Виділений поліпептид омр106 зовнішньої мембрани moraxella catarrhalis, його пептидний фрагмент та молекули днк, що їх кодують, виділене антитіло, вакцина (варіанти) та антигенна композиція (варіанти), а також с

1. Область те хники, к которой относится изобретение Данное изобретение относится в общем к полипептиду белка-106 наружной мембраны (ОМР106) Moraxella catarrhalis. Данное изобретение включает очищенный полипептид ОМР106 и производные от него полипептиды (производные от ОМР106 полипептиды). Данное изобретение включает также антитела, в том числе, цитотоксические антитела, которые специфически связывают полипептид ОМР106 и/или производные от ОМР106 полипептиды. Кроме того, данное изобретение включает профилактические или терапевтические композиции, в том числе, вакцины, которые содержат полипептид ОМР106 и/или производные от ОМР106 полипептиды. Дополнительно данное изобретение обеспечивает способы индукции иммунных ответных реакций на М. catarrhalis в млекопитающих. Далее, данное изобретение обеспечивает выделенные нуклеотидные последовательности, кодирующие полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды, векторы, имеющие эти последовательности, и клетки-хозяева, содержащие эти векторы. 2. Уровень техники Moraxella catarrhalis, также известная как Moraxella (Branhamella) catarrhalis или Branhamella catarrhalis и ранее известная как Neisseria catarrhalis или Micro coccus catarrhalis, является грамотрицательной бактерией, часто обнаруживаемой в дыхательных путях людей. Mora xella catarrhalis, которую сначала считали безопасным комменсальным организмом, теперь признают как важный патоген в инфекциях верхних и нижних дыхательных путей животных. У людей М. catarrhalis вызывает серьезные инфекции нижних дыхательных путей у пациентов с ослабленной иммунной системой и воспаление среднего уха и синусит у младенцев и детей. См. Helminen et al., 1993, Infect. Iimun. 61:2003-2010; Catlin, B.W., 1990, Clin. Microbiol. Rev. 3:293-320; и цитированные в них ссылки. 2.1. Белки наружной мембраны и защитные антитела Компоненты наружной поверхности Moraxella catarrhalis исследовались в попытке выяснения патогенного процесса инфекций М. catarrhalis и разработки применимых терапевтических способов и профилактических мер против таких инфекций. Белки наружной мембраны (ОМР), в частности, привлекли большое внимание как возможные факторы вирулентности и как потенциальные вакцинные антигены. М. catarrhalis имеет приблизительно 10-20 различных ОМР, причем 6-8 из них, ОМР А - Н, являются преобладающими типами (Murphy and Loeb, 1989, Micribial Pathogen. 6:159-174). Молекулярные массы ОМР А - Н находятся в диапазоне от 97 до 20кДа, соответственно. См. Bartos and Murphy, 1988, J.Infect.Dis.158:761-765; Helminen et al., 1993,Infect. Immun. 61:2003-2010; Murphy et al., 1993, Molecul.Microbiol. 10:87-97; и Sarwar et al., 1992, Infect. Immun. 60:804-809. Сравнения белковых профилей при помощи электрофореза в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия (ДСН-ПААГ) препаратов наружной мембраны из 50 штаммов М. catarrhalis показали почти гомогенные распределения ОМР А - Н (Bartos and Murphy, 1988, J.Infect. Dis. 158:761-765). Кроме ОМР А - H, высокомолекулярные ОМР, названные HMW-OMP, имеющие среднюю мол. массу 350720кДа, согласно ПААГ-ДСН, были идентифицированы также в качестве другого существенного поверхностного компонента, присутствующего во многих штаммах М. catarrhalis. HMW-OMP дают при денатурации муравьиной кислотой одну полосу 120-140кДа и, следовательно, представляют собой, повидимому, олигомерный белок (Klingman and Murphy, 1994, Infect. Immun. 62:1150-1155). HMW-OMP, повидимому, является тем же белком, который был назван UspA Helminen et al., (1994, J.Infect.Dis. 170:867-872) и, как было показано, присутствует в ряде штаммов М. catarrhalis. В интактной бактерии или полученных из бактерий везикулах наружных мембран некоторые из идентифицированных выше ОМР представляют поверхностно экспонированные эпитопы, которые индуцируют образование антител, которые связывают эти ОМР, Эти антигенные ОМР включают ОМР Е и ОМР G (Murphy and Bartos, 1989, Infect. Immun. 57:2938-2941); ОМР C/D (Sarwar et al., 1992, Infect. Immun. 60:804-809); CopB, OMP 80кДа, Helminen et al., 1993, Infect. Immun. 61:2003-2010; и UspA (Helminen et al., (1994, J.Infect. Dis. 170:867-872). Терапевтический потенциал антител к поверхностно экспонированным (доступным) эпитопам СорВ и UspA оценивали в модели животного. Модель включала непосредственное болюсное инокулирование легких BALB/c VAF/Plus мышей контролируемым количеством клеток М. catarrhalis и последующее исследование скорости легочного клиренса этих бактерий (Unhand et al., 1992, J.Infect. Dis. 165:644-650). Различные клинические изоляты М. catarrhalis обнаруживали различные скорости клиренса, которые коррелировали с уровнем рекрутмента гранулоцитов в сайт инфекции. Пассивная иммунизация моноклональными антителами против поверхностно экспонированного эпитопа СорВ или UspA увеличивала скорость легочного клиренса М. catarrhalis (Helminen et al., 1993, Infect. Immun. 61:2003-2010; (Helminen et al., (1994, J.Infect. Dis. 170:867-872). 2.2. Адгезия бактерий/клеток-хозяев и гемагглютинация Прикрепление (адгезия) бактериальных патогенов к поверхности клеток-хозяев усиливает колонизацию и инициирует патогенез. См. Е.Н. Beachey, 1981, J.Infect. Dis. 143:325-345. Обычно грамотрицательные бактерии экспрессируют поверхностные лектины, которые связываются со специфическими олигосахаридами гликопротеинов и/или гликолипидов на поверхности клеток-хозяев. Такие лектины часто связаны со жгутиками или фимбриями. Бактериальное прикрепление (адгезия) может также происходить в результате неспецифического связывания, имеющего в основе гидрофобное и/или связанное с зарядами взаимодействие с поверхностью клетки-хозяина. Ме ханизм адгезии М. catarrhalis к клеткам дыхательных путей остается слабо выясненным. Этот организм прикрепляется к культивируемым человеческим эпителиальным клеткам ротоглотки (Mbaki et al., 1987, Tohuku J. Exp. Med. 153:111-121). Исследование Rikitomi et al. предполагает, что фимбрии могут играть роль в адгезии к таким клеткам, так как денатурация фимбрий или обработка антителами против фимбрий снижала адгезию имеющих фимбрии штаммов (Rikitomi et al., 1991, Scand. J.Infect. Dis. 23:559-567). Однако, опосредованное фимбриями связывание не может быть единственной основой этой адгезии, так как в наибольшей степени прикрепляющимся штаммом, среди испытанных штаммов, был штамм, не имеющий фимбрий. Реакции гемагглютинации часто заменяют более сложные тесты адгезии при классификации бактериальных адгезинов. Однако, Rikitomi et al. не нашли корреляции между адгезией к человеческим эпителиальным клеткам ротоглотки и гемаглютинацией при использовании штаммов М. catarrhalis (Id.). А именно, три штамма с высокой адгезией не агглютинировали человеческие эритроциты. Таким образом, в адгезии человеческих эпителиальных клеток ротоглотки и гемагглютинации участвуют различные механизмы связывания. В противоположность этому, недавнее исследование Kellens et al. предполагает, что гемагглютинация посредством М. catarrhalis коррелирует с адгезией клетки-хозяина (Kellens et al., 1995, Infection 23:37-41). Однако, это исследование использовало тест адгезии, основанный на бактериальном связывании с отрезками трахеи свиньи. Неизвестно, может ли ткань трахеи свиньи рассматриваться как гомологичная с тканью дыхательных путей человека в отношении адгезии патогенных штаммов М. catarrhalis. Несмотря на проблематичный тест адгезии, Kellens et al. исследовали активность гемагглютинации более восьмидесяти клинических изолятов М. catarrhalis (Kellens et al., 1995, Infection 23:37-41). Почти три четверти испытанных штаммов агглютинировали эритроциты человека, кролика, морской свинки, собаки или крысы, тогда как остальные штаммы не вызывали агглютинации. Активность агглютинации для некоторых из гемагглютинирующи х штаммов характеризовались дополнительно, и было обнаружено, что она зависит от ионов кальция и ингибируется расщеплением трипсином или высоко температурной обработкой или добавлением D-глюкозамина или D-галактозамина. Обследование гемагглютинирующи х и негемагглютинирующих штаммов M.catarrhalis Tucker et al. показало, что все штаммы связывают гликолипид ганглиотетраозилцерамид, но только гемагг-лютинирующие штаммы связывают гликолипид глоботетраозилцерамид (Tucker et al., 1994, Annual Meeting of American Soc. Micro-biol., Abstract No. D124). Кроме того, было показано, что гемагглютинирующая активность M.catarrhalis ингибируется различными моносахаридами, которые содержат углеводную часть молекулы глоботетраозилцерамида. Это наблюдение позволило Tucker et al. предположить, что M.catarrhalis производит гемагглютинацию путем связывания с глоботетраозилцерамидами в клеточных мембранах чувствительных эритроцитов, в том числе, эритроцитов человека. До настоящего времени не была идентифицирована молекула на наружной поверхности M.catarrhalis, которая ответственна либо за адгезию клетки-хозяина, либо за гемагглютинацию. Цитирование или идентификация любой ссылки в этом разделе или в любом другом разделе этой заявки не должна рассматриваться как указание на то, что такая ссылка доступна в качестве прототипа данного изобретения. 3. Сущность изобретения Данное изобретение включает полипептид ОМР106 M.catarrhalis и производные от ОМР106 полипептиды и способы получения этих полипептидов. Данное изобретение включает также антисыворотки и антитела, в том числе цитотоксические антитела, специфические для полипептида ОМР106 и/или производных от ОМР106 полипептидов. Далее, данное изобретение включает иммуногенные, профилактические или терапевтические композиции, в том числе вакцины, содержащие один или несколько указанных полипептидов. Дополнительно данное изобретение включает нуклеотидные последовательности, кодирующие эти полипептиды. Далее, данное изобретение включает иммуногенные, профилактические или терапевтические композиции, в том числе вакцины, содержащие аттенуированный или инактизированный негемагглютинирующий культивар M.catarrhalis. Данное изобретение имеет много применений. Например, полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды могут быть использованы в качестве лигандов для обнаружения антител, индуцированных в ответ на инфекции M.catarrhalis (например, в диагностике инфекций M.catarrhalis). Полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды могут быть также использованы в качестве иммуногенов для индуцирования M.catarrhalis-специфических анти-тел. Такие антитела применимы в иммуно анализ ах для детектирования M.catarrhalis в биологических образцах. Цитотоксичные антитела данного изобретения применимы в пассивных иммунизациях против инфекций M.catarrhalis. Кроме того, полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды могут быть использованы в качестве активных ингредиентов в вакцинах против инфекций M.catarrhalis. Данное изобретение основано на неожиданном обнаружении, что гемагглютинирующие штаммы и культивары M.catarrhalis имеют белок наружной мембраны, полипептид ОМР106, который имеет молекулярную массу примерно от 180-до 230кДа, и что негемагглютинирующие штаммы и культивары M.catarrhalis не имеют полипептида ОМР106 или имеют неподходящим образом модифицированный полипептид ОМР106, который неактивен в гемагглютинации и не окрашивается серебром. Далее, данное изобретение основано на открытии, что поликлональная антисыворотка, индуцируемая полипептидом ОМР106, выделенным из гемагглютинирующего штамма M.catarrhalis, имеет цитотоксическую активность против отличающегося гемагглютинирующего штамма M.catarrhalis, но не против негемагглютинирующего штамма M.catarrhalis. 3.1. Определения и аббревиатуры Анти-ОМР106=антитело или антисыворотка против полипептида ОМР106 АТСС=American Type Culture Collection пузырьки (blebs)=природно-встречающиеся везикулы наружных мембран M.catarrhalis Gb4=GalNacβ1-3Galα1-4Galβ1-4Galcβ1-1-цepaмид НА=гемагглютинация иммунореактивный=способный провоцировать клеточный или гуморальный иммунный ответ кДа=килодальтон M.catarrhalis=Mc; Mora xella catarrhalis, Moraxella (Branhamella) catarrhalis; Branharnella catarrhalis; Neisseria catarrhalis или Micrococcus catarrhalis NHA=негемагглютинирующие OG=н-октил-β-D-глюкопиранозид или октилглюкозид OMP106=полипептид белка-106 наружной мембраны Moraxella catarrhalis, имеющий молекулярную массу приблизительно 180кДа-230кДа, согласно электрофорезу в ПААГ=ДСН ; экстрагируемый из везикул или интактных клеток M.catarrhalis при помощи OG или содержащего саркозил детергента производный от ОМР106 полипептид=фрагмент полипептида ОМР 106; вариант полипептида ОМР106 дикого типа или его фрагмент, содержащий одну или несколько делеций, инсерций (вставок) или замен аминокислот; или химерный белок, содержащий гетерологичный полипептид, слитый с С-концевым, Nконцевым или внутренним сегментом целого или части полипептида ОМР106 ОМР=белок наружной мембраны белки ОМР=белки наружной мембраны PBS=забуференный фосфатом солевой раствор PAG=полиакриламидный гель полипептид=п ептид любой длины , предпочтительно имеющий десять или более аминокислотных остатков SDS (ДСН)=додецилсульфат натрия SDS-PAGE (П ААГ-ДСН)=электрофорез в додецилсульфатполиакриламидном геле Нуклеотидные последовательности или последовательности нуклеиновых кислот, определенные здесь, представлены однобуквенными символами для оснований, такими как: А (аденин) С (цитозин) G (гуанин) Т (тимин) U (урацил) М (А или С) R (А или G) W (А или T/U) S (С или G) Y (С или T/U) К (G или T/U) V (А или С или G; не T/U) Н (А или С или T/U; не G) D (А или G или T/U/ не С) В (С или G или T/U; не А) N (А или С или G или T/U) или (неизвестное) Пептидные или полипептидные последовательности, определенные здесь, представлены однобуквенными символами для аминокислотных остатков, такими как: А (аланин) R (аргинин) N (аспарагин) D (аспарагиновая кислота) С (цистеин) Q (глутамин) Е (глутаминовая кислота) G (глицин) Н (гистидин) I (изолейцин) L (лейцин) К (лизин) М (метионин) F (фенилаланин) Р (пролин) S (серин) Т (треонин) W (триптофан) Y (тирозин) V (валин) X (неизвестная аминокислота) Данное изобретение может быть более полно понятым со ссылкой на следующее далее подробное описание данного изобретения, неограничивающие примеры характерных вариантов данного изобретения и прилагаемые рисунки. 4. Краткое описание рисунков Фиг.1: Сравнение при помощи PAGE (электрофореза в полиак-риламидном геле) профилей белков наружной мембраны везикул M.catarrhalis или октилглюкозидных (OG) экстрактов целых клеток M.catarrhalis. Цифры над дорожками относятся к АТСС-обозначениям штаммов. Предварительно окрашенный стандарт SDS-PAGE (BioRad catalog #161-0305) использовали в качестве маркеров молекулярных масс. Стандарт состоял из следующих полипептидов с их приблизительными молекулярными массами, указанными в скобках: фосфорилазы В мышц кролика (106кДа); бычьего сывороточного альбумина (80кДа); овальбумина белка куриного яйца (49,5кДа); бычьей карбоангидразы (32,5кДа); ингибитора трипсина сои (27,5кДа); лизоцима белка куриного яйца (18,5кДа). Положения маркеров молекулярных масс в геле показаны на левой стороне рисунка стрелками с молекулярными массами (кДа) некоторых маркеров над этими стрелками. Фиг.2: Результаты разделения на тонкослойных хроматограммах гликолипидов c125I-мечеными везикулами наружных мембран. В Панелях А-С, дорожка 1 содержит гликолипидные стандарты, указанные слева; дорожка 2 содержит асиало-GM1; дорожка 3 содержит Gb3, Gb4 и антиген Форссмана; и дорожка 4 содержит экстракт по Фолчу эритроцитов человека. Хроматограмма, показанная в Панели А, окрашена орсином, хроматограмма, показанная в Панели В, покрыта сверху 125 I-мечеными везикулами штамма АТСС 8176 (негемагглютинирующего штамма), а хроматограмма, показанная в Панели С, покрыта сверху 125Iмечеными везикулами штамма АТСС 49143 (гемагглютинирующего штамма). Только гемагглютинирующий штамм связывался с полосой гликолипида Gb4 на третьей и четвертой дорожках. Фиг.3: Белковые профили при окрашивании серебром октилглю-козидных экстрактов белков наружных мембран после расщепления клеток M.catarrhalis протеазами, указанными на рисунке. Активность гемагглютинации клеток после расщепления показана ниже рисунка в ряду, обозначенном НА. Использованные маркеры молекулярных масс соответствовали маркерам на Фиг.1. Фиг.4: Сравнение белковых профилей при окрашивании серебром белков наружных мембран из различных штаммов АТСС M.catarrhalis. Обозначения штаммов указаны над дорожками. Активность гемагглютинации штаммов указана в ряду НА ниже рисунка. Обратите внимание, что белок, имеющий среднюю молекулярную массу, большую, чем молекулярная масса фосфорилазы В мышц кролика (106кДа), является общим для гемагглютинирующих штаммов, но отсутствует в негемагглютинирующи х штаммах. Этот полипептид назван ОМР106. Использованные маркеры молекулярных масс соответствовали маркерам на Фиг.1. Фиг.5: Сравнение белковых профилей при окрашивании серебром белков наружных мембран из двух культиваров M.catarrhalis АТСС 49143:49143 (гемагглютинирующего культивара) и 49143-NHA (негемагглютинирующего культивара). Активности гемагглютинации этих культиваров указаны ниже рисунка в ряду НА. Обратите внимание на отсутствие полосы полипептида ОМР106 (указанной могут быть удалены преципитацией с клетками NHA культиваров M.catarrhalis или штаммов M.catarrhalis, о которых известно, что они не имеют полипептида ОМР106 (например, АТСС 8176, более предпочтительно NHA культивара АТСС 49143); или адсорбцией на колонках, содержащих такие клетки или белки наружной мембраны таких клеток. В други х вариантах, применимые иммуногены для индуцирования антител данного изобретения включают смеси двух или более из любых выше упомянуты х индивидуальных иммуногенов. Иммунизацию млекопитающих описанными здесь иммуногенами, предпочтительно людей, кроликов, крыс, мышей, овец, коз, коров или лошадей, проводят согласно процедурам, хорошо известным специалистам в данной области, для получения антисывороток, содержащих поликлональные антитела или гибридомных линий, секретирующи х моноклональные антитела. Моноклональные антитела могут быть получены стандартными способами, с учетом содержащегося здесь описания. Такие способы описаны, например, ы U.S. Patent N 4 271 145 и U.S. Patent N 4 196 265. Вкратце, животное иммунизируют иммуногеном. Гибридомы получают слиянием клеток селезенки из иммунизированного животного с миеломными клетками. Продукты слияния подвергают скринингу на клетки, продуцирующие антитела, которые связываются с этим иммуногеном. Позитивные гибридомные клоны выделяют, и из этих клонов выделяют моноклональные антитела. Схемы иммунизации для получения как поликлональных, так и моноклональных антител хорошо известны в данной области. Иммуноген можно инъецировать любым из ряда путей, в том числе, подкожным, внутривенным, внутрибрюшинным, интрадермальным, внутримышечным, через слизистую оболочку или сочетанием этих путей введения. Иммуноген может быть инъецирован в растворенном виде, в форме агрегата, присоединенным к физическому носителю или смешанным с адъювантом при помощи способов и материалов, хорошо известных в данной области. Согласно данному изобретению, полипептиды ОМР106 штаммов M.catarrhalis, НА или NHA, являются иммуно-перекрестно-реактивными. Так, антитела, индуцированные полипептидом ОМР106 одного штамма или культивара M.catarrhalis, специфически связывают полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды других штаммов и культиваров M.catarrhalis. Например, поликлональные антитела против ОМР106, индуцированные полипептидом ОМР106 штамма АТСС 49143, специфически связывают не только гомологичный полипептид ОМР106 (т.е. полипептид ОМР106 штамма АТСС 49143), но также полипептид ОМР106 и/или производные от ОМР106 полипептиды других штаммов M.catarrhalis, в том числе, но не только, АТСС 43628, АТСС 43627, АТСС 43618, АТСС 43617, АТСС 25240 И АТСС 25238. Антитела данного изобретения, в том числе (но не только) антитела против ОМР106, могут быть использованы для облегчения выделения и очистки полипептида ОМР106 и производных от ОМР106 полипептидов. Эти антитела могут быть также использованы в качестве зондов для идентификации клонов в экспрессионных библиотеках, имеющих инсерции, кодирующие полипептид ОМР106 или его фрагменты. Эти антитела могут быть также использованы в иммуно-тестах (например, ELISA, РИА, Вестерн-блоттинге) для специфического обнаружения и/или количественного определения M.catarrhalis в биологических образцах. Антитела против ОМР106 данного изобретения специфически связывают полипептид ОМР106 и не связывают белки из родственных бактериальных патогенов, таких как Moraxella ovis, Moraxella lacunata, Moraxella osloensis, Moraxella bovis, Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae. Таким образом, антитела против ОМР106 могут быть использованы для диагностики инфекций M.catarrhalis. Антитела данного изобретения, в частности, антитела, которые являются цитотоксическими, могут быть также использованы в пассивной иммунизации для предупреждения или аттенуирования инфекций M.catarrhalis животных, в том числе человека. (В применении здесь, цитотоксическим антителом является антитело, которое усиливает опсонизацию и/или киллинг (убивание) комплементом бактерии, связываемой этим антителом). Эффективная концентрация поликлональных или моноклональных антител, выработанных против иммуногенов данного изобретения, может быть введена хозяину для достижения таких эффектов. Точная концентрация вводимых антител будет меняться в соответствии с каждым конкретным препаратом антител, но она может быть определена при помощи стандартных способов, хорошо известных специалистам в данной области. Введение этих антител может выполняться при помощи различных способов, в том числе, не не только, описанных в Разделе 5.6. для доставки вакцин. Профилактическая и терапевтическая эффективности антител данного изобретения могут быть определены стандартными фармацевтическими процедурами на экспериментальных животных. Данные, полученные в исследованиях на животных, могут быть использованы в приготовлении диапазона доз применимых для людей. 5.6. Вакцины Данное изобретение обеспечивает также терапевтические и профилактические вакцины против инфекций M.catarrhalis животных, в том числе млекопитающих и, более конкретно, грызунов, приматов и человека. Предпочтительным использованием этих вакцин является использование для людей. Вакцины могут быть приготовлены способами, известными специалистам в данной области, и могут, например, включать антиген в форме иммуногена, фармацевтически приемлемый носитель, возможно, подходящий адъювант и, возможно, другие материалы традиционно применяемые в вакцинах. Иммунологически эффективное количество иммуногена, которое должно быть использовано в вакцине, определяют способами, известными в данной области с учетом приведенного здесь описания. Вакцины данного изобретения содержат иммунологически эффективное количество любого из иммуногенов, описанных в разделе 5.5., в фармацевтически приемлемом носителе. Согласно другому варианту, вакцины данного изобретения содержат иммунологически эффективное количество инактивирозанного или аттенуированного НА культивара M.catarrhalis или NHA культивара M.catarrhalis данного изобретения. Инактивированный или ат-тенуированный НА культивар M.catarrhalis или NHA культивар M.catarrhalis получают с применением любых способов, известных в данной области, в том числе, но не только, химической обработкой (например, формалином), тепловой обработкой и облучением. Термин «иммунологически эффективное количество» используют здесь для обозначения количества, достаточного для индуцирования иммунного ответа, который может предупреждать инфекции M.catarrhalis или ослаблять тяжесть любой предсуществующей или последующей инфекций M.catarrhalis. Точная концентрация будет зависеть от конкретного вводимого иммуногена, но может быть определена при помощи стандартных способов, хорошо известных специалистам в данной области, для тестирования развития иммунного ответа. Применимые полипептидные иммуногены включают выделенный полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды. Предпочтительные иммуногены включают очищенный полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды или пептиды. Объединенные иммуноген и носитель могут на ходиться в водном растворе, эмульсии или суспензии. В общем, количество полипептидного иммуногена должно находиться между 0,1 и 500мкг на дозу. Эти носители известны специалистам в данной области и включают стабилизаторы, разбавители и буферы. Подходящие стабилизаторы включают углеводы, такие как сорбит, лактоза, маннит, крахмал, сахароза, декстран и глюкоза, и белки, такие как альбумин или казеин. Подходящие разбавители включают солевой раствор, сбалансированный солевой раствор Хенкса и раствор Рингера. Подходящие буферы включают фосфат щелочного металла, карбонат щелочного металла или карбонат щелочно-земельного металла. Вакцина может также содержать один или несколько адъювантов для улучшения или усиления иммунологического ответа. Подходящие адъюванты включают (но не ограничиваются ими) пептиды, гидроксид алюминия; фосфат алюминия; оксид алюминия; композицию, которая состоит из минерального масла, такого как Marcol 52, или растительного масла и одного или нескольких эмульгаторов, или поверхностно-активных веществ, таких как лизолецитин, поликатионы, полианионы; и потенциально применимых используемых для людей адъювантов, таких как BCG и Corinebacterium parvuin. Вакцина может также содержать другие иммуногены. Такая смешанная вакцина имеет преимущество, заключающееся в том, что иммунитет против нескольких патогенов может быть получен одним введением. Примерами других иммуногенов являются иммуногены, применяемые в известных ассоциированных коклюшно-дифтерийно-столбнячных (АКДС) вакцинах. Вакцины данного изобретения получают способами, известными специалистам в данной области, с учетом содержащегося здесь описания. Как правило, иммуноген смешивают с носителем с образованием раствора, суспензии или эмульсии. Одна или несколько добавок, рассмотренных свыше, могут находиться в носителе или могут быть добавлены впоследствии. Препараты вакцин могут быть высушены, например, лиофильно, для целей хранения. В этом случае они могут быть впоследствии воссозданы в жидкие вакцины путем добавления соответствующего жидкого носителя. Эти вакцины вводят людям или другим млекопитающим, в том числе грызунам и приматам, в видеодной или нескольких доз. Вакцины могут быть введены известными способами введения. Могут использоваться многие способы для введения препаратов вакцин, описанных здесь. Эти способы включают (но не ограничиваются ими) пероральное, интрадермальное, внутримышечное, внутрибрюшинное, внутривенное, подкожное и интраназальное введение. Предпочтительными способами введения являются внутримышечная или подкожная инъекция. Данное изобретение обеспечивает также способ индуцирования иммунного ответа на M.catarrhalis в млекопитающем для защиты этого млекопитающего против инфекции и/или для ослабления заболевания, вызываемого M.catarrhalis. Способ предусматривает введение иммунологически эффективного количества иммуногенов данного изобретения хозяину и, предпочтительно, введение вакцин данного изобретения хозяину. 5.7. Нуклеиновые кислоты, кодирующие полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды Данное изобретение обеспечивает также нуклеиновые кислоты, ДНК и РНК, кодирующие полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды. В одном аспекте, нуклеиновые кислоты данного изобретения могут быть синтезированы при помощи способов, известных в данной области. Конкретно, часть всей аминокислотной последовательности или вся аминокислотная последовательность полипептида ОМР106 или производного от ОМР106 полипептида может быть определена при помощи способов, хорошо известных специалистам в данной области, таких как способ деградации Эдмана (см., например, Creighton, 1983, Proteins: Structures and Molecular Principles, W.H. Freeman and Co., N.Y., pp. 34-49). Полученную аминокислотную последовательность используют в качестве направляющей для синтеза ДНК, кодирующей полипептид ОМР106 или производной от ОМР106 полипептид, с использованием общепринятых химических подходов или амплификации при помощи полимеразной цепной реакции (ПЦР) перекрывающихся олигонуклеотидов. В другом аспекте эта аминокислотная последовательность может быть использована в качестве направляющей для синтеза смесей олигонуклеотидов, которые в свою очередь могут быть использованы для скрининга на кодирующие последовательности полипептида OMP106 в геномных библиотеках M.catarrhalis. Предпочтительно, ДНК, используемую в качестве источника кодирующей последовательности полипептида ОМР106, как для геномных библиотек, так и для ПЦР-амплификации, получают из клеток любого штамма M.catarrhalis, в том числе (но не только) АТСС 49143, АТСС 25238, АТСС 25240, АТСС 43617, АТСС 43618, АТСС 43627 и АТСС 43628. При получении геномных библиотек генерируют фрагменты ДНК, некоторые из которых кодируют части полипептида ОМР106 M.catarrhalis или весь полипептид ОМР106 M.catarrhalis. ДНК может быть расщеплена в специфических сайтах различными рестриктазами. Альтернативно, можно использовать ДНКазу в присутствии марганца для фрагментирования этой ДНК или ДНК может быть физически разрезана, например, обработкой ультразвуком. Затем фрагменты ДНК могут быть разделены по размеру стандартными способами, в том числе (но не только) электрофорезом в агарозном или полиакриламидном геле, колоночной хроматографией и центрифугированием в сахарозном градиенте. Затем фрагменты ДНК могут быть вставлены в подходящие векторы, в том числе (но не только) в плазмиды, космиды, бактериофаг лямбда или Т4 и искусственную хромосому дрожжей (YAC). (См., например, Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York; Glover, D.M. (ed) , 1985, DNA Cloning: A Practical Approach, MRL Press, Ltd., Oxford, U.K. Vol. I, II.). Геномная библиотека может быть подвергнута скринингу при помощи гибридизации нуклеиновых кислот с меченым зондом (Benton and Davis, 1977, Science 196:180; Grun-stein and Hogness, 1975, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72:3961). Геномные библиотеки могут быть подвергнуты скринингу меченым вырожденным олигонуклеотидом, соответствующим аминокислотной последовательности любого пептида полипептида ОМР106, с использованием оптимальных подходов, хорошо известных в данной области. В специфических вариантах, зондом для скрининга является вырожденный олигонуклеотид, который соответствует пептиду, имеющему последовательность IGISEADGGKGGAN ARGDKSIAIGDIAQALGSQSIAIGDNKIV (SEQ ID N 1) или ее часть. В другом варианте зонд для скрининга может быть вырожденным олигонуклеотидом, который соответствует пептиду, имеющему последовательность GTVLGGKK (SEQ ID N 2). В дополнительном варианте в качестве зонда используют олигонуклеотиды GGN ACNGTNCTNGGNGGN AARAAR (SEQ ID N 3) и GGNACNGTNTTRGGNGGN AAR AAR (SEQ TD N 7), каждый из которых соответствует пептиду GTVLGGKK (SEQ TD N 2). В следующи х вариантах в качестве зонда могут быть использованы последовательность GAAGCGGACGGGGGGAAAGGCGGAGCCAATGCGCGCGGTGATAAATCCATTGCTATTGGTGAC ATTGCGC AA (SEQ TD N 4) или ее фрагменты. Любой используемый зонд имеет длину 15 или более нуклеотидов. Клоны в библиотеках с ДНК-вставкой, кодирующей полипептид ОМР106 или его фрагменты, будут гибридизоваться с одним или несколькими вырожденными олигонуклеотидными зондами. Гибридизацию таких олигонуклеотидных зондов с геномными библиотеками проводят при помощи способов, хорошо известных в данной области. Например, гибридизацию с двумя вышеупомянутыми олигонуклеотидными зондами можно проводить в 2-х SSC, 1,0% ДСН при 50°С и промывку можно проводить при тех же самых условиях. В конкретном варианте, последовательность ДНК АТСС 49143, кодирующая весь полипептид ОМР106 или его часть, является рестрикционным фрагментом HindiII длиной около 8000п.н. или рестрикционным фрагментом Dral длиной около 4200п.н. Еще в одном аспекте, клоны нуклеотидных последовательностей, кодирующих часть полипептида ОМР106 или целый полипептид ОМР106 или произведенные из ОМР106 полипептиды, могут быть также получены скринингом экспрессионных библиотек M.catarrhalis. Например, ДНК M.catarrhalis выделяют и получают случайные фрагменты и лигируют и х в экспрессирующий вектор (например, бактериофаг, плазмиду, фагмиду или космиду), так что вставленная последовательность в векторе способна экспрессироваться клеткой-хозяином, в которую затем вводят этот вектор. Затем могут быть использованы различные тесты скрининга для отбора на экспрессированый полипептид ОМР106 или производные от ОМР106 полипептиды. В одном варианте могут быть использованы различные антитела против ОМР106 (см. Раздел 5.5) для идентификации желательных клонов с использованием способов, известных в данной области. См., например, Hartlow and Lane, 1988, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, Appendix IV. Клоны и фаги из библиотеки приводят в контакт с этими антителами для идентификации клонов, которые связывают антитела. В одном варианте колонии или бляшки, содержащие ДНК, которая кодирует полипептид ОМР106 или производный от ОМР106 полипептид, могли бы детектироваться с использованием гранул DYN A согласно Oisvick et al., 29th ICAAC, Houston, Tex. 1989, включенных здесь в качестве ссылки. Антитела против ОМР106 сшивают с тозилированными гранулами DYNA Beads M280, и эти содержащие антитела гранулы могут быть затем использованы для адсорбции колоний или бляшек, экспрессирующи х полипептид ОМР106 или производный из ОMP106 полипептид. Колонии или бляшки, экспрессирующие полипептид QMP106 или производный от ОМР106 полипептид, идентифицируют как любые из тех, которые связывают эти гранулы. Альтернативно, антитела против ОМР106 могут быть неспецифически иммобилизованы на подходящем носителе, таком как диоксид кремния или смола Celite™. Затем этот материал может быть использован для адсорбции бактериальных колоний, экспрессирующи х полипептид ОМР106 или производный от ОМР106 полипептид, как описано в предыдущем абзаце. В другом аспекте, ПЦР-амплификация может быть использована для получения по существу чистой ДНК, кодирующей часть полипептида ОМР106 или целый полипептид ОМР106, из геномной ДНК M.catarrhalis. В качестве праймеров могут быть использованы олигонуклеотидные праймеры, вырожденные или иные, соответствующие известным последовательностям полипептида ОМР106. В специфических вариантах, олигонуклеотид, вырожденный или иной, кодирующий пептид IGISEADGGKGGAN ARGDKSIAIGDIAQALGSQSIAIGDNKIV (SEQ ID N 1) или любую его часть, может быть использован в качестве 5'-праймера. Например, 5'-праймер может быть нуклеотидной последовательностью GAAGCGGACGGGGGGAAAGGCGGAGCCAATGCGCGCGGTGATAAATCCATTGCTATTGGTGAC ATTGCGC AA (SEQ ID N 4) или любой ее частью. Нуклеотидные последовательности, вырожденные или иные, которые являются обращенными комплементарными последовательности, кодирующей GTVLGGKK (SEQ ID N 2) , могут быть использованы в качестве 3'-праймера. Например, олигонуклеотид, вырожденный или иной, который имеет вырожденную олигонуклеотидную последовательность YTTYTTNCCNCCNAGNACNGTNCC (SEQ ID N 6) или YTTYTTNCCNCCYAANACNGTNCC (SEQ ID N 8), может быть использован в качестве 3'праймера в сочетании с различными 5'-праймерами, рассмотренными выше. ПЦР может проводиться, например, с использованием термоблока Perkin-Elmer Cetus thermal cycler и полимеразы Tag (Gene Amp™). Можно синтезировать несколько различных вырожденных праймеров для применения в ПЦР-реакциях. Можно также менять условия строгости гибридизации, используемые в праймировании ПЦР-реакций, для создания возможности большей или меньшей степеней сходства нуклеотидной последовательности между вырожденными праймерами и соответствующими последовательностями в ДНК M.catarrhalis. После успешной амплификации сегмента последовательности, кодирующей полипептид ОМР106, этот сегмент может быть молекулярно клонирован и секвенирован и использован в качестве зонда для выделения полного геномного клона. Это, в свою очередь, позволит определить полную нуклеотидную последовательность гена, анализировать его экспрессию и получить его белковый продукт для функционального анализа, как описано infra. После выделения кодирующей последовательности полипептид ОМР106 из одного штамма или культивара M.catarrhalis можно использовать тот же подход для выделения кодирующих последовательностей полипептид ОМР106 из други х штаммов и культиваров M.catarrhalis. Специалистам в данной области должно быть понятно, что последовательность ДНК или РНК, кодирующая полипептид ОМР106 (или его фрагменты) данного изобретения, может быть использована для получения других последовательностей ДНК или РНК, которые гибридизуются с ней при условиях умеренной-высокой строгости, с использованием обычных способов, известных в данной области. Гибридизация с последовательностью ОМР106 из одного штамма или культивара M.catarrhalis в условиях высокой строгости будет идентифицировать соответствующую последовательность из других штаммов и культиваров. Условия высокой строгости меняются в зависимости от длины зонда и состава оснований. Формула для определения таких условий хорошо известна в данной области. См. Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY, Chapter 11. В применении здесь, условия гибридизации высокой строгости, применяемые к зондам более 300 оснований в длину, включают конечную промывку в 0,1xSSC/0,1% ДСН пр% 68°С в течение ипо меньшей мере 1 часа (Ausubel, et al., Eds., 1989, Current Protocols in Molecular Biology, Vol.1, Greene Publishing Associates, Inc. and Jojn Wiley and Sons, Inc., New York, p. 2.10.3). В конкретных вариантах, промывка высокой строгости в гибридизации с использованием зонда, имеющего последовательность SEQ TD N 4 или комплементарную ей последовательность, проводится 2х SSC, 1 % ДСН при 50°С в течение приблизительно 20-30 минут. Специалист в данной области должен быть способен идентифицировать полные клоны кодирующей последовательности полипептида ОМР106 с применением подходов, хорошо известных в данной области. Протяжение кодирующей последовательности полипептида ОМР106, содержащейся в выделенном клоне, может быть определено секвенированием клонированной вставки и сравнением расшифрованного размера полипептида, кодируемого открытыми рамками считывания (ORF), с размером полипептида ОМР106 и/или сравнением расшифрованной аминокислотной последовательности с последовательностью очищенного полипептида ОМР106. Если был выделен частичный клон кодирующей последовательности полипептида ОМР106, полные клоны могут быть выделены с использованием вставки частичного клона в качестве гибридизационного зонда. Альтернативно, полная кодирующая последовательность полипептида ОМР106 может быть реконструирована из перекрывающихся частичных клонов сплайсингом их вставок вместе. Полные клоны могут быть любыми клонами, которые имеют ORF с расшифрованной аминокислотной последовательностью, совпадающей с последовательностью полипептида ОМР106, или, когда полная аминокислотная последовательность последнего недоступна, совпадающей с последовательностью пептидного фрагмента полипептида ОМР106, и имеющей молекулярную массу, соответствующую молекулярной массе полипептида ОМР106. Далее, полные клоны могут быть идентифицированы по способности их вставок, при помещении в экспрессирующий вектор, продуцировать полипептид, который связывает антитела, специфические для амино-конца полипептида ОМР106, и антитела, специфические для карбокси-конца полипептида ОМР106. Последовательности нуклеиновых кислоту кодирующие производные от ОМР106 полипептиды, могут быть получены способами, хорошо известными в данной области. В одном аспекте, последовательности, кодирующие производные от ОМР106 полипептиды, могут быть произведены из последовательностей, кодирующи х полипептид ОМР106, способами рекомбинантных ДНК с учетом рассмотренных здесь положений. Например, кодирующая последовательность полипептида ОМР106 может быть изменена созданием аминокислотных замен, которые не будут влиять на иммуногенность полипептида ОМР106 или которые могут улучшать его иммуногеннодть. Могут быть использованы различные способы, в том числе (но не только) управляемый олигонуклеотидом, сайт-специфический мутагенез. Эти и другие способы, известные в данной области, могут быть использованы для создания одиночных или множественных мутаций, таких как замены, инсерции, делеции и транспозиции, описанные в Bot-stein and Shortle, 1985, Science 229:1193-1210. Далее, ДНК, кодирующая последовательности полипептида ОМР106, может быть укорочена расщеплением рестриктазой или экзо-нуклеазой. Гетерологичная кодирующая последовательность может быть присоединена к последовательности, кодирующей полипептид ОМР106, лигированием или ПЦРамплификацией. Кроме того, ДНК, кодирующая весь производный от ОМР106 полипептид или его часть, может быть синтезирована химически или при помощи ПЦР-амплификации на основе известной или расшифрованной аминокислотной последовательности полипептида ОМР106 и любых желательных изменений в этой последовательности. Идентифицированные и выделенные ДНК, содержащие последовательность, кодирующую полипептид ОМР106 или производного от ОМР106 полипептида, могут быть вставлены в подходящий клонирующий вектор. Могут быть использованы многочисленные системы вектор-хозяин, известные в данной области. Возможные векторы включают, но не ограничиваются ими, плазмиды или модифицированные вирусы, но векторная система должна быть совместима с используемой клеткой-хозяином. Такие векторы включают, но не ограничиваются ими, бактериофаги, такие как производные бактериофага лямбда, или плазмиды, такие как производные плазмид pBR322 или pUC. Встраивание в клонирующий вектор может быть, например, выполнено лигированием фрагмента ДНК в клонирующей вектор, имеющий комплементарные липкие концы. Однако, если комплементарные сайты рестрикции, используемые для фрагментирования этой ДНК, не присутствуют в этом клонирующем векторе, концы этих молекул ДНК могут быть модифицированы ферментативно. Альтернативно, любой желательный сайт может быть произведен лигированием нуклеотидных последовательностей (линкеров) на концы ДНК; эти лигированные линкеры могут содержать специфические химически синтезированные олигонуклеотиды, кодирующие -последовательности узнавания рестриктаз. В альтернативном способе расщепленная ДНК может быть модифицирована присоединением гомополимерного хвоста. Рекомбинантные молекулы могут быть введены в клетки-хозяева трансформацией, трансфекцией, инфицированием, электропорацией и т.д., так что образуются многочисленные копии этой генной последовательности. В альтернативном способе желательная ДНК, содержащая кодирующую последовательность полипептида ОМР106 или производного от ОМР106 полипептида, может быть идентифицирована и выделена после введения в подходящий клонирующий вектор способом «дробовика» («shot gun»). Обогащение желательной последовательностью, например, фракционированием по размеру, может быть выполнено перед инсерцией в клонирующий вектор. В специфических вариантах трансформация клеток-хозяев рекомбинантными молекулами ДНК, которые содержат последовательность, кодирующую полипептид ОМР106 и производного от ОМР106 полипептида, делает возможной образование многочисленных копий такой кодирующей последовательности. Таким образом, эта кодирующая последовательность может быть получена в больших количествах путем выращивания трансформантов, выделения из трансформантов рекомбинантных молекул ДНК и, если необходимо, выделением вставленной кодирующей последовательности из выделенной рекомбинантной ДНК. 5.8. Рекомбинантное получение полипептида ОМР106 и производного от ОМР106 полипептида Полипептид ОМР106 и производные от ОМР106 полипептиды данного изобретения могут быть получены способами генной инженерии. В этом случае их получают с применением подходящей клетки-хозяина, которая была трансформирована ДНК, кодирующей этот полипептид. Нуклеотидная последовательность, кодирующая полипептид ОМР106 или производные от ОМР106 полипептиды, может быть вставлена в подходящий экспрессирующий вектор, т.е. вектор, который содержит необходимые элементы для транскрипции и трансляции вставленной кодирующей полипептид последовательности. Нуклеотидные последовательности, кодирующие полипептид ОМР106 или производные от ОМР106 полипептиды, вставляют в эти векторы таким образом, что они будут экспрессироваться при подходящих условиях (например, в правильной ориентации и правильной рамке считывания и с подходящими экспрессионными последовательностями, в том числе, связывающей РНК-полимеразу последовательностью и последовательностью связывания рибосом). Многие системы хозяин-вектор могут быть использованы для экспрессии кодирующей полипептид последовательности. Они включают (но не ограничиваются ими) системы клеток млекопитающих, инфицированных вирусом (например, вирусом коровьей оспы, аденовирусом и т.д.); системы клеток насекомых, инфицированных вирусом (например, бакуловирусом) ; микроорганизмы, такие как дрожжи, содержащие векторы дрожжей, или бактерии, трансформированные ДНК бактериофага, плазмидной ДНК или космидной ДНК. Предпочтительно, клетка-хозяин является бактерией и, наиболее предпочтительно, эта бактерия представляет собой E.coli, B.subtilis или Salmonella. Элементы экспрессии векторов различаются по их длине и специфичности. В зависимости от используемой системы хозяин-вектор может быть использован любой из ряда подходящих элементов транскрипции и трансляции. В характерном варианте экспрессируется химерный белок, содержащий последовательность полипептида ОМР106 или его производного и пре- и/или про-последовательность клетки-хозяина. В других характерных вариантах, экспрессируется химерный белок, содержащий последовательность полипептида ОМР106 или производного от ОМР106 полипептида и пептида для аффинной очистки. В других специфических вариантах, экспрессируется химерный белок, содержащий последовательность полипептида ОМР106 или его производного и ценного иммуногенного пептида или полипептида. В предпочтительных вариантах, экспрессируемый производный от ОМР106 полипептид содержит последовательность, образующую либо эпитоп наружной поверхности, либо рецепторсвязывающий домен нативного полипептида ОМР106. Любой способ, известный в данной области, для встраивания фрагментов ДНК в вектор может быть использован для конструирования экспрессирующих векторов, содержащих химерный ген, состоящий из подходящих регуляторных сигналов транскрипции/трансляции и кодирующих полипептид последовательностей. Эти способы могут включать способы in vitro рекомбинантных ДНК и синтетические способы и in vivo рекомбинанты (генетическую рекомбинацию). Экспрессия последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид ОМР106 или произведенный из ОМР106 полипептид, может регулироваться другой последовательностью нуклеиновой кислоты таким образом, что введенная последовательность экспрессируется в хозяине, трансформированном рекомбинантной молекулой ДНК. Например, экспрессия вставленной последовательности может регулироваться любым промоторным/энхансерным элементом, известным в данной области. Промоторы, которые могут быть использованы для регуляции экспрессии вставленных последовательностей, включают (но не ограничиваются ими) район раннего промотора SV40 (Bernoist and Chambon, 1981, Nature 290:304-310), промотор, содержащийся в 3'-длинном концевом повторе вируса саркомы Рауса (Yamamoto et al., 1980, Cell 22:787-797), промотор тимидинкиназы вируса герпеса (Wagner et al., 1981, Proc. Natl.Acad.Sci. USA 78:1441-14 45), регуляторные последовательности гена металлотионеина (Brinster et al., 1982, Nature 296:39-42) для экспрессии в животных клетках; промоторы β-лактамазы (Villa-Kamaroff et al., 1978, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75:3727-3731), tac (DeBoer et al., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:21-25), λPL, или trc для экспрессии в бактериальных клетках (см. также «Useful proteins from recombinant bacteria» in Scientific American, 1980, 242:74-94); промоторный район нопалинсинтазы или промотор 35S РНК вируса мозаики цветной капусты (Gardner et %1., 1981, Nucl.Acids Res. 9:2871), и промотор фотосинтетического фермента рибулозобисфосфаткарбоксилазы (Yerrera-Estrella et al., 1984, Nature 310:115-120) для экспрессии в клетках растений; промоторные элементы из дрожжей или других грибов, такие как промотор Ga14, промотор ADC (алкогольдегидрогеназы), промотор PGK (фосфоглицерокиназы), промотор щелочной фосфатазы. Экспрессирующие векторы, содержащие последовательности, кодирующие полипептид ОМР106 или производного от ОМР106 полипептида, могут быть идентифицированы тремя основными подходами: (а) гибридизацией нуклеиновых кислот, (b) присутствием или отсутствием функций «маркерного» гена и (с) экспрессией вставленных последовательностей. В первом подходе, присутствие чужеродного гена, вставленного в экспрессирующий вектор, может быть обнаружено гибридизацией нуклеиновых кислот с использованием зондов, содержащих последовательности, которые гомологичны вставленной последовательности, кодирующей полипептид ОМР106 или производный от ОМР106 полипептид. Во втором подходе, система рекомбинантный вектор/хозяин может быть идентифицирована и отобрана на основании присутствия или отсутствия функций определенного «маркерного» гена (например, активности тимидинкиназы, устойчивости к антибиотикам, трансформированного фенотипа, образования тел включения в бакуловирусе и т.д.), обусловленных вставлением чужеродных генов в вектор. Например, если последовательность, кодирующая полипептид ОМР106 или его производного вставлена в последовательность маркерного гена вектора, рекомбинанты, содержащие эту вставк у, могут быть идентифицированы по отсутствию функции маркерного гена. В третьем подходе, рекомбинантные экспрессирующие векторы могут быть идентифицированы анализом продукта чужеродного гена, экспрессируемого рекомбинантом. Такие анализы могут быть основаны, например, на физических или функциональных свойствах полипептида ОМР106 или его производного в системах анализа in vitro, например, на связывании с лигандом или рецептором ОМР106 или на связывании с антителами против ОМР106 данного изобретения, или на способности клетки-хозяина к гемагглютинации или на способности клеточного экстракта препятствовать гемагглютинации, вызываемой M.catarrhalis, После идентификации и выделения молекулы рекомбинантной ДНК для ее размножения могут быть использованы несколько способов, известных в данной области. После установления подходящей системы хозяина и условий выращивания, рекомбинантные экспрессирующие векторы могут быть размножены и получены в больших количествах. Как объяснялось выше, экспрессирующие векторы, которые могут быть использованы, включают (но не ограничиваются ими) следующие векторы или их производные: вирусы человека или животных, такие как вирус коровьей оспы или аденовирус; вир усы насекомых, такие как бакуловирус; вирусы дрожжей; векторы-бактериофаги (например, лямбда) и плазмидные и космидные ДНКвекторы, называемые в качестве нескольких примеров из большого числа возможных векторов. Кроме того, может быть выбран штамм клетки-хозяина, который модулирует экспрессию вставленной последовательности или модифицирует и процессирует продукт гена специфическим желательным образом. Экспрессия от определенных промоторов может быть повышена в присутствии определенных индукторов; таким образом, экспрессия генетически сконструированного полипептида ОМР106 или его производного может быть регулируемой. Кроме того, различные клетки-хозяева имеют характерные и специфические механизмы трансляционного и пост-трансляционного процессинга и модификации белков. Могут быть выбраны подходящие клеточные линии или системы хозяев для обеспечения желательных модификации и процессинга экспрессируемого чужеродного белка. 5.9. Реагенты Полипептиды, пептиды, антитела и нуклеиновые кислоты данного изобретения применимы в качестве реагентов для клинической и медицинской диагностики инфекций M.catarrhalis и для исследований свойств патогенности, вирулентности и инфекционности M.catarrhalis, а также защитных механизмов хозяина. Например, ДНК и РНК данного изобретения может быть использована в качестве зондов для идентификации присутствия M.catarrhalis в биологических образцах посредством гибридизации или ПЦР-амплификации. Эта ДНК или РНК может быть также использована для идентификации других бактерий, которые могут кодировать полипептид, родственный ОМР106 M.catarrhalis. Полипептиды и пептиды данного изобретения могут быть использованы для получения поликлональных и моноклональных антител, которые могут быть использованы для дальнейшей очистки композиций, содержащих полипептиды данного изобретения, аффинной хроматографией. Эти полипептиды и пептиды могут быть также использованы в стандартных иммунотестах для скрининга на присутствие антител к M.catarrhalis в пробе. Должно быть понятно, что применение положений данного изобретения к конкретной проблеме или конкретным обстоятельствам также будет в рамках способностей специалиста с обычной квалификацией в данной области в свете содержащихся здесь описаний. В следующем далее примере приведены примеры продуктов данного изобретения и способов их получения и использования. 6. Пример: выделение и характеристика полипептида ОМР106 и гена, кодирующего его, из штамма АТСС 49143 или из других штаммов 6.1. Ма териал и способы 6.1.1. Тест гемагглютинации Гемагглютинацию, вызываемую M.catarrhalis, тестировали, как описаноSoto-Hernandez et al., (J.Clin.Microbiol. 27:903-908), за исключением того, что в тесте с реакцией агглютинации на предметном стекле вместо 3% использовали 5% (об/об) эритроциты. Исходные тесты гемагглютинации выполняли с использованием 20мкг бактериальных клеток (сырой вес). Поскольку штамм 49143 M.catarrhalis, выращиваемый на чашках с кровяным агаром, давал сильную реакцию гемагглютинации, он был отобран в качестве сравнительного штамма. Серийное разведение штамма АТСС 49143 в разведениях 1:2 приводило к снижающимся реакциям гемагглютинации. Оценки в баллах от ++++ до + были основаны на гемагглютинации, наблюдаемой с использованием штамма АТСС 49143, после серийных разведений 1:2, таким, образом, что реакция + была при использовании 1/4 числа клеток, необходимого для достижения реакции +++. 6.1.2. Ингибирование гемагглютинации Суспензию клеток M.catarrhalis 49143 серийно разводили 1:2 и разведение, которое давало реакцию гемагглютинации + при 7мкл забуференного фосфатом солевого раствора Дульбекко и 7мкл 5% (об/об) 0+эритроцитов человека, использовали для анализа ингибирования гемагглютинации простыми сахарами и производными Сахаров . Для определения, могут ли простые сахара и производные сахаров ингибировать гемагглютинацию, вызываемую M.catarrhalis, 7мкл конкретного сахара при 500мМ смешивали с 7мкл клеток M.catarrhalis и инкубировали в течение 5 минут, чтобы позволить сахару взаимодействовать с клетками. Затем добавляли 7мкл 5% (об/об) 0+-эритроцитов человека и гемагглютинацию оценивали в баллах после 1 минуты. Каждый сахар и каждое производное сахара тестировали на способность ингибировать гемагглютинацию. Затем исходный раствор каждого сахара и производного сахара серийно разводили 1:2 и эти разведения тестировали на их способность ингибировать гемагглютинацию при помощи описанной выше процедуры. Таким образом определяли минимальную концентрацию углевода, необходимую для ингибирования гемаглютинации. 6.1.3. Связывание лиганда и рецептора Связывание M.catarrhalis с гликолипидными рецепторами клеток животного исследовали фракционированием при помощи тонкослойной хроматографии (ТСХ) гликолипидов клетки-хозяина и покрытия хроматограммы мечеными клетками согласно процедурам, описанным Magnani et al., 1982, J.Biol. Chem. 257:14365-14369. Вкратце, гликолипиды, полученные из Matreya Inc. (Pleasant Gap, PA), разделяли на пластинках для тонкослойной хроматографии высокого разрешения (HPTLC) в смеси хлороформ:метанол:вода (5:4:1). Пластинки либо окрашивали орсином при 100°С, либо покрывали 125Iмечеными пузырьками M.catarrhalis, приготовленными, как описано ранее (Murphy and Loeb, 1989, Microbial Pathogen. 6:159-174) при 2jclO6 имп/мин. на мл в течение 2 чааов. Затем пластинки промывали 5 раз, сушили и экспонировали на рентгеновской пленке. 6.1.4. ОС-Экстракция ОМР Штаммы M.catarrhalis выращивали отдельно при 35°С при 200об/мин, в 1л бульона Мюллера-Хинтона в колбе на 4л. Препараты белка (ОМР) наружной мембраны выделяли обработкой 50мг клеток (сырой вес) 0,67мл 1,25% н-октил-β-D-глюкопиранозида (т.е. октилглюкозида; OG) в забуференном фосфатом солевом растворе (PBS) в течение 30 минут при комнатной температуре. Клатки осаждали в микроцентрифуге в течение 5 минут и супернатант использовали в качестве октилглюкозидного экстракта. Сравнение белковых профилей этих экстрактов из ряда штаммов M.catarrhalis с экстрактами пузырьков (т.е. везикулы наружной мембраны), выделенных дифференциальным центрифугированием, которые являются в сильной степени обогащенными белками наружной мембраны (ОМР) из M.catarrhalis (Murphy and Loeb, 1989, Microbial Pathogen. 6:159-174), показывает, что октилглюкозидные экстракты содержат преимущественно белки наружной мембраны M.catarrhalis (Фиг.1). Это свидетельствовало о том, что экстракция октилглюкозидом обеспечила более быструю процедуру с более высоким выходом белков наружной мембраны в сравнении с белками наружной мембраны, полученными из пузырьков (везикул наружной мембраны). 6.1.5. Протеолитическое расщепление ОМР106 50мг клеток из штамма АТСС 49143 в 1мл забуференного фосфатом солевого раствора Дульбекко расщепляли в течение 1 часа при комнатной температуре следующими протеазами: обработанным TLCK химотрипсином (5мг), Протеиназой К (5мг), обработанным ТРСК трипсином (5мг) или протеазой V8 (100 Единиц). Все протеазы получали из Sigma Chemicals (St. Louis, МО). Сразу же после протеазной обработки клетки промывали один раз в PBS и ресуспендировали в 1мл PBS и тестировали на гемагглютинирующую активность. Кроме того, обработанные протеазами бактериальные клетки экстрагировали октилглюкозидом, чтобы белки наружной мембраны могли быть разделены для идентификации специфических белков, которые могли быть гидролизованы этими протеазами; 6.1.6. Негемагглютинирующие культивары Обычно гемагглютинирующие культуры M.catarrhalis выращивают во встряхиваемых колбах, содержащих бульон Мюллера-Хинтона, при 35-37°С при 200об/мин, в течение 24-48 часов. Клетки, взятые непосредственно из чашки с кровяным агаром на среде Мюллера-Хинтона, также экспрессируют гемагглютинирующий фенотип. Для отбора на не гемагглютинирующий (NHA) культивар штамм 49143 подвергали серийному пассажу каждые 5 дней в статических культура х, выращиваемых в бульоне МюллераХинтона при 35°С. При каждом пассаже инокулят брали только с поверхности бульонной культуры. При втором пассаже развивался плавающий ковер клеток и этот ковер клеток использовали в качестве инокулята для последующи х культур. Серийное культивирование таким образом давало NHA культивары АТСС 49143 обычно после трех пассажей. 6.1.7. Выделение полипептида ОMP106 Полипептид ОМР106 из экстракта наружных мембран M.catarrhalis АТСС 49143 детектируют (например, окрашиванием серебром или антителами против ОМР106) в денатурирующих гелях только после того, как этот экстракт был инкубирован при 100°С в течение 5 минут. Для определения, является ли появление полосы ОМР106 после инкубирования при 100°С результатом агрегации белков более низкой молекулярной массы во время кипячения, или позволяет ли кипячение нормально агрегированному белку входить в гель, непрокипяченный октилглюкозидный экстракт наружных мембран АТСС 49143 анализировали на нативном полиакриламидном геле. Специфические участки геля, в том числе непосредственно ниже колодца для пробы, вырезали и кипятили. Затем полученные пробы разделяли на денатурирующем полиакриламидном геле и окрашивали содержащим серебро красителем (Silver Stain Plus, Catalog number 161-0449, BioRad Laboratories, Richmond, CA). Для N-концевого секвенирования октилглюкозидный экстракт наружных мембран АТСС 49143 смешивали с буфером для проб PAGE, содержащим ДСН, и инкубировали в течение 5 минут в кипящей водяной бане. Затем белки разделяли на 12% ПААГ с ДСН и переносили на мембрану PVDF электроблоттингом. Затем область мембраны, содержащую полосу ОМР106, вырезали для аминоконцевого секвенирования. Ни одна из процедур PAGE, использованных для выделения полипептида ОМР106, не применяла восстанавливающие агенты в буферах для проб или для гелей. 6.1.8. Ан тисыворотка против ОМР106 Антисыворотку к ОМР106 получали разделением полипептида ОМР106 из НА культивара АТСС 49143 в денатурирующем содержащем додецилсульфат натрия полиакриламидном геле, как описано ранее (Lammeli, 1970, Nature 227:680-685), и вырезанием содержащей ОМР106 полосы из этого геля. Вырезанную полосу мацерировали и инъецировали в кролика для генерирования антисыворотки к полипептиду ОМР106. Эту антисыворотку использовали для ингибирования гемагглютинации, как описано в разделе 6.1.2. supra, но с применением антисыворотки вместо углевода. Эту антисыворотку исследовали также на медиируемую комплементом цитотоксическую активность против M.catarrhalis, как описано в Разделе 7. 6.1.9. Вестерн-блоты с антисывороткой против ОМР106 M.catarrhalis АТСС 49143, АТСС 43628, АТСС 43627, АТСС 43618, АТСС 43617, АТСС 25240, АТСС 25238 и АТСС 8176; M.ovis АТСС 33078; M.lacunata АТСС 17967; M.bovis АТСС 10900; M.osloensis АТСС 10973; Neisseria gonorrhoeae (клинический изолят) ; и N.meningitidis АТСС 13077 выращивали на чашках с шоколадным агаром в течение 48 часов при 35°С в 5% СО2. Клетки удаляли выскребанием колоний из поверхности агара при помощи полистироловой петли для посева. Затем клетки солюбилизировали суспендированием 30мкг клеток в 150мкл буфера для проб PAGE (360мМ Трис-НС1 [pH8,8], содержащий 4% додецилсульфат натрия и 20% глицерин) и инкубированием суспензии при 100°С в течение 5 минут. Солюбилизированные клетки разделяли на 12% полиакриламидных гелях по Лэммли и разделенные белки электрофоретически переносили на мембраны PVDF при 100В в течение 1,5 часов, как описано ранее (Thebain et al., 1979, Proc.Natl. Acad. Sci. USA 76:4350-4354), за исключением того, что к буферу для переноса добавляли 0,05% додецилсульфат натрия для облегчения выхода белков из геля. Затем мембраны PVDF предобрабатывали 25мл забуференного фосфатом солевого раствора Дульбекко, содержащего 0,5% казеин натрия, 0,5% бычий сывороточный альбумин и 1% козью сыворотку. Все последующие инкубации проводили с использованием этого буфера для преодобработки. Мембраны PVDF инкубировали с 25мл разведения 1:500 пре-иммунной кроличьей сыворотки или сыворотки из кролика, иммунизированного полипептидом ОМР106 (как описано выше), в течение 1 часа при комнатной температуре. Затем мембраны PVDF промывали дважды буфером (20мМ Трис-буфер [рн7,5], содержащий 150мМ хлорид натрия и 0,05% Твин-20). Мембраны PVDF инкубировали с 25мл разведения 1:5000 меченого пероксидазой козьего антитела против IgG кролика (Jackson ImmunoResearch Laboratories, West Grove Penn. Catalog number 111-035-003) в течение 30 минут при комнатной температуре. Затем мембраны PVDF промывали 4 раза промывным буфером и проявляли тетрагидрохлоридом 3,3' диаминобензидина и пероксидом мочевины, поставляемыми Sigma Chemical Co. (St. Louis, MO, catalog number D-4418), в течение 4 минут в каждом. 6.1.10. Иммунофлуоресцентное окрашивание антителами против ОМР106 клеточной поверхности M.catarrhalis АТСС 49143 выращивали в течение ночи при 35°С во встряхиваемой водяной бане в бульоне Мюллера-Хинтона. Клетки осаждали центрифугированием и затем ресуспендировали в равном объеме модифицированного Дульбекко забуференного фосфатом солевого раствора без кальция или магния (PBS/MC). 20мкл клеточной суспензии наносили на каждое из 5 чистых предметных стекол для микроскопа. После отстаивания в течение 10 секунд избыток жидкости удаляли микропипеткой и предметным стеклам давали высохнуть на воздухе в течение 1 часа. Затем стекла фиксировали нагреванием на открытом пламени до тех пор, пока стекло не становилось теплым (при прикосновении). Предметные стекла сначала обрабатывали 40мкл разведения 1:40 антисыворотки против ОМР106 или пре-иммунной сыворотки из того же животного, разведенной в PBS/MC, или PBS/MC в течение 10 минут, затем промывали 5 раз PBS/MC. Стекла обрабатывали 40мкл 5мкг/мл PBS/MC меченых изотиоцианатом флуоресцеина козьих антител к IgG кролика (Kirkegaard and Perry Laboratories, Inc, Gaithersburg, MD catalog number 02-15-06). Предметные стекла инкубировали в темноте в течение 10 минут и промывали 5 раз в PBS/MC. Каждое предметное стекло хранили покрытым PBS/MC под покровным стеклом и просматривали под флуоресцентным микроскопом, снабженным фильтром 489нм. Для каждой пробы визуально просматривали пять полей для оценки степени окрашивания. 6.2. Результаты 6.2.1. Гемагглютинирующая активность Агглютинирующая активность M.catarrhalis в отношении эритроцитов является видоспецифической с наиболее сильной активностью, наблюдаемой с эритроцитами человека. Эритроциты кролика также агглютинируются M.catarrhalis, но в меньшей степени, чем эритроциты человека. Эритроциты из мыши, лошади или овцы не агглютинируются (см. Таблицу 1). Таблица 1 Интенсивность гемагглютинации эритроцитов из различных видов с использованием M.catarrhalis АТСС 49143 Источник эритроцитов Оценка гемагглютинацииа Человек ++++ Кролик ++ Мышь Лошадь Овца a ++++=самая интенсивная агглютинация, показывает отсутствие агглютинации 6.2.2. Лиганды и рецепторы ОМР106 Гемагглютинирующая активность M.catarrhalis обусловлена связыванием с глоботетрозой (Gb4). Пузырьки (везикулы) из гемагглютинирующих штаммов связываются с гликолипидом, имеющим Gb4, тогда как негемагглютинируютие штаммы не связываются с этим гликолипидом (см. Фиг.2). Гемагглютинирующая активность M.catarrhalis ингибируется моносахаридными компонентами Gb4 или производными таких моносахаридов, причем наиболее сильными ингибиторами являются N-ацетилгалактозамин и галактоза (особенно альфа-аномер галактозы) (см. Таблицу 2). Таблица 2 Минимальная концентрация Сахаров, требующаяся для ингибирования гемагглютинации (МИК), вызываемой M.catarrhalis Сахар МИК (мМ)" D-глюкоза >167 D-манноза 83 D-галактоза 41 L-фукоза 83 N-ацєтил-D-глюкозамин >167 N-ацетил-В-галактозамин 41 Метил-α-глюкоза >167 Meтил-α-манноза 167 Метил-α-галактоза 10 Метил-β-галактоза 83 * Минимальная концентрация сахара, требующаяся для ингибирования реакции гемагглютинации 1+, вызываемой M.catarrhalis АТСС 49143, с 5% промытыми 0+ эритроцитами. Как N-ацетилгалактозамин, так и альфа-галактоза являются частью тетрасахарида Gb4. Корреляция между гемагглютинацией и связыванием с Gb4 и наблюдение, что гемагглютинация ингибируется моносахаридами, которые содержат Gb4 рецептор, предполагают, что клетки M.catarrhalis связываются с тетрасахаридом Gb4. Этот те трасахарид присутствует на эритроцитах и тканях человека и мог бы медиировать присоединение M.catarrhalis к мембранам эритроцитов. 6.2.3. Идентификация полипептида ОМР106 Протеолитическое расщепление клеток M.catarrhalis и последующий анализ гемагглютинации, вызываемой расщепленными клетками, показали, что протеазная обработка химотрипсином и протеиназой К разрушала гемагглютинирующую активность, а обработка трипсином частично разрушала гемагглютинирующую активность, что указывало на то, что гемагглютинирующая активность опосредована белком. Анализ профилей белков ОМР обработанных протеазами клеток M.catarrhalis показал, что в каждой пробе были деградированы многочисленные белки, так что эти профили не дают ответа на вопрос, какой белок непосредственно или опосредованно участвует в гемаглютинирующей активности (см. Фиг.3). Поскольку протеазная обработка показала, что полипептид прямо или опосредованно ответственен за гемагглютинирующую активность, мы использовали электрофорез в полиакриламидном геле с ДСН(PAGESDS) для сравнения профилей ОМР из гемагглютинирующи х штаммов с профилями ОМР из негемагглютинирующи х штаммов (Фиг.4). Анализ различий между этими профилями показал, что гемагглютинирующие штаммы имеют два уникальных полипептида, один со средней молекулярной массой 27кДа (обозначенный ОМР27) и другой, являющийся единственным белком со средней молекулярной массой более 106кДа (обозначенный ОМР106). Следует отметить, что полоса полипептида ОМР106 отсутствовала в препаратах ОМР обработанных различными протеазами клеток, которые имели уменьшенную гемагглютинирующую активность или не имели гемагглютинирующей активности, тогда как полоса ОМР27 присутствовала в препарате ОМР обработанных протеиназой К клеток, которые не имели гемагглютинирующей активности. Кроме того, полоса полипептида ОМР106 не разрушалась гидролизом протеиназой V8, который не влиял на гемагглютинирующую активность обработанных клеток. 6.2.4. Профиль ОМР NH A Культиваров Последовательное (серийное) культивирование NHA культивара АТСС 49143 в статической культуре при 35°С давало NHA культивар (названный 49143-NHA) при третьем пассаже этой культуры. Эта потеря гемагглютинирующей активности была воспроизводимой. Анализ профилей ОМР OG-экстрактов наружных мембран НА и NHA культиваров показал, что полоса полипептида ОМР106 отсутстствовала в экстракте 49143-NHA (Фиг.5). Это предполагает, что полипептид ОМР106 является гемагглютинином M.catarrhalis (т.е. полипептид ОМР106 связывает гецептор Gb4 или является субъединицей гомополимерного белка, который связывает рецептор Gb4) или образует часть гемагглютинина M.catarrhalis (т.е. полипептид ОМР106 является субъединицей гетерополимерного белка, который связывает рецептор Gb4). 6.2.5. ОМР106 и гемагглютинация Поликлональная антисыворотка, индуцированная полипептидом ОМР106 АТСС 49143, нейтрализовала гемагглютинацию, вызываемую АТСС 49143, а также гемагглютинацию, вызываемую гетерологичным штаммом АТСС 43627. Это дополнительно подтверждает вывод о том, что гемагглютинирующая активность M.catarrhalis включает полипептид ОМР106 и что полипептид ОМР106 является антигенно консервативным среди штаммов. См. также Фиг.9А, который показывает антитела в поликлональной антисыворотке, связывающие полипептид ОМР106 тетерологичных штаммов M.catarrhalis. 6.2.6. Локализация ОМР106 в наружной мембране Для определения, экспонирован ли полипептид ОМР106 на наружной мембране клеток M.catarrhalis, использовали кроличью антисыворотку против ОМР106 в непрямом иммунофлуоресцентном окрашивании. Клетки M.catarrhalis, обработанные антисывороткой против ОМР106, окрашивались более интенсивно и однородно, чем клетки, обработанные пре-иммунной сывороткой или PBS/MC. Это свидетельствует о том, что в интактных клетках M.catarrhalis полипептид ОМР106 был реактивен с антителами против ОМР106. Этот результат показывает, что полипептид ОМР106 экспонирован на наружной поверхности M.catarrhalis. Это открытие согласуется с тем, что полипептид ОМР106 играет роль в гемагглютинации, и, кроме того, свидетельствует о том, что полипептид ОМР106 мог бы быть применимым в качестве вакцины. 6.2.7. Свойства полипептида ОМР106 Полипептид ОМР106 существует в виде большого белкового комплекса в его нативном состоянии или в виде агрегатов, когда его экстрагируют октилглюкозидом. Этот вывод подтверждается обнаружением того, что экстракция клеток M.catarrhalis октилглюкозидом будет солюбилизировать полипептид ОМР106, но экстрагированный полипептид ОМР106 не входит в денатурирующие полиакриламидные гели, если этот экстракт не инкубируют сначала при 100°С (Фиг.6). Кроме того, полоса полипептида ОМР106, по-видимому, не образуется из полипептидов более низкой молекулярной массы, которые полимеризуются или агрегируют при нагревании, так как полипептид ОМР106 в не денатурированной нагреванием пробе удерживается в этой пробе хорошо и входит в разделяющий гель только в том случае, если пробу сначала инкубируют при 100°С. Это биохимическое свойство является очень полезным для идентификации полипептида ОМР106 в различных гелях. Используя октилглюкозидные экстракты M.catarrhalis, затем инкубируя эти экстракты с додецилсульфатом натрия при 100°С и разделяя белки на денатурирующем полиакриламидном геле, мы определили, что средняя молекулярная масса полипептида ОМР106 из различных штаммов M.catarrhalis, в частности, штаммов АТС 25238, АТСС 25240, АТСС 43617, АТСС 43618, АТСС 43627 и АТСС 43628, находится в диапазоне от около 180кДа до около 230кДа (Фиг.9А), тогда как полипептид ОМР106 штамма АТСС 49143 имеет, по-видимому, среднюю молекулярную массу примерно 190 кДа(Фиг.6). Полипептид ОМР106 штамма АТСС 49143 был экстрагирован из пластинки геля и его N-конец был секвенирован. Секвенирование показало, что N-конец полипептида ОМР106 из наружной мембраны АТСС 49143 представляет собой IGISEADGGKGGAN ARGDKSIAIGDIAQALGSQSIAIGDNKIV (SEQ ID N 1). Кроме того, был выделен внутренний пептид ОМР106, продуцируемый продуктом расщепления Lys-C (Fernandez et al., 1994, Anal. Biochem. 218:112-117), и было определено, что его последовательность представляет собой GTVLGGKK (SEQ ID N 2). Мы получили три олигонуклеотидных зонда. Два зонда соответствуют вн утреннему пептиду GTVLGGKK, один имеет следующую последовательность GGNACNGTNTTRGGNGGN AAR AAR (SEQ ID N 7). Другой зонд, Мс-5-72 кодирующий внутренний фрагмент (SEQ ID N 5) ами-но-концевой последовательности ОМР106, имеет следующую последовательность GAAGCGGACGGGGGGAAAGGCGGAGCCAATGCGCGCGGTGATAAATCCATTGCTATTGGTGAC ATTGCGC AA (SEQ ID N 4). Гибридизация зонда Мс-5-72 с полным продуктом гидролиза HindiII или Dral ДНК M.catarrhalis в каждом случае давала единственную полосу в блоттинге по Саузерну (Фиг.7). Гибридизующаяся полоса в продукте расщепления HindiII имеет приблизительный размер 8,0 т.п.н.; гибридизующаяся полоса в продукте расщепления Dral имеет-приблизительный размер 4,2 т.п.н.(Фиг.7). 6.2.8. Консервативность полипептида ОМР106 Вестерн-блот-анализ экстрактов белков наружной мембраны ряда штаммов M.catarrhalis и родственных видов бактерий показал, что антитела против ОМР106 связываются с полипептидом от приблизительно 180кДа до 230кДа во многих штаммах M.catarrhalis, как в НА, так и в NHA штаммах или культиварах (Фиг.9А). Антитела против ОМР106 не связывались с каким-либо полипептидом в белковых экстрактах родственных бактерий (Фиг.8А). Эти результаты свидетельствуют о следующем: 1) Антитела против ОМР106 могут быть использованы для специфической идентификации и отличения M.catarrhalis от родственных видов бактерий. 2) Полипептид ОМР106 может быть использован для генерирования антител, которые имеют диагностическое применение для идентификации M.catarrhalis. 3) Антитела к полипептиду ОМР106 одного штамма (например, ОМР106 АТСС 49143) могут быть использованы для идентификации и выделения соответствующего полипептида ОМР106 других штаммов M.catarrhalis. Интересно, что результаты Вестерн-блоттинга показывают, что многие NHA штаммы M.catarrhalis имеют полипептид ОМР106 в OG-экстрактах и х наружных мембран. Это обнаружение и факт, что окрашивание серебром ОМР из OG-экстрактов наружных мембран NHA штаммов M.catarrhalis после PAGE не выявляет полосы в диапазоне 180-230кДа, свидетельствуют о том, что полипептид ОМР106 экспрессируется большинством штаммов или культиваров M.catarrhalis, но для того, чтобы быть активным в гемагглютинации или окрашиваться серебром, полипептид QMP106 должен быть правильно модифицирован некоторым образом. Очевидно, только НА штаммы и культивары способны подходящим образом модифицировать полипептид ОМР106, так чтобы он мог медиировать бактериальное связывание с рецептором агглютинина на поверхностях клеток млекопитающих. 7. Пример: эффективность вакцины ОМР106: цитотоксическая активность антисыворотки против ОМР106 Опосредованную комплементом цитотоксическую активность антител против ОМР106 исследовали для определения вакцинного потенциала полипептида ОМР106. Антисыворотку к полипептиду ОМР106 НА культивара АТСС 49143 получали, как описано в Разделе 6.1.8. supra. Активности пре-иммунной сыворотки и антисыворотки против ОМР106 в медиировании киллинга (цитолиза) комплементом M.catarrhalis исследовали при помощи сывороточного бактерицидного теста («Serum Bactericidal Test»), описанного Zollinger et al. (Immune Responses to Neisseria meningitis, in Manual of Clinical Laboratory Immunology, 3rd ed., pp. 347-349), за исключением того, что вместо клеток Neisseria meningitis использовали клетки НА и NHA штаммов и культиваров M.catarrhalis. Результаты показывают, что антисыворотка против ОМР106 медиировала комплемент-киллинг (цитолиз) НА культивара гетерологичного штамма 43 627 M.catarrhalis, но не NHA культивара M.catarrhalis АТСС 43627 или NHA культивара M.catarrhalis АТСС817 6. Таблица 3 обобщает опосредованные комплементом цитотоксические активности пре-иммунной сыворотки и антисыворотки против ОМР106 в о тношении (против) НА культивара АТСС 43627. Таблица 3 Опосредованные комплементом цитотоксические активности пре-иммунной сыворотки и антисыворотки против ОМР106 Цитотоксический титр Пре-иммунная Антисыворотка сыворотка против ОМР106 Эксперимент 1 16 128 Эксперимент 2 8 64 Этот титр является наивысшим разведением, при котором сыворотка может медиировать киллинг (цитолиз) комплементом НА культивара АТСС 43 627 (например, 16 обозначает 16-кратное разведение сыворотки); чем больше число, тем выше цитотоксическая активность или титр. Как показано в Таблице 3, антисыворотка против ОМР106 имеет в 8 раз большую цитотоксическую активность, чем пре-иммунная сыворотка. Этот результат свидетельствуе т о том, что полипептид ОМР106 применим в качестве вакцины против НА штаммов и культиваров M.catarrhalis. Хотя данное изобретение описано подробно со ссылкой на его характерные варианты должно быть понятно, что изменения, которые являются функционально равноценными, находятся в объеме данного изобретения. Действительно, различные модификации данного изобретения, в дополнение к показанным и описанным здесь, будут очевидными для специалистов в данной области из предшествующего описания и сопутствующи х рисунков. Такие модификации должны находиться в рамках прилагаемых пунктов формулы изобретения. Здесь цитируются многочисленные публикации, описания которых включены в качестве ссылок во всей их полноте. СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ (1) ОБЩАЯ ИНФОРМАЦИЯ: (І) ЗАЯВИТЕЛЬ: TUCKER, KENNETN PLOSIL A, L AURA (II) НАЗВАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ: Полипептид белка-106 наружной мембраны M.Catarrhalis, последовательность гена и их применения (I) ЧИСЛО ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ: 8 (ІІІ) АДРЕС ДЛЯ КОРРЕСПОНДЕНЦИИ: (A) АДРЕСАТ: PENNIE AND EDMONDS (B) УЛИЦА: 1155 Avenue of Americas (C) ГОРОД: New York (D) ШТАТ: New York (E) СТРАН А: USA (F) ПОЧТОВЫЙ КОД: (ZIP) 10036-2711 (V) ФОРМА СЧИТЫВАНИЯ КОМПЬЮТЕРОМ: (A) ТИП НОСИТЕЛЯ: Гибкий диск (B) КОМПЬЮТЕР: IBM PC совместимый (C) ОПЕРАЦИОННАЯ СИСТЕМА: PC-DOS/MS-DOS (D) ПРОГРАММН ОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ: Patentln Release #1.0, Version #1.30 (ЕРО) (VII) ДАННЫЕ ТЕКУЩЕЙ ЗАЯВКИ: (A) НОМЕР ЗАЯВКИ: US (B) ДАТА РЕГИСТРАЦИИ: (C) КЛАССИФИКАЦИЯ: (VIII) ИНФОРМАЦИЯ О ПОВЕРЕННОМ/АГЕНТЕ: (A) И МЯ: Baldwin, Geraldine F. (B) РЕГИСТРАЦИОННЫЙ НОМЕР: 31232 (C) REFERENCE/DOCKET NUMBER: 7969-045 (IX) ИНФОРМАЦИЯ О ТЕЛЕКОММУНИКАЦИИ: (А) ТЕЛЕФОН: (212) 790-9090 (B) ТЕЛЕФАКС: (212) 869-8864 (C) ТЕЛЕКС: 66141 PENNIE (2) Информация для SEQ ID N 1: (I) Характеристика последовательности: (А) ДЛИН А: 43 аминокислоты (В) ТИП: аминокислота (C) КОЛИЧЕСТВО ЦЕПЕЙ: (D) ТОПОЛОГИЯ: неизвестная (II) ТИП МОЛЕКУЛЫ: пептид (XI) Описание последовательности: SEQ ID N 1: (2) Информация для SEQ ID N 2: (I) Характеристики последовательности: (A) ДЛИН А: 8 аминокислот (B) ТИП: аминокислота (C) КОЛИЧЕСТВО ЦЕПЕЙ: (D) ТОПОЛОГИЯ: неизвестная (II) ТИП МОЛЕКУЛЫ: пептид (V) ТИП ФРАГ МЕНТА: вн утренний (XI) ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ: SEQ ID N 2: (2) Информация для SEQ ID N 3: (I) Характеристики последовательности: (A) ДЛИН А: 24 п.н. (B) ТИП: нуклеиновая кислота (C) КОЛИЧЕСТВО ЦЕПЕЙ: неизвестно (D) ТОПОЛОГИЯ: неизвестная (II) ТИП МОЛЕКУЛЫ: др угая нуклеиновая ксислота (А) ОПИСАНИЕ: /desc=«probe» (зонд) (XI) ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ: SEQ ID N 3: GGN ACNGTNG TNGGNGGN AA R AAR (2) Информация для SEQ TD N 4: (I) Характеристики последовательности: (A) ДЛИН А: 72 п.н. (B) ТИП: нуклеиновая кислота (C) КОЛИЧЕСТВО ЦЕПЕЙ: одна (D) ТОПОЛОГИЯ: неизвестная (II) ТИП МОЛЕКУЛЫ: ДНК (геномная) (IX) ПРИЗНАК: (A) И МЯ/КЛЮЧ: CDS (B) МЕСТОПОЛОЖЕНИЕ: 1..72 (XI) ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ: SEQ ID N 4: (2) Информация для SEQ ID N 5: (I) Характеристика последовательности: (A) ДЛИН А: 24 аминокислоты (B) ТИП: аминокислота (D) ТОПОЛОГИЯ: линейная (II) ТИП МОЛЕКУЛЫ: белок (XI) ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ: SEQ ID N 5: (2) Информация для SEQ ID N 6: (I) Характеристики последовательности: (A) ДЛИН А: 24 п.н. (B) ТИП: нуклеиновая кислота (C) КОЛИЧЕСТВО ЦЕПЕЙ: неизвестно (D) ТОПОЛОГИЯ: неизвестная (II) ТИП МОЛЕКУЛЫ: др угая нуклеиновая кислота (А) ОПИСАНИЕ: /desc=«probe»(зонд) (XI) ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ: SEQ ID N 6: YTTYTTNCCN CCNAGNACNG TNCC (2) Информация для SEQ ID N 7: (I) Характеристики последовательности: (A) ДЛИН А: 24 п.н. (B) ТИП: нуклеиновая кислота (C) КОЛИЧЕСТВО ЦЕПЕЙ: неизвестно (D) ТОПОЛОГИЯ: неизвестная (II) ТИП МОЛЕКУЛЫ: др угая нуклеиновая кислота (А) ОПИСАНИЕ: /desc=«probe»(зонд) (XI) ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ: SEQ TD N 7: GGNACNGTNT TRGGNGGNAA RAAR (2) Информация для SEQ ID N 8: (I) Характеристики последовательности: (A) ДЛИН А: 24 п.н. (B) ТИП: нуклеиновая кислота (C) КОЛИЧЕСТВО ЦЕПЕЙ: неизвестно (D) ТОПОЛОГИЯ: неизвестная (II) ТИП МОЛЕКУЛЫ: др угая нуклеиновая кислота (А) ОПИСАНИЕ: /desc=«probe»(зонд) (V) ТИП ФРАГ МЕНТА: N-концевой (XI) ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ: SEQ ID N 8 YTTYTTNCCN CCYAANACNG TNCC