Рослина, стійка до одного або більше ррх-інгібуючих гербіцидів, яка містить мутантний ген протопорфіриноген ix оксидази (ррх)

Формула / Реферат

1. Рослина, стійка до одного або більше РРХ-інгібуючих гербіцидів, яка містить мутантний ген протопорфіриноген IX оксидази (РРХ), яка відрізняється тим, що зазначений ген кодує білок, який містить мутацію у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO:1, і мутацію у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO:1.

2. Рослинна клітина, яка містить мутантний ген протопорфіриноген IX оксидази (РРХ), причому зазначений ген кодує білок, який містить мутацію у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO:1, і мутацію у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO:1.

3. Рослина або рослинна клітина за п. 1 або п. 2, яка відрізняється тим, що зазначена мутація у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO:1 вибрана з групи, яка складається з

заміни аргінін → цистеїн;

заміни аргінін → лейцин;

заміни аргінін → гістидин,

і при цьому мутація у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO:1 являє собою заміну аланін → треонін.

4. Рослина або рослинна клітина за будь-яким із пп. 1-3, яка відрізняється тим, що зазначений мутантний ген РРХ кодує білок, який містить мутації R144С і А220Т.

5. Рослина за будь-яким із пп. 1, 3 і 4, яка відрізняється тим, що зазначена рослина вибрана з групи, яка складається з картоплі, соняшнику, цукрового буряку, кукурудзи, бавовни, сої, пшениці, жита, вівса, рису, канолі, плодових рослин, овочів, тютюну, ячменю, сорго, томата, манго, персика, яблуні, груші, полуниці, банана, дині, моркви, салату, цибулі, видів сої, цукрової тростини, гороху, кормових бобів, тополі, винограду, цитрусових, люцерни, жита, вівса, дерноутворюючих і кормових трав, льону, олійного рапсу, огірка, в'юнка, бальзаміну, перцю, баклажана, чорнобривців, лотоса, капусти, айстрових, гвоздики, петунії, тюльпана, ірису, лілії та рослин, що дають горіхи, зокрема зазначена рослина належить до виду, вибраного з групи, яка складається з Solanum tuberosum, Oryza sativa і Zea mays, або зазначена рослина являє собою сорт картоплі Рассет Бербанк.

6. Рослина за будь-яким із пп. 1 і 3-5, яка відрізняється тим, що зазначена рослина є стійкою до одного або більше гербіцидів, які інгібують РРХ, таких як ацифлуорфен-Na, біфенокс, хлометоксифен, флуороглікофен-етил, фомесафен, галосафен, лактофен, оксифлуорфен, флуазолат, пірафлуфен-етил, цинідон-етил, флуміоксазин, флуміклорак-пентил, флутіацет-метил, тидіазимін, оксадіазон, оксадіаргіл, азафенідин, карфентразон-етил, сульфентразон, пентоксазон, бензфендизон, бутафенацил, сафлуфенацил, піразогіл, профлуазол, зокрема зазначена рослина є стійкою до одного або більше гербіцидів, вибраних із групи, яка складається з флуміоксазину, сульфентразону і сафлуфенацилу.

7. Рослина за будь-яким із пп. 1 і 3-6 або рослинна клітина за будь-яким із пп. 2-4, яка відрізняється тим, що зазначена рослина являє собою нетрансгенну рослину або зазначена рослинна клітина являє собою нетрансгенну рослинну клітину.

8. Спосіб одержання нетрансгенної рослинної клітини з мутантним геном РРХ, який включає введення до рослинної клітини олігонуклеотиду репарації генів (GRON) зі спрямованою мутацією в гені протопорфіриноген IX оксидази (РРХ) з одержанням рослинної клітини з геном РРХ, що експресує білок РРХ, який містить мутацію у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO:1 і мутацію у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO:1.

9. Спосіб за п. 8 для одержання стійкої до гербіцидів рослини, який додатково включає:

ідентифікацію рослинної клітини, швидкість росту та ділення якої у присутності гербіциду становить щонайменше 35 % від швидкості росту та ділення клітини відповідної рослини яка експресує білок РРХ дикого типу, і

регенерування нетрансгенної стійкої до гербіцидів рослини, яка містить мутантний ген РРХ, із зазначеної рослинної клітини.

10. Спосіб за п. 8 або п. 9, який відрізняється тим, що зазначена мутація у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO:1 вибрана з групи, яка складається з

заміни аргінін → цистеїн;

заміни аргінін → лейцин;

заміни аргінін → гістидин,

і при цьому мутація у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO:1 являє собою заміну аланін → треонін.

11. Спосіб за будь-яким із пп. 8-10, який відрізняється тим, що зазначений мутантний ген РРХ кодує білок, який містить мутації R144С і А220Т.

12. Спосіб за будь-яким із пп. 8-11, який відрізняється тим, що зазначена рослинна клітина являє собою клітину рослини, вибраної з групи, яка складається з картоплі, соняшнику, цукрового буряку, кукурудзи, бавовни, сої, пшениці, жита, вівса, рису, канолі, плодових рослин, овочів, тютюну, ячменю, сорго, томата, манго, персика, яблуні, груші, полуниці, банана, дині, моркви, салату, цибулі, видів сої, цукрової тростини, гороху, кормових бобів, тополі, винограду, цитрусових, люцерни, жита, вівса, дерноутворюючих і кормових трав, льону, олійного рапсу, огірка, в'юнка, бальзаміну, перцю, баклажана, чорнобривців, лотоса, капусти, айстрових, гвоздики, петунії, тюльпана, ірису, лілії та рослин, що дають горіхи, зокрема зазначена рослинна клітина належить до виду, вибраного з групи, яка складається з Solanum tuberosum, Oryza sativa, Sorghum bicolor, Ricinus communis, Brassica napus, Glycine max і Zea mays, або зазначена рослинна клітина являє собою сорт картоплі Рассет Бербанк.

13. Спосіб за будь-яким із пп. 8-12, який відрізняється тим, що зазначена рослина є стійкою до одного або більше гербіцидів, які інгібують РРХ, таких як ацифлуорфен-Na, біфенокс, хлометоксифен, флуороглікофен-етил, фомесафен, галосафен, лактофен, оксифлуорфен, флуазолат, пірафлуфен-етил, цинідон-етил, флуміоксазин, флуміклорак-пентил, флутіацет-метил, тидіазимін, оксадіазон, оксадіаргіл, азафенідин, карфентразон-етил, сульфентразон, пентоксазон, бензфендизон, бутафенацил, сафлуфенацил, піразогіл, профлуазол, зокрема зазначена рослина є стійкою до одного або більше гербіцидів, вибраних із групи, яка складається з флуміоксазину, сульфентразону і сафлуфенацилу.

Текст

Реферат: Даний винахід належить до стійких до РРХ-інгібуючих гербіцидів рослин, які містять мутантний ген протопорфіриноген IX оксидази (РРХ). Зазначений ген кодує білок, який містить мутацію у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO:1 та мутацію у положенні амінокислоти, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO:1. Запропоновані також композиції та способи, які стосуються генних і/або білкових мутацій трансгенних чи нетрансгенних рослин. UA 112969 C2 (12) UA 112969 C2 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 ОБЛАСТЬ ТЕХНІКИ [0001] Даний винахід відноситься щонайменше частково до мутацій генів і/або білків рослин. РІВЕНЬ ТЕХНІКИ [0002] Наступний опис наведений винятково для полегшення розуміння даного винаходу і не призначений для опису або представлення відомого рівня техніки. [0003] Є відомими приклади деяких мутацій у генах PPX рослин. Наприклад, у патенті США № 5767373 описані «еукаріотичні послідовності ДНК, які кодують нативну протопорфіриноген оксидазу (протокс) або модифіковані форми зазначеного ферменту, толерантні до гербіцидів»; у патенті США № 6282837 описані «еукаріотичні послідовності ДНК, які кодують нативну протопорфіриноген оксидазу (протокс) або модифіковані форми зазначеного ферменту, толерантні до гербіцидів, і спосіб контролювання бур'янів із застосуванням рослин із зміненою активністю протокса, яка надає толерантність до гербіцидів»; у патенті США № 6308458 описані «способи контролювання росту небажаної рослинності, які включають застосування ефективної кількості протокс-інгібуючого гербіциду до популяції трансгенних рослин або насіння рослин, трансформованих послідовністю ДНК, яка кодує модифікований протокс-фермент, толерантний до протокс-інгібуючого гербіциду, або до локусу, де культивується популяція зазначених трансгенних рослин або насіння рослин»; у патенті США № 6905852 описана «протопорфіриноген оксидаза, толерантна до фотознебарвлюючого гербіциду і його похідних, яка містить поліпептид із амінокислотною послідовністю, представленою SEQ ID No. 2 [білок PPX], або мутантні пептиди, які отримані з останньої шляхом делеції, додавання, заміни і т.д. однієї або більше амінокислоти вищевказаної амінокислотної послідовності і які мають активність, по суті еквівалентну активності протопорфіриноген оксидази»; у патенті США № описані «способи надання стійкості до протопорфіриноген-інгібуючих гербіцидів сільськогосподарським рослинам. Стійкість надають за допомогою генної інженерії зазначених рослин для експресування ними клонованої ДНК, яка кодує протопорфіриноген оксидазу, стійку до порфірових гербіцидів»; у опублікованій заявці на патент США № 20020086395 описаний «спосіб оцінки здатності сполуки інгібувати активність протопорфіриноген оксидази, який включає етапи: (1) культивування трансформанта, який експресує ген протопорфіриноген оксидази, присутній у фрагменті ДНК, в середовищі, яке по суті не містить протогемних сполук у кожній порівняльній системі при присутності й при відсутності тестованої сполуки для оцінки швидкості росту зазначеного трансформанта при кожній умові; зазначений трансформант походить від хазяйської клітини з недостатньою здатністю до росту на основі активності протопорфіриноген оксидази, трансформованої фрагментом ДНК, в якому промотор, здатний функціонувати в зазначеній хазяйській клітині, і ген протопорфіриноген оксидази функціонально пов'язані, і (2) визначення здатності зазначеної сполуки інгібувати активність протопорфіриноген оксидази шляхом порівняння швидкостей росту; і т.п.»; в Patzoldt WL et al., PNAS USA 103:12329-34 (2006) описана «делеція 3 п.о., відповідних кодону G210» PPX; і в Li X et al., Plant Physiology 133:736-47 (2003) описане «виділення рослинних генів протопорфіриноген оксидази (PPO) і виділення стійких до гербіцидів мутантів». Терміни PPO і PPX використовуються в даній заявці взаємозамінно. КОРОТКИЙ ОПИС ВИНАХОДУ [0004] Даний винахід відноситься щонайменше частково до способів і композицій у області мутацій генів і білків рослин. Згідно з деякими аспектами варіантів реалізації, даний винахід також може відноситися до композицій і способів одержання стійких до гербіцидів рослин. Способи і композиції, розкриті в даному описі, відносяться щонайменше частково до мутацій гена протопорфіриноген IX оксидази (PPX). [0005] Згідно з одним аспектом запропонована рослина або рослинна клітина, яка містить мутантний ген PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений мутантний ген PPX кодує мутантний білок PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, рослина, яка містить рослинну клітину, що містить мутантний ген PPX, може бути стійкою до гербіцидів; наприклад, стійкою до гербіциду, що інгібує PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослина або зазначена рослинна клітина є нетрансгенними. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослина або зазначена рослинна клітина є трансгенними. У даному винаході також запропоновані рекомбінантні вектори, які містять такі мутантні гени PPX, а також трансгенні рослини, які містять такі мутантні гени PPX. [0006] У даній заявці термін «ген PPX» відноситься до послідовності ДНК, здатної виробляти поліпептид PPX, який має амінокислотну гомологію і/або ідентичність із послідовністю амінокислот SEQ ID NO: 1 та/або кодує білок, який проявляє активність PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений ген PPX на 70 %; 75 %; 80 %; 85 %; 90 %; 95 %; 96 %; 97 %; 98 %; 99 %; або на 100 % ідентичний конкретному гену PPX; наприклад, мітохондріальним 1 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 генам PPX Рассет Бербанк, наприклад, StmPPX1 або StmPPX2; або, наприклад, пластидному гену PPX Рассет Бербанк, наприклад, StcPPX1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений ген PPX на 60 %; 70 %; 75 %; 80 %; 85 %; 90 %; 95 %; 96 %; 97 %; 98 %; 99 %; або на 100 % ідентичний послідовності, обраній із послідовностей на Фіг. 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 41 43 і 45. Згідно з деякими варіантами реалізації, ген PPX являє собою мітохондріальний ген PPX; наприклад, StmPPX1 або StmPPX2. Згідно з деякими варіантами реалізації, ген PPX являє собою пластидний ген PPX; наприклад, StcPPX1. Згідно з деякими варіантами реалізації, ген PPX являє собою алель мітохондріального гена PPX; наприклад, StmPPX2.1 або StmPPX2.2. Згідно з деякими варіантами реалізації, ген PPX являє собою алель пластидного гена PPX; наприклад, StcPPX1 або StcPPX1.1. У деяких рослин, таких як сідач коноплевий, білковий продукт одного гена PPX є і мітохондріальним, і пластидним згідно з описом в Patzoldt WL et al., PNAS USA 103:12329-34 (2006). [0007] У даній заявці термін «мутація» відноситься до зміни щонайменше одного нуклеотиду в послідовності нуклеїнової кислоти і/або зміни одиночної амінокислоти в поліпептиді в порівнянні з нормальною послідовністю або послідовністю дикого типу, або еталонною послідовністю, наприклад, SEQ ID NO: 1 або SEQ ID NO: 2. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутація відноситься до зміни щонайменше одного нуклеотиду в послідовності нуклеїнової кислоти і/або зміни однієї амінокислоти в поліпептиді в порівнянні з нуклеотидною або амінокислотною послідовністю білка PPX, нестійкого до гербіцидів. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутація може включати заміну, делецію, інверсію або вставку. Згідно з деякими варіантами реалізації, заміна, делеція, вставка або інверсія може включати зміну за 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 або 24 нуклеотидами. Згідно з деякими варіантами реалізації, заміна, делеція, вставка або інверсія може включати зміну за 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 або 8 положеннями амінокислот. Термін «нуклеїнова кислота» або «послідовність нуклеїнової кислоти» відноситься до олігонуклеотиду, нуклеотиду або полінуклеотиду та їхніх фрагментів або частин, які можуть бути одноланцюжковими або дволанцюжковими і представляти смислову або антисмислову нитку. Нуклеїнова кислота може включати ДНК або РНК і може бути природного або синтетичного походження. Наприклад, нуклеїнова кислота може включати мРНК або кДНК. Нуклеїнова кислота може включати нуклеїнову кислоту, яка була ампліфікована (наприклад, із застосуванням полімеразної ланцюгової реакції). Для вказівки мутації, яка призводить до заміни нуклеотиду дикого типу NTwt в положенні ### в нуклеїновій кислоті мутантним NTmut, використовують вираз «NTwt###NTmut». Однобуквений код для позначення нуклеотидів відповідає описаному в «Інструкції з порядку патентної експертизи патентного відомства США» (U.S. Patent Office Manual of Patent Examining Procedure), розділ 2422, таблиця 1. Відповідно, позначення нуклеотиду «R» означає пурин, такий як гуанін або аденін, «Y» означає піримідин, такий як цитозин або тимін (урацил у випадку РНК); «M» означає аденін або цитозин; «K» означає гуанін або тимін; і «W» означає аденін або тимін. [0008] У даній заявці термін «мутантний ген PPX» відноситься до гена PPX, який містить одну або більше мутацій за положеннями нуклеотидів відносно еталонної послідовності нуклеїнової кислоти PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX містить одну або більше мутацію в порівнянні з відповідною послідовністю PPX дикого типу. У даній заявці термін «дикий тип» може застосовуватися для позначення стандартного алеля в локусі або алеля, що зустрічається з найбільшою частотою в конкретній популяції. У деяких випадках алель дикого типу може бути представлений певною амінокислотною або нуклеїновокислотною послідовністю. Наприклад, пластидний білок PPX картоплі дикого типу може бути представлений SEQ ID NO: 7. Наприклад, мітохондріальний білок PPX картоплі дикого типу може бути представлений SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX містить одну або більше мутацій у порівнянні з еталонною послідовністю нуклеїнової кислоти PPX, наприклад, SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 41 43 або 45; або в гомологічних положеннях їхніх паралогів. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX модифікований за допомогою щонайменше однієї мутації. Згідно з іншими варіантами реалізації, мутантний ген PPX модифікований за допомогою щонайменше двох мутацій. Згідно з іншими варіантами реалізації, мутантний ген PPX модифікований за допомогою щонайменше трьох мутацій. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує мутантний білок PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX включає дві або більше мутації послідовності нуклеїнової кислоти, обрані з таблиць 2, 3a і 3b. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує один або більше мутантний мітохондріальний білок PPX. Згідно з іншими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує один або більше мутантний пластидний білок PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, 2 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 мутантний ген PPX являє собою мутантний мітохондріальний ген PPX; наприклад, мутантний StmPPX1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX являє собою мутантний мітохондріальний ген PPX; наприклад, мутантний StmPPX2. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX являє собою мутантний пластидний ген PPX; наприклад, мутантний StcPPX1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX являє собою алель мутантного мітохондріального гена PPX; наприклад, мутантного StmPPX2.1 або мутантного StmPPX2.2. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX являє собою алель мутантного пластидного гена PPX; наприклад, мутантного StcPPX1 або мутантного StcPPX1.1. Згідно з деякими варіантами реалізації, щонайменше одна мутація є присутньою в пластидному гені PPX і щонайменше одна мутація є присутньою в мітохондріальному гені PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, одна або більше мутація в гені PPX призводить до гербіцидостійкості; наприклад, стійкості до гербіциду, що інгібує PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує мутантний білок PPX, який підвищує стійкість до одного або більше гербіцидів у порівнянні з еталонним білком PPX. [0009] Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені мутації в мутантному гені PPX кодують білок, який містить комбінацію двох або більше мутацій. Згідно з деякими варіантами реалізації, щонайменше одна мутація є присутньою в пластидному гені PPX і щонайменше одна мутація є присутньою в мітохондріальному гені PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені комбінації обрані з таблиць 4a і 4b. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені мутації в мутантному гені PPX кодують білок, який містить комбінацію трьох або більше мутацій; наприклад, комбінації, обрані з таблиць 4a і 4b. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена щонайменше одна мутація в пластидному гені PPX і зазначена щонайменше одна мутація в мітохондріальному гені PPX розташовуються в тому самому відповідному положенні. Згідно з іншими варіантами реалізації, зазначена щонайменше одна мутація в пластидному гені PPX і зазначена щонайменше одна мутація в мітохондріальному гені PPX розташовуються в різних відповідних положеннях. [0010] У даній заявці термін «білок PPX» відноситься до білка, який є гомологічним і/або ідентичним амінокислотним послідовностям білка PPX, SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42 або 44; і/або який проявляє активність PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений білок PPX на 70 %; 75 %; 80 %; 85 %; 90 %; 95 %; 96 %; 97 %; 98 %; 99 %; або на 100 % ідентичний конкретному білку PPX, такому як, наприклад, мітохондріальний білок PPX Рассет Бербанк або пластидні білки PPX Рассет Бербанк. Згідно з деякими варіантами реалізації, білок PPX на 70 %; 75 %; 80 %; 85 %; 90 %; 95 %; 96 %; 97 %; 98 %; 99 %; або на 100 % ідентичний послідовності, обраній із послідовностей на Фіг. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42 або 44. [0011] У даній заявці термін «мутантний білок PPX» відноситься до білка PPX, який містить одну чи більше мутацій за положеннями амінокислот відносно еталонної амінокислотної послідовності PPX або за гомологічними положеннями її паралогів. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить одну або більше мутацій у порівнянні з еталонною амінокислотною послідовністю PPX, наприклад, еталонною послідовністю амінокислот PPX, яка відповідає послідовностям SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42 або 44, або їхнім частинам. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить одну або більше мутацій у порівнянні з відповідним білком дикого типу. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить одну або більше мутацій у порівнянні з відповідним білком, який не є стійким до гербіцидів. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений білок PPX модифікований за допомогою щонайменше однієї мутації. Згідно з іншими варіантами реалізації, зазначений білок PPX модифікований за допомогою щонайменше двох мутацій. Згідно з іншими варіантами реалізації, зазначений білок PPX модифікований за допомогою щонайменше трьох мутацій. Згідно з деякими варіантами реалізації, один або більше мітохондріальних білків PPX є мутованими. Згідно з іншими варіантами реалізації, один або більше пластидних білків PPX є мутованими. Згідно зі ще одним варіантом реалізації, один або більше мітохондріальних білків PPX і один або більше пластидних білків PPX є мутованими. Згідно з деякими варіантами реалізації, термін «мутантний білок PPX» відноситься до білка PPX, який має підвищену стійкість до одного або більше гербіцидів у порівнянні з еталонним білком. [0012] Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, що відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 3 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 і 525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, що відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 і 500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, рослина або рослинна клітина може містити мутантний ген протопорфіриноген IX оксидази (PPX), причому зазначений ген кодує білок, який містить мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, що відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, I170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 і I525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, рослина або рослинна клітина може містити мутантний ген протопорфіриноген IX оксидази (PPX), який відрізняється тим, що зазначений ген кодує білок, який містить мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, що відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, I215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 і T500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, білок PPX являє собою паралог білка PPX Arabidopsis thaliana (наприклад, зазначений білок PPX може являти собою пластидний білок PPX картоплі), і зазначений білок PPX може містити: N у положенні, що відповідає положенню 52 послідовності SEQ ID NO:1, причому зазначений N замінений на амінокислоту, відмінну від N; K у положенні, що відповідає положенню 272 послідовності SEQ ID NO:1, причому зазначений K замінений на амінокислоту, відмінну від K; S у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO:1, причому зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S; і/або S у положенні, що відповідає положенню 525 послідовності SEQ ID NO:1, причому зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає дві або більше мутації, щонайменше одна з яких знаходиться в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, I170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 і I525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає дві або більше мутації, щонайменше одна з яких знаходиться в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, I215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 і T500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, білок PPX являє собою паралог білка PPX Arabidopsis thaliana (наприклад, білок PPX може являти собою пластидний білок PPX картоплі); зазначений білок PPX містить дві або більше мутації та одне або більше з: (1) N у положенні, що відповідає положенню 52 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений N замінений на амінокислоту, відмінну від N; (2) K у положенні, що відповідає положенню 272 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений K замінений на амінокислоту, відмінну від K; (3) S у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S; і/або (4) S у положенні, що відповідає положенню 525 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає три або більше мутації, щонайменше одна з яких знаходиться в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, I170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 і I525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає три або більше мутації, щонайменше одна з яких знаходиться в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з D58, E64, G74, 4 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, I215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 і T500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, білок PPX являє собою паралог білка PPX Arabidopsis thaliana (наприклад, білок PPX може являти собою білок PPX картоплі); зазначений білок PPX містить три або більше мутації та одне або більше з: (1) N у положенні, що відповідає положенню 52 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений N замінений на амінокислоту, відмінну від N; (2) K у положенні, що відповідає положенню 272 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений K замінений на амінокислоту, відмінну від K; (3) S у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S; і/або (4) S у положенні, що відповідає положенню 525 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S. [0013] Відповідно до описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, композицій і способів, мутантний білок PPX містить одну або більше мутацій амінокислот, обраних із таблиць 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d і 10. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає дві або більше мутацій амінокислот, обраних із таблиць 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d і 10. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає три або більше мутацій амінокислот, обраних із таблиць 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d і 10. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить одну або більше мутацій послідовності нуклеїнової кислоти, обраних із таблиць 2, 3a і 3b. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена одна або більше мутація мутантного білка PPX включає одну або більше мутації, дві або більше мутації чи три або більше мутації, обрані з групи, яка складається з заміни гліцин→лізин у положенні, що відповідає положенню 52 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аспарагін→аспарагінова кислота в положенні, що відповідає положенню 85 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни глутамінова кислота→валін у положенні, що відповідає положенню 111 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни гліцин→аспарагін у положенні, що відповідає положенню 130 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аспарагінова кислота→гістидин у положенні, що відповідає положенню 139 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни пролін→аргінін у положенні, що відповідає положенню 143 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аргінін→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аргінін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аргінін→гістидин у положенні, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни фенілаланін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 145 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни фенілаланін→тирозин у положенні, що відповідає положенню 145 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→валін у положенні, що відповідає положенню 147 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни фенілаланін→аспарагін у положенні, що відповідає положенню 165 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→треонін у положенні, що відповідає положенню 180 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни пролін→аргінін у положенні, що відповідає положенню 185 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни пролін→гістидин у положенні, що відповідає положенню 185 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни пролін→тирозин у положенні, що відповідає положенню 185 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни глутамінова кислота→аспарагінова кислота в положенні, що відповідає положенню 192 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни глутамінова кислота→лізин у положенні, що відповідає положенню 192 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→треонін у положенні, що відповідає положенню 193 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аргінін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 199 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни валін→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 206 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→серин у положенні, що відповідає положенню 219 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→ізолейцин у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→треонін у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→валін у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→метіонін у положенні, що відповідає положенню 226 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни метіонін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 228 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лізин→глутамін у положенні, що відповідає положенню 229 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 230 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→гліцин у положенні, що відповідає положенню 244 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→треонін у положенні, що відповідає положенню 244 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аргінін→гістидин у положенні, що відповідає положенню 256 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аргінін→серин у положенні, що відповідає положенню 256 послідовності SEQ ID 5 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 NO: 1; заміни лізин→глутамінова кислота в положенні, що відповідає положенню 270 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лізин→глутамін у положенні, що відповідає положенню 270 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни пролін→аргінін у положенні, що відповідає положенню 271 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни глутамін→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 272 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→лейцин у положенні, що відповідає положенню 305 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни глутамінова кислота→аргінін у положенні, що відповідає положенню 311 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни треонін→гліцин у положенні, що відповідає положенню 316 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни треонін→гліцин у положенні, що відповідає положенню 318 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 332 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→ізолейцин в положенні, що відповідає положенню 357 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лізин→аргінін у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лізин→треонін у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→аспарагінова кислота в положенні, що відповідає положенню 360 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→лізин у положенні, що відповідає положенню 360 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→глутамінова кислота в положенні, що відповідає положенню 366 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→метіонін у положенні, що відповідає положенню 393 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→серин у положенні, що відповідає положенню 393 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→валін у положенні, що відповідає положенню 393 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→аргінін у положенні, що відповідає положенню 403 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→серин у положенні, що відповідає положенню 403 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→серин у положенні, що відповідає положенню 424 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→гістидин у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→ізолейцин у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→лейцин у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→аргінін у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→треонін у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→валін у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→лейцин у положенні, що відповідає положенню 430 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лізин→серин у положенні, що відповідає положенню 438 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни глутамінова кислота→лізин у положенні, що відповідає положенню 440 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни валін→ізолейцин у положенні, що відповідає положенню 444 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→валін у положенні, що відповідає положенню 455 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лізин→валін у положенні, що відповідає положенню 457 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни валін→серин у положенні, що відповідає положенню 470 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни валін→тирозин у положенні, що відповідає положенню 470 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни фенілаланін→серин у положенні, що відповідає положенню 478 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни фенілаланін→гліцин у положенні, що відповідає положенню 483 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аспарагінова кислота→аланін у положенні, що відповідає положенню 484 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни ізолейцин→глутамінова кислота в положенні, що відповідає положенню 485 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аспарагінова кислота→гліцин у положенні, що відповідає положенню 487 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лізин→аспарагін у положенні, що відповідає положенню 490 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 503 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни валін→треонін у положенні, що відповідає положенню 508 послідовності SEQ ID NO: 1; і заміни ізолейцин→треонін у положенні, що відповідає положенню 525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, білок PPX являє собою паралог білка PPX Arabidopsis thaliana (наприклад, білок PPX може являти собою білок PPX картоплі); зазначений білок PPX може містити: N у положенні, що відповідає положенню 52 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений N замінений на амінокислоту, відмінну від N; K у положенні, що відповідає положенню 272 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений K замінений на амінокислоту, відмінну від K; S у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S; і/або S у положенні, що відповідає положенню 525 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S. Згідно з подібними варіантами реалізації, зазначена одна або більше мутація в мутантному білку PPX включає одну або більше мутацій, дві або більше мутацій чи три або більше мутацій, обраних із групи, яка складається з заміни 6 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 аспарагін→лізин у положенні, що відповідає положенню 52 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аспарагін→аспарагінова кислота в положенні, що відповідає положенню 85 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аргінін→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аргінін→гістидин у положенні, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни фенілаланін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 145 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни фенілаланін→тирозин у положенні, що відповідає положенню 145 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→треонін у положенні, що відповідає положенню 180 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни пролін→аргінін у положенні, що відповідає положенню 185 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни пролін→гістидин у положенні, що відповідає положенню 185 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→ізолейцин у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→треонін у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аланін→валін у положенні, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→метіонін у положенні, що відповідає положенню 226 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни метіонін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 228 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→гліцин у положенні, що відповідає положенню 244 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→треонін у положенні, що відповідає положенню 244 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лізин→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 272 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→лейцин у положенні, що відповідає положенню 305 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 332 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→ізолейцин у положенні, що відповідає положенню 357 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→аргінін у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни серин→треонін у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→метіонін у положенні, що відповідає положенню 393 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→серин у положенні, що відповідає положенню 393 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→валін у положенні, що відповідає положенню 393 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→аргінін у положенні, що відповідає положенню 403 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→серин у положенні, що відповідає положенню 403 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни лейцин→серин у положенні, що відповідає положенню 424 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→гістидин у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→ізолейцин у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→лейцин у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→аргінін у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→треонін у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни тирозин→валін у положенні, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни фенілаланін→серин у положенні, що відповідає положенню 478 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни ізолейцин→треонін у положенні, що відповідає положенню 525 послідовності SEQ ID NO: 1; заміни аспарагінова кислота→аспарагін у положенні, що відповідає положенню 58 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни глутамінова кислота→валін у положенні, що відповідає положенню 64 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни гліцин→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 74 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни гліцин→аспарагін у положенні, що відповідає положенню 84 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лейцин→гістидин у положенні, що відповідає положенню 93 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лізин→аргінін у положенні, що відповідає положенню 97 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аргінін→гістидин у положенні, що відповідає положенню 98 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аргінін→цистеїн у положенні, що відповідає положенню 98 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аргінін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 98 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аланін→валін у положенні, що відповідає положенню 101 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни серин→аспарагін у положенні, що відповідає положенню 119 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни фенілаланін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 121 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни треонін→ізолейцин у положенні, що відповідає положенню 124 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагін→тирозин у положенні, що відповідає положенню 139 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагін→аргінін у положенні, що відповідає положенню 139 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагін→гістидин у положенні, що відповідає положенню 139 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни глутамінова кислота→аспарагінова кислота в положенні, що відповідає положенню 150 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни глутамінова кислота→лізин у положенні, що 7 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 відповідає положенню 150 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни серин→треонін у положенні, що відповідає положенню 151 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни глутамін→лейцин у положенні, що відповідає положенню 157 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни валін→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 164 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни валін→аланін у положенні, що відповідає положенню 164 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагінова→глутамінова кислота в положенні, що відповідає положенню 170 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни цистеїн→серин у положенні, що відповідає положенню 177 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни гістидин→глутамін у положенні, що відповідає положенню 187 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лейцин→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 188 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагін→лізин у положенні, що відповідає положенню 195 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни пролін→серин у положенні, що відповідає положенню 214 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни пролін→гістидин у положенні, що відповідає положенню 214 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни ізолейцин→серин у положенні, що відповідає положенню 215 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни ізолейцин→гістидин у положенні, що відповідає положенню 215 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лізин→глутамінова кислота в положенні, що відповідає положенню 229 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лізин→глутамін у положенні, що відповідає положенню 229 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лізин→аргінін у положенні, що відповідає положенню 230 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни цистеїн→аргінін у положенні, що відповідає положенню 271 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагінова кислота→гліцин у положенні, що відповідає положенню 274 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни фенілаланін→гліцин у положенні, що відповідає положенню 283 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аланін→гліцин у положенні, що відповідає положенню 292 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни серин→лейцин у положенні, що відповідає положенню 296 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни цистеїн→серин у положенні, що відповідає положенню 307 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагін→аспарагінова кислота в положенні, що відповідає положенню 324 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагін→лізин у положенні, що відповідає положенню 324 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагінова→глутамінова кислота в положенні, що відповідає положенню 330 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни серин→лейцин у положенні, що відповідає положенню 396 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аланін→серин у положенні, що відповідає положенню 404 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аргінін→лізин у положенні, що відповідає положенню 406 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лізин→ізолейцин у положенні, що відповідає положенню 410 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лейцин→валін у положенні, що відповідає положенню 421 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аланін→валін у положенні, що відповідає положенню 423 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни цистеїн→серин у положенні, що відповідає положенню 434 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни цистеїн→тирозин у положенні, що відповідає положенню 434 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагінова кислота→гліцин у положенні, що відповідає положенню 447 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни серин→аланін у положенні, що відповідає положенню 448 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни валін→глутамінова кислота в положенні, що відповідає положенню 449 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагінова кислота→гліцин у положенні, що відповідає положенню 451 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни аспарагінова кислота→аспарагін у положенні, що відповідає положенню 454 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни тирозин→фенілаланін у положенні, що відповідає положенню 465 послідовності SEQ ID NO: 9; заміни лізин→треонін у положенні, що відповідає положенню 470 послідовності SEQ ID NO: 9; і заміни треонін→серин у положенні, що відповідає положенню 500 послідовності SEQ ID NO: 9. [0014] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, згідно з деякими варіантами реалізації мутантний білок PPX може містити комбінацію мутацій; наприклад, комбінацію мутацій, обраних із таблиць 4a і 4b. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить комбінацію двох або більше мутацій; наприклад, комбінації, обрані з таблиць 4a і 4b. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить комбінацію трьох або більше мутацій; наприклад, комбінації, обрані з таблиць 4a і 4b. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій у мутантному гені PPX кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає Y426 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: N85, R144, F145, A180, A220, L226 і S244 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій у мутантному гені PPX кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає L393 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: R144, F145, A220, S224 і S244 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, 8 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає L403 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, що відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: F145, A220 і L226 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає R144 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: G52, N85, A220, S244, L226, M228, K272, S332, L393, L424, Y426 і I525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає N85 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: R144, F145, A180, A220, L226, M228 і Q272 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає L424 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з: R144, F145, A220, L226 і L393 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає I525 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню N85, F144, F145, A180, L226 і S244 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає R144 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню A220 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, білок PPX являє собою паралог білка PPX Arabidopsis thaliana (наприклад, білок PPX може являти собою білок PPX картоплі); зазначений білок PPX може містити: N у положенні, що відповідає положенню 52 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений N замінений на амінокислоту, відмінну від N; K у положенні, що відповідає положенню 272 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений K замінений на амінокислоту, відмінну від K; S у положенні, що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S; і/або S у положенні, що відповідає положенню 525 послідовності SEQ ID NO:1, де зазначений S замінений на амінокислоту, відмінну від S. Згідно з подібними варіантами реалізації, зазначений мутантний білок PPX містить комбінацію двох або більше мутацій; наприклад, комбінації, обрані з таблиць 4a і 4b. Згідно з подібними варіантами реалізації, зазначений мутантний білок PPX містить комбінацію трьох або більше мутацій; наприклад, комбінації, обрані з таблиць 4a і 4b. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій у мутантному гені PPX кодує білок, який містить мутацію в положенні, що відповідає Y426 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: N85, R144, F145, A180, A220, L226 і S244 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій у мутантному гені PPX кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає L393 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: R144, F145, A220, S244 і S224 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає L403 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: F145, A220 і L226 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає R144 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: N52, N85, A220, S244, L226, M228, K272, S332, L393, L424, Y426 і S525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає N85 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, які відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з: R144, F145, A180, A220, L226, M228 і K272 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає L424 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з: R144, F145, A220, L226 і L393 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає S525 послідовності SEQ ID NO: 1, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню N85, F144, F145, A180, L226 і S244 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає 98 9 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 послідовностіSEQ ID NO: 9, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з 74, 93, 97, 98, 119, 121, 124, 139, 150, 151, 164, 188, 214, 229, 230, 271, 274, 292, 307, 324, 396, 410, 423, 434, 447, 448, 451, 465, 470 і 500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає положенню 98 послідовності SEQ ID NO: 9, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з 271, 274, 292, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 423, 434, 447, 448, 454, 465, 470 і 500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає 98 послідовності SEQ ID NO: 9, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з 307 і 423 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена комбінація мутацій кодує білок, який містить мутацію в положенні, яке відповідає 98 послідовності SEQ ID NO: 9, і мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з 124, 188, 214 і 229 послідовності SEQ ID NO: 9. [0015] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, білок PPX може являти собою паралог білка PPX Arabidopsis thaliana (наприклад, білок PPX може являти собою мітохондріальний білок PPX картоплі); зазначений білок PPX може містити одну або більше амінокислоту PPX, яка відповідає SEQ ID NO: 9. Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, зазначена одна або більше мутація в мутантному гені PPX може кодувати мутантний білок PPX, який містить одну або більше мутацію, дві або більше мутації, три або більше мутації, обрані з групи, яка складається з мутантного білка PPX, який може містити одну або більше мутацію в положенні амінокислоти, яке відповідає одному або більше положенню, обраному з групи, яка складається з положень 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 і 500 послідовності SEQ ID NO: 9. [0016] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, рослинна клітина може містити мутантний ген PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений мутантний ген PPX кодує мутантний білок PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослинна клітина може являти собою частину стійкої до гербіцидів рослини. Зазначений спосіб може включати введення до рослинної клітини олігонуклеотиду репарації генів (GRON); наприклад, застосування GRON зі спрямованою мутацією в гені PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, отримана зазначеним способом рослинна клітина може містити ген PPX, здатний експресувати мутантний білок PPX. Зазначений спосіб також може включати ідентифікацію рослинної клітини або рослини, в тому числі рослинної клітини, яка (1) містить мутантний ген PPX і/або (2) має нормальний ріст і/або каталітичну активність у порівнянні з відповідною рослинною клітиною дикого типу. Стійка до гербіцидів рослина, яка містить рослинну клітину згідно з даною заявкою, може бути визначена в присутності гербіциду, що інгібує РРХ. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослинна клітина є нетрансгенною. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослинна клітина є трансгенною. Рослина, яка містить рослинну клітину згідно з описом у даній заявці, може являти собою нетрансгенну або трансгенну стійку до гербіцидів рослину; наприклад, зазначена(і) рослина і/або рослинна клітина може(уть) містити мутантний ген PPX, що призводить до стійкості щонайменше до одного гербіциду. Згідно з деякими варіантами реалізації, рослина, яка містить рослинну клітину згідно з описом у даній заявці, може бути отримана шляхом нестатевого розмноження; наприклад, із однієї або більше рослинних клітин або з рослинної тканини, яка складається з однієї або більше рослинних клітин; наприклад, з бульби. Згідно з іншими варіантами реалізації, рослина, яка містить рослинну клітину згідно з описом у даній заявці, може бути отримана шляхом статевого розмноження. [0017] Згідно з іншим аспектом запропонований спосіб одержання стійкої до гербіцидів рослини. Зазначений спосіб може включати введення до рослинної клітини олігонуклеотиду репарації генів (GRON); наприклад, застосування GRON, сконструйованих зі спрямованою мутацією в гені PPX. Зазначений мутантний ген PPX може експресувати мутантний білок PPX. Зазначений спосіб такожможе включати визначення рослини з нормальним(и) ростом і/або каталітичною активністю в порівнянні з відповідною рослинною клітиною дикого типу. Зазначена рослина може бути визначена в присутності гербіциду, що інгібує РРХ. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослина є нетрансгенною. Зазначена рослина може згідно з деякими варіантами реалізації являти собою нетрансгенну стійку до гербіцидів рослину; наприклад, зазначена рослина може містити мутантний ген PPX, що призводить до стійкості або 10 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 толерантності щонайменше до одного гербіциду. [0018] Згідно з іншим аспектом запропоноване насіння, яке містить мутантний ген PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначене насіння містить мутантний ген PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений мутантний PPX кодує мутантний білок PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений мутантний білок PPX може бути стійким до гербіциду; наприклад, гербіциду, що інгібує PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, рослина, вирощена з зазначеного насіння є стійкою щонайменше до одного гербіциду; наприклад, гербіциду, що інгібує PPX. [0019] Згідно з іншим аспектом запропонований спосіб підвищення стійкості рослини до гербіцидів за допомогою: (a) схрещування першої рослини з другою рослиною, де зазначена перша рослина містить мутантний ген PPX, і при цьому зазначений ген кодує мутантний білок PPX; (b) скринінг популяції, отриманої в результаті схрещування, на підвищену стійкість до гербіцидів; наприклад, підвищену стійкість до гербіциду, що інгібує PPX; (c) відбір представника, отриманого в результаті схрещування, який має підвищену стійкість до гербіцидів; і/або (d) одержання насіння, яке утворюється в результаті схрещування. Згідно з деякими варіантами реалізації, гібридне насіння одержують будь-яким способом, наприклад, обраним із описаних у даній заявці. Згідно з деякими варіантами реалізації, рослини вирощують із насіння, отриманого будь-яким способом, наприклад, таким як спосіб, описаний у даній заявці. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені рослини і/або насіння є нетрансгенними. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені рослини і/або насіння є трансгенними. [0020] Згідно з іншим аспектом запропонований спосіб контролю бур'янів на полі, яке містить рослини, шляхом застосування ефективної кількості щонайменше одного гербіциду на полі, яке містить бур'яни та рослини. Згідно з деякими варіантами реалізації зазначеного способу, зазначений щонайменше один гербіцид являє собою гербіцид, що інгібує PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації зазначеного способу, одна або більше зазначена рослина на полі містить мутантний ген PPX; наприклад, такий як описаний у даній заявці. Згідно з деякими варіантами реалізації зазначеного способу, одна або більше з зазначених рослин на полі включає нетрансгенну або трансгенну рослину, яка має мутантний ген PPX, такий як описані в даній заявці. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений мутантний ген PPX кодує мутантний білок PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, ще одна з зазначених рослин на полі є стійкою до гербіцидів; наприклад, стійкою до гербіциду, що інгібує PPX. [0021] Згідно з іншим аспектом запропонована виділена нуклеїнова кислота, яка кодує білок PPX або його частину. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена виділена нуклеїнова кислота містить одну або більше мутацію гена PPX, таку як описані в даній заявці. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена виділена нуклеїнова кислота кодує мутантний білок PPX згідно з описом у даній заявці. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена виділена нуклеїнова кислота кодує білок PPX, який є стійким до гербіцидів; наприклад, стійким до гербіциду, що інгібує PPX. [0022] Згідно з іншим аспектом запропонований експресійний вектор, який містить виділену нуклеїнову кислоту мутантного гена PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначений експресійний вектор містить виділену нуклеїнову кислоту, яка кодує білок PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена виділена нуклеїнова кислота кодує білок, який містить мутацію, обрану з мутацій, наведених у таблицях 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d і 10. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена виділена нуклеїнова кислота кодує білок, який має дві або більше мутації. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені дві або більше мутації обрані з таблиць 1, 2, 3a, 3b, 4a, 4b, 8a-f, 9a-d і 10. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена виділена нуклеїнова кислота кодує білок PPX, який є стійким до гербіцидів; наприклад, стійким до гербіциду, що інгібує PPX. [0023] У даній заявці термін «гербіцид» відноситься до будь-якого хімікату або речовини, здатної знищити рослину або здатної зупинити чи знизити ріст і/або життєздатність рослини. Згідно з деякими варіантами реалізації, гербіцидостійкість являє собою генетично спадкову здатність рослини виживати й відтворюватися після обробки гербіцидом у концентрації, яка в нормі знищує або серйозно ушкоджує немодифіковану рослину дикого типу. Згідно з деякими варіантами реалізації відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, зазначений гербіцид являє собою гербіцид, що інгібує PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, гербіцид, що інгібує РРХ, являє собою гербіцид з хімічного сімейства, обраного з групи хімічних сімейств, перерахованих у таблиці 5. Згідно з деякими варіантами реалізації, гербіцид, що інгібує РРХ, являє собою гербіцид з хімічного сімейства, обраного з групи хімічних сімейств, яка складається з N-фенілфталімідів, триазолінонів і піримідиндіонів. Згідно з деякими варіантами реалізації, гербіцид, що інгібує 11 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 РРХ, обраний із групи гербіцидів, перерахованих у таблиці 5. Згідно з деякими варіантами реалізації, гербіцид, що інгібує РРХ, обраний із групи гербіцидів, яка складається з флуміоксазину, сульфентразону і сафлуфенацилу. Згідно з іншими варіантами реалізації, зазначений гербіцид, що інгібує РРХ, являє собою гербіцид флуміоксазин. Згідно з іншими варіантами реалізації, зазначений гербіцид, що інгібує РРХ, являє собою гербіцид сульфентразон. Згідно з іншими варіантами реалізації, зазначений гербіцид, що інгібує РРХ, являє собою гербіцид сафлуфенацил. [0024] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, зазначена рослина або рослинна клітина походять від урожаю рослин, обраних із групи, яка складається з картоплі, соняшника, цукрового буряка, кукурудзи, бавовни, сої, пшениці, жита, вівса, рису, канолі, плодових рослин, овочів, тютюну, ячменя, сорго, томату, манго, персика, яблуні, груші, полуниці, банана, дині, моркви, салату, цибулі, видів сої, цукрової тростини, гороху, кормових бобів, тополі, винограду, цитрусових, люцерни, жита, вівса, дерноутворюючих і кормових трав, льону, олійного рапсу, огірка, в'юнка, бальзаміну, перцю, баклажана, чорнобривців, лотоса, капусти, астрових, гвоздики, петунії, тюльпана, ірису, лілії та рослин, що дають горіхи, якщо вони вже не зазначені конкретно. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослина або рослинна клітина відноситься до видів, обраних із таблиці 6. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослина або рослинна клітина відноситься до видів, обраних із групи, яка складається з Arabidopsis thaliana, Solanum tuberosum, Solanum phureja, Oryza sativa, Amaranthus tuberculatus, Zea mays, Brassica napus і Glycine max. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначена рослина або рослинна клітина являє собою сорт картоплі Рассет Бербанк. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Рассет Бербанк. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Arabidopsis thaliana. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Solanum tuberosum. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Solanum phureja. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Zea mays. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Oryza sativa. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Amaranthus tuberculatus. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Sorghum bicolor. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Ricinus communis. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Brassica napus. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX кодує білок PPX Glycine max. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX At4g01690 кодує білок PPX Arabidopsis thaliana. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний ген PPX At5g14220 кодує білок PPX Arabidopsis thaliana. [0025] У будь-якому аспекті чи варіанті реалізації, способи або композиції, описані в даній заявці, можуть включати один або більше мутантних генів PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені способи та композиції включають один або більше мутантних генів PPX, які кодують один або більше мітохондріальних білків PPX. Згідно з іншими варіантами реалізації, зазначені способи такомпозиції включають один або більше мутантних генів PPX, які кодують один або більше пластидних білків PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені способи та композиції включають один або більше мутантних генів PPX, які кодують один або більше пластидних білків PPX і мітохондріальних білків PPX. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені способи та композиції включають мутантний мітохондріальний ген PPX StmPPX1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені способи та композиції включають мутантний мітохондріальний ген PPX StmPPX2. Згідно з деякими варіантами реалізації, рослина містить мутантний пластидний ген PPX StcPPX1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені способи та композиції включають алель мутантного мітохондріального гена PPX StcPPX2.1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені способи та композиції включають алель мутантного мітохондріального гена PPX StcPPX2.2. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені способи та композиції включають алель мутантного пластидного гена PPX StcPPX1. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені способи та композиції включають алель мутантного пластидного гена PPX StcPPX1.1. [0026] У даній заявці термін «ген» відноситься до послідовності ДНК, яка містить контрольні та кодуючі послідовності, необхідні для синтезу РНК, яка може мати некодуючу функцію (наприклад, рибосомальної або транспортної РНК) або кодувати поліпептид чи попередник поліпептиду. Зазначена(ий) РНК або поліпептид можуть кодуватися повнорозмірною кодуючою послідовністю або будь-якою частиною зазначеної кодуючої послідовності, за умови, що зберігається необхідна активність або функція. [0027] У даній заявці термін «кодуюча послідовність» відноситься до послідовності 12 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 нуклеїнової кислоти або її комплемента, або її(його) частини, яка може бути транскрибована і/або трансльована з одержанням мРНК для зазначеного поліпептиду або його фрагмента. Кодуючі послідовності включають екзони в геномній ДНК або незрілі первинні транскрипти РНК, які об’єднуються за рахунок біохімічних механізмів клітини з одержанням зрілої мРНК. Антисмислова нитка являє собою комплемент такої нуклеїнової кислоти, і з неї може бути виведена кодуюча послідовність. [0028] У даній заявці термін «некодуюча послідовність» відноситься до послідовності нуклеїнової кислоти або її комплемента, або її частини, яка не транскрибується в амінокислоту in vivo або характеризується тим, що тРНК не взаємодіє з амінокислотами для їх розміщення або не намагається їх розміщати. Некодуючі послідовності включають як інтронні послідовності в геномній ДНК або незрілі первинні РНК-транскрипти, так і асоційовані з генами послідовності, такі як промотори, енхансери, сайленсери і т.д. [0029] Нуклеїнова основа/нуклеооснова являє собою основу, яка в певних переважних варіантах реалізації являє собою пурин, піримідин або їх похідну чи аналог. Нуклеозиди являють собою нуклеїнові основи, які містять пентозофуранозильні фрагменти, наприклад, необов'язково заміщений рибозид або 2’-дезоксирибозид. Зазначений фрагмент може являти собою будь-яку групу, яка збільшує ДНК-зв'язування і/або зменшує розкладання нуклеази в порівнянні з нуклеозидом, який не містить зазначеного фрагмента. Нуклеозиди можуть бути зв'язані одним із декількох лінкерних фрагментів, які можуть містити або не містити фосфор. Нуклеозиди, зв'язані незаміщеними фосфодіефірними зв'язками, називаються нуклеотидами. У даній заявці термін «нуклеооснова» включає пептидні нуклеїнові основи, субодиниці пептидних нуклеїнових кислот, морфолінові нуклеїнові основи, а також нуклеозиди і нуклеотиди. [0030] Олігонуклеотид являє собою полімер, який містить нуклеїнові основи; переважно щонайменше частина якого здатна гібридизуватися за допомогою спарювання основ за Уотсоном-Кріком із ДНК, яка має комплементарну послідовність. Ланцюг олігонуклеотиду може містити один 5’- і 3’-кінець, які являють собою кінцеві нуклеїнові основи зазначеного полімеру. Конкретний ланцюг олігонуклеотиду може містити нуклеїнові основи всіх типів. Олігонуклеотид являє собою сполуку, яка містить один або більше ланцюгів олігонуклеотидів, які можуть бути комплементарними і гібридизуватися за механізмом спарювання основ за Уотсоном-Кріком. Нуклеїнові основи рибо-типу включають пентозофуранозил-вмісні нуклеїнові основи, де 2’вуглець являє собою метилен, заміщений гідроксилом, алкілокси або галогеном. Дезоксинуклеооснови рибо-типу являють собою нуклеїнові основи, які відрізняються від нуклеооснов рибо-типу і включають усі нуклеїнові основи, що не містять пентозофуранозильних фрагментів. [0031] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, нитка олігонуклеотиду може включати як ланцюги олігонуклеотиду, так і сегменти або області ланцюгів олігонуклеотиду. Нитка олігонуклеотиду може мати 5’-кінець та 3’-кінець, і, якщо довжина нитки олігонуклеотиду дорівнює довжині ланцюга, 5’- і 3’-кінці зазначеної нитки є також 5’- і 3’-кінцями зазначеного ланцюга. [0032] У даній заявці термін «олігонуклеотид для репарації генів», або «GRON», відноситься до олігонуклеотидів, включаючи змішані дуплексні олігонуклеотиди, молекули, що містять фрагменти, відмінні від нуклеотидів, одноланцюжкові олігодезоксинуклеотиди та інші молекули для репарації генів. [0033] У даній заявці термін «трансгенний» відноситься до організму або клітини, який(а) містить ДНК, отриману з іншого організму, вбудовану до його(її) геному. Наприклад, згідно з деякими варіантами реалізації, трансгенний(а) організм або клітина включає вбудовану ДНК, яка містить чужорідний промотор і/або кодуючу область. [0034] У даній заявці термін «нетрансгенні» відноситься до організму або клітини, який(а) не містить ДНК, отриманої з іншого організму, вбудованої до його(її) геному, хоча нетрансгенна рослина або клітина можуть містити одну або більше введених штучним чином спрямованих мутацій. [0035] У даній заявці термін «виділений» стосовно нуклеїнової кислоти (наприклад, олігонуклеотиду, такого як РНК, ДНК або змішаного полімеру) відноситься до нуклеїнової кислоти, відділеної від суттєвої частини генома, в якому вона є присутньою в природі, і/або по суті відділеної від інших компонентів клітини, які супроводжують таку нуклеїнову кислоту в природі. Наприклад, будь-яка нуклеїнова кислота, отримана синтетичним шляхом (наприклад, за допомогою серійної конденсації основ), вважається виділеною. Подібним чином, нуклеїнові кислоти, які рекомбінантним чином експресовані, клоновані, отримані за допомогою реакції подовження праймера (наприклад, ПЛР), або іншим способом вирізані з генома, також вважаються виділеними. 13 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 [0036] У даній заявці термін «амінокислотна послідовність» відноситься до поліпептидної або білкової послідовності. Вираз «AAwt###AAmut» використовують для позначення мутації, яка призводить до заміни амінокислоти дикого типу AAwt у положенні ### у поліпептиді мутантної AAmut. [0037] У даній заявці термін «комплемент» відноситься до комплементарної послідовності нуклеїнової кислоти у відповідності зі стандартними правилами спарювання за УотсономКріком. Комплементарна послідовність може також являти собою послідовність РНК, комплементарну до послідовності ДНК або до комплементарної до неї послідовності, а також може являти собою кДНК. [0038] У даній заявці термін «по суті комплементарний» відноситься до двох послідовностей, які гібридизуються в умовах гібридизації, близьких до строгих. Фахівцеві в даній області техніки буде зрозуміло, що по суті комплементарні послідовності не обов'язково повинні гібридизуватися протягом усієї довжини. [0039] У даній заявці термін «кодон» відноситься до послідовності трьох суміжних нуклеотидів (РНК або ДНК), яка складає генетичний код, який визначає вставку конкретної амінокислоти до поліпептидного ланцюга в процесі синтезу білка, або сигнал до зупинки синтезу білка. Термін «кодон» також відноситься до відповідних (і комплементарних) послідовностей трьох нуклеотидів у матричній РНК, до якої транскрибується початкова ДНК. [0040] У даній заявці термін «гомологія» відноситься до подібності послідовностей білків і ДНК. Термін «гомологія» або «гомологічний» відноситься до ступеня ідентичності. Гомологія може бути частковою або повною. Частково гомологічна послідовність являє собою таку послідовність, яка менш ніж на 100 % ідентична іншій послідовності. [0041] У даній заявці термін «приблизно» в кількісному преставленні означає плюс або мінус 10 %. Наприклад, «приблизно 3 %» охоплює діапазон 2,7-3,3 %, а «приблизно 10 %» охоплює 911 %. Далі, в тих випадках, коли термін «приблизно» використовується в даній заявці стосовно кількісної характеристики, зрозуміло, що крім значень, які відповідають плюс або мінус 10 %, він також охоплює й описує точне значення кількісної характеристики. Наприклад, термін «приблизно 3 %» однозначно охоплює, описує і включає «точно 3 %». КОРОТКИЙ ОПИС КРЕСЛЕНЬ [0042] На Фіг. 1 представлена послідовність амінокислот хлоропластного (пластидного) білка PPX Arabidopsis thaliana (SEQ ID NO: 1). [0043] На Фіг. 2 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК Arabidopsis thaliana хлоропластного (пластидного) PPX (SEQ ID NO: 2). [0044] На Фіг. 3 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Arabidopsis thaliana (SEQ ID NO: 3). [0045] На Фіг. 4 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК Arabidopsis thaliana мітохондріального PPX (SEQ ID NO: 4). [0046] На Фіг. 5 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Amaranthus tuberculatus (SEQ ID NO: 5). [0047] На Фіг. 6 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Amaranthus tuberculatus (SEQ ID NO: 6). [0048] На Фіг. 7 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Solanum tuberosum StcPPX (SEQ ID NO: 7). [0049] На Фіг. 8 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК пластидного PPX Solanum tuberosum (SEQ ID NO: 8). [0050] На Фіг. 9 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Solanum tuberosum (SEQ ID NO: 9). [0051] На Фіг. 10 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Solanum tuberosum (SEQ ID NO: 10). [0052] На Фіг. 11 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Zea mays (SEQ ID NO: 11). [0053] На Фіг. 12 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК пластидного PPX Zea mays (SEQ ID NO: 12). [0054] На Фіг. 13 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Zea mays (SEQ ID NO: 13). [0055] На Фіг. 14 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Zea mays (SEQ ID NO: 14). [0056] На Фіг. 15 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Oryza sativa (SEQ ID NO: 15). [0057] На Фіг. 16 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК пластидного PPX 14 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Oryza sativa (SEQ ID NO: 16). [0058] На Фіг. 17 представлена послідовність амінокислот кДНК мітохондріального білка PPX Oryza sativa (SEQ ID NO: 17). [0059] На Фіг. 18 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Oryza sativa (SEQ ID NO: 18). [0060] На Фіг. 19 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Sorghum bicolor (SEQ ID NO: 19). [0061] На Фіг. 20 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК пластидного PPX Sorghum bicolor (SEQ ID NO: 20). [0062] На Фіг. 21 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Sorghum bicolor (SEQ ID NO: 21). [0063] На Фіг. 22 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Sorghum bicolor (SEQ ID NO: 22). [0064] На Фіг. 23 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Ricinus communis (SEQ ID NO: 23). [0065] На Фіг. 24 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК пластидного PPX Ricinus communis (SEQ ID NO: 24). [0066] На Фіг. 25 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Ricinus communis (SEQ ID NO: 25). [0067] На Фіг. 26 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Ricinus communis (SEQ ID NO: 26). [0068] На Фіг. 27 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Solanum tuberosum StmPPX1 (SEQ ID NO: 27). [0069] На Фіг. 28 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Solanum tuberosum StmPPX1 (SEQ ID NO: 28). [0070] На Фіг. 29 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Solanum tuberosum StmPPX2.1 (SEQ ID NO: 29). [0071] На Фіг. 30 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Solanum tuberosum StmPPX2.1 (SEQ ID NO: 30). [0072] На Фіг. 31 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Solanum tuberosum StmPPX2.2 (SEQ ID NO: 31). [0073] На Фіг. 32 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК мітохондріального PPX Solanum tuberosum StmPPX2.2 (SEQ ID NO: 32). [0074] На Фіг. 33 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Brassica napus BncPPX1 (SEQ ID NO: 33). [0075] На Фіг. 34 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК PPX Brassica napus BncPPX1 (SEQ ID NO: 34). [0076] На Фіг. 35 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Brassica napus BncPPX2 (SEQ ID NO: 35). [0077] На Фіг. 36 представлена послідовність нуклеїнової кислоти кДНК PPX Brassica napus BncPPX2 (SEQ ID NO: 36). [0078] На Фіг. 37 представлена частина послідовності амінокислот пластидного білка PPX Brassica napus BncPPX3 (SEQ ID NO: 37). [0079] На Фіг. 38 представлена частина послідовності нуклеїнової кислоти кДНК PPX Brassica napus BncPPX3 (SEQ ID NO: 38). [0080] На Фіг. 39 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Glycine max GmcPPX1-1 (SEQ ID NO: 39). [0081] На Фіг. 40 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Glycine max GmcPPX1-2 (SEQ ID NO: 40). [0082] На Фіг. 41 представлена послідовність нуклеїнової кислоти пластидного білка PPX Glycine max GmcPPX1 (SEQ ID NO: 41). [0083] На Фіг. 42 представлена послідовність амінокислот пластидного білка PPX Glycine max GmcPPX2 (SEQ ID NO: 42). [0084] На Фіг. 43 представлена послідовність нуклеїнової кислоти пластидного білка PPX Glycine max GmcPPX2 (SEQ ID NO: 43). 0085] На Фіг. 44 представлена послідовність амінокислот мітохондріального білка PPX Glycine max GmcPPX (SEQ ID NO: 44). [0086] На Фіг. 45 представлена послідовність нуклеїнової кислоти мітохондріального білка PPX Glycine max GmcPPX (SEQ ID NO: 45). [0087] На Фіг. 46 наведене вирівнювання білків PPX різних видів рослин. 15 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 [0088] На Фіг. 47 представлена таблиця гомологічних положень амінокислот амінокислотних послідовностей PPX рослин різних видів. [0089] На Фіг. 48 представлена таблиця гомологічних положень амінокислот амінокислотних послідовностей PPX рослин різних видів. ДОКЛАДНИЙ ОПИС ВИНАХОДУ TM Система швидкого прояву ознаки (RTDS ) [0090] Згідно з будь-яким із різних аспектів і варіантів реалізації композицій і способів, описаних у даній заявці, мутації в генах і білках можуть бути здійснені із застосуванням, TM наприклад, «системи швидкого прояву ознаки» (RTDS ), технології, розробленої Cibus. У комбінації або окремо, рослини, що містять будь-яку з мутацій, описаних у даній заявці, можуть формувати основу для нових стійких до гербіцидів продуктів. Також запропоноване насіння, отримане з мутантних рослин, у яких гени PPX є або гомозиготними, або гетерозиготними за зазначеними мутаціями. Мутації, описані в даній заявці, можуть бути скомбіновані з будь-якою іншою відомою мутацією або з мутаціями, які будуть відкриті в майбутньому. [0091] У даній заявці термін «гетерозиготний» відноситься до присутності різних алелей у одному або більше генному локусі в гомологічних хромосомних сегментах. У даній заявці термін «гетерозиготний» може також відноситися до зразка, клітини, популяції клітин або організму, в якому(ій) можуть виявлятися різні алелі в одному або більше генному локусі. Гетерозиготні зразки можуть також бути визначені за допомогою відомих у даній області техніки способів, таких як, наприклад, секвенування нуклеїнових кислот. Так, якщо електрофореграма при секвенуванні показує два піки в одному локусі й обидва піки мають приблизно однаковий розмір, даний зразок може бути охарактеризований як гетерозиготний. Або, якщо один пік менший за інший, але його розмір становить щонайменше приблизно 25 % від розміру більшого піка, даний зразок може бути охарактеризований як гетерозиготний. Згідно з деякими варіантами реалізації, розмір меншого піка становить щонайменше приблизно 15 % від більшого піка. Згідно з іншими варіантами реалізації, розмір меншого піка становить щонайменше приблизно 10 % від більшого піка. Згідно з іншими варіантами реалізації, розмір меншого піка становить щонайменше приблизно 5 % від більшого піка. Згідно з іншими варіантами реалізації виявляється мінімальний розмір меншого піка. [0092] У даній заявці термін «гомозиготний» відноситься до присутності ідентичних алелей у одному або більше генному локусі в гомологічних хромосомних сегментах. «Гомозиготний» може також відноситися до зразка, клітини, популяції клітин або організму, в якому можуть виявлятися ті самі алелі в одному або більше генному локусі. Гомозиготні зразки можуть бути визначені за допомогою відомих у даній області техніки способів, таких як, наприклад, секвенування нуклеїнових кислот. Так, якщо електрофореграма при секвенуванні показує одиночний пік у конкретному локусі, даний зразок може бути названий «гомозиготним» за цим локусом. [0093] Термін «гемізиготний» відноситься до гена або сегмента гена, присутнього в генотипі клітини або організму в єдиному екземплярі через те, що другий алель делетований. У даній заявці термін «гемізиготний» може також відноситися до зразка, клітини, популяції клітин або організму, в якому алель у одному або більше генному локусі виявляється в генотипі в єдиному екземплярі. [0094] Згідно з деякими варіантами реалізації, RTDS основана на зміні гена-мішені за рахунок застосування власної клітинної системи репарації генів для специфічної модифікації генної послідовності in situ, без вбудовування чужорідної ДНК і/або послідовностей, що контролюють експресію генів. Ця процедура дозволяє вносити високоточні зміни до генетичної послідовності, в той час як інша частина генома залишається незмінною. На відміну від загальноприйнятих трансгенних ГМО, вбудовування чужорідного генетичного матеріалу є відсутнім, і ніякий чужорідний генетичний матеріал не залишається в рослині. Згідно з багатьма варіантами реалізації, зміни в генетичній послідовності, введені за допомогою RTDS, вбудовуються невипадковим чином. За рахунок того, що гени, які зазнають впливу, зберігають природну локалізацію, випадкова, неконтрольована або несприятлива дія експресійного вектора є відсутньою. [0095] RTDS, яка забезпечує зазначену зміну, являє собою хімічно синтезований олігонуклеотид (наприклад, із застосуванням олігонуклеотиду репарації генів (GRON)), який може складатися як із ДНК-, так і з модифікованих РНК-основ, а також інших хімічних фрагментів, і сконструйований так, щоб гібридизуватися з цільовою локалізацією в гені з утворенням помилково спарених(ої) пар(и) основ. Така помилково спарена пара основ діє як сигнал для залучення клітинної власної природної системи репарації генів до цієї ділянки та корекції (заміни, вставки або делеції) зазначеного(их) нуклеотиду(ів) у складі гена. Із 16 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 завершенням процесу корекції молекула RTDS розпадається і новомодифікований або репарований ген експресується під контролем нормальних для гена ендогенних контрольних механізмів. Олігонуклеотиди генної репарації («GRON») [0096] Способи і композиції, описані в даній заявці, можуть бути застосовані або реалізовані з використанням «олігонуклеотидів для генної репарації», наприклад, таких, що мають конформації та хімічні властивості згідно з наведеним нижче докладним описом. «Олігонуклеотиди для генної репарації» в контексті даної заявки також були описані в опублікованих наукових і патентних джерелах із застосуванням інших назв, включаючи «рекомбіногенні олігонуклеотиди»; «РНК/ДНК гібридні олігонуклеотиди»; «гібридні олігонуклеотиди»; «змішані дуплексні олігонуклеотиди» (MDON); «РНК ДНК олігонуклеотиди» (RDO); «олігонуклеотиди для спрямованого впливу на гени (таргетингу)»; «генопласти»; «одноланцюжкові модифіковані олігонуклеотиди»; «одноланцюжкові олігодезоксинуклеотидні мутаційні вектори» (SSOMV); «дуплексні мутаційні вектори» і «гетеродуплексні мутаційні вектори». [0097] Олігонуклеотиди, які мають конформації та хімічні властивості згідно з описом Kmiec у патентах США № 5565350 (Kmiec I) і № 5731181 (Kmiec II), включених до даної заявки за допомогою посилань, підходять для застосування як «олігонуклеотиди для генної репарації» згідно з даним винаходом. Олігонуклеотиди репарації генів за Kmiec I і/або Kmiec II містять дві комплементарні нитки, одна з яких містить щонайменше один сегмент нуклеотидів РНК-типу («РНК-сегмент»), спарених із нуклеотидами ДНК-типу іншої нитки. [0098] Згідно з описом у Kmiec II не-нуклеотиди, які містять пуринові та піримідинові основи, можуть бути замінені нуклеотидами. Додаткові молекули для репарації генів, які можуть застосовуватися з метою даного винаходу, включають, але не обмежуючись перерахованими, описані в патентах США № 5756325; 5871984; 5760012; 5888983; 5795972; 5780296; 5945339; 6004804 і 6010907; у міжнародній патентній заявці № PCT/US00/23457; і в міжнародних патентних публікаціях WO 98/49350; WO 99/07865; WO 99/58723; WO 99/58702 і WO 99/40789, включених до даної заявки в усій повноті. [0099] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, репарації генів олігонуклеотиду можуть являти собою змішані дуплексні олігонуклеотиди (MDON), у яких нуклеотидам РНК-типу змішаного дуплексного олігонуклеотиду надана стійкість до РНКази за рахунок заміщення 2’-гідроксилу фтор-, хлорабо бром-вмісною функціональною групою або введення замісника по 2’-O. Підходящі замісники включають замісники, описані в Kmiec II. Альтернативні замісники можуть включати, не обмежуючись перерахованими, замісники, описані в патенті США № 5334711 (Sproat), і замісники, описані в патентних публікаціях EP 629 387 і EP 679 657 (узагальнено – «заявки Martin» (Martin Applications)), які включені до даної заявки за допомогою посилань. У контексті даної заявки 2’-фтор-, хлор- або бром-похідна рибонуклеотиду або рибонуклеотиду з 2’-OH заміщеним замісником, описаним у заявках Martin або Sproat, називається «2’-заміщеним рибонуклеотидом». У контексті даної заявки термін «нуклеотид РНК-типу» означає 2’-гідроксил або 2’-заміщений нуклеотид, який зв'язаний із іншими нуклеотидами змішаного дуплексного олігонуклеотиду незаміщеним фосфодіефірним зв'язком або будь-яким ненатуральним зв'язком із описаних у Kmiec I або Kmiec II. У контексті даної заявки термін «нуклеотид дезоксириботипу» означає нуклеотид, який містить 2’-H, який може бути зв'язаний із іншими нуклеотидами олігонуклеотиду репарації генів незаміщеним фосфодіефірним зв'язком або будь-яким ненатуральним зв'язком згідно з Kmiec I або Kmiec II. [0100] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, олігонуклеотид для репарації генів може являти собою змішаний дуплексний олігонуклеотид (MDON), зв'язаний винятково незаміщеними фосфодіефірними зв'язками. Згідно з альтернативними варіантами реалізації, зв'язок здійснюється за рахунок заміщених фосфодіефірів, похідних фосфодіефірів і зв'язків не на основі фосфору згідно з описом в Kmiec II. Згідно зі ще одним варіантом реалізації, кожний нуклеотид РНК-типу в змішаному дуплексному олігонуклеотиді являє собою 2’-заміщений нуклеотид. Зокрема, переважні варіанти реалізації 2’-заміщених рибонуклеотидів включають, не обмежуючись перерахованими, 2’-фтор-, 2’-метокси-, 2’-пропілокси-, 2’-алілокси-, 2’-гідроксилетилокси-, 2’метоксиетилокси-, 2’-фторпропілокси- і 2’-трифторпропілокси-заміщені рибонуклеотиди. Більш переважні варіанти реалізації 2’-заміщених рибонуклеотидів представлені 2’-фтор-, 2’-метокси-, 2’-метоксиетилокси- і 2’-алілокси-заміщеними нуклеотидами. Згідно з іншим варіантом реалізації, змішаний дуплексний олігонуклеотид зв'язаний за допомогою незаміщених фосфодіефірних зв'язків. 17 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 [0101] Незважаючи на те, що змішані дуплексні олігонуклеотиди (MDON), які містять тільки один тип 2’-заміщених нуклеотидів РНК-типу, є зручнішими для синтезу, способи згідно з даним винаходом можуть також включати застосування змішаних дуплексних олігонуклеотидів, які містять два або більше типів нуклеотидів РНК-типу. На функцію РНК-сегменту може й не впливати розрив, викликаний введенням дезоксинуклеотиду між двома тринуклеотидами РНКтипу, відповідно термін «РНК-сегмент» охоплює такі терміни, як «перерваний РНК-сегмент». Безперервний РНК-сегмент називається суцільним РНК-сегментом. Згідно з альтернативним варіантом реалізації, РНК-сегмент може містити стійкі до РНКази та незаміщені 2’-OH нуклеотиди, що чергуються. Зазначені змішані дуплексні олігонуклеотиди переважно містять менше 100 нуклеотидів, більш переважно менше 85 нуклеотидів, але більше 50 нуклеотидів. Перша і друга нитки спарені за Уотсоном-Кріком. Згідно з одним із варіантів реалізації, нитки змішаного дуплексного олігонуклеотиду ковалентно зв'язані лінкером, таким як одноланцюжковий гекса-, пента- або тетрануклеотид, таким чином, що перша та друга нитки являють собою сегменти одного олігонуклеотидного ланцюга, який має один 3’- і один 5’-кінець. Зазначені 3’- і 5’-кінці можуть бути захищені додаванням «шпилькоподібного кепа», який відрізняється тим, що 3’- і 5’-кінцеві нуклеотиди спарені за Уотсоном-Кріком із суміжними нуклеотидами. Другий шпилькоподібний кеп може додатково бути присутнім у місці з’єднання першої та другої ниток, віддаленого від 3’- і 5’-кінців, так що стабілізується спарювання за Уотсоном-Кріком між першою та другою нитками. [0102] Зазначені перша та друга нитки містять дві області, гомологічні до двох фрагментів цільового гена, тобто мають ту ж послідовність, що і цільовий ген. Гомологічна область містить нуклеотиди РНК-сегмента і може містити один або більше нуклеотид ДНК-типу з'єднуючого ДНК-сегмента, а також може містити нуклеотиди ДНК-типу, які не входять до складу вставного ДНК-сегмента. Зазначені дві області гомології розділені областю, яка містить послідовність, що відрізняється від послідовності цільового гена та називається «гетерологічною областю»; і кожна з них примикає до неї. Зазначена гетерологічна область може містити один, два або три помилково спарені нуклеотиди. Зазначені помилково спарені нуклеотиди можуть бути суцільними або, в одному з варіантів, можуть бути розділеними одним або двома нуклеотидами, гомологічними цільовому гену. У одному з варіантів, зазначена гетерологічна область може також містити вставку з одного, двох, трьох або з п'яти чи менше нуклеотидів. У одному з варіантів, послідовність змішаного дуплексного олігонуклеотиду може відрізнятися від послідовності цільового гена тільки делецією одного, двох, трьох або п'яти чи менше нуклеотидів зі змішаного дуплексного олігонуклеотиду. Довжина і розташування гетерологічної області в цьому випадку відповідають довжині делеції, навіть якщо в складі зазначеної гетерологічної області відсутні нуклеотиди змішаного дуплексного олігонуклеотиду. Відстань між фрагментами цільового гена, комплементарними до двох гомологічних областей, ідентична довжині гетерологічної області, де планується заміна або заміни. Якщо гетерологічна область містить вставку, зазначені гомологічні області за рахунок цього рознесені в змішаному дуплексному олігонуклеотиді на більшу відстань у порівнянні з комплементарними до них гомологічними фрагментами в гені; якщо гетерологічна область кодує делецію, справедливим є зворотне твердження. [0103] Кожний із РНК-сегментів змішаних дуплексних олігонуклеотидів являє собою частину гомологічної області, тобто області, ідентичної за послідовністю фрагмента цільового гена; зазначені сегменти в сукупності переважно містять щонайменше 13 нуклеотидів РНК-типу й переважно від 16 до 25 нуклеотидів РНК-типу або, ще більш переважно, 18-22 нуклеотидів РНКтипу, або, найбільш переважно, 20 нуклеотидів. Згідно з одним із варіантів реалізації, РНКсегменти гомологічних областей розділені проміжним ДНК-сегментом і суміжні з ним, тобто «з'єднані» ним. Згідно з одним із варіантів реалізації, кожний нуклеотид гетерологічної області являє собою нуклеотид проміжного ДНК-сегмента. Проміжний ДНК-сегмент, який містить гетерологічну область змішаного дуплексного олігонуклеотиду, називається «мутаторним сегментом». [0104] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, олігонуклеотид для репарації генів (GRON) може являти собою одноланцюжковий олігодезоксинуклеотидний мутаційний вектор (SSOMV), наприклад, такий як описаний у міжнародній заявці на патент PCT/US00/23457, патентах США № 6271360, № 6479292 і № 7060500, включених до даної заявки в усій повноті за допомогою посилань. Послідовність SSOMV основана на тих же принципах, що й мутаційні вектори, описані, наприклад, у патентах США №№ 5756325, 5871984, 5760012, 5888983, 5795972, 5780296, 5945339, 6004804 і 6010907 та в міжнародних публікаціях №№ WO 98/49350, WO 99/07865, WO 99/58723, WO 99/58702 і WO 99/40789. Послідовність SSOMV містить дві області, гомологічні 18 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 цільовій послідовності, розділені областю, називаною мутаторною областю, яка містить необхідну генетичну зміну. Зазначена мутаторна область може мати послідовність тієї ж довжини, що й послідовність, яка розділяє гомологічні області в цільовій послідовності, але сама ця послідовність є іншою. Така мутаторна область може викликати заміну. У одному з варіантів, гомологічні області в SSOMV можуть бути послідовними одна відносно одної, в той час як області в цільовому гені, що мають ту ж послідовність, розділені одним, двома або більше нуклеотидами. Такий SSOMV призводить до видалення з цільового гена нуклеотидів, відсутніх у зазначеному SSOMV. Нарешті, послідовність цільового гена, ідентична гомологічним областям, може бути суміжною в цільовому гені, але розділеною одним, двома або більше нуклеотидами в послідовності SSOMV. Такий SSOMV призводить до вставки до послідовностей цільового гена. [0105] Нуклеотиди SSOMV являють собою дезоксирибонуклеотиди, зв'язані немодифікованими фосфодіефірними зв'язками за винятком того, що 3’-кінцевий і/або 5’кінцевий міжнуклеотидний зв'язок або, в одному з варіантів, два 3’-кінцеві і/або 5’-кінцеві міжнуклеотидні зв'язки можуть бути фосфотіоатними або фосфоамідатними. У контексті даної заявки міжнуклеотидний зв'язок являє собою зв'язок між нуклеотидами SSOMV і не включає зв'язок між 3’-кінцевим нуклеотидом або 5’-кінцевим нуклеотидом і блокувальним замісником. Згідно з конкретним варіантом реалізації, довжина SSOMV становить від 21 до 55 дезоксинуклеотидів, а довжини гомологічних областей рівні, відповідно, загальній довжині щонайменше 20 дезоксинуклеотидів, і кожна з щонайменше двох гомологічних областей повинні мати довжину, яка складає щонайменше 8 дезоксинуклеотидів. [0106] SSOMV може бути сконструйований так, щоб бути комплементарним до або кодуючої, або некодуючої нитки цільового гена. Якщо необхідна мутація являє собою заміну однієї основи, переважно, щоб і мутаторний нуклеотид, і нуклеотид-мішень являли собою піримідин. У тому випадку, якщо це узгоджується з досягненням необхідного функціонального результату, переважно, щоб і мутаторний нуклеотид, і нуклеотид-мішень у комплементарній нитці являли собою піримідини. Зокрема, переважними є такі SSOMV, які кодують трансверсійні мутації, тобто C або T мутаторний нуклеотид помилково спарюється відповідно з нуклеотидом C або T у комплементарній нитці. [0107] Крім олігодезоксинуклеотиду, SSOMV може містити 5’-блокувальний замісник, приєднаний до 5’-кінцевих вуглеців через лінкер. Хімія лінкера не є критичною, на відміну від його довжини, яка переважно становить щонайменше 6 атомів, а також того, що лінкер повинен бути гнучким. Можуть застосовуватися різні нетоксичні замісники, такі як біотин, холестерин або інші стероїди, або неінтеркалюючий катіонний флуоресцентний барвник. Зокрема, переважними реагентами для одержання SSOMV є реагенти, які продаються як Cy3™ і Cy5™ компанією Glen Research, Стерлінг, Віргінія (у даний час – GE Healthcare), які являють собою блоковані фосфороамідити і які при введенні до олігонуклеотиду дають 3,3,3’,3’-тетраметил-N,N'ізопропіл-заміщені індомонокарбоціанінові та індодикарбоціанінові барвники відповідно. Cy3 є особливо переважним. Якщо індокарбоціанін є N-оксиалкіл-заміщеним, він може бути зручно приєднаний до 5’-кінця олігодезоксинуклеотиду у вигляді фосфодіефіру з 5’-кінцевим фосфатом. Хімія лінкера барвника між барвником і олігодезоксинуклеотидом не є критичною, і його вибирають виходячи зі зручності синтезу. При застосуванні за призначенням комерційно доступного фосфороамідиту Cy3 результуюча 5’-модифікація складається з блокувального замісника й лінкера, які разом складають N-гідроксипропіл-, N'-фосфатидилпропіл-3,3,3’,3’тетраметиліндомонокарбоціанін. [0108] Згідно з переважним варіантом реалізації, індокарбоціаніновий барвник є тетразаміщеним за положеннями 3- і 3’-індольних кілець. Без певного теоретичного обґрунтування можна вважати, що зазначені заміщення не дозволяють барвнику бути інтеркалюючим барвником. Природа замісників у цих положеннях не є критичною. SSOMV може додатково містити 3’-блокувальний замісник. У цьому випадку також хімія зазначеного 3’-блокувального замісника не є критичною. [0109] Описані в даній заявці мутації можуть також бути здійснені шляхом мутагенезу (випадкового, соматичного або спрямованого) та будь-яких інших технік «редагування» ДНК або рекомбінації, включаючи, але не обмежуючись перерахованими, спрямований вплив на гени із застосуванням сайт-специфічної гомологічної рекомбінації за допомогою нуклеаз «цинкові пальці». Доставка олігонуклеотидів репарації генів до рослинних клітин [0110] Будь-який загальновідомий спосіб, підходящий для трансформації рослинної клітини, може застосовуватися для доставки олігонуклеотидів репарації генів. Приклади способів описані нижче. 19 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Мікроносії та мікроволокна [0111] Застосування металевих мікроносіїв (мікросфер) для введення великих фрагментів ДНК до рослинних клітин із целюлозними клітинними стінками шляхом проникнення бомбардуючих часток є загальновідомим для фахівців у відповідній області техніки (тут і далі – біолістичної доставки). У патентах США № 4945050, 5100792 і 5204253 описані загальні методи вибору мікроносіїв і пристроїв для бомбардування ними. [0112] Конкретні умови застосування мікроносіїв у способах згідно з даною заявкою описані в міжнародній публікації WO 99/07865. Згідно з ілюстративною методикою, охолоджені до температури льоду мікроносії (60 мг/мл), змішаний дуплексний олігонуклеотид (60 мг/мл), 2,5 M CaСl2 і 0,1 M спермідину додають у зазначеному порядку; суміш обережно перемішують, наприклад, на вортексі, протягом 10 хвилин і потім залишають при кімнатній температурі на 10 хвилин, після чого мікроносії розводять у 5 об'ємах етанолу, центрифугують і ресуспендують у 100 % етанолі. Хороші результати можуть бути отримані при концентрації в адгезивному розчині 8-10 мкг/мкл мікроносіїв, 14-17 мкг/мл змішаного дуплексного олігонуклеотиду, 1,1-1,4 M CaСl2 і 18-22 мМ спермідину. Оптимальні результати спостерігалися в умовах із 8 мкг/мкл мікроносіїв, 16,5 мкг/мл змішаного дуплексного олігонуклеотиду, 1,3 M CaСl 2 і 21 мМ спермідину. [0113] Олігонуклеотиди репарації генів можуть також бути введені до рослинних клітин для застосування згідно з даним описом із використанням мікроволокон для проходження через клітинну стінку й клітинну мембрану. У патенті США № 5302523 (Coffee et al.) описане застосування 30 × 0,5 мкм і 10 × 0,3 мкм волокон карбіду кремнію для полегшення трансформації суспензійних культур кукурудзи Black Mexican Sweet. Будь-які фізичні методи, підходящі для введення ДНК для трансформації рослинної клітини із застосуванням мікроволокон, можуть застосовуватися для доставки олігонуклеотидів для репарації генів для трансмутації. [0114] Приклад методики доставки олігонуклеотидів репарації генів за допомогою мікроволокон виглядає наступним чином: Стерильні мікроволокна (2 мкг) суспендують у 150 мкл культурального середовища для рослин, яке містить приблизно 10 мкг змішаного дуплексного олігонуклеотиду. Суспензійній культурі дають осісти; рівні об'єми клітинного осаду та стерильної суспензії волокна/нуклеотиду перемішують на вортексі протягом 10 хвилин і висівають. Селективні середовища застосовують відразу або з затримкою до приблизно 120 год у залежності від вимог для конкретної ознаки. Електропорація протопластів [0115] Згідно з альтернативним варіантом реалізації, олігонуклеотиди репарації генів можуть бути доставлені до рослинної клітини за допомогою електропорації протопласта, отриманого з частин рослин. Зазначені протопласти одержують за допомогою обробки частин рослин ферментами, зокрема листка, відповідно до методик, загальновідомих фахівцям у даній області техніки. Див., наприклад, Gallois et al., 1996, в Methods in Molecular Biology 55:89-107, Humana Press, Totowa, N.J.; Kipp et al., 1999, в Methods in Molecular Biology 133:213-221, Humana Press, Totowa, N.J. Зазначені протопласти не мають потреби в культивуванні на ростових середовищах перед електропорацією. Ілюстративні умови для електропорації – 3×105 протопластів у загальному об'ємі 0,3 мл з концентрацією олігонуклеотиду репарації генів від 0,6 до 4 мкг/мл. ПЕГ-опосередковане захоплення ДНК протопластами [0116] Згідно з альтернативним варіантом реалізації, нуклеїнові кислоти захоплюються рослинними протопластами в присутності мембраномодифікуючого агента поліетиленгліколю відповідно до методик, загальновідомих фахівцям у даній області техніки (див., наприклад, Gharti-Chhetri et al., 1992; Datta et al., 1992). Мікроін’єктування [0117] Згідно з альтернативним варіантом реалізації олігонуклеотиду, репарації генів можуть бути доставлені ін’єктуванням через мікрокапіляр до рослинних клітин або до протопластів (див., наприклад, Miki et al., 1989; Schnorf et al., 1991). Трансгеніка [0118] Згідно з будь-яким із різних аспектів і варіантів реалізації композицій і способів, описаних у даній заявці, мутації в генах і білках можуть бути отримані із застосуванням, наприклад, трансгенної технології. Згідно з деякими варіантами реалізації, зазначені композиції та способи включають рослину або рослинну клітину, яка містить трансформовану конструкцію нуклеїнової кислоти, що включає промотор, функціонально пов'язаний із описаним у даній заявці нуклеотидом PPX. Способи згідно з даним винаходом можуть включати введення описаної в даній заявці конструкції нуклеїнової кислоти PPX щонайменше до однієї рослинної 20 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 клітини та регенерування з неї трансформованої рослини. Зазначена конструкція нуклеїнової кислоти містить щонайменше один нуклеотид, який кодує стійкий до гербіцидів білок PPX згідно з описом у даній заявці, зокрема нуклеотидні послідовності з наведених на Фігурах 2, 4, 6, 8, 10 і 12, і їхні фрагменти та варіанти. Зазначені способи також включають застосування промотору, здатного керувати генною експресією в рослинній клітині. Згідно з одним із варіантів реалізації, такий промотор являє собою конститутивний промотор або тканинно-селективний промотор. Рослина, отримана за допомогою зазначених способів, може мати підвищену активність PPX і/або, зокрема, активність стійкого до гербіцидів PPX у порівнянні з нетрансформованою рослиною. Відповідно, зазначені способи знаходять застосування для посилення або збільшення стійкості рослин щонайменше до одного гербіциду, що збільшує активність ферменту PPX, зокрема в присутності гербіциду, що інгібує РРХ. [0119] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, способи одержання стійкої до гербіцидів рослини можуть включати трансформування рослинної клітини конструкцією нуклеїнової кислоти, яка містить нуклеотидну послідовність, функціонально пов'язану з промотором, який керує експресією в рослинній клітині, і регенерування трансформованої рослини з зазначеної трансформованої рослинної клітини. Зазначена нуклеотидна послідовність обрана з таких нуклеотидних послідовностей, які кодують стійкі до гербіцидів PPX, описані в даній заявці, зокрема з нуклеотидних послідовностей, наведених на Фіг. 2, 4, 6, 8, 10 і 12, і їхніх фрагментів і варіантів. Стійка до гербіцидів рослина, отримана зазначеним способом, має підвищену стійкість у порівнянні з нетрансформованою рослиною щонайменше до одного гербіциду, зокрема гербіциду, який впливає на активність ферменту PPX, такого як, наприклад, гербіцид, що інгібує PPX. [0120] Описані молекули нуклеїнових кислот можуть застосовуватися в конструкціях нуклеїнової кислоти для трансформації рослин, наприклад, сільськогосподарських рослин, таких як Solanum tuberosum. Згідно з одним із варіантів реалізації, такі конструкції нуклеїнової кислоти, які містять молекули нуклеїнових кислот згідно з даним описом, можуть застосовуватися для одержання трансгенних рослин, які мають стійкість до гербіцидів, наприклад, відомих гербіцидів, що придушують активність PPX, таких як PPX-інгібуючі гербіциди. Зазначені конструкції нуклеїнової кислоти можуть застосовуватися в експресійних касетах, експресійних векторах, трансформуючих векторах, плазмідах і т.п. Трансгенні рослини, отримані після трансформації такими конструкціями, демонструють підвищену стійкість до PPXінгібуючих гербіцидів, таких як, наприклад, гербіциди флуміоксазин і сульфентразон. Конструкції [0121] Молекули нуклеїнових кислот, описані в даній заявці (наприклад, мутантні гени PPX), можуть застосовуватися при одержанні рекомбінантних конструкцій нуклеїнової кислоти. Згідно з одним із варіантів реалізації, молекули нуклеїнових кислот згідно з даним описом можуть застосовуватися при одержанні конструкцій нуклеїнової кислоти, наприклад, експресійних касет для експресії в рослині, що представляє інтерес. [0122] Експресійні касети можуть включати регуляторні послідовності, функціонально пов'язані з послідовностями нуклеїнових кислот PPX, описаними в даній заявці. Зазначена касета може додатково містити щонайменше один додатковий ген, яким котрансформують організм. У одному з варіантів, зазначений(і) додатковий(і) ген(и) може(уть) бути поміщений(і) до декількох експресійних касет. [0123] Зазначені конструкції нуклеїнової кислоти можуть містити безліч сайтів рестрикції для вставки послідовностей нуклеїнової кислоти PPX з регуляцією їх транскрипції регуляторними областями. Зазначені конструкції нуклеїнової кислоти можуть додатково містити молекули нуклеїнових кислот, які кодують гени маркерів селекції. [0124] При одержанні зазначених конструкцій нуклеїнової кислоти може застосовуватися будь-який промотор. Зазначений промотор може бути нативним або аналогічним, чужорідним або гетерологічним для рослини-хазяїна і/або послідовностей нуклеїнових кислот PPX, описаних у даній заявці. Крім того, зазначений промотор може являти собою природну послідовність або, в одному з варіантів, синтетичну послідовність. У тому випадку, якщо промотор є «чужорідним» або «гетерологічним» для рослини-хазяїна, припускається, що зазначений промотор не виявляється в природній рослині, до якої вводять зазначений промотор. У тому випадку, якщо зазначений промотор є «чужорідним» або «гетерологічним» для послідовностей нуклеїнових кислот PPX, описаних у даній заявці, припускається, що зазначений промотор не є нативним або промотором, що зустрічається в природі, для функціонально пов'язаних послідовностей нуклеїнових кислот PPX, описаних у даній заявці. У контексті даної заявки гібридний ген містить кодуючу послідовність, функціонально пов'язану з областю ініціації транскрипції, гетерологічною зазначеній кодуючій послідовності. 21 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 [0125] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, послідовності нуклеїнових кислот PPX, описані в даній заявці, можуть бути експресованими з застосуванням гетерологічних промоторів; при одержанні зазначених конструкцій можуть застосовуватися послідовності нативного промотору. Такі конструкції змінюють рівні експресії білка PPX у рослині або рослинній клітині. Відповідно, змінюється фенотип зазначеної рослини або рослинної клітини. [0126] При одержанні конструкцій для контролю експресії кодуючої послідовності PPX можуть застосовуватися будь-які промотори, такі як промотори для конститутивної, тканинноселективної, індукованої експресії або інші промотори для експресії в рослинах. Конститутивні промотори включають, наприклад, коровий промотор промотору Rsyn7 та інші конститутивні промотори, описані в WO 99/43 838 і патенті США № 6072050; коровий промотор CaMV 35S (Оdell et al. (1985) Nature 313:810-812); актину рису (Mcelroy et al. (1990) Plant Cell 2:163-171); убіквітину (Christensen et al. (1989) Plant Mol. Biol. 12:619-632 і Christensen et al. (1992) Plant Mol. Biol. 18:675-689); pEMU (Last et al. (1991) Theor. Appl. Genet. 81:581-588); MAS (Velten et al. (1984) EMBO J. 3:2723-2730); промотор ALS (патент США № 5659026) і т.п. Інші конститутивні промотори включені, наприклад, до патентів США № 5608149; 5608144; 5604121; 5569597; 5466785; 5399680; 5268463; 5608142; і 6177611. [0127] Тканинно-селективні промотори можуть застосовуватися для спрямованої експресії PPX в певній тканині рослини. Такі тканинно-селективні промотори включають, не обмежуючись перерахованими, специфічні для листя промотори, специфічні для коріння промотори, специфічні для насіння промотори і специфічні для стебел промотори. Тканинно-селективні промотори включають Yamamoto et al. (1997) Plant J. 12(2):255-265; Kawamata et al. (1997) Plant Cell Physiol. 38(7):792-803; Hansen et al. (1997) Mol. Gen Genet. 254(3):337-343; Russell et al. (1997) Transgenic Res. 6(2):157-168; Rinehart et al. (1996) Plant Physiol. 1 12(3):1331-1341; Van Camp et al. (1996) Plant Physiol. 1 12(2):525-535; Canevascini et al. (1996) Plant Physiol. 112(2): 513-524; Yamamoto et al. (1994) Plant Cell Physiol. 35(5):773-778; Lam (1994) Results Probl. Cell Differ. 20:181-196; Orozco et al. (1993) Plant Mol Biol. 23(6):1129-1138; Matsuoka et al. (1993) Proc Natl. Acad. Sci. USA 90(20):9586- 9590; і Guevara-Garcia et al. (1993) Plant J. 4(3):495-505. [0128] Зазначені конструкції нуклеїнової кислоти також можуть включати області термінації транскрипції. При застосуванні областей термінації транскрипції будь-яка область термінації може застосовуватися при одержанні зазначених конструкцій нуклеїнової кислоти. Наприклад, зазначена область термінації може бути нативною для зазначеної області ініціації транскрипції, може бути нативною для функціонально пов'язаної послідовності PPX, що представляє інтерес, може бути нативною для рослини-хазяїна або може бути отримана з іншого джерела (тобто чужорідного або гетерологічного до промотору, молекули, що представляє інтерес, нуклеїнової кислоти PPX, рослини-хазяїна або будь-якої їх комбінації). Приклади областей термінації, доступних для застосування в конструкціях згідно з даним описом, включають області термінації з Ti-плазміди A. tumefaciens, такі як області термінації октопінсинтази та нопалінсинтази. Див. також Guerineau et al. (1991) Mol. Gen. Genet. 262:141-144; Proudfoot (1991) Cell 64:671-674; Sanfacon et al. (1991) Genes Dev. 5:141-149; Mogen et al. (1990) Plant Cell 2:1261-1272; Munroe et al. (1990) Gene 91:151-158; Ballas et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17:7891-7903; і Joshi et al. (1987) Nucleic Acid Res. 15:9627-9639. [0129] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, нуклеїнові кислоти можуть бути оптимізовані для підвищення експресії в трансформованій рослині, тобто нуклеїнові кислоти, які кодують мутантні білки PPX, можуть бути синтезовані з застосуванням кодон-оптимізації для підвищення експресії в рослинах. Див., наприклад, опис застосування хазяйської кодон-оптимізації в Campbell and Gowri (1990) Plant Physiol. 92:1-11. У даній області техніки існують способи синтезу генів, оптимізованих для рослин. Див., наприклад, патенти США № 5380831 і № 5436391 та Murray et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17:477-498. [0130] Крім того, описані в даній заявці послідовності нуклеїнових кислот можуть бути модифіковані іншим чином. Наприклад, відомо, що додаткові модифікації послідовностей підвищують експресію в клітинах-хазяїнах. Такі модифікації включають елімінацію послідовностей, які кодують помилкові сигнали поліаденілювання, сигнали сайтів сплайсингу екзонів/інтронів, транспозоноподібні повтори та інші такі добре вивчені послідовності, які можуть виявляти негативну дію на генну експресію. Вміст G-C в зазначеній послідовності також може бути скоректований до рівнів, які приблизно відповідають цільовим клітинам-хазяїнам, згідно з підрахунками, основаними на порівнянні з відомими генами, які експресуються в клітині-хазяїні. Крім того, зазначена послідовність може бути модифікованою, щоб уникнути формування передбачених вторинних шпилькових структур мРНК. 22 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 [0131] Інші послідовності нуклеїнових кислот можуть також застосовуватися при одержанні конструкцій згідно з даним винаходом, наприклад, для підвищення експресії кодуючої послідовності PPX. Такі послідовності нуклеїнових кислот включають інтрони AdhI кукурудзи, ген intronl (Callis et al. (1987) Genes and Development 1:1183-1200) і лідерні послідовності (Wпослідовність) вірусу тютюнової мозаїки (TMV), вірусу хлоротичної плямистості кукурудзи та вірусу мозаїки люцерни (Gallie et al.(1987) Nucleic Acid Res. 15:8693-8711 і Skuzeski et al. (1990) Plant Mol. Biol. 15:65-79, 1990). Було показано, що перший інтрон локусу shrunken-1 кукурудзи збільшує експресію генів у гібридних генних конструкціях. У патентах США № 5424412 і № 5593874 описане застосування конкретних інтронів у конструкціях для генної експресії; Gallie et al. ((1994) Plant Physiol. 106:929-939) також показали, що інтрони підходять для регуляції генної експресії тканинно-специфічним чином. Для більшого посилення або оптимізації експресії гена PPX, рослинні експресійні вектори, описані в даній заявці, можуть також містити послідовності ДНК, які містять ділянки прикріплення до матрикса (MAR). Рослинні клітини, трансформовані такими модифікованими експресійними системами, відповідно можуть демонструвати надекспресію або конститутивну експресію нуклеотидної послідовності згідно з даним описом. [0132] Експресійні конструкції, описані в даній заявці, можуть також включати послідовності нуклеїнових кислот, які здатні спрямовувати експресію послідовності PPX до хлоропластів. Такі послідовності нуклеїнових кислот включають націлені на хлоропласти послідовності, які кодують транзитний пептид хлоропласта для спрямування генного продукту, що представляє інтерес, до хлоропластів рослинної клітини. Такі транзитні пептиди відомі в даній області техніки. Стосовно націлених на хлоропласти послідовностей «функціонально пов'язаний» означає, що послідовність нуклеїнової кислоти, яка кодує транзитний пептид (тобто націлена на хлоропласти послідовність) пов'язана з молекулами нуклеїнових кислот PPX, описаними в даній заявці, таким чином, що зазначені дві послідовності є послідовними та знаходяться в межах однієї і тієї ж рамки зчитування. Див., наприклад, Von Heijne et al. (1991) Plant Mol. Biol. Rep. 9:104-126; Clark et al. (1989) J. Biol. Chem. 264:17544-17550; Della-Cioppa et al. (1987) Plant Physiol. 84:965968; Romer et al. (1993) Biochem. Biophys. Res. Commun. 196:1414-1421; і Shah et al. (1986) Science 233:478-481. У той час як білки PPX, описані в даній заявці, можуть включати нативний транзитний пептид хлоропласта, будь-який відомий у даній області техніки транзитний пептид хлоропласта може бути гібридизований із послідовністю амінокислот зрілого білка PPX шляхом функціонального зв'язування націленої на хлоропласти послідовності з 5’-кінцем нуклеотидної послідовності, яка кодує зрілий білок PPX. [0133] Націлені на хлоропласти послідовності відомі в даній області техніки і включають хлоропластну малу субодиницю рибулозо-1,5-біфосфаткарбоксилази (Rubisco) (de Castro Silva Filho et al. (1996) Plant Mol. Biol. 30:769-780; Schnell et al. (1991) J. Biol. Chem. 266(5):3335-3342); 5-(еноїлпірувіл)шикимат-3-фосфатсинтазу (EPSPS) (Archer et al. (1990) J. Bioenerg. Biomemb. 22(6):789-810); триптофансинтазу (Zhao et al. (1995) J. Biol. Chem. 270(1 1):6081-6087); пластоціанін (Lawrence et al. (1997) J. Biol. Chem. 272(33):20357-20363); хоризматсинтазу (Schmidt et al. (1993) J. Biol. Chem. 268(36):27447-27457); і світлозбираючий хлорофіл A/Bзв’язуючий білок (LHBP) (Lamppa et al. (1988) J. Biol. Chem. 263:14996-14999). Див. також Von Heijne et al. (1991) Plant Mol. Biol. Rep. 9:104-126; Clark et al. (1989) J. Biol. Chem. 264:1754417550; Della-Cioppa et al. (1987) Plant Physiol. 84:965-968; Romer et al. (1993) Biochem. Biophys. Res. Commun. 196:1414-1421; і Shah et al. (1986) Science 233 :478-481. [0134] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій можуть бути отримані конструкції нуклеїнової кислоти для спрямування експресії мутантної кодуючої послідовності PPX з хлоропласта рослинної клітини. Способи трансформації хлоропластів відомі в даній області техніки. Див., наприклад, Svab et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8526-8530; Svab and Maliga (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:913-917; Svab and Maliga (1993) EMBO J. 12:601-606. Зазначений спосіб оснований на доставці за допомогою генної гармати ДНК, яка містить маркер селекції, і на спрямованому переміщенні зазначеної ДНК до пластидного геному за допомогою гомологічної рекомбінації. Додатково трансформація пластиду може проводитися шляхом трансактивації мовчазного трансгена пластидного походження за допомогою тканинно-селективної експресії, яка кодується в ядрі та спрямовується до пластидів РНК-полімерази. Така система описана в McBride et al. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:7301-7305. [0135] Нуклеїнові кислоти для спрямованого переміщення до хлоропласта, що представляють інтерес, можуть бути оптимізовані для експресії в зазначеному хлоропласті з урахуванням різниці серед зустрічальності кодонів між ядром рослинної клітини та зазначеною органелою. Таким чином, нуклеїнові кислоти, що представляють інтерес, можуть бути синтезовані з застосуванням хлоропласт-оптимізованих кодонів. Див., наприклад, патент США 23 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 № 5380831, включений до даної заявки за допомогою посилання. [0136] Зазначені конструкції нуклеїнової кислоти можуть застосовуватися для трансформування рослинних клітин і регенерування трансгенних рослин, які містять кодуючі послідовності мутантного PPX. Існують різноманітні рослинні трансформуючі вектори і способи трансформації рослин. Див., наприклад, патент США № 6753458, An, G. et al. (1986) Plant Physiol., 81:301-305; Fry, J. et al. (1987) Plant Cell Rep. 6:321-325; Block, M. (1988) Theor. Appl Genet.76:767-774; Hinchee et al. (1990) Stadler. Genet. Symp.203212.203-212; Cousins et al. (1991) Aust. J. Plant Physiol. 18:481-494; Chee, P. P. and Slightom, J. L. (1992) Gene.118:255-260; Christou et al. (1992) Trends. Biotechnol. 10:239-246; D'Halluin et al. (1992) Bio/Technol. 10:309-3 14; Dhir et al. (1992) Plant Physiol. 99:81-88; Casas et al. (1993) Proc. Nat. Acad Sci. USA 90:1121211216; Christou, P. (1993) In Vitro Cell. Dev. Biol.-Plant; 29P:1 19-124; Davies, et al. (1993) Plant Cell Rep. 12:180-183; Dong, J. A. and Mc Hughen, A. (1993) Plant Sci. 91:139-148; Franklin, C. I. and Trieu, T. N. (1993) Plant. Physiol. 102:167; Golovkin et al. (1993) Plant Sci. 90:41-52; Guo Chin Sci. Bull. 38:2072-2078; Asano, et al. (1994) Plant Cell Rep. 13; Ayeres N. M. and Park, W. D. (1994) Crit. Rev. Plant. Sci. 13:219-239; Barcelo et al. (1994) Plant. J. 5:583-592; Becker, et al. (1994) Plant. J. 5:299-307; Borkowska et al. (1994) Acta. Physiol Plant. 16:225- 230; Christou, P. (1994) Agro. Foоd. Ind. Hi Tech. 5: 17-27; Eapen et al. (1994) Plant Cell Rep. 13:582-586; Hartman et al. (1994) Bio-Technology 12: 919923; Ritala et al. (1994) Plant. Mol. Biol. 24:317-325; and Wan, Y. C. and Lemaux, P. G. (1994) Plant Physiol. 104:3748. Зазначені конструкції можуть бути трансформовані в рослинних клітинах із застосуванням гомологічної рекомбінації. [0137] Дані конструкції, які містять описані в даній заявці послідовності нуклеїнових кислот PPX, можуть застосовуватися в різних способах одержання трансгенних клітин-хазяїнів, таких як бактерії та дріжджі, і для трансформування рослинних клітин, і, в деяких випадках, регенерування трансгенних рослин. Наприклад, способи одержання трансгенної сільськогосподарської рослини, яка містить мутантні білки PPX, описані в даній заявці, яка відрізняється тим, що експресія нуклеїнових(ої) кислот(и) в зазначеній рослині призводить до толерантності до гербіцидів у порівнянні з рослинами дикого типу або з відомими рослинами з мутантним PPX, включають: (a) введення до рослинної клітини експресійного вектора, який містить нуклеїнову кислоту, що кодує мутантний білок PPX, і (b) одержання з зазначеної рослинної клітини трансгенної рослини, яка є гербіцидотолерантною. Мутації PPX [0138] Зазначені композиції та способи можуть відноситися щонайменше частково до мутацій у гені PPX, наприклад, мутацій, які надають рослині стійкість або толерантність до гербіциду з сімейства гербіцидів, що інгібують PPX. Також зазначені композиції та способи згідно з деякими варіантами реалізації відносяться до застосування олігонуклеотиду репарації генів для одержання необхідної мутації в хромосомних або епісомних послідовностях рослини в гені, що кодує білок PPX. Мутантний білок, який може згідно з деякими варіантами реалізації суттєво підтримувати каталітичну активність білка дикого типу, забезпечує підвищену стійкість або толерантність рослини до гербіциду PPX-інгібуючого сімейства і, таким чином, згідно з деякими варіантами реалізації забезпечує суттєво нормальний ріст або розвиток зазначеної рослини, її органів, тканин або клітин у порівнянні з рослиною дикого типу незалежно від присутності або відсутності зазначеного гербіциду. Зазначені композиції та способи також відносяться до нетрансгенної або трансгенної рослинної клітини, ген PPX якої піддався мутації, до регенерованої з неї нетрансгенної або трансгенної рослини, а також рослини, отриманої в результаті схрещування із застосуванням регенерованої нетрансгенної або трансгенної рослини з рослиною, яка містить мутацію, наприклад, у іншому гені PPX. Застосування зазначених мутацій може також бути націлене на толерантність до даних інгібіторів у рослинах, включаючи сільськогосподарські рослини, водорості, бактерії, гриби і системи на основі ссавців. [0139] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, щонайменше одна мутація мутантного білка PPX може бути присутньою в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з положень 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 і 525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в одному або більше положеннях амінокислот, що відповідають положенню, обраному з групи, яка складається з положень 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 і 50 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, 24 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 52 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 85 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 111 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 130 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 139 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 143 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 144 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 145 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 147 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 165 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 180 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 185 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 192 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 193 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 199 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 206 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 219 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 220 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 226 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 228 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 229 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 230 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 244 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 256 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 270 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 271 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 272 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 305 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 311 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 316 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 318 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 332 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 357 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, 25 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 що відповідає положенню 359 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 360 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 366 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 393 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 403 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 424 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 426 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 438 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 440 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 444 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 455 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 457 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 470 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 478 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню заміни фенілаланін→гліцин у положенні, що відповідає положенню 483 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 484 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 485 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 487 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 490 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 503 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 508 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 58 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 64 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 74 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 84 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 93 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 97 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 98 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 101 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 119 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 121 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 124 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, 26 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 що відповідає положенню 139 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 150 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 151 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 157 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 164 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 170 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 177 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 187 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 188 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 195 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 214 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 215 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 229 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 230 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 271 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 274 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 278 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 283 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 292 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 296 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 307 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 324 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 330 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 396 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 404 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 406 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 410 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 421 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 423 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 434 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 447 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 448 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 449 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 451 послідовності SEQ ID 27 UA 112969 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 454 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 465 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 470 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню 500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає дві або більше мутації, щонайменше одна з яких знаходиться в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 і 525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає дві або більше мутації, щонайменше одна з яких знаходиться в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 і 500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає три або більше мутації, щонайменше одна з яких знаходиться в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з 52, 85, 105, 111, 130, 139, 143, 144, 145, 147, 165, 167, 170, 180, 185, 192, 193, 199, 206, 212, 219, 220, 221, 226, 228, 229, 230, 237, 244, 256, 257, 270, 271, 272, 305, 311, 316, 318, 332, 343, 354, 357, 359, 360, 366, 393, 403, 424, 426, 430, 438, 440, 444, 455, 457, 470, 478, 483, 484, 485, 487, 490, 503, 508 і 525 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX включає три або більше мутації, щонайменше одна з яких знаходиться в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з 58, 64, 74, 84, 93, 97, 98, 101, 119, 121, 124, 139, 150 151, 157, 164, 170, 177, 187, 188, 195, 214, 215, 229, 230, 271, 274, 278, 283, 292, 296, 307, 324, 330, 396, 404, 406, 410, 421, 423, 434, 447, 448, 449, 451, 454, 465, 470 і 500 послідовності SEQ ID NO: 9. [0140] Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, щонайменше одна мутація мутантного білка PPX може бути присутньою в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з G52, N85, N105, E111, G130, D139, P143, R144, F145, L147, F165, L167, I170, A180, P185, E192, S193, R199, V206, E212, Y219, A220, G221, L226, M228, K229, A230, K237, S244, R256, R257, K270, P271, Q272, S305, E311, T316, T318,S332, S343, A354, L357, K359, L360, A366, L393, L403, L424, Y426, S430, K438, E440, V444, L455, K457, V470, F478, F483, D484, I485, D487, K490, L503, V508 і I525 послідовності SEQ ID NO: 1. Відповідно до будь-яких описаних у даній заявці аспектів, варіантів реалізації, способів і/або композицій, щонайменше одна мутація мутантного білка PPX може бути присутньою в положенні амінокислоти, що відповідає положенню, обраному з групи, яка складається з D58, E64, G74, G84, L93, K97, K98, A101, S119, F121, T124, N139, E150, S151, Q157, V164, D170, C177, H187, L188, N195, P214, I215, K229, K230, C271, D274, F283, A292, S296, C307, N324, D330, S396, A404, R406, K410, L421, A423, C434, D447, S448, V449, D451, D454, Y465, K470 і T500 послідовності SEQ ID NO: 9. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню G52 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню N85 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню E111 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню G130 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню D139 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню P143 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню R144 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню F145 послідовності SEQ ID NO: 1. Згідно з деякими варіантами реалізації, мутантний білок PPX містить мутацію в положенні амінокислоти, що відповідає положенню L147 послідовності SEQ 28

Дивитися

Додаткова інформація

Назва патенту англійською

Mutated protoporphyrinogen ix oxidase (ppx) genes

Автори англійською

Gocal, Gregory F.W., Beetham, Peter R., de Schopke, Aura, Dumm, Sarah, Pearce, James, Schopke, Christian, Walker, Keith A.

Автори російською

Гокал Грегори Ф.В., Битэм Питэр Р., дэ Шопке Аура, Дамм Сара, Пирс Джэймс, Шопке Кристиан, Волкер Кэйт А.

МПК / Мітки

МПК: C12N 15/82, A01H 5/00, C12N 9/02

Мітки: яка, ррх, ррх-інгібуючих, одного, мутантний, ген, оксидази, містить, рослина, стійка, більше, гербіцидів, протопорфіриноген

Код посилання

<a href="https://ua.patents.su/176-112969-roslina-stijjka-do-odnogo-abo-bilshe-rrkh-ingibuyuchikh-gerbicidiv-yaka-mistit-mutantnijj-gen-protoporfirinogen-ix-oksidazi-rrkh.html" target="_blank" rel="follow" title="База патентів України">Рослина, стійка до одного або більше ррх-інгібуючих гербіцидів, яка містить мутантний ген протопорфіриноген ix оксидази (ррх)</a>

Подібні патенти