum SEQ ID NO:34; на фігурі 89C показана нуклеотидна послідовність, кодуюча GH61 з Thermoascus aurantiacus, SEQ ID NO:149. Фігури 90A-90I: на фігурі 90A показана амінокислотна послідовність Afu7A (SEQ ID NO:150), гомолога CBH1 T. reesei. На фігурі 90B показана амінокислотна послідовність Afu7B (SEQ ID NO:151), гомолога CBH1 T. reesei. На фігурі 90C показана амінокислотна послідовність Cg7A (SEQ ID NO:152), гомолога CBH1 T. reesei. На фігурі 90D показана амінокислотна послідовність Cg7B (SEQ ID NO:153), гомолога CBH1 T. reesei. На фігурі 90E показана амінокислотна послідовність Tt7A (SEQ ID NO:154), гомолога CBH1 T. reesei. На фігурі 90F показана амінокислотна послідовність Tt7B (SEQ ID NO:155), гомолога CBH1 T. reesei. На фігурі 90G показана амінокислотна послідовність St6A (SEQ ID NO:156), гомолога CBH2 T. reesei. На фігурі 90H показана амінокислотна послідовність St6B (SEQ ID NO:157), гомолога CBH2 T. reesei. На фігурі 90I показана амінокислотна послідовність Tt6A (SEQ ID NO:158), гомолога CBH2 T. reesei. ДОКЛАДНИЙ ОПИС ВИНАХОДУ Якщо не визначене інше, всі технічні і наукові вирази, використовувані в даному документі, означають те, що звичайно розуміє під ними фахівець в тій галузі техніки, до якої належить даний винахід. Singleton et al., DICTIONARY OF MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY, 19 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 2D ED., John Wiley and Sons, New York (1994); і Hale & Marham, THE HARPER COLLINS DICTIONARY OF BIOLOGY, Harper Perennial, N.Y. (1991) забезпечують фахівця загальним словником багатьох з виразів, застосовуваних в даному винаході. Хоч будь-які способи і матеріали, схожі або еквівалентні тим, які описані в даному документі, можна використовувати в практиці даного винаходу, переважні способи і матеріали описані. Числові діапазони включають значення, що визначають діапазон. Даний винахід не обмежується тільки певними описаними методиками, протоколами і реактивами, оскільки вони можуть варіювати. Заголовки, представлені в даному документі, не обмежують різні аспекти або варіанти здійснення даного винаходу, які можна використовувати з посиланням на специфікацію загалом. Відповідно, вирази, визначені нижче, більш детально визначені шляхом посилання на специфікацію загалом. У даному розкритті представлені композиції, які містять поліпептид, що має активність глікозилгідролаз сімейства 61 ("GH61")/ендоглюканазну активність, поліпептиди, що мають GH61/ендоглюканазну активність, нуклеотиди, кодуючі представлений в даному документі поліпептид, вектори, що містять представлений в даному документі поліпептид, і клітини, що містять нуклеотид і/або представлений в даному документі вектор. У даному розкритті додатково представлені способи гідролізу матеріалу на основі біомаси і способи зменшення в'язкості суміші, яка містить біомасу, із застосуванням представленої в даному документі композиції. Вираз "виділений", використовуваний в даному документі відносно нуклеїнових кислот, таких як ДНК або РНК, стосується молекул, виділених з інших ДНК або РНК, відповідно, які присутні в природному джерелі нуклеїнової кислоти. Крім того, "виділена нуклеїнова кислота", як передбачається, включає фрагменти нуклеїнової кислоти, які не зустрічаються в природі як фрагменти і не зустрічаються в природному стані. Вираз "виділений" також використовується в даному документі відносно поліпептидів, які виділені з інших клітинних білків, і, як передбачається, охоплює як очищені, так і рекомбінантні поліпептиди. Вираз "виділений", використовуваний в даному документі, також стосується нуклеїнової кислоти або поліпептиду, які можуть бути в основному вільними від клітинного матеріалу, вірусного матеріалу або культурального середовища, при одержанні за допомогою технологій рекомбінантної ДНК. Вираз "виділений", використовуваний в даному документі, додатково стосується нуклеїнової кислоти або поліпептиду, які можуть бути в основному вільними від хімічних попередників або інших хімічних речовин, при одержанні шляхом хімічного синтезу. Використовуваний в даному документі вираз "варіант" поліпептиду X стосується поліпептиду, що має амінокислотну послідовність поліпептиду X з одним або декількома зміненими амінокислотними залишками. Варіант може мати консервативні або неконсервативні зміни. Керівництво у визначенні того, які амінокислотні залишки можуть замінятися, вставлятися або видалятися без впливу на біологічну активність, можна знайти, застосовуючи комп'ютерні програми, відомі в даній галузі, наприклад програмне забезпечення LASERGENE (DNASTAR). Варіант за даним винаходом включає поліпептиди, що містять змінені амінокислотні послідовності в порівнянні з амінокислотною послідовністю ферменту-попередника, де варіант ферменту зберігає характерну целюлолітичну природу попередника ферменту, але може мати змінені властивості в деяких специфічних аспектах, наприклад підвищений або знижений оптимальний рівень pH, підвищену або знижену окислювальну стабільність; підвищену або знижену термічну стабільність і підвищений або знижений рівень специфічної активності відносно одного або більше субстратів, в порівнянні з ферментом-попередником. Як використовується в даному документі, поліпептид або нуклеїнова кислота, які є "гетерологічними" відносно клітини-хазяїна, належать до поліпептиду або нуклеїновій кислоті, які в природних умовах не зустрічаються в клітині-хазяїні. Посилання на "приблизно" відносно значення або параметра в даному документі включає (і описує) варіації, які направлені на це значення або параметр per se. Наприклад, опис, що посилається на "приблизно X", включає опис "X". Використовувані в даному документі і в формулі винаходу, що додається, форми однини включають множину об'єкта, що визначається, якщо контекст явно не диктує інше. Потрібно розуміти, що аспекти і варіації способів і композицій, описуваних в даному документі, включають аспекти і варіації "які складаються" і/або "які по суті складаються з". Поліпептиди У даному розкритті представлені поліпептиди (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні поліпептиди), що мають GH61/ендоглюканазну активність. Наприклад, в даному розкритті представлені ендоглюканази GH61 з різних видів або їх варіанти, поліпептиди, що мають активність ендоглюканази IV (або ендоглюканази 4) (також описані в даному документі як 20 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 "Eg4" або "EG4", які використовуються в даному документі взаємозамінно), з різних видів або їх варіанти і поліпептид Eg4 Trichoderma reesei або його варіанти. У деяких аспектах поліпептид є виділеним. Ферменти сімейства глікозидгідролаз 61 ("GH61") Ферменти сімейства глікозидгідролаз 61 ("GH61") були виявлені у еукаріот. Слабка ендоглюканазна активність була встановлена для Cel61A з Hypocrea jecorina (Karlsson et al. Eur J Biochem, 2001, 268(24):6498-6507), тому кажуть, що він має GH61/ендоглюканазну активність. Поліпептиди GH61 посилюють ферментний гідроліз лігноцелюлозних субстратів за допомогою целюлаз (Harris et al. 2010, Biochemistry, 49(15):3305-16). Дослідження гомологічних поліпептидів, що беруть участь в розкладанні хітину, дозволяють прогнозувати, що поліпептиди GH61 можуть використовувати механізм окислювального гідролізу, який вимагає присутності субстрату-донора електронів і в якому беруть участь двовалентні іони металів (Vaaje-Kolstad, 2010, Science, 330(6001), 219-22). Це узгоджується зі спостереженням, що синергічний ефект поліпептидів GH61 на розкладання лігноцелюлозного субстрату залежить від двовалентних іонів (Harris et al. 2010, Biochemistry, 49(15):3305-16). Число доступних структур поліпептидів GH61 з двовалентними атомами пов'язане з числом консервативних амінокислотних залишків (Karkehabadi, 2008, J. Mol. Biol., 383(1):144-54; Harris et al. 2010, Biochemistry, 49(15):3305-16). Повідомлялося, що поліпептиди GH61 мають плоску поверхню в ділянці зв'язування металу, яка утворена консервативними залишками і може брати участь в зв'язуванні субстрату (Karkehabadi, 2008, J. Mol. Biol., 383(1):144-54). У даному розкритті представлені поліпептиди, що мають GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид), які можуть являти собою ендоглюканазу GH61 або ендоглюканазу IV ("EG IV") з різних видів або також можуть являти собою поліпептид з різних видів, відповідний (який виявляє загальну гомологію з, який має однакові функціональні домени, який має однаковий мотив(и) GH61 і/або який має однакові консервативні залишки з) ендоглюканазі GH61 (наприклад, поліпептид Eg4 Trichoderma reesei). Такі види включають Trichoderma, Humicola, Fusarium, Aspergillus, Neurospora, Penicillium, Cephalosporium, Achlya, Podospora, Endothia, Mucor, Cochliobolus, Pyricularia, Chrysosporium, Aspergillus awamori, Aspergillus fumigatus, Aspergillus foetidus, Aspergillus japonicus, Aspergillus nidulans, Aspergillus niger, Aspergillus oryzae, Chrysosporium lucknowense, Fusarium bactridioides, Fusarium cerealis, Fusarium crookwellense, Fusarium culmorum, Fusarium graminearum, Fusarium graminum, Fusarium heterosporum, Fusarium negundi, Fusarium oxysporum, Fusarium reticulatum, Fusarium roseum, Fusarium sambucinum, Fusarium sarcochroum, Fusarium sporotrichioides, Fusarium sulphureum, Fusarium torulosum, Fusarium trichothecioides, Fusarium venenatum, Bjerkandera adusta, Ceriporiopsis aneirina, Ceriporiopsis aneirina, Ceriporiopsis caregiea, Ceriporiopsis gilvescens, Ceriporiopsis pannocinta, Ceriporiopsis rivulosa, Ceriporiopsis subrufa, Ceriporiopsis subvermispora, Coprinus cinereus, Coriolus hirsutus, Humicola insolens, Humicola lanuginosa, Mucor miehei, Myceliophthora thermophila, Neurospora crassa, Neurospora intermedia, Penicillium purpurogenum, Penicillium canescens, Penicillium solitum, Penicillium funiculosum, Phanerochaete chrysosporium, Phlebia radiate, Pleurotus eryngii, Talaromyces flavus, Thielavia terrestris, Trametes villosa, Trametes versicolor, Trichoderma harzianum, Trichoderma koningii, Trichoderma longibrachiatum, Trichoderma reesei, Trichoderma viride, Geosmithia emersonii або G. stearothermophilus. Поліпептиди, що мають GH61/ендоглюканазну активність, включають ряд ендоглюканаз GH61, перерахованих на фігурі 1. Наприклад, придатні ендоглюканази GH61 включають ендоглюканази, що містять амінокислотні послідовності, які характеризуються щонайменше приблизно 60 % ідентичності з різними послідовностями, перерахованими на фігурі 1, включаючи, наприклад, такі, які представлені їх номерами доступу в GenBank CAB97283.2, CAD70347.1, CAD21296.1, CAE81966.1, CAF05857.1, EAA26873.1, EAA29132.1, EAA30263.1, EAA33178.1, EAA33408.1, EAA34466.1, EAA36362.1, EAA29018.1 і EAA29347.1, або St61 з S. thermophilum 24630, St61A з S. thermophilum 23839c, St61B з S. thermophilum 46583, St61D з S. thermophilum 80312, Afu61a з А. fumigatus Afu3g03870 (NCBI Ref: XP_748707), ендоглюканазу з NCBI: XP_750843.1 з А. fumigatus Afu6g09540, ендоглюканазу з А. fumigatus EDP47167, ендоглюканазу з Т. terrestris 16380, ендоглюканазу з Т. terrestris 155418, ендоглюканазу з Т. terrestris 68900, Cg61A (номер доступу EAQ86340.1) з С. globosum, Eg7 T. reesei, Eg4 T. reesei і ендоглюканазу з номером доступу в GenBank XP_752040 з А. fumigatus Af293. У деяких аспектах придатний поліпептид ендоглюканази GH61 за даним винаходом містить амінокислотну послідовність, що характеризується щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %) ідентичності послідовності з будь-якою з SEQ ID NO:1-29 і 148. У 21 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 деяких аспектах придатний поліпептид ендоглюканази GH61 за даним винаходом містить один або декілька мотивів амінокислотних послідовностей, вибраних з: (1) SEQ ID NO:84 і 88; (2) SEQ ID NO:85 і 88; (3) SEQ ID NO:86; (4) SEQ ID NO:87; (5) SEQ ID NO:84, 88 і 89; (6) SEQ ID NO:85, 88 і 89; (7) SEQ ID NO:84, 88 і 90; (8) SEQ ID NO:85, 88 і 90; (9) SEQ ID NO:84, 88 і 91; (10) SEQ ID NO:85, 88 і 91; (11) SEQ ID NO:84, 88, 89 і 91; (12) SEQ ID NO:84, 88, 90 і 91; (13) SEQ ID NO:85, 88, 89 і 91; і (14) SEQ ID NO:85, 88, 90 і 91. Поліпептид може складати щонайменше 100 (наприклад, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 200, 220, 250 або більше) залишків в довжину. Поліпептиди, що мають GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид), представлені в даному документі, можуть також являти собою варіант ендоглюканази GH61, наприклад який-небудь з поліпептидів з амінокислотними послідовностями, представленими на фігурі 1 даного розкриття. Наприклад, придатні ендоглюканази GH61 включають такі, які представлені їх номерами доступу в GenBank CAB97283.2, CAD70347.1, CAD21296.1, CAE81966.1, CAF05857.1, EAA26873.1, EAA29132.1, EAA30263.1, EAA33178.1, EAA33408.1, EAA34466.1, EAA36362.1, EAA29018.1 і EAA29347.1, або St61 з S. thermophilum 24630, St61A з S. thermophilum 23839c, St61B з S. thermophilum 46583, St61D з S. thermophilum 80312, Afu61a з А. fumigatus Afu3g03870 (NCBI Ref: XP_748707), ендоглюканазу з NCBI: XP_750843.1 з А. fumigatus Afu6g09540, ендоглюканазу з А. fumigatus EDP47167, ендоглюканазу з Т. terrestris 16380, ендоглюканазу з Т. terrestris 155418, ендоглюканазу з Т. terrestris 68900, Cg61A (EAQ86340.1) з С. globosum, Eg7T. reesei, Eg4 T. reesei і ендоглюканазу з номером доступу в GenBank: XP_752040 з Af293A. fumigatus. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид), являє собою варіант EG IV. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, виділений поліпептид), являє собою варіант ендоглюканази GH61, при цьому варіант має амінокислотну послідовність, що характеризується щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 %) ідентичності з будь-якою з SEQ ID NO:1-29 і 148. Здійснювалося вирівнювання з використанням амінокислотних послідовностей SEQ ID NO:129 і 148, і результат вирівнювання послідовностей показаний на фігурі 3. На фігурі 2 показані проценти ідентичності і розходження, одержані в результаті порівняння амінокислотних послідовностей поліпептидів. Вирівнювання послідовностей показало, що у поліпептидів ендоглюканази GH61 певні мотиви послідовностей є однаковими, і ці мотиви показані на фігурі 7 даного розкриття. Відповідно, в даному розкритті представлені поліпептиди (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні поліпептиди), що мають GH61/ендоглюканазну активність, які можуть являти собою ендоглюканазу GH61 або її варіанти, і варіант може містити щонайменше один мотив (щонайменше будь-яке число мотивів з 2, 3, 4, 5, 6, 7 або 8), вибраний з SEQ ID NO:84-91. Кожне "а" в мотивах послідовностей з SEQ ID NO:84-91 (які описані на фігурі 7) представляє амінокислоту, яка може являти собою яку-небудь з: аланіну, аргініну, аспарагіну, аспарагінової кислоти, цистеїну, глутамінової кислоти, глутаміну, гліцину, гістидину, ізолейцину, лейцину, лізину, метіоніну, фенілаланіну, проліну, серину, треоніну, триптофану, тирозину або валіну. Наприклад, в деяких аспектах, в даному розкритті представлені поліпептиди (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні поліпептиди), що містять щонайменше один мотив послідовностей, таких як щонайменше одна (наприклад, 2, 3, 4, 5, 6, 7 або 8) з SEQ ID NO:84, 85, 86, 87, 88, 89, 90 і 91. У деяких аспектах в даному розкритті представлені поліпептиди (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні поліпептиди), що містять один або декілька мотивів послідовностей, вибраних з групи, що складається з: (1) SEQ ID NO:84 і 88; (2) SEQ ID NO:85 і 88; (3) SEQ ID NO:86; (4) SEQ ID NO:87; (5) SEQ ID NO:84, 88 і 89; (6) SEQ ID NO:85, 88 і 89; (7) SEQ ID NO:84, 88 і 90; (8) SEQ ID NO:85, 88 і 90; (9) SEQ ID NO:84, 88 і 91; (10) SEQ ID NO:85, 88 і 91; (11) SEQ ID NO:84, 88, 89 і 91; (12) SEQ ID NO:84, 88, 90 і 91; (13) SEQ ID NO:85, 88, 89 і 91; і (14) SEQ ID NO:85, 88, 90 і 91, з областю з щонайменше приблизно 10, наприклад щонайменше приблизно 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325 або 350, залишків або зі всією довжиною незрілого поліпептиду, всією довжиною зрілого поліпептиду, всією довжиною консервативного домену і/або всією довжиною CBM. Консервативний домен може являти собою передбачений каталітичний домен ("CD"). Ілюстративні поліпептиди також включають фрагменти, що складають щонайменше приблизно 10, наприклад щонайменше приблизно 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550 або 600, залишків в довжину. Фрагменти можуть містити консервативний домен і/або CBM. Якщо фрагмент містить 22 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 консервативний домен і CBM ферменту, то фрагмент необов'язково включає лінкер, що розділяє ці два домени. Лінкер може являти собою нативний лінкер або гетерологічний лінкер. У деяких аспектах поліпептид має GH61/ендоглюканазну активність. У деяких аспектах поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, являє собою ендоглюканазу GH61 або її варіант, фермент, що містить яку-небудь з SEQ ID NO:1-29 і 148, або його варіант, EG IV або його варіант або Eg4 T. reesei або його варіант. Описаний тут варіант має ендоглюканазну активність. Поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (включаючи його варіант), може містити домен CBM (наприклад, функціональний домен CBM). Поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (включаючи його варіант), може містити каталітичний домен (наприклад, функціональний каталітичний домен). Eg4 T. reesei являє собою поліпептид ендоглюканази GH61. Амінокислотна послідовність Eg4 T. reesei (SEQ ID NO:27) показана на фігурах 1, 4B і 5. SEQ ID NO:27 є послідовністю незрілого Eg4 T. reesei. Eg4 T. reesei має передбачену сигнальну послідовність, відповідну залишкам 1-21 SEQ ID NO:27 (виділено підкресленням); передбачається, що відщеплення сигнальної послідовності приведе до одержання зрілого поліпептиду, що має послідовність, відповідну залишкам 22-344 SEQ ID NO:27. Передбачені консервативні домени відповідають залишкам 22-256 і 307-343 SEQ ID NO:27, причому останній являє собою передбачений вуглеводзв'язувальний домен (CBM). Eg4 T. reesei має ендоглюканазну активність, як було показано, наприклад, в ферментному аналізі із застосуванням карбоксиметилцелюлози як субстрату. Способи вимірювання ендоглюканазної активності також відомі фахівцю в даній галузі. У даному розкритті додатково представлений варіант поліпептиду Eg4 Trichoderma reesei, який може містити послідовність, що характеризується щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно 65 %, 70 %, 71 %, 72 %, 73 %, 74 %, 75 %, 76 %, 77 %, 78 %, 79 %, 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 %) ідентичності послідовності відносно щонайменше приблизно 50 (наприклад, щонайменше приблизно 55, 60, 65, 70, 75, 100, 125, 150, 175, 200, 250 або 300) суміжних амінокислотних залишків серед залишків 22-344 SEQ ID NO:27. Наприклад, в даному розкритті представлені варіанти поліпептиду Eg4 T. reesei. Такі варіанти можуть характеризуватися щонайменше приблизно 70 % (наприклад, щонайменше приблизно 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 88 %, 90 %, 92,5 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 %) ідентичності відносно залишків 22-344 SEQ ID NO:27. Поліпептид або його варіант може бути виділеним. Поліпептид або його варіант може мати ендоглюканазну активність. Передбачалося, що залишки H22, H107, H184, Q193 і Y195 Eg4 T. reesei функціонують як залишки-координатори металів; залишки D61 і G63, як передбачалося, є консервативними поверхневими залишками; а залишок Y232, як передбачалося, бере участь в активності ферменту, виходячи з вирівнювання амінокислотної послідовності ряду відомих ендоглюканаз, наприклад ендоглюканази з Т. terrestris (номер доступу ACE10234, також званої в даному документі "TtEG") (SEQ ID NO:29) і іншої ендоглюканази Eg7 (номер доступу ADA26043.1) з Т. reesei (також звана в даному документі "TrEGb" або "TrEG7"), з Eg4 T. reesei (див. фігуру 5). Передбачені консервативні залишки в Eg4 A T. reesei показані на фігурах 6A і 6B. Варіант поліпептиду Eg4 T. reesei може бути незміненим в порівнянні з нативним Eg4 T. reesei в залишках H22, H107, H184, Q193, Y195, D61, G63 і Y232. Варіант поліпептиду Eg4 T. reesei може бути незміненим в щонайменше 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % або 99 % амінокислотних залишків, які є консервативними серед TrEGb, TtEG і Eg4 T. reesei, як показано у вирівнюванні на фігурі 5. Варіант поліпептиду Eg4 T. reesei може містити цілі передбачені консервативні домени нативного Eg4 T. reesei. Дивись фігури 5 і 6. Ілюстративний варіант поліпептиду Eg4 T. reesei містить послідовність, що характеризується щонайменше приблизно будь-якими з 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % або 100 % ідентичності з послідовністю зрілого Eg4 T. reesei, показаною на фігурі 4B (наприклад, залишки 22-344 SEQ ID NO:27). У деяких аспектах варіант поліпептиду Eg4 T. reesei має ендоглюканазну активність (наприклад, ендоглюканази IV (EG IV)). У деяких аспектах варіант поліпептиду Eg4 T. reesei має ендоглюканазну активність і містить амінокислотну послідовність, що характеризується щонайменше приблизно будь-якими з 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % або 100 % ідентичності послідовності з амінокислотною послідовністю SEQ ID NO:27 або відносно залишків (i) 22-255, (ii) 22-343, (iii) 307-343, (iv) 307-344 або (v) 22-344 SEQ ID NO:27. 23 UA 115306 C2 5 10 15 У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить залишки, відповідні щонайменше приблизно 3 залишкам (наприклад, щонайменше приблизно 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 або 12) з H22, D61, G63, C77, H107, R177, E179, H184, Q193, C198, Y195 і Y232 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить залишки, відповідні залишкам H22, D61, G63, C77, H107, R177, E179, H184, Q193, C198, Y195 і Y232 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить залишки, відповідні щонайменше приблизно 3 залишкам (наприклад, щонайменше приблизно 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 або 19) з G313, Q314, C315, G316, G317, S321, G322, P323, T324, C326, A327, T331, C332, N336, Y338, Y339, Q341, C342 і L343 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить залишки, відповідні G313, Q314, C315, G316, G317, S321, G322, P323, T324, C326, A327, T331, C332, N336, Y338, Y339, Q341, C342 і L343 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить домен CBM (наприклад, функціональний домен CBM). У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить каталітичний домен (наприклад, функціональний каталітичний домен). Придатний поліпептид має ендоглюканазну активність. Варіант ендоглюканази GH61, ендоглюканази, що містить яку-небудь з SEQ ID NO:1-29 і 148, EG IV або поліпептид Eg4 Trichoderma reesei можна створити із застосуванням амінокислотної заміни. Консервативні амінокислотні заміни наведені в таблиці нижче під заголовком "консервативні заміни". Заміни можуть також являти собою ілюстративну заміну, представлену в таблиці нижче. 20 Таблиця 1 Амінокислотні заміни Вихідні залишки Ala (А) Arg (R) Asn (N) Asp (D) Cys (С) Gln (Q) Glu (Е) Gly (G) His (Н) Ile (I) Leu (L) Lys (K) Met (M) Phe (F) Pro (Р) Ser (S) Thr (Т) Trp (W) Tyr (Y) Val (V) 25 30 Консервативні заміни Val Lys Gln Glu Ser Asn Asp Ala Arg Leu Ile Arg Leu Tyr Ala Thr Ser Tyr Phe Leu Ілюстративні заміни Val; Leu; Ile Lys; Gln; Asn Gln; His; Asp, Lys; Arg Glu; Asn Ser; Ala Asn; Glu Asp; Gln Ala Asn; Gln; Lys; Arg Leu; Val; Met; Аla; Phe; норлейцин норлейцин; Ile; Val; Met; Ala; Phe Arg; Gln; Asn Leu; Phe; Ile Leu; Val; Ile; Аla; Tyr Ala Thr Ser Tyr; Phe Trp; Phe; Thr; Ser Ile; Leu; Met; Phe; Ala; норлейцин Суттєві модифікації ферментативних властивостей поліпептидів здійснюють шляхом вибору таких замін, які значно відрізняються по їх впливу на збереження (a) структури каркаса поліпептиду в області заміщення, наприклад, зі складчастою або спіральною конформацією, (b) заряду або гідрофобності молекули в цільовій ділянці, або (с) маси бічного ланцюга. Залишки, що зустрічаються в природі, розділені на групи на основі загальних властивостей бічних ланцюгів: (1) неполярні: норлейцин, Met, Ala, Val, Leu, Ile; (2) полярні незаряджені: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln; (3) кислотні (негативно заражені): Asp, Glu; (4) основні (позитивно заряджені): Lys, Arg; (5) залишки, які впливають на орієнтацію ланцюга: Gly, Pro; і (6) ароматичні: Trp, Tyr, Phe, His. 24 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Неконсервативні заміни здійснюють шляхом заміни члена одного з цих класів на інший клас. Який-небудь цистеїновий залишок, що не бере участь в підтриманні належної конформації поліпептиду, також можна замінювати, як правило серином, для поліпшення окислювальної стабільності молекули і запобігання аберантному поперечному зшиванню. І навпаки, зв'язок(ки) між цистеїнами можна додавати до поліпептиду для підвищення його стабільності. У деяких аспектах поліпептид (наприклад, виділений, синтезований або рекомбінантний поліпептид), що має GH61/ендоглюканазну активність, являє собою злитий або химерний поліпептид, який включає домен поліпептиду за даним розкриттям, прикріплений до одного або декількох злитих сегментів, які, як правило, є гетерологічними відносно поліпептиду (наприклад, одержаними з джерел, відмінних від поліпептиду за даним розкриттям). Придатні злиті або химерні сегменти включають, без обмеження, сегменти, які можуть підвищувати стабільність поліпептиду, забезпечувати іншу бажану біологічну активність або підвищені рівні бажаної біологічної активності і/або сприяти очищенню поліпептиду (наприклад, при афінній хроматографії). Придатний злитий сегмент може являти собою домен будь-якого розміру, який має бажану функцію (наприклад, надає підвищену стабільність, розчинність, дію або біологічну активність і/або спрощує очищення поліпептиду). Злитий або гібридний поліпептид за даним винаходом можна сконструювати з двох або декількох гібридних або химерних сегментів, кожний з яких або щонайменше два з яких одержані з іншого джерела або мікроорганізму. Злиті або химерні сегменти можна приєднувати до амінокінця і/або карбоксильного кінця домену(ів) поліпептиду за даним розкриттям. Злиті сегменти можуть бути сприйнятливими до розщеплення. Така сприйнятливість може мати деякі переваги, наприклад вона, може зробити можливим пряме відновлення білка, що представляє інтерес. Злиті поліпептиди можна одержувати шляхом культивування рекомбінантних клітин, трансфікованих злитою нуклеїновою кислотою, яка кодує поліпептид, що включає злитий сегмент, прикріплений або до карбоксильного, або до амінотермінального кінця, або злиті сегменти, прикріплені як до карбоксильного, так і до амінотермінального кінців поліпептиду або його домену. Відповідно, поліпептиди за даним розкриттям також включають продукти експресії злиття генів (наприклад, надекспресована, розчинна і активна форма продукту експресії), мутантних генів (наприклад, генів з модифікаціями кодонів для підвищення генної транскрипції і трансляції) і усічених генів (наприклад, генів, у яких сигнальні послідовності видалені або замінені гетерологічною сигнальною послідовністю). Глікозилгідролази, які використовують нерозчинні субстрати, часто є модульними ферментами. Вони можуть містити каталітичні модулі, приєднані до одного або декількох некаталітичних вуглеводзв'язувальних доменів (CBM). Вважається, що в природі CBM сприяють взаємодії глікозилгідролази з полісахаридом цільового субстрату. Таким чином, в даному розкритті представлені химерні ферменти, що мають змінену субстратну специфічність; включаючи, наприклад, химерні ферменти з множинними субстратами за рахунок "сплайсованих" гетерологічних CBM. Гетерологічні CBM химерних ферментів за даним розкриттям можна також розробити як модульні так, що вони приєднані до каталітичного модуля або каталітичного домену ("CD", наприклад, в активному центрі), який може бути або гетерологічним, або гомологічним відносно глікозилгідролази. Таким чином, в даному розкритті представлені пептиди і поліпептиди, що складаються з або містять модулі CBM/CD, які можуть бути гомологічно спареними або сполученими з формуванням химерних (гетерологічних) пар CBM/CD. Таким чином, ці химерні поліпептиди/білки можна застосовувати для поліпшення або зміни характеристики ферменту, що представляє інтерес. У деяких аспектах представлений поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність, який містить щонайменше один CD і/або CBM якого-небудь з поліпептидів з послідовностями, показаними на фігурі 1 даного розкриття. Наприклад, придатні поліпептиди ендоглюканази GH61 фігури 1 включають такі, які представлені їх номерами доступу в GenBank CAB97283.2, CAD70347.1, CAD21296.1, CAE81966.1, CAF05857.1, EAA26873.1, EAA29132.1, EAA30263.1, EAA33178.1, EAA33408.1, EAA34466.1, EAA36362.1, EAA29018.1 і EAA29347.1, або St61 з S. thermophilum 24630, St61A з S. thermophilum 23839c, St61B з S. thermophilum 46583, St61D з S. thermophilum 80312, Afu61a з А. fumigatus Afu3g03870 (NCBI Ref: XP_748707), ендоглюканаза з NCBI Ref: XP_750843.1 з А. fumigatus Afu6g09540, ендоглюканаза з А. fumigatus EDP47167, ендоглюканаза з Т. terrestris 16380, ендоглюканаза з Т. terrestris 155418, ендоглюканаза з Т. terrestris 68900, Cg61A (EAQ86340.1) з С. globosum, Eg7 T. reesei, Eg4 T. reesei і ендоглюканаза з номером доступу в GenBank: XP_752040 з А. fumigatus Af293. Придатний поліпептид може являти собою злитий поліпептид, що містить функціональні домени з двох або декількох різних поліпептидів (наприклад, CBM одного поліпептиду, сполучений з CD іншого поліпептиду). 25 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Поліпептиди за даним розкриттям можна відповідно одержувати і/або використовувати в "практично очищеній" формі. Наприклад, поліпептид даного розкриття складає щонайменше приблизно 80 ваг. % (наприклад, щонайменше приблизно 85 ваг. %, 90 ваг. %, 91 ваг. %, 92 ваг. %, 93 ваг. %, 94 ваг. %, 95 ваг. %, 96 ваг. %, 97 ваг. %, 98 ваг. % або 99 ваг. %) від загальної кількості білка в даній композиції, яка також включає інші інгредієнти, такі як буфер або розчин. Також поліпептиди за даним розкриттям можна відповідно одержувати і/або використовувати в культуральних бульйонах (наприклад, культуральний бульйон з нитчастих грибів). Культуральний бульйон може являти собою розроблену ферментну композицію, наприклад культуральний бульйон можна одержати за допомогою рекомбінантної клітинихазяїна, розробленої для експресії гетерологічного поліпептиду за даним розкриттям, або рекомбінантної клітини-хазяїна, розробленої для експресії ендогенного поліпептиду за даним розкриттям у більших або менших кількостях, ніж рівні ендогенної експресії (наприклад, в кількості, яка в 1, 2, 3, 4, 5 або більше разів більше або менше, ніж рівні ендогенної експресії). Крім того, культуральні бульйони можна одержувати за допомогою певних "інтегрованих" штамів клітин-хазяїнів, які розроблені для експресії ряду поліпептидів за даним розкриттям в бажаних співвідношеннях. Нуклеїнові кислоти, касети експресії, вектори і клітини-хазяїни У даному розкритті представлені нуклеїнові кислоти (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні нуклеїнові кислоти), кодуючі представлені вище поліпептиди, наприклад поліпептиди, що мають GH61/ендоглюканазну активність, ендоглюканазу GH61 або її варіант, EG IV або його варіант, Eg4 T. reesei або його варіант. У деяких аспектах в даному розкритті представлені нуклеїнові кислоти (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні нуклеїнові кислоти), кодуючі поліпептид, що містить яку-небудь з SEQ ID NO:1-29 і 148, або поліпептид, що характеризується щонайменше приблизно 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % або 100 % ідентичності з якою-небудь з SEQ ID NO:1-29 і 148. У деяких аспектах в даному розкритті представлені нуклеїнові кислоти (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні нуклеїнові кислоти), кодуючі який-небудь з поліпептидів, що мають GH61/ендоглюканазну активність (включаючи варіант ендоглюканази GH61), які містять один або декілька мотивів послідовностей, вибраних з: (1) SEQ ID NO:84 і 88; (2) SEQ ID NO:85 і 88; (3) SEQ ID NO:86; (4) SEQ ID NO:87; (5) SEQ ID NO:84, 88 і 89; (6) SEQ ID NO:85, 88 і 89; (7) SEQ ID NO:84, 88 і 90; (8) SEQ ID NO:85, 88 і 90; (9) SEQ ID NO:84, 88 і 91; (10) SEQ ID NO:85, 88 і 91; (11) SEQ ID NO:84, 88, 89 і 91; (12) SEQ ID NO:84, 88, 90 і 91; (13) SEQ ID NO:85, 88, 89 і 91; і (14) SEQ ID NO:85, 88, 90 і 91. У даному розкритті додатково представлені нуклеїнові кислоти (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні нуклеїнові кислоти), кодуючі поліпептид, що має GH61/ендоглюканазну активність (включаючи варіант ендоглюканази GH61), який містить домен CBM (наприклад, функціональний домен CBM) і/або каталітичний домен (наприклад, функціональний каталітичний домен). У даному розкритті додатково представлені нуклеїнові кислоти (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні нуклеїнові кислоти), кодуючі варіанти поліпептиду Eg4 T. reesei. Такі варіанти можуть характеризуватися щонайменше приблизно 60 % (наприклад, щонайменше приблизно будь-якими з 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 88 %, 90 %, 92,5 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 %) ідентичності послідовності із залишками 22-344 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах поліпептид або його варіант має ендоглюканазну активність. Поліпептид або його варіант може містити залишки, відповідні щонайменше приблизно 5 залишкам (наприклад, щонайменше приблизно будь-якому числу залишків з 6, 7, 8, 9, 10, 11 або 12) з H22, D61, G63, C77, H107, R177, E179, H184, Q193, C198, Y195 і Y232 SEQ ID NO:27. Поліпептид або його варіант може містити залишки, відповідні H22, D61, G63, C77, H107, R177, E179, H184, Q193, C198, Y195 і Y232 SEQ ID NO:27. Поліпептид або його варіант може містити залишки, відповідні щонайменше 5 залишкам (наприклад, щонайменше приблизно будь-якому числу залишків з 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 або 19) з G313, Q314, C315, G316, G317, S321, G322, P323, T324, C326, A327, T331, C332, N336, Y338, Y339, Q341, C342 і L343 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах поліпептид або його варіант містить залишки, відповідні G313, Q314, C315, G316, G317, S321, G322, P323, T324, C326, A327, T331, C332, N336, Y338, Y339, Q341, C342 і L343 SEQ ID NO:27. У даному розкритті представлені нуклеїнові кислоти (наприклад, виділені, синтетичні або рекомбінантні нуклеїнові кислоти), які містять послідовність нуклеїнової кислоти, що характеризується щонайменше приблизно 70 %, наприклад щонайменше приблизно будьякими з 71 %, 72 %, 73 %, 74 %, 75 %, 76 %, 77 %, 78 %, 79 %, 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %; 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 % 26 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 або повних (100 %), ідентичності з послідовністю нуклеїнової кислоти SEQ ID NO:30, в області з щонайменше приблизно 10, наприклад щонайменше приблизно будь-якого числа з 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 або 1050, нуклеотидів. У деяких аспектах в даному розкритті представлені нуклеїнові кислоти, кодуючі який-небудь з представлених в даному документі поліпептидів. Також в цьому документі представлені виділені нуклеїнові кислоти, що характеризуються щонайменше приблизно 80 % (наприклад, щонайменше приблизно будь-якими з 85 %, 88 %, 90 %, 92,5 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 %) ідентичності з SEQ ID NO:30. У деяких аспектах представлена нуклеїнова кислота (наприклад, виділена, синтетична або рекомбінантна нуклеїнова кислота), кодуюча поліпептид, який містить амінокислотну послідовність, що характеризується щонайменше 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % або 100 % ідентичності послідовності з амінокислотною послідовністю SEQ ID NO:27 або із залишками (i) 22-255, (ii) 22-343, (iii) 307-343, (iv) 307-344 або (v) 22-344 SEQ ID NO:27. У деяких аспектах представлена нуклеїнова кислота (наприклад, виділена, синтетична або рекомбінантна нуклеїнова кислота), що характеризується щонайменше 70 % (наприклад, щонайменше 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % або більше) ідентичності послідовності з SEQ ID NO:30, або нуклеїнова кислота, здатна до гібридизації в умовах високої жорсткості з послідовністю комплементарної SEQ ID NO:30 або з її фрагментом. Використовуваний в даному документі вираз "гібридизує в умовах низької жорсткості, середньої жорсткості, високої жорсткості або дуже високої жорсткості" описує умови для гібридизації і промивання. Керівництво для проведення реакцій гібридизації може бути знайдене в Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6. Водні і неводні способи описані в даній роботі, і можна застосовувати будь-який спосіб. Специфічними умовами гібридизації, вказаними в даному документі, є наступні: 1) умови гібридизації низької жорсткості в 6X хлориду натрію/цитрату натрію (SSC) при приблизно 45 °C з подальшими двома промиваннями в 0,2X SSC, 0,1 % SDS щонайменше при 50 °C (температуру промивання можна збільшити до 55 °C для умов низької жорсткості); 2) умови гібридизації середньої жорсткості в 6X SSC при приблизно 45 °C з подальшими одним або декількома промиваннями в 0,2X SSC, 0,1 % SDS при 60 °C; 3) умови гібридизації високої жорсткості в 6X SSC при приблизно 45 °C з подальшими одним або декількома промиваннями в 0,2X SSC, 0,1 % SDS при 65 °C; і переважно 4) умовами гібридизації дуже високої жорсткості є 0,5M фосфату натрію, 7 % SDS при 65 °C з подальшими одним або декількома промиваннями в 0,2X SSC, 1 % SDS при 65 °C. Умови дуже високої жорсткості (4) є переважними умовами, якщо не вказане інше. У даному розкритті також представлені касети експресії і/або вектори, що містять яку-небудь з вищеописаних нуклеїнових кислот. Нуклеїнова кислота, кодуюча поліпептид, такий як фермент за даним розкриттям, може бути функціонально зв'язаною з промотором. Зокрема, якщо потрібна рекомбінантна експресія в нитчастих грибах-хазяїнах, промотор може бути промотором нитчастих грибів. Нуклеїнові кислоти можуть, наприклад, контролюватися гетерологічними промоторами. Нуклеїнові кислоти також можуть експресуватися під контролем конститутивних або індукованих промоторів. Приклади промоторів, які можна використовувати, включають, без обмеження, промотор целюлази, промотор ксиланази, промотор 1818 (раніше ідентифікований за допомогою EST-картування Trichoderma як білок з високим рівнем експресії). Наприклад, промотор може відповідно являти собою промотор целобіогідролази, ендоглюканази або β-глюкозидази. Особливо придатним промотором може бути, наприклад, промотор целобіогідролази, ендоглюканази або β-глюкозидази Т. reesei. Наприклад, промотором є промотор целобіогідролази I (cbh1). Необмежувальні приклади промоторів включають промотори CBH1, cbh2, Еgl1, Еgl2, Еgl3, Еgl4, Еgl5, Рki1, Gpd1, Xyn1 або Xyn2. Додаткові необмежувальні приклади промоторів включають промотори CBH1, CBH2, Еgl1, Еgl2, Еgl3, Еgl4, Еgl5, Рki1, Gpd1, Xyn1 або Xyn2 Т. reesei. Використовуваний в даному документі вираз "функціонально зв'язаний" означає, що вибрана нуклеотидна послідовність (наприклад, кодуюча поліпептид, описаний в даному документі) знаходиться поблизу промотору для забезпечення можливості промотору регулювати експресію вибраної ДНК. Крім того, промотор розташований перед вибраною нуклеотидною послідовністю відносно напряму транскрипції і трансляції. Під "функціонально зв'язаною" мається на увазі, що нуклеотидна послідовність і регуляторна послідовність(ості) сполучені таким чином, щоб забезпечити експресію гена при зв'язуванні відповідних молекул (наприклад, білків-активаторів транскрипції) з регуляторною послідовністю(остями). У даному розкритті додатково представлені клітини-хазяїни, які містять який-небудь з векторів полінуклеотидів або касет експресії, описаних в даному документі. У даному розкритті 27 UA 115306 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 також представлені клітини-хазяїни, які можна використовувати для експресії одного або декількох поліпептидів за даним розкриттям. Придатні клітини-хазяїни включають клітини будьякого мікроорганізму (наприклад, клітини бактерій, найпростіших, водоростей, грибів (наприклад, дріжджових або нитчастих грибів) або інших мікроорганізмів) і переважно являють собою клітини бактерій, дріжджів або нитчастих грибів. Придатні клітини-хазяїни бактеріальних родів включають, без обмеження, клітини Escherichia, Bacillus, Lactobacillus, Pseudomonas і Streptomyces. Придатні клітини бактеріальних видів включають, наприклад, клітини Escherichia coli, Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis, Lactobacillus brevis, Pseudomonas aeruginosa або Streptomyces lividans. Придатні клітини-хазяїни родів дріжджів включають, без обмеження, клітини Saccharomyces, Schizosaccharomyces, Candida, Hansenula, Pichia, Kluyveromyces і Phaffia. Придатні клітини видів дріжджів включають, без обмеження, клітини Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Candida albicans, Hansenula polymorpha, Pichia pastoris, Р. canadensis, Kluyveromyces marxianus і Phaffia rhodozyma. Придатні клітини-хазяїни нитчастих грибів включають всі нитчасті форми підрозділу Eumycotina. Придатні клітини родів нитчастих грибів включають, без обмеження, клітини Acremonium, Aspergillus, Aureobasidium, Bjerkandera, Ceriporiopsis, Chrysoporium, Coprinus, Coriolus, Corynascus, Chaertomium, Cryptococcus, Filobasidium, Fusarium, Gibberella, Humicola, Magnaporthe, Mucor, Myceliophthora, Mucor, Neocallimastix, Neurospora, Paecilomyces, Penicillium, Phanerochaete, Phlebia, Piromyces, Pleurotus, Scytaldium, Schizophyllum, Sporotrichum, Talaromyces, Thermoascus, Thielavia, Tolypocladium, Trametes і Trichoderma. Придатні клітини видів нитчастих грибів включають, без обмеження, клітини Aspergillus awamori, Aspergillus fumigatus, Aspergillus foetidus, Aspergillus japonicus, Aspergillus nidulans, Aspergillus niger, Aspergillus oryzae, Chrysosporium lucknowense, Fusarium bactridioides, Fusarium cerealis, Fusarium crookwellense, Fusarium culmorum, Fusarium graminearum, Fusarium graminum, Fusarium heterosporum, Fusarium negundi, Fusarium oxysporum, Fusarium reticulatum, Fusarium roseum, Fusarium sambucinum, Fusarium sarcochroum, Fusarium sporotrichioides, Fusarium sulphureum, Fusarium torulosum, Fusarium trichothecioides, Fusarium venenatum, Bjerkandera adusta, Ceriporiopsis aneirina, Ceriporiopsis aneirina, Ceriporiopsis caregiea, Ceriporiopsis gilvescens, Ceriporiopsis pannocinta, Ceriporiopsis rivulosa, Ceriporiopsis subrufa, Ceriporiopsis subvermispora, Coprinus cinereus, Coriolus hirsutus, Humicola insolens, Humicola lanuginosa, Mucor miehei, Myceliophthora thermophila, Neurospora crassa, Neurospora intermedia, Penicillium purpurogenum, Penicillium canescens, Penicillium solitum, Penicillium funiculosum, Phanerochaete chrysosporium, Phlebia radiate, Pleurotus eryngii, Talaromyces flavus, Thielavia terrestris, Trametes villosa, Trametes versicolor, Trichoderma harzianum, Trichoderma koningii, Trichoderma longibrachiatum, Trichoderma reesei і Trichoderma viride. У даному розкритті представлена клітина-хазяїн, наприклад рекомбінантна клітина-хазяїн гриба або рекомбінантний нитчастий гриб, розроблена для здійснення рекомбінантної експресії поліпептиду, що має GH61/ендоглюканазну активність (наприклад, Eg4 T. reesei або його варіант). У даному розкритті також представлена рекомбінантна клітина-хазяїн, наприклад рекомбінантна грибна клітина-хазяїн або рекомбінантний мікроорганізм, наприклад нитчастий гриб, такий як рекомбінантний Т. reesei, розроблена для здійснення рекомбінантної експресії поліпептидів Xyn3 T. reesei, Bgl1 T. reesei (який також називається "Tr3A"), Fv3A, Fv43D і Fv51. Наприклад, придатною рекомбінантною клітиною-хазяїном є клітина-хазяїн Т. reesei. Придатним рекомбінантним грибом є рекомбінантний Т. reesei. У даному описі представлена, наприклад, клітина-хазяїн Т. reesei, розроблена для здійснення рекомбінантної експресії поліпептидів Eg4 T. reesei, Xyn3 T. reesei, Bgl1 T. reesei, Fv3A, Fv43D і Fv51. У альтернативному варіанті, в даному розкритті також представлена рекомбінантна клітина-хазяїн або рекомбінантний мікроорганізм, якими є, наприклад, клітина-хазяїн Aspergillus (таких видів, як А. oryzae, А. niger) або рекомбінантний Aspergillus, розроблені для здійснення рекомбінантної експресії поліпептидів, описаних в даному документі. Додатково в даному розкритті представлена рекомбінантна клітина-хазяїн або рекомбінантний організм, які розроблені для експресії суміші ферментів, що містить придатні ферменти у співвідношеннях, придатних для оцукрювання. Рекомбінантною клітиною-хазяїном є, наприклад, грибна клітина-хазяїн або бактеріальна клітина-хазяїн. Рекомбінантним грибом є, наприклад, рекомбінантний Т. reesei, А. oryzae, А. niger або дріжджі. Рекомбінантною грибною клітиною-хазяїном може бути, наприклад, Т. reesei, А. oryzae, А. niger або клітина дріжджів. Рекомбінантною бактеріальною клітиною-хазяїном може бути, наприклад, клітина Bascillus subtilis або E. coli. Рекомбінантним бактеріальним організмом може бути, наприклад, Bascillus 28