Антитіло до рецептора епідермального фактора росту-3 (her3)

Реферат: Винахід стосується виділеного антитіла для застосування при лікуванні раку опосередкованого залежним від ліганду HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганду шляхом трансдукції сигналу. UA 114883 C2 (12) UA 114883 C2 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Перехресне посилання на споріднені заявки Ця заявка заявляє пріоритет попередньої заявки на патент США № 61/375408, зареєстрованої 20 серпня 2010 р., зміст якої повністю включено в цей опис як посилання. Галузь техніки, до якої відноситься винахід Цей винахід відноситься в цілому до антитіл або їх фрагментів, які взаємодіють з рецепторами сімейства HER, наприклад, з HER3-рецептором. Зокрема, він відноситься до антитіл або їх фрагментів, які розпізнають конформаційний епітоп HER-рецептора (наприклад, HER3), що містить залишки з обох доменів 2 і 4, що приводить до інгібування як залежної від ліганда, так і незалежної від ліганда трансдукції сигналу. Винахід відноситься також до антитіл і їх фрагментів, які конкурують з HER-рецепторами (наприклад, HER3-рецептором) за зв'язування з лігандом (наприклад, нейрегуліном), попереджаючи тим самим активацію трансдукції сигналу, що індуціюється лігандом. Передумови створення винаходу Рецептор людського епідермального фактора росту-3 (ErbB3, який позначають також як HER3) являє собою рецепторну протеїнтирозинкіназу і належить до підродини рецепторних протеїнтирозинкіназ епідермального фактора росту (EGFR), яка включає також EGFR (HER1, ErbB1), HER2 (ErbB2, Neu) і HER4 (ErbB4) (Plowman та ін., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 1990, сс. 4905-4909; Kraus та ін., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86, 1989, сс. 9193-9197; і Kraus та ін., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 1993, сс. 2900-2904). Подібно до прототипого рецептора епідермального фактора росту трансмембранний рецептор HER3 складається з позаклітинного лігандзв'язувального домена (ECD), домена димеризації усередині ECD, трансмембранного домена, внутрішньоклітинного домена, що нагадує протеїнтирозинкіназний домен (TKD), і Cкінцевого домена фосфорилювання. На відміну від інших представників сімейства HER кіназний домен HER3 відрізняється дуже низькою властивою йому кіназною активністю. Ліганди нейрегулін 1 (NRG) або нейрегулін 2 зв'язуються з позаклітинним доменом HER3 і активують опосередковуваний рецептором шлях передачі сигналу в результаті посилення димеризації з іншими парнерами по димеризації, такими як HER2. Гетеродимеризація приводить до активації і трансфосфорилювання внутрішньоклітинного домена HER3, і це сприяє не тільки диверсифікованості сигналу, але також і до посилення сигналу. Крім того, гетеродимеризація HER3 може відбуватися також без участі активуючих лігандів і цей процес, як правило, називають незалежною від ліганда активацією HER3. Наприклад, при високих рівнях експресії HER2 у результаті генної ампліфікації (наприклад, при раку молочної залози, легені, яєчника або шлунка) може відбуватися спонтанне утворення димерів HER2/HER3. Вважається, що в цій ситуації HER2/HER3 є найбільш активним ErbB-сигнальним димером і тому має високу трансформуючу здатність. Підвищений рівень HER3 виявлено при деяких типах раку, таких як рак молочної залози, легені, шлунково-кишковий рак і рак підшлункової залози. Важливо відзначити, що була виявлена кореляція між експресією HER2/HER3 і переходом захворювання з неінвазивної в інвазивну стадію (Alimandi та ін., Oncogene 10, 1995, сс. 1813-1821; Defazio та ін., Cancer 87, 2000, сс. 487-498; Naidu та ін., Br. J. Cancer 78, 1988, сс. 1385-1390). Таким чином, існує необхідність у розробці агентів, які взаємодіють з опосередковуваною HER3 передачею сигналу. Короткий виклад суті винаходу При створенні винаходу були виявлені антигензв'язувальні білки (наприклад, антитіла або їх фрагменти), які зв'язуються з конформаційним епітопом HER3-рецептора, що містять амінокислотні залишки, які входять у домен 2 і домен 4 HER3. Зазначене зв'язування антитіл або їх фрагментів з доменом 2 і доменом 4 стабілізує HER3-рецептор у неактивній або закритій конформації, що приводить до інгібування активації HER3. При створенні винаходу несподівано було встановлено, що зв'язування антитіл або їх фрагментів із зазначеним конформаційним епітопом блокує як залежні від ліганда (наприклад, нейрегуліна), так і незалежні від ліганда шляхи передачі сигналу HER3. Крім того, опосередковуване антитілом інгібування передачі сигналу, що індукується лігандом, має місце без блокади зв'язування ліганда (тобто як ліганд, так і антитіло можуть зв'язуватися з HER3), очевидно, з тієї причини, що HER3 не може піддаватися конформаційним перегрупуванням, необхідним для активації. Таким чином, одним з об'єктів винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який зв'язується з HER-рецептором у неактивному стані, де антитіло або його фрагмент блокує як залежну від ліганда, так і незалежну від ліганда трансдукцію сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HER-рецептор у неактивному стані. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає 1 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 конформаційний епітоп HER-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER-рецептора, і де антитіло та його фрагмент блокує як залежну від ліганда, так і незалежну від ліганда трансдукцію сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент зв'язується з HER-рецептором у неактивному стані. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент зв'язується з HER-рецептором в активному стані і переводить його в неактивний стан. Згідно з іншим варіантом здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HERрецептор у неактивному стані. HER-рецептор вибирають з групи, що включає HER1, HER2, HER3 і HER4. Антитіло вибирають з групи, що включає моноклональне антитіло, поліклональне антитіло, химерне антитіло, гуманізоване антитіло та синтетичне антитіло. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER-рецептора, де зв'язування з антитілом стабілізує HER-рецептор у неактивному стані і де ліганд HER може конкурентно зв'язуватися з лігандзв'язувальним сайтом на HER-рецепторі. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу зв'язування ліганда HER з лігандзв'язувальним сайтом не може індукувати конформаційну зміну HER-рецептора в активний стан. В іншому варіанті здійснення винаходу зв'язування ліганда HER з лігандзв'язувальним сайтом не може активувати трансдукцію сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу ліганд HER обраний з групи, що включає нейрегулін 1 (NRG), нейрегулін 2, нейрегулін 3, нейрегулін 4, бетацелюлін, гепаринзв'язувальний епідермальний фактор росту, епірегулін, епідермальний фактор росту, амфірегулін і трансформуючий фактор росту альфа. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER-рецептора, де зв'язування з антитілом стабілізує HER-рецептор у неактивному стані, у результаті чого не може відбуватися димеризація HERрецептора з корецептором з утворенням комплексу рецептор-рецептор. Відсутність здатності утворювати комплекс рецептор-рецептор перешкоджає активації як залежної від ліганда, так і незалежної від ліганда трансдукції сигналу. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER-рецептора, де зв'язування антитіла з HERрецептором дозволяє відбуватися димеризації з корецептором з утворенням неактивного комплексу рецептор-рецептор. Утворення неактивного комплексу рецептор-рецептор перешкоджає активації незалежної від ліганда трансдукції сигналу. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який зв'язується з HER3-рецептором, що перебуває в неактивній конформації, при цьому антитіло блокує як залежну від ліганда, так і незалежну від ліганда трансдукцію сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HER3-рецептор у неактивному стані. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER3-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER3-рецептора, і де антитіло або його фрагмент блокує як залежну від ліганда, так і незалежну від ліганда трансдукцію сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент зв'язується з HER3рецептором у неактивному стані. Згідно з іншим варіантом здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HER3-рецептор у неактивному стані. Антитіло вибирають з групи, що включає моноклональне антитіло, поліклональне антитіло, химерне антитіло, гуманізоване антитіло та синтетичне антитіло. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER3-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER3-рецептора, і де зв'язування з антитілом стабілізує HER3-рецептор у неактивному стані і де ліганд HER3 може конкурентно зв'язуватися з лігандзв'язувальним сайтом на HER3-рецепторі. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу зв'язування ліганда HER3 з лігандзв'язувальним сайтом не може індукувати конформаційну зміна HER3-рецептора, що переводить його в активний стан. В іншому варіанті здійснення винаходу зв'язування ліганда HER3 з лігандзв'язувальним сайтом не може активувати трансдукцію сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу ліганд HER3 обраний з групи, що включає нейрегулін 1 (NRG), нейрегулін 2, бетацелюлін, 2 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 гепаринзв'язувальний епідермальний фактор росту та епірегулін. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER3-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER3-рецептора, і де антитіло або його фрагмент блокує як залежну від ліганда, так і незалежну від ліганда трансдукцію сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент зв'язується з HER3рецептором у неактивному стані. Згідно з іншим варіантом здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HER3-рецептор у неактивному стані. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який зв'язується з конформаційним епітопом HER3-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER3-рецептора, де домен 2 містить петлю димеризації і де антитіло або фрагмент блокує як залежну від ліганда, так і незалежну від ліганда трансдукцію сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HER3-рецептор у неактивному стані. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки 265-277, 315 (з домена 2), 571, 582-584, 596-597, 600-602, 609-615 (з домена 4) або їх піднабір. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу VH антитіла або його фрагмента зв'язується щонайменше з одним з наступних залишків HER3: Asn266, Lys267, Leu268, Thr269, Gln271, Glu273, Pro274, Asn275, Pro276, His277, Asn315, Asp571, Pro583, His584, Ala596, Lys597. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу VL антитіла або його фрагмента зв'язується щонайменше з одним з наступних залишків HER3: Tyr265, Lys267, Leu268, Phe270, Gly582, Pro583, Lys597, Ile600, Lys602, Glu609, Arg611, Pro612, Cys613, His614, Glu615. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп першого HER-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 першого HER-рецептора, де зв'язування антитіла або його фрагмента з першим HER-рецептором у відсутності ліганда HER-рецептора знижує незалежне від ліганда утворення білкового комплексу перший HER-рецептор - другий HER-рецептор у клітині, у якій відбувається експресія першого HER-рецептора і другого HERрецептора. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує перший HER-рецептор у неактивному стані, у результаті чого не може відбуватися димеризація першого HER-рецептора з другим HER-рецептором з утворенням білкового комплексу перший HER-рецептор – другий HER-рецептор. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу відсутність здатності утворювати білковий комплекс перший HER-рецептор - другий HER-рецептор перешкоджає активації трансдукції сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу перший HER вибирають з групи, що включає HER1, HER2, HER3 і HER4. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу другий HER вибирають з групи, що включає HER1, HER2, HER3 і HER4. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER3-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER3-рецептора, де зв'язування антитіла або його фрагмента з HER3-рецептором у відсутності ліганда HER3 знижує незалежне від ліганда утворення білкового комплексу HER2-HER3 у клітині, у якій відбувається експресія HER2 і HER3. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HER3-рецептор у неактивному стані, у результаті чого не може відбуватися димеризація HER3-рецептора з HER2-рецептором з утворенням білкового комплексу HER2HER3. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу відсутність здатності утворювати білковий комплекс HER2-HER3 перешкоджає активації трансдукції сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HER3-рецептор у неактивному стані, таким чином, що усе ще може відбуватися димеризація HER3-рецептора з HER2, але при цьому утворюється неактивний білковий комплекс HER2-HER3. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу утворення неактивного білкового комплексу HER2-HER3 заважає активації трансдукції сигналу. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп першого HER-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 першого HER-рецептора, де зв'язування антитіла або його фрагмента з першим HER-рецептором у присутності ліганда HER знижує залежне від ліганда утворення білкового комплексу перший HER-рецептор - другий HERрецептор у клітині, у якій відбувається експресія першого HER-рецептора і другого HERрецептора. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує перший HER-рецептор у неактивному стані, у результаті чого не може відбуватися 3 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 димеризація HER-рецептора з другим HER-рецептором у присутності ліганда першого HER з утворенням білкового комплексу перший HER-рецептор - другий HER-рецептор. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу відсутність здатності утворювати білковий комплекс перший HER-рецептор – другий HER-рецептор перешкоджає активації трансдукції сигналу. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу ліганд HER вибирають з групи, що включає нейрегулін 1 (NRG), нейрегулін 2, нейрегулін 3, нейрегулін 4, бетацелюлін, гепаринзв'язувальний епідермальний фактор росту, епірегулін, епідермальний фактор росту, амфірегулін і трансформуючий фактор росту альфа. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу перший HER вибирають з групи, що включає HER1, HER2, HER3 і HER4. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу другий HER вибирають з групи, що включає HER1, HER2, HER3 і HER4. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER3-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER3-рецептора, де зв'язування антитіла або його фрагмента з HER3-рецептором у присутності ліганда HER3 знижує залежне від ліганда утворення білкового комплексу HER2-HER3 у клітині, у якій відбувається експресія HER2 і HER3. Ліганд вибирають з групи, що включає нейрегулін 1 (NRG) і нейрегулін 2. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент стабілізує HER3-рецептор у неактивному стані, у результаті чого не може відбуватися димеризація HER3-рецептора з HER2-рецептором у присутності ліганда HER3 з утворенням білкового комплексу HER2 – HER3. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу відсутність здатності утворювати білковий комплекс HER2 –HER3 перешкоджає активації трансдукції сигналу. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER3-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER3-рецептора, і де антитіло або його фрагмент інгібує фосфорилювання HER3 за даними аналізу незалежного від ліганда HER3 фосфорилювання. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу в аналізі незалежного від ліганда HER3 фосфорилювання застосовують клітини, у яких відбувається ампліфікація HER2, при цьому клітини, у яких відбувається ампліфікація HER2, являють собою клітини лінії SK-Br-3. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке/який розпізнає конформаційний епітоп HER3-рецептора, де конформаційний епітоп містить амінокислотні залишки, що входять у домен 2 і домен 4 HER3-рецептора, і де антитіло або його фрагмент інгібує фосфорилювання HER3 за даними аналізу залежного від ліганда HER3 фосфорилювання. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу в аналізі залежного від ліганда HER3 фосфорилювання застосовують клітини лінії MCF7, стимульовані нейрегуліном (NRG). Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, для 7 -1 якого характерне значення константи дисоціації (KD), що становить щонайменше 1 × 10 M , 8 -1 9 -1 10 -1 11 -1 12 -1 13 -1 10 M , 10 M , 10 M , 10 M , 10 M , 10 M . Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент інгібує фосфорилювання HER3 за даними зв'язування in vitro з людським HER3, отриманим за допомогою аналізу фосфорилювання, який вибирають з групи, що включає фосфо-HER3 і фосфо-Akt. Іншим об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, яке/який перехресно конкурує з антитілом, представленим у таблиці 1; антитіло або його фрагмент, яке/який взаємодіє (наприклад, шляхом зв'язування, утворення стеричної перешкоди, стабілізації/дестабілізації, просторового розподілу) з тим же епітопом, що й антитіло, представлене в таблиці 1. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент являє собою моноклональне антитіло. Згідно з іншим варіантом здійснення винаходу антитіло або його фрагмент являє собою гуманізоване антитіло. Згідно з іншим варіантом здійснення винаходу антитіло або його фрагмент являє собою химерне антитіло. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент містить константну область людського важкого ланцюга і константну область людського легкого ланцюга. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент являє собою одноланцюгове антитіло. Згідно з іншим варіантом здійснення винаходу антитіло або його фрагмент являє собою Fab-фрагмент. Згідно з ще одним варіантом здійснення винаходу антитіло або його фрагмент являє собою scFv. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент зв'язується як з людським HER3, так і з HER3 мавпи циномолгус. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу антитіло або його фрагмент відноситься до ізотипу IgG. Згідно з іншим варіантом здійснення винаходу антитіло 4 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 або його фрагмент містить каркасну ділянку, у якій амінокислоти в каркасній ділянці антитіла були замінені на амінокислоти з відповідних послідовностей VH або VL людської зародкової лінії. Одним з об'єктів цього винаходу є виділене антитіло до HER3 або його фрагмент, яке/який містить 1, 2, 3, 4, 5 або 6 CDR, визначених на основі системи Кебота або Хотіа, кожного з антитіл, представлених у таблиці 1. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, яке/який містить CDR3 важкого ланцюга, обраний з групи, що включає SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 256, SEQ ID NO: 274, SEQ ID NO: 292, SEQ ID NO: 310, SEQ ID NO: 328, SEQ ID NO: 346 і SEQ ID NO: 364. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 15, і VL, яка містить SEQ ID NO: 14, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 33, і VL, яка містить SEQ ID NO: 32, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 51, і VL, яка містить SEQ ID NO: 50, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 69, і VL, яка містить SEQ ID NO: 68, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 87, і VL, яка містить SEQ ID NO: 86, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 105, і VL, яка містить SEQ ID NO: 104, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 123, і VL, яка містить SEQ ID NO: 122, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 141, і VL, яка містить SEQ ID NO: 140, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 159, і VL, яка містить SEQ ID NO: 158, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 177, і VL, яка містить SEQ ID NO: 176, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 195, і VL, яка містить SEQ ID NO: 194, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 213, і VL, яка містить SEQ ID NO: 212, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 231, і VL, яка містить SEQ ID NO: 230, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 249, і VL, яка містить SEQ ID NO: 248, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 267, і VL, яка містить SEQ ID NO: 266, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 285, і VL, яка містить SEQ ID NO: 284, або 5 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 303, і VL, яка містить SEQ ID NO: 302, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 321, і VL, яка містить SEQ ID NO: 320, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 339, і VL, яка містить SEQ ID NO: 338, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 357, і VL, яка містить SEQ ID NO: 356, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, де антитіло включає VH, яка містить SEQ ID NO: 375, і VL, яка містить SEQ ID NO: 374, або амінокислотну послідовність, ідентичну їм на 97-99 %. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить варіабельну область важкого ланцюга, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 493. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить варіабельну область легкого ланцюга, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 494. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить варіабельну область важкого ланцюга, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 493 і варіабельну область легкого ланцюга, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 494. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло до HER3-рецептора або його фрагмент, яке містить/який містить варіант варіабельної області важкого ланцюга, який містить CDR1, CDR2 і CDR3, де варіант включає щонайменше 1-4 амінокислотних змін в одному з CDR1, CDR2 або CDR3. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 2; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 3; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 4; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 5; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 6; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 7. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 20; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 21; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 22; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 23; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 24; і CDR3 послідовність якого представлена SEQ ID NO: 25. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 38; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 39; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 40; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 41; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 42; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 43. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 56; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 57; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 58; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 59; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 60; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 61. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 74; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 75; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 76; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 77; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 78; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 79. 6 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 92; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 93; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 94; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 95; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 96; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 97. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 110; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 111; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 112; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 113; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 114; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 115. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 128; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 129; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 130; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 131; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 132; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 133. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 146; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 147; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 148; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 149; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 150; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 151. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 164; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 165; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 166; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 167; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 168; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 169. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 182; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 183; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 184; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 185; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 186; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 187. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 200; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 201; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 202; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 203; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 204; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 205. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 218; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 219; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 220; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 221; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 222; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 223. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 236; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 237; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 238; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 239; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 240; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 241. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 254; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 255; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 256; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 257; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 258; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 259. 7 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 272; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 273; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 274; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 275; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 276; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 277. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 290; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 291; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 292; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 293; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 294; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 295. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 308; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 309; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 310; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 311; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 312; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 313. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 326; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 327; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 328; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 329; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 330; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 331. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 344; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 345; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 346; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 347; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 348; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 349. Наступним об'єктом винаходу є виділене антитіло або його фрагмент, яке містить/який містить у варіабельній області важкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 362; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 363; CDR3, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 364; у варіабельній області легкого ланцюга CDR1, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 365; CDR2, послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 366; і CDR3 послідовність якого представлена в SEQ ID NO: 367. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу фрагмент антитіла, що зв'язується з HER3, вибирають з групи, що включає Fab, F(ab2)’, F(ab)2", scFv, VHH, VH, VL, dAb. Наступним об'єктом винаходу є фармацевтична композиція, яка містить антитіло або фрагмент і фармацевтично прийнятний носій. В одному з варіантів здійснення винаходу фармацевтична композиція містить також додатковий терапевтичний засіб, такий як антитіло, мала молекула, інгібітор mTOR або інгібітор PI3-кінази. В одному з варіантів здійснення винаходу фармацевтична композиція містить антитіло або його фрагмент, запропоноване/запропонований у винаході, та інгібітор HER1, який включає (але не обмежений тільки ними) матузумаб (EMD72000), Erbitux®/цетуксимаб, Vectibix®/панітумумаб, МАт 806, німотузумаб, Iressa®/гефітиніб, CI-1033 (PD183805), лапатиніб (GW-572016), Tykerb®/лапатинібу дитозилат, Tarceva®/ерлотиніб·HCl (OSI-774), PKI-166 и Tovok®. В одному з варіантів здійснення винаходу фармацевтична композиція містить антитіло або його фрагмент, запропоноване/запропонований у винаході, та інгібітор HER2, який включає (але не обмежений тільки ними) пертузумаб, трастузумаб, MM-111, нератиніб, лапатиніб або лапатинібу дитозилат/Tykerb®. В одному з варіантів здійснення винаходу фармацевтична композиція містить антитіло або його фрагмент, запропоноване/запропонований у винаході, та інгібітор HER3, який включає (але не обмежений тільки ними) MM-121, MM-111, IB4C3, 2DID12 (фірма U3 Pharma AG), AMG888 (фірма Amgen), AV-203(фірма Aveo), MEHD7945A (фірма Genentech); малі молекули, які інгібують HER3. В одному з варіантів здійснення винаходу фармацевтична композиція містить антитіло або його фрагмент, запропоноване/запропонований у винаході, та інгібітор HER4. В одному з варіантів здійснення винаходу фармацевтична композиція містить антитіло або його фрагмент, запропоноване/запропонований у винаході, та інгібітор PI3-кінази, який включає 8 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 (але не обмежений тільки ними) GDC 0941 BEZ235, BMK120 і BYL719. В одному з варіантів здійснення винаходу фармацевтична композиція містить антитіло або його фрагмент, запропоноване/запропонований у винаході, та інгібітор mTOR, який включає (але не обмежений тільки ними) темсиролімус/Torisel®, рідафоролімус/дефоролімус, AP23573, MK8669, еверолімус/Affinitor®. Наступним об'єктом винаходу є спосіб лікування раку, що полягає в тому, що відбирають індивідуума, який має рак, що відрізняється експресією HER3, вводять індивідуумові в ефективній кількості композицію, яка містить антитіло або його фрагмент, зазначене/зазначений в одному з попередніх пунктів. В одному з варіантів здійснення винаходу індивідуум являє собою людину. Наступним об'єктом винаходу є спосіб лікування раку, який полягає в тому, що відбирають індивідуума, який має рак, що відрізняється наявністю експресії HER3, вводять індивідуумові в ефективній кількості композицію, яка містить антитіло або його фрагмент, зазначене/зазначений в одному з попередніх пунктів, у якому рак вибирають з групи, що включає рак молочної залози, колоректальний рак, рак легені, множинну мієлому, рак яєчника, рак печінки, рак шлунку, рак підшлункової залози, рак передміхурової залози, гострий мієлолейкоз, хронічний мієлолейкоз, остеоаркому, плоскоклітинну карциному, пухлини оболонки (піхви) периферичних нервів, шваному, рак голови і шиї, рак сечового міхура, езофагеальний рак, гліобластому, світлоклітинну саркому м'якої тканини, злоякісну мезотеліому, нейрофіброматоз, рак нирки, меланому. В одному з варіантів здійснення винаходу рак являє собою рак молочної залози. Наступним об'єктом винаходу є спосіб лікування раку, який полягає в тому, що відбирають індивідуума, який має рак, що відрізняється наявністю експресії HER3, вводять індивідуумові в ефективній кількості композицію, яка містить комбінацію антитіл або їх фрагментів, зазначених у таблиці 1, які зв'язуються з HER3. Наступним об'єктом винаходу є спосіб лікування раку, який полягає в тому, що відбирають індивідуума, який має рак, що відрізняється наявністю експресії HER3, вводять індивідуумові в ефективній кількості композицію, яка містить антитіло або його фрагмент, яке/який зв'язується з HER3 та інгібує залежну від ліганда HER3 трансдукцію сигналу і незалежну від ліганда трансдукцію сигналу. Наступним об'єктом винаходу є застосування антитіла або його фрагмента, зазначеного в кожному з попередніх пунктів, для приготування лікарського засобу, призначеного для лікування раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу, де рак вибирають з групи, що включає рак молочної залози, колоректальний рак, рак легені, множинну мієлому, рак яєчника, рак печінки, рак шлунка, рак підшлункової залози, рак передміхурової залози, гострий мієлолейкоз, хронічний мієлолейкоз, остеоаркому, плоскоклітинну карциному, пухлини оболонки периферичних нервів, шваному, рак голови і шиї, рак сечового міхура, езофагеальний рак, гліобластому, світлоклітинну саркому м'якої тканини, злоякісну мезотеліому, нейрофіброматоз, рак нирки та меланому. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 15, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 14, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 33, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 32, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 51, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 50, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 69, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 68, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 87, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 86, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 105, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 104, призначене для застосування при 9 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 123, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 122, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 141, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 140, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 151, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 158, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 177, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 176, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 195, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 194, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 213, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 212, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 231, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 230, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 249, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 248, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 267, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 266, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 285, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 284, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 303, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 302, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 321, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 320, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 339, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 338, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 357, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 356, призначене для застосування при лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 375, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 374, призначене для застосування при 10 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 лікуванні раку, опосередковуваного залежним від ліганда HER3 шляхом трансдукції сигналу або незалежним від ліганда шляхом трансдукції сигналу. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 15, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 14, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 33, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 32, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 51, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 50, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 69, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 68, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 87, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 86, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 105, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 104, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 123, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 122, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 141, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 140, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 159, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 158, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 177, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 176, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 195, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 194, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 213, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 212, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 231, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 230, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 249, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 248, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 267, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 266, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 285, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 284, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 303, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 302, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 321, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 320, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 339, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 338, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID 11 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 NO: 357, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 356, призначене для застосування як лікарський засіб. Наступним об'єктом винаходу є антитіло, яке має послідовність VH, представлену в SEQ ID NO: 375, і послідовність VL, представлену в SEQ ID NO: 374, призначене для застосування як лікарський засіб. Короткий опис креслень На кресленнях показано: на фіг. 1 – репрезентативні криві, отримані за допомогою SET (титрування врівноваженого розчину), для антитіла MOR10701 при використанні HER3 людини, миші, пацюка і мавпи циномолгус (cyno); на фіг. 2 – результати оцінки зв'язування з клітинами лінії SK-Br-3, отримані за допомогою FACS-титрування; на фіг. 3 – отримані за допомогою ELISA результати, що стосуються домену зв'язування HER3; на фіг. 4 – результати епітопного картирування на основі обміну водню на дейтерій (заміщення водню дейтерієм). A) Пептиди ECD HER3, виділені після HDX-MS-аналізу (МСаналіз обміну водню на дейтерій), позначені штриховими лініями. Потенційні сайти N-зв'язаного глікозилювання виділені яскравим кольором. Б) Дані про відносний ступінь дейтеризації, виявленої в пептидах, які ідентифікували за допомогою МС. В) Захищені залишки, картовані в опублікованій кристалічній структурі HER3; на фіг. 5: A) - зображення поверхні кристалічної структури HER3/MOR09823 і HER3/MOR09825 у рентгенівських променях. HER3 (пофарбований більш світлим сірим кольором) перебуває в закритій конформації, а MOR09823 або MOR09825 (пофарбовані більш темним сірим кольором) зв'язуються з обома доменами 2 і 4. Б) – зображення поверхні HER3 зі структури HER3/MOR09823, представлене в такій же орієнтації, що й (A). MOR09823 для простоти не показаний. В) – структура HER3/MOR09823, проілюстрована у вигляді стрічкової структури, поверненої на кут 90° відносно панелей (A), (Б) і (Г). Г) – стрічкове зображення неактивної конформації HER3, що розпізнається Fab-фрагментом MOR09823, зі збільшеним зображенням поверхні розділу домена 2/домена 4, яскравим кольором виділені залишки HER3, розташовані в межах 5Å від Fab. Д) – результати зв'язування мутантного HER3/MOR10703, отримані за допомогою ELISA-титрування; на фіг. 6 – дані про інгібування фосфорилювання HER3, що індукується лігандом (A) або незалежне від ліганда (Б); на фіг. 7 – дані про інгібування залежних від HER3 розташованих у прямому напрямку шляхів передачі сигналу в клітинних лініях, у яких відбувається ампліфікація HER2; на фіг. 8 – дані про вплив інгібування HER3 на ріст клітин; A) BT-474-клітини і Б) стимульовані нейрегуліном MCF 7-клітини; на фіг. 9 – дані про вплив MOR09823 і MOR09825 на зв'язування нейрегуліна з MCF 7клітинами; на фіг. 10 – дані про вплив зв'язування MOR09823 на утворення комплексу HER3/ TM нейрегулін при оцінці за допомогою Biacore . Без антитіл (чорні прямокутники), MOR09823 (білі прямокутники, 105,5 (сірі прямокутники), і застосовуваний як контроль IgG (заштриховані прямокутники); на фіг. 11 – дані про опосередковане MOR09823 інгібування (A) незалежної від ліганда (BT474) і (Б) залежної від ліганда (BxPC3) передачі сигналу HER3 in vivo; на фіг 12 – дані про вплив MOR10701 і MOR10703 на ріст пухлини лінії BT-474; на фіг. 13 – дані про вплив MOR10701 і MOR10703 на ріст пухлини лінії BxPC3; на фіг. 14 – ізоболограми, що описують вплив in vitro комбінації MOR10703 з лікарськими засобами (A) MOR09823/ трастузумаб, (Б) MOR09823/ лапатиніб, (В) MOR10703/ BEZ235, (Г) MOR10703/ BKM120, (Д) MOR10703/ BYL719, (Е) MOR10703/ RAD001, (Ж) MOR10703/ цетуксимаб і (З) MOR10703/ ерлотиніб; на фіг. 15 – дані про вплив in vivo комбінацій MOR10701 або MOR10703 з (A) трастузумабом і (Б) ерлотинібом на клітини BT-474 і L3.3. Докладний опис винаходу Визначення З метою кращого розуміння цього винаходу попередньо представлене визначення деяких понять. Додаткові визначення представлені в докладному описі винаходу. Поняття"шлях трансдукції сигналу" або "сигнальна активність" відноситься до біохімічного причинного взаємозв'язку, як правило, який ініціюється білок-білковою взаємодією, такою як зв'язування фактора росту з рецептором, що приводить до передачі сигналу від однієї частини 12 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 клітини до іншої частини клітини. У випадку HER3 передача сигналу включає специфічне фосфорилювання одного або декількох залишків тирозину, серину або треоніну в одному або декількох білках, що беруть участь у каскаді реакцій, які обумовлюють трансдукцію сигналу. Передостанні процеси, як правило, включають пов'язані з ядром події, які приводять до зміни експресії гена. "HER-рецептор" являє собою рецепторну протеїнтирозинкіназу, що відноситься до сімейства HER-рецепторів і включає рецептори EGFR, HER2, HER3 і HER4 та інших представників цього сімейства, які будуть ідентифіковані в майбутньому. HER-рецептор, у цілому, містить позаклітинний домен, який може зв'язуватися з лігандом HER; ліпофільний трансмембранний домен; консервативний внутрішньоклітинний тирозинкіназний домен; і розташований на карбоксильному кінці сигнальний домен, який несе кілька залишків тирозину, які можуть фосфорилюватися. Краще HER-рецептор має нативну послідовність людського HERрецептора. Поняття "HER1", "ErbB1", "рецептор епідермального фактора росту" і "EGFR" у контексті цього опису застосовують взаємозамінно, і вони відноситься до EGFR, описаного, наприклад, у Carpenter та ін., Ann. Rev. Biochem. 56, 1987, сс. 881-914, включаючи його мутантні форми, що зустрічаються в природних умовах (наприклад, делеційний мутант EGFR, описаний у Humphrey та ін., PNAS (USA) 87, 1990, сс. 4207-4211). Поняття "ErbB1" відноситься до гена, що кодує білковий продукт, який представляє собою EGFR. У контексті цього опису поняття "HER2" і "ErbB2" застосовують взаємозамінно, і вони відносяться до людського білка HER2, описаного, наприклад, в Semba та ін., PNAS (USA) 82, 1985, сс. 6497-6501 і Yamamoto та ін., Nature 319, 1986, сс. 230-234 (реєстраційний номер Genebank X03363). Поняття "ErbB2" відноситься до гена, що кодує людський ErbB2, "neu" neu відноситься до гена, що кодує щурячий білок p185 . У контексті цього опису поняття "HER4" і "ErbB4" цього опису відносяться до рецепторного поліпептиду, описаного, наприклад, у заявці на європейський патент № 599274; в Plowman та ін., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90, 1993, сс. 1746-1750; і у Plowman та ін., Nature, 366, 1993, сс. 473-475, включаючи його ізоформи, описані, наприклад, в WO 99/19488, яка була опубліковано 22 квітня 1999 р. Поняття "HER3" або "HER3-рецептор", а також "ErbB3", у контексті цього опису відноситься до білка HER3 ссавців, а поняття "her3" або "erbB3" відноситься до гена her3 ссавців. Кращий білок HER3 являє собою людський білок HER3, який присутній у клітинній мембрані клітини. Людський ген her3 описаний в US № 5480968 і у Plowman та ін., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 1990, сс. 4905-4909. Людський HER3, реєстраційний № NP_001973 (людський), має послідовність, представлену нижче в SEQ ID NO: 1. Уся номенклатура представлена для повнорозмірного незрілого HER3 (амінокислоти 1-1342). Незрілий HER3 розщеплюється між положеннями 19 і 20 з утворенням зрілого білка HER3 (амінокислоти 20-1342). mrandalqvl gllfslargs evgnsqavcp gtlnglsvtg daenqyqtly klyercevvm gnleivltgh nadlsflqwi revtgyvlva mnefstlplp nlrvvrgtqv ydgkfaifvm lnyntnssha lrqlrltqlt eilsggvyie kndklchmdt idwrdivrdr daeivvkdng rscppchevc kgrcwgpgse dcqtltktic apqcnghcfg pnpnqcchde caggcsgpqd tdcfacrhfn dsgacvprcp qplvynkltf qlepnphtky qyggvcvasc phnfvvdqts cvracppdkm evdknglkmc epcgglcpka cegtgsgsrf qtvdssnidg fvnctkilgn ldflitglng dpwhkipald peklnvfrtv reitgylniq swpphmhnfs vfsnlttIgG rslynrgfsl limknlnvts lgfrslkeis agriyisanr qlcyhhslnw tkvlrgptee rldikhnrpr rdcvaegkvc dplcssggcw gpgpgqclsc rnysrggvcv thcnflngep refaheaecf schpecqpme gtatcngsgs dtcaqcahfr dgphcvsscp hgvlgakgpi ykypdvqnec rpchenctqg ckgpelqdcl gqtlvligkt hltmaltvia glvvifmmlg gtflywrgrr iqnkramrry lergesiepl dpsekankvl arifketelr klkvlgsgvf gtvhkgvwip egesikipvc ikviedksgr qsfqavtdhm laigsldhah ivrllglcpg sslqlvtqyl plgslldhvr qhrgalgpql llnwgvqiak gmyyleehgm vhrnlaarnv llkspsqvqv adfgvadllp pddkqllyse aktpikwmal esihfgkyth qsdvwsygvt vwelmtfgae pyaglrlaev pdllekgerl aqpqictidv ymvmvkcwmi denirptfke laneftrmar dpprylvikr esgpgiapgp ephgltnkkl eevelepeld ldldleaeed nlatttlgsa lslpvgtlnr prgsqsllsp ssgympmnqg nlgescqesa vsgssercpr pvslhpmprg clasessegh vtgseaelqe kvsmcrsrsr srsprprgds ayhsqrhsll tpvtplsppg leeedvngyv mpdthlkgtp ssregtlssv glssvlgtee ededeeyeym nrrrrhspph pprpssleel gyeymdvgsd lsaslgstqs cplhpvpimp tagttpdedy 13 UA 114883 C2 eymnrqrdgg gpggdyaamg acpaseqgye emrafqgpgh qaphvhyarl ktlrsleatd safdnpdywh srlfpkanaq rt (SEQ ID NO: 1) 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Поняття "ліганд HER" у контексті цього опису відноситься до поліпептидів, які зв'язуються і активують HER-рецептори, такі як HER1, HER2, HER3 і HER4. Прикладами лігандів HER є (але не обмежуючись тільки ними) нейрегулін 1 (NRG), нейрегулін 2, нейрегулін 3, нейрегулін 4, бетацелюлін, гепаринзв'язувальний епідермальний фактор росту, епірегулін, епідермальний фактор росту, амфірегулін і трансформуючий фактор росту альфа. Поняття включає біологічно активні фрагменти і/або варіанти поліпептиду, що зустрічається в природних умовах. Поняття "ліганд HER3" у контексті цього опису відноситься до поліпептидів, які зв'язуються та активують HER3. Прикладами лігандів HER3 є (але не обмежуючись тільки ними) нейрегулін 1 (NRG) і нейрегулін 2, бетацелюлін, гепаринзв'язувальний епідермальний фактор росту та епірегулін. Поняття включає біологічно активні фрагменти і/або варіанти поліпептиду, що зустрічається в природних умовах. "Білковий комплекс HER-HER" являє собою нековалентно асоційований олігомер, що містить корецептори HER у будь-якій комбінації (наприклад, HER1-HER2, HER1-HER3, HER1HER4, HER2-HER3, HER3-HER4 і т.п.). Цей комплекс може утворюватися, коли клітину, яка експресує обидва зазначених рецептори, обробляють лігандом HER, наприклад, NRG, або коли HER-рецептор є активним або коли відбувається його надекспресія. "Білковий комплекс HER2-HER3" являє собою нековалентно асоційований олігомер, що містить HER2-рецептор і HER3-рецептор. Цей комплекс може утворюватися в тому випадку, коли клітину, яка експресує обидва зазначених рецептори, обробляють лігандом HER3, наприклад, NRG, або коли HER2 є активним/надекспресується. Поняття "активність HER3" або "активація HER3" у контексті цього опису відноситься до підвищення олігомеризації (наприклад, збільшенню кількості комплексів, що містять HER3), фосфорилювання HER3, конформаційних перегрупувань (наприклад, таких, що індукуються лігандами) і опосередковуваної HER3 передачі сигналу в прямому напрямку. Поняття "стабілізація" або "стабілізований" у контексті HER3 відноситься до антитіла або його фрагмента, яке/який безпосередньо підтримує (замикає, прив'язує, утримує, краще зв'язує, "має схильність до") неактивний стан або неактивну конформацію HER3, не блокуючи при цьому зв'язування ліганда з HER3, але таким чином, щоб зв'язування ліганда вже не могло активувати HER3. Описані в прикладах аналізи, наприклад Biacore-аналіз, можна застосовувати для оцінки зв'язування ліганда зі стабілізованим HER3-рецептором. Поняття "залежна від ліганда передача сигналу" у контексті цього опису відноситься до активації HER (наприклад, HER3) за допомогою ліганда. Активація HER3 проявляється по підвищеній олігомеризації (наприклад, гетеродимеризації) і/або фосфорилюванню HER3, у результату чого активуються розташовані в прямому напрямку шляху передачі сигналу (наприклад, PI3K). Антитіло або його фрагмент може статистично значимо знижувати кількість фосфорильованих HER3 у стимульованій клітині, обробленій антигензв'язувальним білком (наприклад, антитілом), у порівнянні з неопрацьованою (контрольною) клітиною, при оцінці за допомогою аналізів, описаних у прикладах. Клітини, що експресують HER3, можуть являти собою клітинну лінію, що зустрічається в природних умовах (наприклад, MCF7), або їх можна одержувати рекомбінантно шляхом інтродукції нуклеїнових кислот, які кодують білок HER3, у клітині-хазяїні. Стимуляцію клітини можна здійснювати або шляхом екзогенного додавання активуючого HER3 ліганда, або шляхом ендогенної експресії активуючого ліганда. Антитіло або його фрагмент, яке/який "знижує індуційовану нейрегуліном активацію HER3 у клітині" відноситься до антитіла або його фрагмента, яке/який статистично значимо знижує фосфорилювання тирозину HER3 у порівнянні з неопрацьованою (контрольною) клітиною, при оцінці за допомогою аналізів, описаних у прикладах. Визначення цього може ґрунтуватися на рівнях фосфотирозину в HER3 після обробки HER3 NRG і антитілом, що представляє інтерес. Клітина, що експресує HER3, може являти собою клітину, що зустрічається в природних умовах, або клітинну лінію (наприклад, MCF7) або її можна одержувати рекомбінантно. Поняття "незалежна від ліганда передача сигналу" у контексті цього опису відноситься до клітинної активності HER3 (наприклад, фосфорилювання), для якої не потрібне зв'язування з лігандом. Наприклад, незалежна від ліганда активація HER3 може бути результатом надекспресії HER2 або активуючихмутацій у партнерах HER3 по гетеродимеризації, таких як EGFR і HER2. Антитіло або його фрагмент може статистично значимо знижувати кількість фосфорильованих HER3 у клітині, обробленій антигензв'язувальним білком (наприклад, антитілом), у порівнянні з неопрацьованою (контрольною) клітиною. Клітина, що експресує HER3, може являти собою клітинну лінію, що зустрічається в природних умовах (наприклад, SK 14 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Br-3), або її можна одержувати рекомбінантно шляхом інтродукції нуклеїнових кислот, які кодують білок HER3, у клітину-хазяїна. Поняття "блокує" у контексті цього опису відноситься до зупинки або запобігання взаємодії або процесу, наприклад, припинення залежної від ліганда або незалежної від ліганда передачі сигналу. Поняття "розпізнає" у контексті цього опису відноситься до антитіла або його фрагмента, яке/який виявляє і взаємодіє(наприклад, зв'язується) з його конформаційним епітопом. Поняття "конкурентно зв'язується" у контексті цього опису відноситься до ліганда HER, який може зв'язуватися з сайтом зв'язування ліганда на HER-рецепторі нарівні з антитілом до HER. Це означає, що і ліганд, і антитіло можуть одночасно зв'язуватися з HER-рецептором. Наприклад, тільки з метою ілюстрації, ліганд HER3 NRG може зв'язуватися з HER3-рецептором поряд з антитілом до HER3. Аналіз, призначений для оцінки конкурентного зв'язування ліганда і антитіла, описаний у розділі "Приклади" (наприклад, Biacore-аналіз). Поняття "що не має здатності" у контексті цього опису відноситься до антитіла або його фрагмента, яке/який не можуть здійснювати конкретну функцію. Наприклад, антитіло або його фрагмент, яке/який "не має здатності активувати трансдукцію сигналу", являє собою антитіло або його фрагмент, яке/який не запускає трансдукцію сигналу; антитіло або його фрагмент, яке/який "не має здатності індукувати конформаційну зміну", являє собою антитіло або його фрагмент, яке/який не викликає структурної зміни HER-рецептора; антитіло або його фрагмент, яке/який стабілізує HER-рецептор у неактивному стані, такому, що HER-рецептор "не має здатності до димеризації", являє собою антитіло або його фрагмент, яке/який не утворює білокбілкові комплекси. Поняття "антитіло" у контексті цього опису відноситься до повних антитіл, які взаємодіють (наприклад, шляхом зв'язування, створення стеричної перешкоди, стабілізації/дестабілізації, просторового розподілу) з епітопом HER3 та інгібують трансдукцію сигналу. "Антитіло", що зустрічається в природних умовах, являє собою глікопротеїн, який містить щонайменше два важкі (H) ланцюги і два легкі (L) ланцюги, зв'язані один з одним дисульфідними містками. Кожний важкий ланцюг складається з варіабельної області важкого ланцюга (скорочено позначена в контексті цього опису як VH) і константної області важкого ланцюга. Константна область важкого ланцюга складається з трьох доменів, тобто CH1, CH2 і CH3. Кожний легкий ланцюг складається з варіабельної області легкого ланцюга (скорочено позначена в контексті цього опису як VL) і константної області легкого ланцюга. Константна область легкого ланцюга складається з одного домену, тобто CL. VH- і VL-області можна додатково підрозділяти на області гіперваріабельності, які називають гіперваріабельними ділянками (CDR), які перемежовуються з більш консервативними ділянками, які називають каркасними ділянками (FR). Кожна з VH і VL складається із трьох CDR і чотирьох FR, які розташовані в напрямку від амінокінця до карбоксикінця в наступному порядку: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. Варіабельні області важких і легких ланцюгів містять зв'язувальний домен, який взаємодіє з антигеном. Константні області антитіл можуть опосередковувати зв'язування імуноглобуліну з тканинами або факторами хазяїна, у тому числі з різними клітинами імунної системи (наприклад, ефекторними клітинами) і першим компонентом (Clq) класичної системи комплементу. Поняття "антитіло" відноситься, наприклад, до моноклональних антитіл, людських антитіл, гуманізованих антитіл, камелізованих антитіл, химерних антитіл, одноланцюгових Fv (scFv), зв'язаних дисульфідним містком Fv (sdfv), Fab-фрагментів, F(ab')-фрагментів і антиідіотипових (анти-Id) антитіл (включаючи, наприклад, анти-Id антитіла до антитіл, запропонованих у винаході), і до епітопзв'язувальних фрагментів кожного з них. Антитіла можуть відноситься до будь-якого ізотипу (наприклад, IgG, IgE, IgM, IgD, IgA і IgY), класу (наприклад, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 і IgA2) або підкласу. Як легкі, так і важкі ланцюги підрозділяють на області структурної та функціональної гомології. Поняття "константна" і "варіабельна" застосовують для визначення функції. При цьому прийнято вважати, що ділянки варіабельних доменів легких (VL) і важких (VH) ланцюгів визначають розпізнавання антигену і специфічність. І навпаки, константні домени легкого ланцюга (CL) і важкого ланцюга (CH1, CH2 або CH3) обумовлюють важливі біологічні властивості, такі як секреція, проходження через плаценту, зв'язування Fc-рецептора, зв'язування комплементу і т.п. Прийнято, що нумерація доменів константних областей зростає в міру їх віддалення від антигензв'язувального центру або амінокінця антитіла. N-кінць являє собою варіабельну область, а на C-кінці перебуває константна область; CH3- і CL-домени фактично містять карбоксикінець важкого і легкого ланцюга відповідно. Поняття "фрагмент антитіла" у контексті цього опису відноситься до однієї або декількох ділянок антитіла, яка(і) зберігає(ють) здатність специфічно взаємодіяти (наприклад, шляхом 15 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 зв'язування, стеричної перешкоди, стабілізації/дестабілізації, просторового розподілу) з епітопом HER3 та інгібувати трансдукцію сигналу. Прикладами зв'язувальних фрагментів є (але не обмежуючись тільки ними) Fab-фрагмент, одновалентний фрагмент, що складається з VL-, VH-, CL- і CH1-доменів; F(ab)2-фрагмент, двовалентний фрагмент, який складається з двох Fabфрагментів, зв'язаних дисульфідним містком у шарнірній області; Fd-фрагмент, що складається з VH- і CH1-доменів; Fv-фрагмент, що складається з VL- і VH-доменів одного плеча антитіла; dAb-фрагмент (Ward та ін., Nature 341, 1989, сс. 544-546), який складається з VH-домена; і виділена гіперваріабельна ділянка (CDR). Крім того, незважаючи на те, що два домени Fv-фрагмента, тобто VL і VH, кодуються різними генами, їх можна з'єднувати за допомогою методів рекомбінації синтетичним лінкером, який дозволяє створювати з них один білковий ланцюг, у якому пара VL- і VH-областей формує одновалентні молекули (відомі під назвою одноланцюговий Fv-фрагмент (scFv); див., наприклад, Bird та ін., Science 242, 1988, сс. 423-426; і Huston та ін., Proc. Natl. Acad. Sci. 85, 1988, сс. 5879-5883). Такі одноланцюгові антитіла також підпадають під поняття "фрагмент антитіла". Зазначені фрагменти антитіла одержують за допомогою загальноприйнятих методів, відомих фахівцям у цій галузі, і фрагменти піддають скринінгу відносно можливості їх застосування, аналогічного застосуванню інтактних антитіл. До фрагментів антитіла відносяться також однодоменні антитіла, макситіла, мінітіла, інтратіла, диантитіла (диабоди, димерні) антитіла, тримерні антитіла, тетрамерні антитіла, vNAR і біс-scFv (див., наприклад, Hollinger і Hudson, Nature Biotechnology, 23, 9, 2005, сс. 11261136). Фрагменти антитіл можна трансплантувати у каркаси, основою яких є поліпептиди, такі як фібронектин типу III (Fn3) (див. US № 6703199, у якому описані моноантитіла, основою яких є поліпептид фібронектину). Фрагменти антитіл можуть входити також в одноланцюгові молекули, які містять пару розташованих у вигляді тандема Fv-сегментів (VH-CH1-VH-CH1), які у комбінації з комплементарними поліпептидами легкого ланцюга формують пару антигензв'язувальних областей (Zapata та ін., Protein Eng. 8(10), 1995, сс. 1057-1062; і US № 5641870). Поняття "епітоп" означає будь-яку білкову детермінанту, яка має здатність специфічно зв'язуватися з імуноглобуліном або іншим способом взаємодіяти з молекулою. Епітопні детермінанти, як правило, складаються з хімічно активних поверхневих груп молекул, таких як амінокислоти або бічні ланцюги вуглеводів або цукрів, і, як правило, мають специфічні характеристики тривимірної структури, а також специфічні характеристики заряду. Епітоп може бути "лінійним" або "конформаційним". Поняття "лінійний епітоп" відноситься до епітопу, у випадку, коли всі крапки взаємодії між білком і взаємодіючою молекулою (такою як антитіло) розташовані лінійно уздовж первинної амінокислотної послідовності білка (безупинно). Якщо необхідний епітоп антигену визначений, то можна створювати антитіла до цього епітопу, наприклад, за допомогою методів, описаних у цьому винаході. В альтернативному варіанті в процесі пошуку, створення і характеризації антитіл можна одержувати інформацію про прийнятні епітопи. Потім на основі цієї інформації можна здійснювати конкурентний скринінг антитіл відносно зв'язування з тим самим епітопом. Підхід, що застосовується для цієї цілі, включає здійснення дослідів з перехресної конкуренції для пошуку антитіл, які конкурентно зв'язуються з іншим антитілом, наприклад, антитіл, які конкурують за зв'язування з антигеном. Високопродуктивний процес групування ("бінінгу") антитіл на основі їх перехресної конкуренції описаний у міжнародній заявці на патент WO 2003/48731. Як повинно бути очевидно фахівцеві в цій галузі, практично все, з чим може специфічно зв'язуватися антитіло, можна розглядати як епітоп. Епітоп може містити ті залишки, з якими зв'язується антитіло. Поняття "конформаційний епітоп" відноситься до епітопу, що складається з не розташованих безупинно амінокислот, які об'єднані у тривимірну конформацію. У конформаційному епітопі точки взаємодії розташовані на амінокислотних залишках білка, які відділені один від одного. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу епітоп являє собою епітоп, зазначений у прикладах у цьому описі. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу конформаційний епітоп складається з (I) амінокислотних залишків HER3 265-277 і 315 (з домену 2) і (II) амінокислотних залишків HER3 571, 582-584, 596-597, 600-602, 609-615 (з домену 4), які представлені в SEQ ID NO: 1, або являє собою їх піднабір.Як повинно бути очевидно фахівцеві в цій галузі, простір, зайнятий залишком або бічним ланцюгом, який визначає форму молекули, допомагає визначати, що являє собою епітоп. Як правило, антитіла, специфічні відносно конкретного антигену-мішені, повинні головним чином розпізнавати епітоп на антигені-мішені в складній суміші білків і/або макромолекул. Області даного поліпептиду, які включають епітоп, можна ідентифікувати за допомогою 16 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 кожної з методик епітопного картирування, які добре відомі в цій галузі (див., наприклад, Epitope Mapping Protocols in Methods in Molecular Biology, за ред. Glenn E.Morris, вид-во Humana Press, Totowa, New Jersey, т. 66, 1996). Наприклад, лінійні епітопи можна визначати, зокрема, здійснюючи одночасний синтез великої кількості пептидів на твердих носіях, де пептиди відповідають ділянкам молекули білка, і піддаючи пептиди взаємодії з антитілами, залишаючи пепиди прикріпленими до носіїв. Зазначені методики відомі в цій галузі і описані, наприклад, в US № 4708871; у Geysen та ін., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 8, 1984, сс. 3998-4002; Geysen та ін., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 1985, сс. 78-182; Geysen та ін., Mol. Immunol. 23, 1986, сс. 709-715. Крім того, конформаційні епітопи легко ідентифікувати шляхом визначення просторової конформації амінокислот, наприклад, таким методом, як обмін водень/дейтерій, рентгенівська хроматографія і двовимірний ядерний магнітний резонанс (див., наприклад, Epitope Mapping Protocols, вище). Антигенні області білків можна ідентифікувати також з використанням стандартних кривих антигенності і середньої гідрофобності залишків, для розрахунків яких можна застосовувати, наприклад, пакет програм Omiga, версія 1.0 фірми Oxford Molecular Group. У цій комп'ютерній програмі використаний метод Хоппа/Вудса (Hopp та ін., Proc. Natl. Acad. Sci USA 78, 1981, сс. 3824-3828) для визначення профілів антигенності та метод КайтаДуліттла (Kyte та ін., J.Moi. Biol. 157, 1982, сс. 105-132) для визначення профілів гідрофобності. Поняття "паратоп" у контексті цього опису відноситься до загальної структури зв'язувальної області, яка визначає зв'язування з епітопом. Ця структура впливає на те, чи зв'язується або не зв'язується, і яким чином зв'язувальна область може зв'язуватися з епітопом. Паратоп може відноситися до антигенного центру антитіла, який відповідаєза зв'язування антитіла або його фрагмента з антигенною детермінантою. Паратоп відноситься також до ідіотопу антитіла і до області гіперваріабельної ділянки (CDR), яка зв'язується з епітопом. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу паратоп являє собою область антитіла, яка зв'язується з конформаційним епітопом, що містить (I) амінокислотні залишки HER3 265-277 і 315 (з домену 2) і (II) амінокислотні залишки HER3 571, 582-584, 596-597, 600-602, 609-615 (з домену 4), які представлені в SEQ ID NO: 1, або їх піднабір. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу паратоп являє собою область антитіла, яка містить послідовності CDR. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу паратоп містить послідовності, представлені в таблиці 1. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу паратоп містить щонайменше один амінокислотний залишок, який зв'язується з наступними залишками HER3: Asn266, Lys267, Leu268, Thr269, Gln271, Glu273, Pro274, Asn275, Pro276, His277, Asn315, Asp571, Pro583, His584, Ala596, Lys597. Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу паратоп містить щонайменше один амінокислотний залишок, який зв'язується з наступними залишками HER3: Tyr265, Lys267, Leu268, Phe270, Gly582, Pro583, Lys597, Ile600, Lys602, Glu609, Arg611, Pro612, Cys613, His614, Glu615. Як повинно бути очевидно фахівцеві в цій галузі паратоп будь-якого антитіла або його варіант можна визначати методом, викладеним у цьому описі. Поняття "моноклональне антитіло" або "композиція моноклонального антитіла" у контексті цього опису відноситься до поліпептидів, включаючи антитіла, фрагменти антитіл, біспецифічні антитіла і т.д., які мають практично ідентичну амінокислотну послідовність або які виведені з того самого генетичного джерела. Це поняття включає також препарати молекул антитіл однакової молекулярної сполуки. Композиція моноклональних антитіл має однакову специфічність зв'язування і афінність у відношенні конкретного епітопа. Поняття "людське антитіло" у контексті цього опису відноситься до антитіл, що несуть варіабельні області, у яких як каркасні, так і CDR-ділянки виведені з послідовностей, що мають людське походження. Крім того, якщо антитіло містить константну область, то константна область також виведена з таких людських послідовностей, наприклад, послідовностей людської зародкової лінії або мутантних версій послідовностей людської зародкової лінії, або антитіла, що містить консенсусні каркасні послідовності, виведені на основі аналізу людських каркасних послідовностей, який описаний у Knappik та ін., J Mol Biol 296, 2000, сс. 57-86. Структури і локалізацію варіабельних доменів імуноглобуліну, наприклад, CDR, можна визначати за допомогою добре відомих систем нумерації, наприклад, системи нумерації Кебота, системи нумерації Хотіа або комбінації систем Кебота та Хотіа (див., наприклад, Sequences of Proteins of Immunological Interest, вид-во U.S. Department of Health and Human Services, за ред. Kabat та ін., 1991; Lazikani та ін., J. Mol. Bio. 273, 1997, сс. 927-948); Kabat та ін., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5-те вид., NIH Publication № 91-3242 U.S. Department of Health and Human Services, 1991; Chothia та ін., J. Mol. Biol. 196, 1987, сс. 901-917; Chothia та ін., Nature 342, 1989, сс. 877-883 і Al-Lazikani та ін., J. Mol. Biol. 273, 1997, сс. 927-948). Людські антитіла, запропоновані у винаході, можуть включати також амінокислотні залишки, які не кодуються людськими послідовностями (наприклад, у результаті мутацій, 17 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 інтродуційованих шляхом неспецифічного або сайтнаправленого мутагенезу in vitro або соматичної мутації in vivo, або консервативної заміни, здійсненої з метою підвищення стабільності або полегшення процесу одержання). Поняття "людське моноклональне антитіло" відноситься до антитіл, що мають однакову специфічність зв'язування, які мають варіабельні області, у яких як каркасні, так і CDR-ділянки виведені з людських послідовностей. В одному з варіантів здійснення винаходу людські моноклональні антитіла одержують за допомогою гібридоми, яка включає B-клітину, отриману з трансгенної тварини крім людини, наприклад, трансгенної миші, у геномі якої міститься трансген людського важкого ланцюга і трансген людського легкого ланцюга, злиту з імморталізованою клітиною. Поняття "рекомбінантне людське антитіло" у контексті цього опису відноситься до всіх людських антитіл, які одержують, експресують, створюють або виділяють за допомогою методів рекомбінації, наприклад, до антитіл, виділених з тварини (наприклад, миші), яка є трансгенною або трансхромосомною завдяки інтродукції генів людського імуноглобуліну, або які отримані з гібридом, до антитіл, виділених з клітини-хазяїна, трансформованої з метою експресії людського антитіла, наприклад, з використанням трансфектоми, до антитіл, виділених з рекомбінантної комбинатарної бібліотеки людських антитіл, і до антитіл, отриманих, експресованих, створених або виділених будь-якими іншими шляхами, які включають сплайсинг усього гена людського імуноглобуліну або його частини за допомогою лігування з іншими послідовностями ДНК. Зазначені рекомбінантні людські антитіла несуть варіабельні області, у яких каркасні і CDR-ділянки виведені з послідовностей імуноглобуліну людської зародкової лінії. Однак у деяких варіантах здійснення винаходу зазначені рекомбінантні людські антитіла можна піддавати мутагенезу in vitro (або, коли для одержання людських послідовностей Ig використовують трансгенних тварин, соматичному мутагенезу in vivo), і в результаті амінокислотні послідовності VH- і VL-областей рекомбінантних антитіл являють собою послідовності, які хоча й виведені і є спорідненими послідовностям VH і VL людської зародкової лінії, можуть не зустрічатися в природних умовах у популяції антитіл людської зародкової лінії in vivo. Специфічне зв'язування між двома субстанціями означає зв'язування, що характеризується 2 -1 значенням константи рівноваги (KA) (kon/koff), яка складає щонайменше 10 M , щонайменше 2 -1 3 -1 3 -1 4 -1 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 4 -1 5 -1 5 -1 6 -1 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 6 -1 7 -1 7 -1 8 -1 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 8 -1 9 -1 9 -1 10 -1 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 10 -1 11 -1 11 -1 12 -1 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 12 -1 13 -1 13 -1 14 -1 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 5×10 M , щонайменше 10 M , щонайменше 14 -1 15 -1 15 -1 5×10 M , щонайменше 10 M або щонайменше 5×10 M . Поняття "специфічно (або вибірково) зв'язується" з антитілом (наприклад з HER3зв'язувальним антитілом) відноситься до реакції зв'язування, яка дозволяє визначати присутність спорідненого антигену (наприклад, людського HER3) у гетерогенній популяції білків та інших біологічних субстанцій. Крім зазначеної вище константи рівноваги (KA), зв'язування антитіла, запропонованого у винаході, з HER3, як правило, характеризується також значенням -2 константи швидкості реакції дисоціації (KD) (koff/kon), що становить менше ніж 5×10 M, менше ніж -2 -3 -3 -4 -4 10 M, менше ніж 5×10 M, менше ніж 10 M, менше ніж 5×10 M, менше ніж 10 M, менше ніж -5 -5 -6 -6 -7 5×10 M, менше ніж 10 M,менше ніж 5×10 M, менше ніж 10 M, менше ніж 5×10 M, менше ніж -7 -8 -8 -9 -9 10 M, менше ніж 5×10 M, менше ніж 10 M, менше ніж 5×10 M, менше ніж 10 M, менше ніж -10 -10 -11 -11 -12 5×10 M, менше ніж 10 M, менше ніж 5×10 M, менше ніж 10 M, менше ніж 5×10 M, менше -12 -13 -13 -14 -14 ніж 10 M, менше ніж 5×10 M, менше ніж 10 M, менше ніж 5×10 M, менше ніж 10 M, менше -15 -15 ніж 5×10 M або менше ніж 10 M або менше, і антитіло зв'язується з HER3 з афінністю, щонайменше в 2 рази більш високою, ніж афінність зв'язування з неспецифічним антигеном (наприклад, з людським сироватковим альбуміном (ЛСА)). Відповідно до одного з варіантів здійснення винаходу для антитіла або його фрагмента характерне значення константи дисоціації (Kd), що становить менше ніж 3000, менше ніж 2500, менше ніж 2000, менше ніж 1500, менше ніж 1000, менше ніж 750, менше ніж 500, менше ніж 250, менше ніж 200, менше ніж 150, менше ніж 100, менше ніж 75, менше ніж 10, менше ніж 1пМ при оцінці за допомогою методу, представленого в цьому описі, або відомого фахівцеві в цій галузі методу (наприклад, BIAcore-аналізу, ELISA, FACS, SET) (фірма Biacore International AB, Уппсала, Швеція). Поняття "Kassoc" або "Ka" у контексті цього опису відноситься до швидкості асоціації взаємодії конкретних антитіла-антигену, а поняття "Kdis" або "Kd" у контексті цього опису відноситься до швидкості дисоціації взаємодії конкретних антитіла-антигену. У контексті цього 18 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 опису мається на увазі, що поняття "KD" відноситься до константи дисоціації, яку одержують зі співвідношення Kd до Ka (тобто Kd/Ka) і виражають у вигляді молярної концентрації (M). Значення KD для антитіл можна визначати за допомогою методів, добре відомих у цій галузі. Метод визначення значення KD антитіла являє собою метод, заснований на резонансі поверхневого плазмона, або метод, заснований на застосуванні біосенсорної системи, такої як система Biacore®. У контексті цього опису поняття "афінність" відноситься до сили взаємодії між антитілом і антигеном в одному з антигензв'язувальних центрів антитіла. У кожному антигензв'язувальному центрі варіабельна область "плеча" антитіла взаємодіє за допомогою слабких нековалентних сил з антигеном у численних сайтах; чим сильніше взаємодії, тим більше афінність. У контексті цього опису поняття "авідність" відноситься до інформативного критерію загальної стабільності або силі комплексу антитіло-антиген. Вона контролюється трьома основними факторами: афінністю зв'язування антитіла з епітопом; валентністю як антигену, так і антитіла; і структурною організацією взаємодіючих ділянок. Ці три фактори визначають в остаточному підсумку специфічність антитіла, тобто ймовірність того, що конкретне антитіло буде зв'язуватися з точним антигенним епітопом. У контексті цього опису поняття "валентність" відноситься до кількості потенційних зв'язувальних мішень сайтів у поліпептиді. Кожний сайт, що зв'язує мішень, специфічно зв'язується з однією молекулою-мішенню або специфічним сайтом (тобто епітопом) на молекулі-мішені. Коли поліпептид містить більше одного сайту, що зв'язує мішень, то кожний сайт, що зв'язує мішень, може специфічно зв'язуватися з однією і тіє ж молекулою або різними молекулами (наприклад, може зв'язуватися з різними молекулами, наприклад, з різними антигенами або різними епітопами на одній і тій же молекулі). У контексті цього опису поняття "антагоністичне антитіло" відноситься до антитіла, яке зв'язується з HER3 і нейтралізує біологічну активність HER3, пов'язану з передачею сигналу, наприклад, зменшує, знижує і/або інгібує сигнальну активність, що індукує HER3, наприклад, за даними аналізу фосфо-HER3 або фосфо-Akt. Приклади аналізів описані більш докладно нижче в розділі "Приклади". Таким чином, мається на увазі, що поняття "інгібування" антитілом однієї або декількох зазначених функціональних властивостей HER3 (наприклад, біохімічної, імунохімічної, клітинної, фізіологічної або іншого виду біологічної активності або т.п.), яке визначають на основі методологій, відомих у цій галузі і представлених у цьому описі, відноситься до статистично значимого зниження конкретної активності відносно активності, виявленої у відсутності антитіла (або, наприклад, у присутності контрольного антитіла неспорідненої специфічності). Дія антитіла, яка інгібує активність HER3, полягає в статистично значимому зниженні оцінюваного параметра щонайменше на 10 %, щонайменше на 50 %, 80 % або 90 %, а деяких варіантах здійснення винаходу антитіло, запропоноване у винаході, може інгібувати більш ніж на 95 %, 98 % або 99 % функціональну активність HER3, яка оцінюється по зниженню рівня фосфорилювання клітинного HER3. Поняття "виділенеантитіло" у контексті цього опису відноситься до антитіла, яке практично вільне від інших антитіл з іншою антигенною специфічністю (наприклад, виділене антитіло, яке специфічно зв'язується з HER3, практично вільне від антитіл, які специфічно зв'язуються з антигенами, відмінними від HER3). Однак виділене антитіло, яке специфічно зв'язується з HER3, може давати перехресну реакцію з іншими антигенами. Крім того, виділене антитіло може бути практично вільне від іншого клітинного матеріалу і/або хімічних речовин. Поняття "консервативно модифікований варіант" відноситься як до амінокислотних, так і до нуклеотидних послідовностей. Відносно конкретних нуклеотидних послідовностей поняття "консервативно модифіковані варіанти" відноситься до таких нуклеїнових кислот, які кодують ідентичні або практично ідентичні амінокислотні послідовності, або у випадку, коли нуклеїнова кислота не кодує амінокислотну послідовність, до практично ідентичних послідовностей. Через виродженість генетичного коду будь-який конкретний білок кодується більшою кількістю функціонально ідентичних нуклеїнових кислот. Наприклад, кодони GCA, GCC, GCG і GCU усі кодують амінокислоту аланін. Таким чином, у кожному положенні, у якому аланін кодується кодоном, кодон можна заміняти на будь-які відповідні відомі кодони без зміни поліпептиду, що кодується. Такі варіанти нуклеїнової кислоти є "мовчазними варіантами", які являють собою один з видів консервативно модифікованих варіантів. У контексті цього опису мається на увазі, що кожна нуклеотидна послідовність, яка кодує поліпептид, включає також усі можливі мовчазні варіанти нуклеїнової кислоти. Фахівцеві в цій галузі повинно бути очевидно, що кожний кодон нуклеїнової кислоти (за винятком AUG, який, як правило, є єдиним кодоном метіоніну, і TGG, який, як правило, є єдиним кодоном триптофану) можна модифікувати з одержанням функціонально ідентичної молекули. Таким чином, мається на увазі, що кожна описана 19 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 послідовність включає всі мовчазні варіанти нуклеїнової кислоти, яка кодує поліпептид. Відносно поліпептидних послідовностей "консервативно модифіковані варіанти" включають індивідуальні заміни, делеції або додавання в поліпептидну послідовність, які приводять до заміни амінокислоти на хімічно подібну амінокислоту. Перелік консервативних замін, що забезпечують одержання функціонально подібних амінокислот, добре відомий у цій галузі. Такі консервативно модифіковані варіанти є додатковими і не виключають поліморфні варіанти, міжвидові гомологи та алелі, запропоновані у винаході. Кожна із зазначених нижче 8 груп містить амінокислоти, які є консервативними замінами одна одної: 1) аланін (A), гліцин (G); 2) аспарагінова кислота (D), глутамінова кислота (E); 3) аспарагін (N), глутамін (Q); 4) аргінін (R), лізин (K); 5) ізолейцин (I), лейцин (L), метіонін (M), валін (V); 6) фенілаланін (F), тирозин (Y), триптофан (W); 7) серин (S), треонін (T); і 8) цистеїн (C), метіонін (M) (див., наприклад, Creighton, Proteins (1984)). У деяких варіантах здійснення винаходу поняття "консервативні модифікації послідовностей" застосовують для позначення амінокислотних модифікацій, які не суттєво впливають або змінюють характеристики зв'язування антитіла, що містить амінокислотну послідовність. Поняття "перехресно конкурує" або "перехресна конкуренція" у контексті цього опису використовують взаємозамінно для позначення здатності антитіла або іншого зв'язувального агента виявляти інтерферуючий вплив на зв'язування інших антитіл або зв'язувальних агентів з HER3 при оцінці за допомогою стандартного аналізу конкурентного зв'язування. Здатність або ступінь, з якою антитіло або інший зв'язувальний агент може чинити інтерферуючий вплив на зв'язування іншого антитіла або зв'язувальної молекули з HER3, і, отже, чи можуть вони розглядатися як перехресно конкуруючі згідно з винаходом, можна визначати за допомогою стандартних аналізів конкурентного зв'язування. В одному з прийнятних аналізів застосовують Biacore-технологію (наприклад, з використанням приладу BIAcore 3000 (фірма Biacore, Упсала, Швеція)), за допомогою якої можна визначати ступінь взаємодій з використанням методу на основі резонансу поверхневого плазмону. Іншим аналізом, який можна застосовувати для оцінки перехресної конкуренції, є підхід на основі ELISA. У контексті цього опису поняття "оптимізована" означає, що нуклеотидна послідовність змінена з позицій кодування амінокислотної послідовності за допомогою кодонів, кращих для продуктивної клітини або організму, як правило, еукаріотичної клітини, наприклад, клітини Pichia, клітини Trichoderma, клітини яєчника китайського хом'ячка (CHO) або клітини людини. Оптимізовану нуклеотидну послідовність створюють так, щоб вона повністю або максимально можливо зберігала здатність кодувати амінокислотну послідовність, яка кодується спочатку вихідною нуклеотидною послідовністю, яку називають також "батьківською" послідовністю. Стандартні аналізи, що застосовуються для оцінки здатності антитіл зв'язуватися з HER3 різних видів відомі в цій галузі, і вони включають, наприклад, ELISA, вестерн-блотінг і РІА. Прийнятні аналізи описані докладно в розділі "Приклади". Кінетичні характеристики зв'язування (наприклад, афінність зв'язування) антитіл, можна оцінювати також за допомогою стандартних аналізів, відомих у цій галузі, таких як Biacore-аналіз, або FACS-аналіз для оцінки афінності (аналіз Скетчарда). Аналізи оцінки впливу антитіл на функціональні властивості HER3 (наприклад, аналізи зв'язування рецептора, модуляція шляху Her) додатково більш докладно описані в розділі "Приклади". Поняття "ідентичність у відсотках" або "відсоток ідентичності" у відношенні двох або більшої кількості нуклеотидних або поліпептидних послідовностей відноситься до двох або більшої кількості послідовностей або підпослідовностей, які є однаковими. Дві послідовності є "практично ідентичними", якщо дві послідовності мають певний відсоток однакових амінокислотних залишків або нуклеотидів (тобто ідентичність на рівні 60 %, необов'язково ідентичність на рівні 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 або 99 % у певній області або, якщо вона не зазначена конкретно, у повній послідовності) при зіставленні та вирівнюванні з метою виявлення максимальної відповідності у вікні порівняння або в призначеній для цього області, що встановлюють з використанням одного з перерахованих нижче алгоритмів порівняння або шляхом порівняння вручну і візуального аналізу. Необов'язково ідентичність має місце в області довжиною приблизно 50 нуклеотидів (або 10 амінокислот) або ще краще в області довжиною щонайменше від 100 до 500 або 1000 або більше нуклеотидів (або 20, 50, 200 або більше амінокислот). При порівнянні послідовностей, як правило, одна послідовність являє собою послідовність, з якою проводять порівняння (референс-послідовність) послідовностей, що тестуються. При використанні алгоритму порівняння послідовностей дані про послідовність, що тестується, і референс-послідовність вводять у комп'ютер, при необхідності задають координати 20 UA 114883 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 підпослідовності та параметри алгоритму, що використовується в програмі порівняння послідовностей. Можна використовувати параметри програми, що задаються за замовчуванням, або можна створювати альтернативні параметри. Після цього за допомогою алгоритму порівняння послідовностей розраховують з використанням заданих параметрів програми відсоток ідентичності для послідовностей, що тестуються, і референс-послідовності. У контексті цього опису поняття "вікно порівняння" відноситься до фрагменту, що містить будь-яку кількість положень, що безперервно слідують одне за одним, обраних з групи, що містить від 20 до 600, краще від приблизно 50 до приблизно 200, ще краще від приблизно 100 до приблизно 150 положень, у яких можна порівнювати послідовність з референспослідовністю, що має таку ж кількість безперервних положень, після оптимального вирівнювання двох послідовностей. Методи порівняльного аналізу первинної структури послідовностей, придатні для порівняння, добре відомі в цій галузі. Оптимальний порівняльний аналіз послідовностей можна здійснювати, наприклад, з використанням алгоритму на основі методу локальної гомології, розробленого Smith і Waterman, Adv. Appl. Math. 2, 1970, с. 482, алгоритму порівняльного аналізу гомології, розробленого Needleman і Wunsch., J. Mol. Biol. 48, 1970, с. 443, методу пошуку подібності, розробленого Pearson і Lipman, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85, 1988, с. 2444, з використанням комп'ютерних реалізацій цих алгоритмів (GAP, BESTFIT, FASTA і TFASTA програм, що входять у пакет, фірми Wisconsin Genetics, фірма Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Медісон, Вісконсин, США) або шляхом порівняння вручну та візуального аналізу (див., наприклад, Brent та ін., Current Protocols in Molecular Biology, 2003). Двома прикладами алгоритмів, які можна застосовувати для визначення відсотка ідентичності послідовностей і подібності послідовностей, можуть служити алгоритми BLAST і BLAST 2.0, описані в Altschul та ін., Nuc. Acid Res. 25, 1977, сс. 3389-3402 і в Altschul та ін., J. Mol. Biol. 215, 1990, сс. 403-410, відповідно. Програмне забезпечення для здійснення аналізів за допомогою BLAST може бути надане Національним центром біотехнологічної інформації (National Center for Biotechnology Information). Згідно з цим алгоритмом спочатку здійснюють виявлення пар послідовностей з високими балами (HSP) шляхом ідентифікації коротких "слів" довжини W у розглянутій послідовності, які або збігаються, або задовольняють певній позитивній граничній оцінці (балу) Т при порівнянні зі "словом" такої ж довжини в послідовності з бази даних. Т називається граничною оцінкою (балом) близького "слова" (Altschul та ін., вище). Ці вихідні вибірки близького "слова" використовуються як "запал" для ініціації пошуку, призначеного для знаходження більш довгих HSP, що включають їх. Потім вибірки "слова" подовжуються в обох напрямках уздовж кожної послідовності доти, поки відбувається збільшення кумулятивного (накопичувального) бала при порівняльному аналізі. Кумулятивні бали для нуклеотидних послідовностей обчислюють з використанням параметрів M (призовий бал за пару залишків, що збігаються; завжди >0) і N (штрафний бал за залишки, що не збігаються; завжди