Пептид торк та вакцина, що його містить
Номер патенту: 114298
Опубліковано: 25.05.2017
Автори: Осава Рюдзі, Накаяма Ґаку, Ватанабе Томохіса, Йосімура Сатіко, Накамура Юсуке, Цунода Такуя
Формула / Реферат
1. Пептид з менше ніж 15 амінокислот, який походить від ТОРК, здатний зв'язуватися з HLA-A*0201 та має спроможність індукувати цитотоксичний Т-лімфоцит (CTL), при цьому згаданий пептид вибраний з групи, яка складається з (а) та (b):
(a) пептид, який включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, що складається з SEQ ID NО: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76; та
(b) пептид, який включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, що складається з SEQ ID NО: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, у якій 1 або 2 амінокислоти заміщені та/або додані.
2. Пептид за п. 1, де пептид має одну або обидві з наступних характеристик:
(a) друга амінокислота від N-кінця амінокислотної послідовності, вибраної з групи, що складається з SEQ ID NО: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, заміщена лейцином або метіоніном, та
(b) С-кінцева амінокислота амінокислотної послідовності, вибраної з групи, що складається з SEQ ID NО: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, заміщена валіном або лейцином.
3. Пептид за п. 1, де згаданий пептид складається з амінокислотної послідовності, вибраної з групи, що складається з SEQ ID NО: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76.
4. Полінуклеотид, що кодує пептид за будь-яким з пп. 1-3.
5. Композиція для індукування CTL, де композиція містить один або більше пептидів за будь-яким з пп. 1-3 або один або більше полінуклеотидів за п. 4.
6. Фармацевтична композиція, яка містить:
(a) один або більше пептидів за будь-яким з пп. 1-3,
(b) один або більше полінуклеотидів за п. 4,
(c) одну або більше антигенпрезентуючих клітин (АРС), які презентують на своїй поверхні комплекс пептиду за будь-яким з пп. 1-3 та антигену HLA;
(d) одну або більше екзосом, які презентують на своїй поверхні комплекс пептиду за будь-яким з пп. 1-3 та антигену HLA; або
(е) один або більше CTL, які можуть розпізнавати клітину, що презентує на своїй поверхні комплекс пептиду за будь-яким з пп. 1-3 та антигену HLA,
у комбінації з фармацевтично прийнятним носієм,
де фармацевтична композиція вироблена для лікування та/або профілактики раку, попередження післяопераційного рецидиву раку та/або індукування імунної реакції проти раку.
7. Фармацевтична композиція за п. 6, де згадана фармацевтична композиція вироблена для введення суб'єктові, антиген HLA якого - це HLA-A2.
8. Спосіб індукування АРС зі спроможністю індукувати CTL, при цьому згаданий спосіб включає етап, вибраний з групи, що складається з:
(a) контактування АРС з пептидом за будь-яким з пп. 1-3 in vitro, ex vivo або in vivo
та
(b) введення полінуклеотиду, що кодує пептид за будь-яким з пп. 1 - 3, у АРС.
9. Спосіб індукування CTL, при цьому згаданий спосіб включає етап, вибраний з групи, що складається з:
(a) спільного культивування CD8-позитивної Т-клітини з АРС, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду за будь-яким з пп. 1-3,
(b) спільного культивування CD8-позитивної Т-клітини з екзосомою, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду за будь-яким з пп. 1-3, та
(c) введення у CD8-позитивну Т-клітину полінуклеотиду/полінуклеотидів, які кодують поліпептиди субодиниць рецепторів Т-клітин (TCR), де TCR, утворений згаданими поліпептидами субодиниць TCR, є спроможним зв'язуватися з комплексом антигену HLA та пептиду за будь-яким з пп. 1-3 на клітинній поверхні.
10. АРС, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду за будь-яким з пп. 1-3.
11. АРС за п. 10, індукована за способом за п. 8.
12. CTL, націлений на пептид за будь-яким з пп. 1-3.
13. CTL за п. 12, індукований за способом за п. 9.
14. Спосіб індукування імунної реакції проти раку у суб'єкта, при цьому згаданий спосіб включає етап введення суб'єктові композиції, яка містить пептид за будь-яким з пп. 1-3, його імунологічно активний фрагмент або полінуклеотид, що кодує цей пептид або фрагмент.
15. Вектор, що включає нуклеотидну послідовність, яка кодує пептид за будь-яким з пп. 1-3.
16. Спосіб скринінгу пептиду, який має спроможність індукувати CTL, який має специфічну цитотоксичну активність проти клітини, яка презентує фрагмент, що походить від ТОРК, де спосіб включає наступні етапи:
(і) отримання послідовності-кандидата, що складається з амінокислотної послідовності, модифікованої внаслідок заміщення та/або додавання одного або двох амінокислотних залишків до оригінальної амінокислотної послідовності, де оригінальну амінокислотну послідовність вибирають з групи, що складається з SEQ ID NО: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76;
(ii) вибір послідовності-кандидата, що не має суттєвої серйозної гомології з пептидами, що походять від будь-яких відомих генних продуктів людини, відмінних від ТОРК;
(ііі) контактування пептиду, що складається з послідовності-кандидата, вибраної на етапі (іі), з антигенпрезентуючою клітиною;
(iv) контактування антигенпрезентуючої клітини з етапу (ііі) з CD8-позитивною Т-клітиною та
(v) ідентифікування пептиду, у якого спроможність індукувати CTL є такою самою або більшою, ніж у пептиду, який складається з оригінальної амінокислотної послідовності.
Текст
Реферат: Винахід належить до епітопних пептидів, що походять від ТОРК та здатні індукувати цитотоксичні Т-лімфоцити (CTL), а також до полінуклеотидів, що їх кодують, фармацевтичних композицій, які включають будь-які з вищезгаданих пептидів або полінуклеотиди, і застосування їх у лікуванні або профілактиці різних видів раку та пухлин. UA 114298 C2 (12) UA 114298 C2 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Галузь техніки Цей винахід стосується галузі біологічної науки, більш специфічно галузі лікування раку. Зокрема, цей винахід стосується новітніх пептидів, які є ефективними як протиракові вакцини, та ліків для лікування та/або профілактики пухлин. Пріоритет Для цієї заявки заявляється пріоритет за попередньою заявкою США № 61/552,817, поданою 28 жовтня 2011 року, увесь зміст якої включено у цей опис шляхом посилання. Попередній рівень техніки Було продемонстровано, що CD8-позитивні цитотоксичні Т-лімфоцити (CTL) розпізнають епітопні пептиди, які походять від пухлинасоційованих антигенів (ТАА), присутніх на молекулі головного комплексу гістосумісності (МНС) класу І, та в подальшому вбивають пухлинні клітини. З моменту відкриття родини антигенів меланоми (MAGE) як першого прикладу ТАА багато інших ТАА відкрили, застосовуючи імунологічні підходи (NPL 1, 2), та деякі з цих ТАА у цей час знаходяться у процесі клінічної розробки як імунотерапевтичні мішені. Сприятливі ТАА є обов'язковими для проліферації та виживання ракових клітин. Застосування таких ТАА як мішеней для імунотерапії може мінімізувати добре описаний ризик уникнення імунної реакції раковими клітинами, зумовлений делецією, мутацією та/або даунрегуляцією ТАА, внаслідок терапевтично отриманої імунної селекції. Отже, визначення нових ТАА, спроможних індукувати сильні та специфічні протипухлинні імунні реакції, гарантує подальший розвиток. Таким чином, клінічне застосування стратегій пептидної вакцинації для різних типів раку триває (NPL від 3 до 10). На сьогодні повідомлялося про декілька клінічних випробувань із застосуванням цих пептидів, що походять від ТАА. На жаль, на сьогодні, ці випробування протиракових вакцин продемонстрували лише низький об'єктивний рівень реакцій (NPL від 11 до 13). Отже, у галузі все ще залишається потреба у нових ТАА, придатних для застосування як імунотерапевтичних мішеней. ТОРК (протеїнкіназа, яка походить від клітини T-LAK) - це серин-/треонінкіназа, яка є членом родини 3/6 споріднених МАРКК (кіназ протеїнкіназ, що активуються мітогеном). Ця кіназа фосфорилує р38МАРК та бере участь у регулюванні точки контролю клітинного циклу (NPL 14, 15). Аналіз генної експресії ТОРК із застосуванням клінічних зразків показав, що ТОРК надмірно експресується при деяких злоякісних видах раку, таких як рак молочної залози, холангіоцелюлярний рак, гепатоцелюлярний рак, лейкоз, рак прямої та товстої кишки та меланома (NPL 16-19). Нещодавні дослідження, які вказують на те, що активність кінази відіграє важливу роль в онкогенезі молочної залози, відновили зацікавленість до досліджень пов’язаних з раком кіназ, таких як ТОРК. Виходячи з цього, внаслідок нозерн-блот аналізу було виявлено, що транскрипт ТОРК сильно експресується у клітинах раку молочної залози, проте вона ледь виявляється у здорових тканинах людини за виключенням яєчка. Крім того, було показано, що нокдаун експресії ендогенної ТОРК, викликаний міРНК у клітинних лініях раку молочної залози, ослаблює цитокінез та спричиняє апоптоз ракових клітин (NPL 20). Перелік літератури Непатентна література [NPL 1] Boon T, Int J Cancer 1993 May 8, 54(2): 177-80 [NPL 2] Boon T & van der Bruggen P, J Exp Med 1996 Mar 1, 183(3): 725-9 [NPL 3] Harris CC, J Natl Cancer Inst 1996 Oct 16, 88(20): 1442-55 [NPL 4] Butterfield LH et al., Cancer Res 1999 Jul 1, 59(13): 3134-42 [NPL 5] Vissers JL et al., Cancer Res 1999 Nov 1, 59(21): 5554-9 [NPL 6] van der Burg SH et al., J Immunol 1996 May 1, 156(9): 3308-14 [NPL 7] Tanaka F et al., Cancer Res 1997 Oct 15, 57(20): 4465-8 [NPL 8] Fujie T et al., Int J Cancer 1999 Jan 18, 80(2): 169-72 [NPL 9] Kikuchi M et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3): 459-66 [NPL 10] Oiso M et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3): 387-94 [NPL 11] Belli F et al., J Clin Oncol 2002 Oct 15, 20(20): 4169-80 [NPL 12] Coulie PG et al., Immunol Rev 2002 Oct, 188: 33-42 [NPL 13] Rosenberg SA et al., Nat Med 2004 Sep, 10(9): 909-15 [NPL 14] Abe Y et.al., J Bio Chem. 2000 July 14: 21525-21531 [NPL 15] Ayllon V and O'connor R., Oncogene. 2007 May 24;26(24):3451-61 [NPL 16] He F et al., Hum Pathol. 2010 Mar;41(3):415-24 [NPL 17] Li G et al., Ann Hematol. 2006 Sep;85(9):583-90 [NPL 18] Minoo P et al., Int J Oncol. 2010 Sep;37(3):707-18 [NPL 19] Zykova TA et al., Clin Cancer Res. 2006 Dec 1;12(23):6884-93 [NPL 20] Park JH et al., Cancer Res. 2006 Sep 15;66(18):9186-95. 1 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Суть винаходу Цей винахід базується, принаймні частково, на відкритті новітніх пептидів, що можуть слугувати як придатні мішені імунотерапії. Оскільки ТАА зазвичай сприймаються імунною системою як "свої" та внаслідок цього часто не мають імуногенності, то відкриття відповідних мішеней є надзвичайно важливим. Згідно з цим винаходом демонструється, що ТОРК (SEQ ID NO: 86, яка кодується геном GenBank Accession No. NM_018492 (SEQ ID NO: 85)) специфічно надмірно експресується у ракових клітинах, зокрема у клітинах, проте не обмежуючись ними, гострого мієлогенного лейкозу (AML), раку сечового міхура, раку молочної залози, раку шийки матки, холангіоцелюлярного раку, раку прямої та товстої кишки, раку шлунку дифузного типу, недрібноклітинного раку легеня (NSCLC), лімфоми, остеосаркоми, раку простати, раку нирки, дрібноклітинного раку легеня (SCLC) та пухлини м’якої тканини. Таким чином, цей винахід зосереджується на ТОРК як на відповідному кандидаті у мішені протиракової/протипухлинної імунотерапії. Виходячи з цього, цей винахід спрямовано принаймні частково на ідентифікацію специфічних епітопних пептидів серед генних продуктів ТОРК, яким притаманна спроможність індукувати цитотоксичні Т-лімфоцити (СTL), специфічні до ТОРК. Як докладніше обговорюється далі, мононуклеари периферійної крові (РВМС), узятті від здорового донора, стимулювали із застосуванням пептидів-кандидатів, які зв'язуються з HLA (антиген лейкоцитів людини)-A*2402 або HLA-A*0201 та які походять від TOРК. Лінії CTL потім отримали зі специфічною цитотоксичністю проти HLA-A24- або HLA-A2-позитивних клітин-мішеней, мічених кожним з пептидів-кандидатів. Наведені у цьому описі результати демонструють, що ці пептиди являють собою HLA-A24- або HLA-A2-обмежені епітопні пептиди, які можуть індукувати сильні та специфічні імунні реакції проти клітин, що експресують TOРК. Ці результати, крім того, вказують, що TOРК є дуже імуногенним, та що його епітопи є ефективними мішенями для протипухлинної імунотерапії. Отже, завданням цього винаходу є отримання виділених пептидів, які мають спроможність зв'язуватися з антигеном HLA та включають послідовність TOРК (SEQ ID NO: 86) або її імунологічно активний фрагмент. Очікується, що ці пептиди мають здатність до індукування CTL та, отже, їх можна застосовувати для індукування CTL in vitro, ex vivo або in vivo, або їх можна вводити безпосередньо суб'єктові для індукування in vivo імунних реакцій проти різних видів раку, приклади яких включають, проте не обмежуються ними, AML, рак сечового міхура, рак молочної залози, рак шийки матки, холангіоцелюлярний рак, рак прямої та товстої кишки, рак шлунку дифузного типу, NSCLC, лімфому, остеосаркому, рак простати, рак нирки, SCLC та пухлину м’якої тканини. Переважними пептидами є нонапептиди та декапептиди, а більш переважними є нонапептиди та декапептиди, які мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40 та від 42 до 84. Згідно з цим, пептиди, які мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27, 28, 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, є особливо переважними. Цей винахід також передбачає модифіковані пептиди, які мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40 та від 42 до 84, у якій одна, дві або більше амінокислот заміщені, видалені, вставлені та/або додані, доки отримані модифіковані пептиди зберігають необхідну спроможність оригінального немодифікованого пептиду індукувати CTL. Цей винахід, крім того, охоплює виділені полінуклеотиди, які кодують будь-який з пептидів цього винаходу. Ці полінуклеотиди можна застосовувати для індукування або приготування антиген-презентуючих клітин (АРС) зі здатністю індукувати CTL. Подібно до вищеописаних пептидів цього винаходу, такі АРС можна вводити суб'єктові для індукування імунних реакцій проти різних видів раку. Коли їх вводять суб'єктові, тоді пептиди цього винаходу є переважно присутніми на поверхні АРС, так щоб індукувати CTL, які націлені на відповідні пептиди. Отже, одним із завдань цього винаходу є отримання агентів або композицій для індукування CTL, при цьому такі композиції або агенти включають один або більше пептидів цього винаходу або один або більше полінуклеотидів, які кодують такі пептиди. Такі агенти або композиції можна застосовувати для лікування та/або профілактики первинного раку, метастазу або післяопераційного рецидиву раку. Приклади різних видів раку, які є передбаченими цим винаходом мішенями, включають, проте не обмежуються ними, AML, рак сечового міхура, рак молочної залози, рак шийки матки, холангіоцелюлярний рак, рак прямої та товстої кишки, рак шлунку дифузного типу, NSCLC, лімфому, остеосаркому, рак простати, рак нирки, SCLC та пухлину м’якої тканини. Цим винаходом також передбачаються фармацевтичні композиції або агенти, що включають один або більше пептидів або один або більше полінуклеотидів цього винаходу, 2 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 4045 50 55 60 виготовлених для лікування та/або профілактики первинного раку, метастазу або післяопераційного рецидиву раку, як визначається вище. Замість або на додаток до пептидів або полінуклеотидів цього винаходу, представлені фармацевтичні агенти або композиції можуть включати як активні інгредієнти АРС та/або екзосоми, які презентують будь-які з пептидів цього винаходу. Пептиди або полінуклеотиди цього винаходу можна застосовувати для індукування АРС, які презентують на їх поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу, наприклад, внаслідок контактування АРС, що походять від суб'єкта, з пептидом цього винаходу, або внаслідок введення полінуклеотиду, що кодує пептид цього винаходу, в АРС. Такі АРС мають високу спроможність індукувати CTL проти пептидів-мішеней та є корисними для імунотерапії раку. Отже, цим винаходом передбачаються способи індукування АРС зі здатністю індукування CTL, а також АРС, отримані за такими способами. Іще одним завданням цього винаходу є забезпечення способами індукування CTL, при цьому такі способи включають етап спільного культивування CD8-позитивних Т-клітин з АРС, які презентують на їх поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу, етап спільного культивування CD8-позитивних Т-клітин з екзосомами, які презентують на їх поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу, або етап введення полінуклеотиду/полінуклеотидів, що кодують поліпептиди субодиниці рецептора Т-клітин (TCR), де TCR, утворений такими поліпептидами субодиниці, здатний зв'язуватися з пептидом цього винаходу. CTL, отримані за такими способами, є корисними в лікуванні та/або профілактиці різних видів раку, зокрема, AML, раку сечового міхура, раку молочної залози, раку шийки матки, холангіоцелюлярного раку, раку прямої та товстої кишки, раку шлунку дифузного типу, NSCLC, лімфоми, остеосаркоми, раку простати, раку нирки, SCLC та пухлини м’якої тканини. Отже, цей винахід охоплює способи індукування CTL, а також CTL, отримані за цими способами. Іще одним завданням цього винаходу є отримання виділених АРС, що презентують на поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу. Цим винаходом далі пропонуються виділені CTL, які націлені на пептиди цього винаходу. Ці АРС та CTL можуть бути застосовані для імунотерапії раку. Іще одним завданням цього винаходу є забезпечення способами індукування імунної реакції проти раку у суб'єкта, що потребує цього, при цьому такі способи включають етап введення суб'єктові композиції, що містить принаймні один компонент, вибраний серед пептиду цього винаходу, полінуклеотиду, що кодує такий пептид, екзосом, або АРС, що презентують такі пептиди, та CTL, що можуть розпізнавати клітини, які презентують на їх поверхні такі пептиди. Можливість застосовувати цей винахід поширюється на будь-який ряд захворювань, які пов'язані з або є наслідком надмірної експресії ТОРК, наприклад, види раку, які експресують ТОРК, приклади яких включають, проте не обмежуються ними, AML, рак сечового міхура, рак молочної залози, рак шийки матки, холангіоцелюлярний рак, рак прямої та товстої кишки, рак шлунку дифузного типу, NSCLC, лімфому, остеосаркому, рак простати, рак нирки, SCLC та пухлину м’якої тканини. Цілі та ознаки винаходу стануть повніше зрозумілими, коли буде прочитано наступний докладний опис у зв'язку з ілюстративним матеріалом та прикладами, що його супроводжують. Слід розуміти, що як вищеописана суть цього винаходу, так і наступний докладний опис наводять приклади варіантів здійснення цього винаходу, але вони не обмежують цей винахід або інші альтернативні варіанти здійснення цього винаходу. Зокрема, незважаючи на те, що цей винахід описується у цьому описі винаходу з посиланням на ряд специфічних варіантів здійснення, буде зрозумілим, що опис ілюструє винахід, та його не було створено як обмеження винаходу. Різні модифікації та варіанти застосування можуть виникнути у фахівців у цій галузі, при цьому вони не будуть суперечити духу та обсягу винаходу, як описано у формулі винаходу, що додається. Подібно до цього інші цілі, ознаки, користь та переваги цього винаходу будуть очевидними, виходячи з цієї суті та певних варіантів здійснення, описаних далі, та їх легко зрозуміють фахівці у цій галузі. Такі цілі, ознаки, користь та переваги будуть очевидними, виходячи з вищевказаного у зв'язку з супроводжувальними прикладами, даними, ілюстративним матеріалом та усіма обґрунтованими висновками, що з них виходять, самостійно або з урахуванням посилань, включених в цей опис. Стислий опис ілюстративного матеріалу Різні аспекти та варіанти застосування цього винаходу будуть очевидними для фахівців у цій галузі після вивчення стислого опису ілюстративного матеріалу та докладного опису цього винаходу та його переважних варіантів здійснення, які наведено далі. Фіг. 1. Фігура 1 складається з ряду фотографій, від (а) до (e), на яких зображено результати імуноферментного спот-аналізу (ELISPOT) виробництва IFN-гамма на CTL, які індукували 3 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 пептидами, що походять від ТОРК. CTL у комірці номер # 8, індуковані TOPK-A24-9-230 (SEQ ID NO: 2), (a), у комірці номер # 3, індуковані TOPK-A24-9-130 (SEQ ID NO: 3), (b), у комірці номер # 3, індуковані TOPK-A24-9-232 (SEQ ID NO: 6), (c), у комірці # 2, індуковані TOPK-A24-10-288 (SEQ ID NO: 27), (d) та у комірці #4, індуковані TOPK-A24-10-289 (SEQ ID NO: 28), (e), демонстрували сильне виробництво IFN-гамма, порівняно з контрольним, відповідно. Квадрат на комірці цих фотографій вказує на те, що клітини з відповідної комірки розмножувалися, запровадивши лінії CTL. На відміну від цього, як звичайний випадок негативних даних, не було продемонстровано специфічного виробництва IFN-гамма від CTL, стимульованого TOPK-A24-9289 (SEQ ID NO: 1), (f). На фігурах "+" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, мічених відповідним пептидом, та "-" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, не мічених будь-якими пептидами. Фіг. 2-1. Фігура 2 складається з ряду фотографій, від (а) до (о), на яких зображено результати імуноферментного спот-аналізу (ELISPOT) виробництва IFN-гамма на CTL, які індукували пептидами, що походять від ТОРК. CTL у комірці номер #7, індуковані TOPK-A02-9-240 (SEQ ID NO: 42), (a), у комірці номер #4, індуковані TOPK-A02-9-19 (SEQ ID NO: 45), (b), у комірці номер #2, індуковані TOPK-A02-9-183 (SEQ ID NO: 47), (c), у комірці #8, індуковані TOPK-A02-9-235 (SEQ ID NO: 50), (d), у комірці #4, індуковані TOPK-A02-9-12 (SEQ ID NO: 51), (e), у комірці #3, індуковані TOPK-A02-9-285 (SEQ ID NO: 53), (f), у комірці #3, індуковані TOPK-A02-9-47 (SEQ ID NO: 54), (g), у комірці #5, індуковані TOPK-A02-10-236 (SEQ ID NO: 62), (h), у комірці #3, індуковані TOPK-A02-10-231 (SEQ ID NO: 63), (i), у комірці #8, індуковані TOPK-A02-10-47 (SEQ ID NO: 64), (j), у комірці #1, індуковані TOPK-A02-10-239 (SEQ ID NO: 66), (k), та у комірці #1, індуковані TOPK-A02-10-272 (SEQ ID NO: 71), (l), демонстрували сильне виробництво IFNгамма, порівняно з контрольним, відповідно. Квадрат на комірці цих фотографій вказує на те, що клітини з відповідної комірки розмножувалися, запровадивши лінії CTL. На відміну від цього, як звичайний випадок негативних даних, не було продемонстровано специфічного виробництва IFN-гамма від CTL, стимульованого TOPK-A02-9-55 (SEQ ID NO: 41), (o). На фігурах "+" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, мічених відповідним пептидом, та "-" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, не мічених будь-якими пептидами. Фіг. 2-2. Фігура 2 складається з ряду фотографій, від (а) до (о), на яких зображено результати імуноферментного спот-аналізу (ELISPOT) виробництва IFN-гамма на CTL, які індукували пептидами, що походять від ТОРК. CTL у комірці номер #4, індуковані TOPK-A02-10-88 (SEQ ID NO: 72), (m), та у комірці номер #4, індуковані TOPK-A02-10-142 (SEQ ID NO: 76), (n), демонстрували сильне виробництво IFN-гамма, порівняно з контрольним, відповідно. Квадрат на комірці цих фотографій вказує на те, що клітини з відповідної комірки розмножувалися, запровадивши лінії CTL. На відміну від цього, як звичайний випадок негативних даних, не було продемонстровано специфічного виробництва IFN-гамма від CTL, стимульованого TOPK-A02-955 (SEQ ID NO: 41), (o). На фігурах "+" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, мічених відповідним пептидом, та "-" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, не мічених будь-якими пептидами. Фіг. 3. Фігура 3 складається з ряду лінійних графіків, від (а) до (е), на яких зображено виробництво IFN-гамма лініями CTL, стимульованими TOPK-A24-9-230 (SEQ ID NO: 2), (a), TOPK-A24-9-130 (SEQ ID NO: 3), (b), TOPK-A24-9-232 (SEQ ID NO: 6), (c), TOPK-A24-10-288 (SEQ ID NO: 27), (d), та TOPK-A24-10-289 (SEQ ID NO: 28), (e). Кількість IFN-гамма, виробленого CTL, була виміряна за допомогою твердофазного імуноферментного аналізу (ELISA). Результати показують, що лінії CTL, отримані внаслідок стимуляції кожним з цих пептидів, демонструють сильне виробництво IFN-гамма порівняно з контрольним. На фігурах "+" вказує на виробництво IFNгамма проти клітин-мішеней, мічених відповідним пептидом, та "-" вказує на виробництво IFNгамма проти клітин-мішеней, не мічених будь-якими пептидами. Співвідношення R/S вказує на відношення кількості клітин-респондерів (лінія CTL) та кількості клітин-стимуляторів. Фіг. 4. Фігура 4 складається з ряду лінійних графіків, від (а) до (с), на яких зображено виробництво IFN-гамма клонами CTL, отриманим внаслідок обмежувального розведення від ліній CTL, стимульованих за допомогою TOPK-A24-9-130 (SEQ ID NO: 3), (a), TOPK-A24-10-288 (SEQ ID NO: 27), (b), та TOPK-A24-10-289 (SEQ ID NO: 28), (c). Результати показують, що клони CTL, отримані внаслідок стимуляції кожним з пептидів, демонструють сильне виробництво IFN-гамма порівняно з контрольним. На фігурі "+" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, мічених підхожим пептидом, та "-" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, не 4 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 мічених будь-якими пептидами. Співвідношення R/S вказує на відношення кількості клітинреспондерів (лінія CTL) та кількості клітин-стимуляторів. Фіг. 5-1. Фігура 5-1 складається з ряду лінійних графіків, від (а) до (f), на яких зображено виробництво IFN-гамма лініями CTL, стимульованими TOPK-A02-9-240 (SEQ ID NO: 42), (a), TOPK-A02-9-19 (SEQ ID NO: 45), (b), TOPK-A02-9-235 (SEQ ID NO: 50), (c), TOPK-A02-9-12 (SEQ ID NO: 51), (d), TOPK-A02-9-285 (SEQ ID NO: 53), (e), та TOPK-A02-9-47 (SEQ ID NO: 54), (f). Кількість IFN-гамма, виробленого CTL, була виміряна за допомогою твердофазного імуноферментного аналізу (ELISA). Результати показують, що лінії CTL, отримані внаслідок стимуляції кожним з цих пептидів, демонструють сильне виробництво IFN-гамма порівняно з контрольним. На фігурах "+" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, мічених відповідним пептидом, та "-" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, не мічених будь-якими пептидами. Співвідношення R/S вказує на відношення кількості клітин-респондерів (лінія CTL) та кількості клітин-стимуляторів. Фіг. 5-2. Фігура 5-2 складається з ряду лінійних графіків, від (g) до (k), на яких зображено виробництво IFN-гамма лініями CTL, стимульованими TOPK-A02-10-236 (SEQ ID NO: 62), (g), TOPK-A02-10-231 (SEQ ID NO: 63), (h), TOPK-A02-10-47 (SEQ ID NO: 64), (i), TOPK-A02-10-239 (SEQ ID NO: 66), (j), та TOPK-A02-10-88 (SEQ ID NO: 72), (k). Кількість IFN-гамма, виробленого CTL, була виміряна за допомогою твердофазного імуноферментного аналізу (ELISA). Результати показують, що лінії CTL, отримані внаслідок стимуляції кожним з цих пептидів, демонструють сильне виробництво IFN-гамма порівняно з контрольним. На фігурах "+" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, мічених відповідним пептидом, та "-" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, не мічених будь-якими пептидами. Співвідношення R/S вказує на відношення кількості клітин-респондерів (лінія CTL) та кількості клітин-стимуляторів. Фіг. 6. Фігура 6 складається з пари лінійних графіків, (а) та (b), на яких зображено виробництво IFNгамма клонами CTL, отриманими внаслідок обмежувального розведення від ліній CTL, стимульованих за допомогою TOPK-A02-9-240 (SEQ ID NO: 42), (a), та TOPK-A02-9-285 (SEQ ID NO: 53), (b). Результати показують, що клони CTL, отримані внаслідок стимуляції кожним з пептидів, демонструють сильне виробництво IFN-гамма порівняно з контрольним. На фігурі "+" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, мічених підхожим пептидом, та "-" вказує на виробництво IFN-гамма проти клітин-мішеней, не мічених будь-якими пептидами. Співвідношення R/S вказує на відношення кількості клітин-респондерів (лінія CTL) та кількості клітин-стимуляторів. Фіг. 7. Фігура 7 - це лінійний графік, на якому зображено специфічну CTL-активність клонів CTL проти клітин-мішеней, які експресують ТОРК та HLA-A*2402. Клітини COS7, трансфектовані HLA-A*2402 або геном ТОРК повної довжини, отримали як контрольні. Клон CTL, отриманий за допомогою TOPK-A24-10-289 (SEQ ID NO: 28), демонстрував специфічну CTL-активність проти клітин COS7, трансфектованих як ТОРК, так і HLA-A*2402 (ромб). З іншого боку, значущої специфічної CTL-активності не виявили проти клітин-мішеней, що експресують або HLA-A*2402 (трикутник) або ТОРК (круг). Фіг. 8. Фігура 8 - це лінійний графік, на якому зображено специфічну CTL-активність ліній CTL проти клітин-мішеней, які експресують ТОРК та HLA-A*0201. Клітини COS7, трансфектовані HLA-A*0201 або геном ТОРК повної довжини, отримали як контрольні. Лінія CTL, отримана за допомогою TOPK-A02-9-240 (SEQ ID NO: 42), демонструвала специфічну CTL-активність проти клітин COS7, трансфектованих як ТОРК, так і HLA-A*0201 (ромб). З іншого боку, значущої специфічної CTL-активності не виявили проти клітин-мішеней, що експресують або HLA-A*0201 (трикутник) або ТОРК (круг). Опис варіантів здійснення На додаток до вищеописаної суті винаходу цим винаходом пропонується наступне. [1] Виділений пептид, що має спроможність індукувати CTL, де пептид складається з амінокислотної послідовності ТОРК або її імунологічно активного фрагмента. [2] Виділений пептид за [1], де пептид включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, що складається з SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27, 28, 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76. [3] Виділений пептид, вибраний з групи, що складається з наступних (і) та (іі): 5 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 (i) виділений пептид за наступним (a) або (b): (a) виділений пептид, який включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, що складається з SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28, (b) виділений пептид, який включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, що складається з SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28, у якій 1, 2 або декілька амінокислот заміщені, вставлені, видалені та/або додані, де пептид має спроможність індукувати CTL, (ii) виділений пептид за наступним (c) або (d): (c) виділений пептид, який включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, що складається з SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, (d) виділений пептид, який включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, що складається з SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, у якій 1, 2 або декілька амінокислот заміщені, вставлені, видалені та/або додані, де пептид має спроможність індукувати CTL. [4] Виділений пептид за [3], де пептид має одну або обидві з наступних характеристик: (а) друга амінокислота від N-кінця амінокислотної послідовності, вибраної з групи, що складається з SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28, заміщена так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з фенілаланіну, тирозину, метіоніну та триптофану, та (b) амінокислота на С-кінці амінокислотної послідовності, вибраної з групи, що складається з SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28, заміщена так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з фенілаланіну, лейцину, ізолейцину, триптофану та метіоніну. [5] Виділений пептид за [3], де пептид має одну або обидві з наступних характеристик: (а) друга амінокислота від N-кінця амінокислотної послідовності, вибраної з групи, що складається з SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, заміщена так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з лейцину та метіоніну, та (b) амінокислота на С-кінці амінокислотної послідовності, вибраної з групи, що складається з SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, заміщена так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з валіну та лейцину. [6] Виділений пептид за будь-яким одним від [1] до [5], де згаданий пептид має спроможність зв’язуватися з антигеном HLA. [7] Виділений пептид за [6], де антиген HLA - це HLA-A24 або HLA-A2. [8] Виділений пептид за будь-яким одним від [1] до [7], де згаданий пептид - це нонапептид або декапептид. [9] Виділений полінуклеотид, що кодує виділений пептид за будь-яким одним від [1] до [8]. [10] Композиція для індукування CTL, де композиція містить один або більше пептидів за будь-яким одним від [1] до [8], або один або більше полінуклеотидів за [9]. [11] Фармацевтична композиція, яка містить (а) один або більше пептидів за будь-яким одним від [1] до [8], (b) один або більше полінуклеотидів за [9], (с) одну або більше АРС, які презентують на своїй поверхні комплекс пептиду за будь-яким одним від [1] до [8] та антигену HLA; (d) одну або більше екзосом, які презентують на своїй поверхні комплекс пептиду за будьяким одним від [1] до [8] та антигену HLA; або (е) один або більше CTL, які можуть розпізнавати клітину, що презентує на своїй поверхні комплекс пептиду за будь-яким одним від [1] до [8] та антигену HLA, у комбінації з фармацевтично прийнятним носієм, де фармацевтична композиція вироблена для лікування та/або профілактики раку, попередження післяопераційного рецидиву раку та/або індукування імунної реакції проти раку. [12] Фармацевтична композиція за [11], де згадана фармацевтична композиція вироблена для введення суб’єктові, антиген HLA якого - це HLA-A24 або HLA-A2. [13] Спосіб індукування антиген-презентуючої клітини (АРС) зі спроможністю індукувати CTL, при цьому згаданий спосіб включає етап, вибраний з групи, що складається з: (а) контактування АРС з пептидом за будь-яким одним від [1] до [8] in vitro, ex vivo або in vivo та (b) введення полінуклеотиду, що кодує пептид за будь-яким одним від [1] до [8], у АРС. [14] Спосіб індукування CTL, при цьому згаданий спосіб включає етап, вибраний з групи, що складається з: (а) спільного культивування CD8-позитивної Т-клітини з АРС, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду за будь-яким одним від [1] до [8], (b) спільного культивування CD8-позитивної Т-клітини з екзосомою, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду за будь-яким одним від [1] до [8], та 6 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 (с) введення у CD8-позитивну Т-клітину полінуклеотиду/полінуклеотидів, які кодують поліпептиди субодиниць рецепторів Т-клітин (TCR), де TCR, утворений згаданими поліпептидами субодиниць TCR, є спроможним зв’язуватися з комплексом антигену HLA та пептиду за будь-яким одним від [1] до [8] на клітинній поверхні. [15] Виділена АРС, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду за будь-яким одним від [1] до [8]. [16] АРС за [15], індукована за способом за [13]. [17] Виділений CTL, який націлений на пептид за будь-яким одним від [1] до [8]. [18] CTL за [17], індукований за способом за [14]. [19] Спосіб індукування імунної реакції проти раку у суб’єкта, при цьому згаданий спосіб включає етап введення суб’єктові композиції, яка містить пептид за будь-яким одним від [1] до [8], його імунологічно активний фрагмент або полінуклеотид, що кодує цей пептид або фрагмент. [20] Антитіло або його імунологічно активний фрагмент проти пептиду за будь-яким одним від [1] до [8]. [21] Вектор, який включає нуклеотидну послідовність, яка кодує пептид за будь-яким одним від [1] до [8]. [22] Клітина-хазяїн, трансформована або трансфектована вектором за [21]. [23] Діагностичний набір, який включає пептид за будь-яким одним від [1] до [8], полінуклеотид за [9] або антитіло за [20]. [24] Спосіб скринінгу пептиду, який має спроможність індукувати CTL, який має специфічну цитотоксичну активність проти клітини, яка презентує фрагмент, що походить від ТОРК, де спосіб включає наступні етапи: (і) отримання послідовності-кандидата, що складається з амінокислотної послідовності, модифікованої внаслідок заміщення, видалення, вставлення та/або додавання одного, двох або більше амінокислотних залишків до оригінальної амінокислотної послідовності, де оригінальну амінокислотну послідовність вибирають з групи, що складається з SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27, 28, 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76; (ii) вибір послідовності-кандидата, що не має суттєвої серйозної гомології з пептидами, що походять від будь-яких відомих генних продуктів людини, відмінних від ТОРК; (ііі) контактування пептиду, що складається з послідовності-кандидата, вибраної на етапі (іі), з антиген-презентуючою клітиною; (iv) контактування антиген-презентуючої клітини з етапу (ііі) з CD8-позитивною Т-клітиною та (v) ідентифікування пептиду, у якого спроможність індукувати CTL є такою самою або більшою, ніж у пептиду, який складається з оригінальної амінокислотної послідовності. Незважаючи на те, що будь-які способи та матеріали, подібні або еквівалентні тим, що описані у цьому описі винаходу, можна застосовувати на практиці або під час тестування варіантів здійснення цього винаходу, зараз будуть описані переважні способи, пристрої та матеріали. Проте, до того, як буде описано ці матеріали та способи, слід зрозуміти, що ці описи мають ілюстративний характер, та вони не призначені для обмеження цього винаходу. Слід також розуміти, що цей винахід не обмежується описаними у цьому описі винаходу певними розмірами, формами, вимірами, матеріалами, методологією, протоколами тощо, оскільки вони можуть варіюватися залежно від поточних експериментів та оптимізації. Крім того, термінологія, що застосовується в описі, призначена для описування тільки певних варіантів або варіантів здійснення, проте вона не призначена для обмеження обсягу цього винаходу, який буде обмежено тільки формулою винаходу, що додається. Всі публікації, патенти або патентні заявки, згадані у цьому описі винаходу, особливо включено до цього опису у своєму повному обсязі шляхом посилання. Проте, нічого в цьому описі винаходу не слід тлумачити як припущення, що цей винахід не має права передувати такому змісту завдяки пріоритету винаходу. Якщо не визначено іншим чином, усі технічні та наукові терміни, що застосовуються у цьому описі мають таке саме значення, яке є звичайно зрозумілим для звичайного фахівця у цій галузі, до якої належить цей винахід. У випадку конфлікту цей опис винаходу, включаючи визначення, буде це регулювати. Крім того, матеріали, способи та приклади мають лише ілюстративний характер, та вони не призначені для обмеження. I. Визначення Артиклі "a", "an" та "the", як застосовуються у цьому описі винаходу, означають "принаймні один", якщо на інше особливо не вказано. Терміни "виділений" та "очищений", що застосовуються стосовно речовини (наприклад, пептиду, антитіла, полінуклеотиду тощо), вказують на те, що речовина є по суті вільною від 7 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 принаймні однієї речовини, яка також може бути включеною у природне джерело. Отже, термін "виділений" або "очищений" пептид відноситься до пептиду, що є по суті вільним від клітинного матеріалу, такого як вуглевод, ліпід або інші забруднювальні білки, від клітинного або тканинного джерела, з якого походить пептид, або є по суті вільним від хімічних попередників або інших хімічних речовин, коли його отримують шляхом хімічного синтезу. Термін "по суті вільний від клітинного матеріалу" включає препарати пептиду, у яких пептид відокремлений від клітинних компонентів клітин, з яких його виділено або отримано за допомогою рекомбінантних способів. Отже, пептид, який є по суті вільним від клітинного матеріалу, включає препарати поліпептиду, які мають менш ніж приблизно 30%, 20%, 10% або 5% (від сухої маси) гетерологічного білка (також називається у цьому описі "забруднювальний білок"). Коли пептид отримують за допомогою рекомбінантних способів, тоді він також є переважно по суті вільним від культурального середовища, та він включає препарати пептиду з культуральним середовищем менш ніж приблизно 20%, 10% або 5% від об’єму препарату пептиду. Коли пептид отримують шляхом хімічного синтезу, тоді він є переважно по суті вільним від хімічних попередників або інших хімічних речовин, та він включає препарати пептиду з хімічними попередниками або іншими хімічними речовинами, залученими у синтез пептиду, у кількості менш ніж приблизно 30%, 20%, 10%, 5% (сухої маси) від об’єму препарату пептиду. Те, що певний препарат пептиду містить виділений або очищений пептид, можна продемонструвати, наприклад, шляхом виявлення єдиної смуги після електрофорезу препарату пептиду із застосуванням поліакриламідного гелю з додецилсульфатом натрію (SDS) або шляхом забарвлення Coomassie Brilliant Blue або йому подібним гелем. У переважному варіанті здійснення пептиди та полінуклеотиди цього винаходу є виділеними або очищеними. Терміни "поліпептид", "пептид" та "білок" застосовуються у цьому описі винаходу як взаємозамінні для позначення полімеру з амінокислотних залишків. Терміни застосовуються до амінокислотних полімерів, у яких один або більше амінокислотних залишків є модифікованими залишками або залишками неприродного походження, такими як штучний хімічний міметик відповідних амінокислот природного походження, а також до амінокислотних полімерів природного походження. Термін "олігопептид", що іноді застосовується у цьому описі винаходу, застосовується для позначення пептидів цього винаходу, довжина яких становить 20 амінокислотних залишків або менше, зазвичай 15 амінокислотних залишків або менше, та які зазвичай складаються з приблизно 8-11 амінокислотних залишків, часто з 9 або 10 амінокислотних залишків. Останні позначаються у цьому описі винаходу як "нонапептиди" та "декапептиди", відповідно. Термін "амінокислота", як застосовується у цьому описі винаходу, означає природні та синтетичні амінокислоти, а також амінокислотні аналоги та амінокислотні міметики, які функціонують подібно до амінокислот природного походження. Амінокислота може бути або Lамінокислотою, або D-амінокислотою. Амінокислоти природного походження - це ті амінокислоти, що кодуються генетичним кодом, а також ті амінокислоти, що модифікуються після трансляції у клітинах (наприклад, гідроксипролін, гамма-карбоксиглутамат та Офосфосерин). Фраза "амінокислотний аналог" означає сполуки, які мають таку саму основну хімічну структуру (альфа-вуглецевий зв'язок з воднем, карбоксильна група, аміногрупа та Rгрупа), що і амінокислота природного походження, проте мають модифіковану R-групу або модифіковані каркаси (наприклад, гомосерин, норлейцин, метіонін, сульфоксид, метіонін метил сульфоній). Фраза "амінокислотний міметик" означає хімічні сполуки, які мають відмінні структури, проте подібні функції, що і звичайні амінокислоти. Амінокислоти можуть бути позначені у цьому описі винаходу їхніми загально відомими трилітерними символами або однолітерними символами, рекомендованими IUPAC-IUB Biochemical Nomenclature Commission. Терміни "ген", "полінуклеотид" , "олігонуклеотид" та "нуклеїнова кислота" застосовуються у цьому описі винаходу як взаємозамінні та, якщо інше особливо не вказується, позначаються своїми зазвичай прийнятими однолітерними кодами. Термін "агент" та "композиція" застосовуються у цьому описі винаходу як взаємозамінні та означають продукт, що містить специфіковані інгредієнти у специфікованій кількості, а також будь-який продукт, що є результатом, безпосередньо або опосередковано, комбінації специфікованих інгредієнтів у специфікованій кількості. Такі терміни, коли застосовуються у зв'язку з модифікатором "фармацевтичний" (як у виразі "фармацевтичний агент" та виразі "фармацевтична композиція"), призначені для того, щоб охоплювати продукт, що включає активний інгредієнт (інгредієнти) та будь-який інертний інгредієнт (інгредієнти), що складає (складають) носій, а також будь-який продукт, що є результатом, безпосередньо або опосередковано, комбінації, комплексоутворення або агрегації будь-яких двох або більше 8 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 інгредієнтів, або результатом дисоціації одного або більше інгредієнтів, або результатом інших типів реакцій або взаємодій одного або більше інгредієнтів. Отже, у контексті цього винаходу терміни "фармацевтичний агент" та "фармацевтична композиція" означають будь-які продукти, отримані внаслідок змішування молекули або сполуки цього винаходу та фармацевтично або фізіологічно прийнятного носія. Термін "активний інгредієнт" у цьому описі винаходу означає речовину в агенті або композиції, яка є біологічно або фізіологічно активною. Зокрема, у контексті фармацевтичного агента або композиції термін "активний інгредієнт" означає компонентну речовину, яка демонструє об'єктивний фармакологічний ефект. Наприклад, у випадку фармацевтичних агентів або композицій для застосування під час лікування або профілактики раку активні інгредієнти в агентах або композиціях можуть спричиняти безпосередньо або опосередковано принаймні одну біологічну або фізіологічну дію на ракові клітини та/або тканини. Переважно, така дія може включати зменшення або інгібування росту ракових клітин, руйнування або вбивання ракових клітин та/або тканин тощо. Звичайно, непрямий ефект активних інгредієнтів - це індукція CTL, які розпізнають або вбивають ракові клітини. До початку включення до складу "активний інгредієнт" може також називатися "діюче начало", "лікарська речовина" або "технічний продукт". Фраза "фармацевтично прийнятний носій" або "фізіологічно прийнятний носій", як застосовується у цьому описі винаходу, означає фармацевтично або фізіологічно прийнятний матеріал, композицію, речовину або наповнювач, включаючи, проте не обмежуючись ними, рідкий або твердий наповнювач, розріджувач, ексципієнт, розчинник або інкапсулювальний матеріал. Деякі фармацевтичні агенти або композиції цього винаходу знаходять особливе застосування як вакцини. У контексті цього винаходу фраза "вакцина" (також називається "імуногенна композиція") означає агент або композицію, які мають функцію підвищувати, підсилювати та/або індукувати протипухлинний імунітет після інокуляції тваринам. Якщо не визначено іншим чином, термін "рак" означає різні види раку або пухлин, які надмірно експресують ген TOРК, приклади яких включають, проте не обмежуються ними, гострий мієлогенний лейкоз (AML), рак сечового міхура, рак молочної залози, рак шийки матки, холангіоцелюлярний рак, рак прямої та товстої кишки, рак шлунку дифузного типу, недрібноклітинний рак легеня (NSCLC), лімфому, остеосаркому, рак простати, рак нирки, дрібноклітинний рак легеня (SCLC) та пухлину м’якої тканини. Якщо не визначено іншим чином, терміни "цитотоксичний Т-лімфоцит", "цитотоксична Тклітина" та "CTL" застосовуються у цьому описі винаходу як взаємозамінні, та, якщо інше особливо не вказано, означають підгрупу Т-лімфоцитів, які є спроможними розпізнавати сторонні клітини (наприклад, пухлинні/ракові клітини, інфіковані вірусом клітини) та спричиняти загибель таких клітин. Якщо не визначено іншим чином, термін "HLA-A24" відноситься до типу HLA-A24, що містить підтипи, приклади яких включають, проте не обмежуються ними, HLA-A*2401, HLA-A*2402, HLAA*2403, HLA-A*2404, HLA-A*2407, HLA-A*2408, HLA-A*2420, HLA-A*2425 та HLA-A*2488. Якщо не визначено іншим чином, термін "HLA-A2", як застосовується у цьому описі винаходу, відноситься до підтипів, приклади яких включають, проте не обмежуються ними, HLAA*0201, HLA-A*0202, HLA-A*0203, HLA-A*0204, HLA-A*0205, HLA-A*0206, HLA-A*0207, HLAA*0210, HLA-A*0211, HLA-A*0213, HLA-A*0216, HLA-A*0218, HLA-A*0219, HLA-A*0228 та HLAA*0250. Якщо не визначено іншим чином, термін "набір", як застосовується у цьому описі винаходу, застосовується для позначення комбінації реагентів або інших матеріалів. У цьому описі винаходу передбачається, що набір може включати мікроматрицю, чип, маркер тощо. Термін "набір" не слід обмежувати певною комбінацією реагентів та/або матеріалів. Як застосовується у цьому описі винаходу, у контексті суб'єкта або пацієнта, фраза "антиген HLA суб'єкта (або пацієнта) - це HLA-A24 або HLA-A2" означає, що суб'єкт або пацієнт гомозиготним або гетерозиготним чином має антигенний ген HLA-A24 або HLA-A2 як молекулу MCH (головного комплексу гістосумісності) класу І, а антиген HLA-A24 або HLA-A2 експресується у клітинах суб'єкта або пацієнта як антиген HLA. Доки способи та композиції цього винаходу знаходять застосування у контексті "лікування" раку, лікування вважається "ефективним", якщо його наслідком є клінічна користь, така як зменшення експресії гена TOРК, зменшення розміру, розповсюдження або метастатичного потенціалу раку у суб'єкта, уповільнення прогресування раку, зменшення клінічних симптомів раку, подовження терміну виживаності, пригнічення післяопераційного рецидиву тощо. Коли лікування застосовують з метою профілактики, тоді "ефективність" означає, що воно уповільнює 9 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 або попереджає утворення раку, або попереджає або усуває клінічний симптом раку. Ефективність визначається за будь-яким відомим способом діагностування або лікування пухлин певного типу. Доки способи та композиції цього винаходу знаходять застосування у контексті "попередження" та "профілактики" раку, такі терміни застосовуються у цьому описі винаходу як взаємозамінні та означають будь-яку активність, внаслідок якої зменшується тягар смертності або ускладнення від хвороби. Попередження та профілактика можуть виникати "на первинному, вторинному та третинному рівнях попередження". У той час, коли первинний рівень попередження та профілактики дозволить уникнути розвитку хвороби, тоді вторинний та третинний рівні попередження та профілактики охоплюють типи активності, спрямовані на попередження та профілактику розвитку хвороби та виникнення симптомів, а також на зменшення негативного впливу хвороби, яка вже виникла, внаслідок відновлення функції та зменшення пов'язаних з хворобою ускладнень. Альтернативно, попередження та профілактика можуть включати широкий діапазон профілактичної терапії, спрямованої на усунення суворості певного розладу, наприклад, на зменшення проліферації та метастазу пухлин. У контексті цього винаходу лікування та/або профілактика раку та/або попередження післяопераційного рецидиву раку включають будь-які з наступних етапів, такі як хірургічне видалення ракових клітин, інгібування росту ракових клітин, інволюція або регресія пухлини, індукція реміссії та пригнічення випадків раку, регресія пухлини та зменшення або інгібування метастазу. Ефективне лікування та/або профілактика раку знижує смертність та покращує прогноз окремих людей, що страждають на рак, зменшує рівні маркерів пухлин у крові та усуває помітні симптоми, що супроводжують рак. Наприклад, зменшення або покращення симптомів складають ефективне лікування та/або профілактику, та включають зменшення симптомів на 10%, 20%, 30% або більше або стабілізацію перебігу хвороби. У контексті цього винаходу термін "антитіло" означає імуноглобуліни та їх фрагменти, які специфічно реагують на призначений білок або його пептид. Антитіло може включати антитіла людини, антитіла приматів, химерні антитіла, біспецифічні антитіла, гуманізовані антитіла, антитіла, злиті з іншими білками або радіомітками, та фрагменти антитіл. Крім того, "антитіло" у цьому описі винаходу застосовується у найширшому сенсі та специфічно охоплює непошкоджені моноклональні антитіла, поліклональні антитіла, багатоспецифічні антитіла (наприклад, біспецифічні антитіла), утворені з принаймні двох непошкоджених антитіл, та фрагменти антитіл, доки вони демонструють бажану біологічну активність. "Антитіло" вказує на всі класи (наприклад, IgA, IgD, IgE, IgG і IgM). Якщо не вказано інше, усі технічні та наукові терміни, що застосовуються у цьому описі винаходу, мають ті самі значення, які є зазвичай зрозумілими для звичайних фахівців у галузі, до якої належить цей винахід. II. Пептиди Пептиди цього винаходу, описані докладніше нижче, можуть бути позначені як "пептид(и) TOРК" або "поліпептид (поліпептиди ТОРК". Для того, щоб продемонструвати, що пептиди, які походять від TOРК, функціонують як антиген, що розпізнається CTL, пептиди, що походять від TOPK (SEQ ID NO: 86), проаналізували з метою визначення, чи були вони епітопами антигенів, обмеженими HLA-A24 або HLA-A2, які зазвичай вважаються HLA-алелями (Date Y et al., Tissue Antigens 47: 93-101, 1996; Kondo A et al., J Immunol 155: 4307-12, 1995; Kubo RT et al., J Immunol 152: 3913-24, 1994). Кандидати HLA-A24-зв'язувальних пептидів, які походять від TOРК та які ідентифікували, використовуючи інформацію їхнього афінітету зв'язування з HLA-A24, включають: TOPK-A24-9230 (SEQ ID NO: 2), TOPK-A24-9-130 (SEQ ID NO: 3), TOPK-A24-9-237 (SEQ ID NO: 4), TOPKA24-9-155 (SEQ ID NO: 5), TOPK-A24-9-232 (SEQ ID NO: 6), TOPK-A24-9-174 (SEQ ID NO: 7), TOPK-A24-9-73 (SEQ ID NO: 8), TOPK-A24-9-235 (SEQ ID NO: 9), TOPK-A24-9-19 (SEQ ID NO: 10), TOPK-A24-9-205 (SEQ ID NO: 11), TOPK-A24-9-77 (SEQ ID NO: 12), TOPK-A24-9-270 (SEQ ID NO: 13), TOPK-A24-9-58 (SEQ ID NO: 14), TOPK-A24-9-81 (SEQ ID NO: 15), TOPK-A24-9-278 (SEQ ID NO: 16), TOPK-A24-9-183 (SEQ ID NO: 17), TOPK-A24-9-227 (SEQ ID NO: 18), TOPKA24-9-13 (SEQ ID NO: 19), TOPK-A24-9-146 (SEQ ID NO: 20), TOPK-A24-9-140 (SEQ ID NO: 21), TOPK-A24-9-103 (SEQ ID NO: 22), TOPK-A24-9-105 (SEQ ID NO: 23), TOPK-A24-9-118 (SEQ ID NO: 24), TOPK-A24-10-31 (SEQ ID NO: 25), TOPK-A24-10-155 (SEQ ID NO: 26), TOPK-A24-10-288 (SEQ ID NO: 27), TOPK-A24-10-289 (SEQ ID NO: 28), TOPK-A24-10-130 (SEQ ID NO: 29), TOPKA24-10-47 (SEQ ID NO: 30), TOPK-A24-10-73 (SEQ ID NO: 31), TOPK-A24-10-102 (SEQ ID NO: 32), TOPK-A24-10-39 (SEQ ID NO: 33), TOPK-A24-10-4 (SEQ ID NO: 34), TOPK-A24-10-77 (SEQ ID NO: 35), TOPK-A24-10-241 (SEQ ID NO: 36), TOPK-A24-10-12 (SEQ ID NO: 37), TOPK-A24-10148 (SEQ ID NO: 38), TOPK-A24-10-145 (SEQ ID NO: 39) та TOPK-A24-10- 114 (SEQ ID NO: 40). 10 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Крім того, після стимулювання in vitro Т-клітин дендритними клітинами (DC), навантаженими цими пептидами, успішно отримали CTL, використовуючи кожний з наступних пептидів: TOPKA24-9- 230 (SEQ ID NO:2), TOPK-A24-9-130 (SEQ ID NO:3), TOPK-A24-9- 232 (SEQ ID NO:6), TOPK-A24-10- 288 (SEQ ID NO: 27) та TOPK-A24-10- 289 (SEQ ID NO: 28). Кандидати HLA-A2-зв'язувальних пептидів, які походять від TOРК та які ідентифікували, використовуючи інформацію їхнього афінітету зв'язування з HLA-A2, включають: TOPK-A2-9-240 (SEQ ID NO: 42), TOPK-A2-9-34 (SEQ ID NO: 43), TOPK-A2-9-236 (SEQ ID NO: 44), TOPK-A2-9-19 (SEQ ID NO: 45), TOPK-A2-9-134 (SEQ ID NO: 46), TOPK-A2-9-183 (SEQ ID NO: 47), TOPK-A2-981 (SEQ ID NO: 48), TOPK-A2-9-149 (SEQ ID NO: 49), TOPK-A2-9-235 (SEQ ID NO: 50), TOPK-A29-12 (SEQ ID NO: 51), TOPK-A2-9-227 (SEQ ID NO: 52), TOPK-A2-9-285 (SEQ ID NO: 53), TOPKA2-9-47 (SEQ ID NO: 54), TOPK-A2-9-310 (SEQ ID NO: 55), TOPK-A2-9-132 (SEQ ID NO: 56), TOPK-A2-9-242 (SEQ ID NO: 57), TOPK-A2-9-156 (SEQ ID NO: 58), TOPK-A2-9-138 (SEQ ID NO: 59), TOPK-A2-9-142 (SEQ ID NO: 60), TOPK-A2-10-190 (SEQ ID NO: 61), TOPK-A2-10-236 (SEQ ID NO: 62), TOPK-A2-10-231 (SEQ ID NO: 63), TOPK-A2-10-47 (SEQ ID NO: 64), TOPK-A2-10-234 (SEQ ID NO: 65), TOPK-A2-10-239 (SEQ ID NO: 66), TOPK-A2-10-290 (SEQ ID NO: 67), TOPK-A210- 37 (SEQ ID NO: 68), TOPK-A2-10- 20 (SEQ ID NO: 69), TOPK-A2-10- 241 (SEQ ID NO: 70), TOPK-A2-10- 272 (SEQ ID NO: 71), TOPK-A2-10- 88 (SEQ ID NO: 72), TOPK-A2-10- 81 (SEQ ID NO: 73), TOPK-A2-10- 313 (SEQ ID NO: 74), TOPK-A2-10- 54 (SEQ ID NO: 75), TOPK-A2-10- 142 (SEQ ID NO: 76), TOPK-A2-10- 35 (SEQ ID NO: 77), TOPK-A2-10- 110 (SEQ ID NO: 78), TOPK-A210- 223 (SEQ ID NO: 79), TOPK-A2-10- 274 (SEQ ID NO: 80), TOPK-A2-10- 173 (SEQ ID NO: 81), TOPK-A2-10- 141 (SEQ ID NO: 82), TOPK-A2-10- 292 (SEQ ID NO: 83) та TOPK-A2-10-180 (SEQ ID NO: 84). Крім того, після стимулювання in vitro Т-клітин дендритними клітинами (DC), навантаженими цими пептидами, успішно отримали CTL, використовуючи кожний з наступних пептидів: ТOPKA02-9-240 (SEQ ID NO:42), TOPK-A02-9-19 (SEQ ID NO:45), TOPK-A02-9-183 (SEQ ID NO:47), TOPK-A02-9-235 (SEQ ID NO:50), TOPK-A02-9-12 (SEQ ID NO:51), TOPK-A02-9-285 (SEQ ID NO:53), TOPK-A02-9-47 (SEQ ID NO:54), TOPK-A02-10-236 (SEQ ID NO:62), TOPK-A02-10-231 (SEQ ID NO:63), TOPK-A02-10-47 (SEQ ID NO:64), TOPK-A02-10-239 (SEQ ID NO:66), TOPK-A0210-272 (SEQ ID NO:71), TOPK-A02-10-88 (SEQ ID NO:72) та TOPK-A02-10-142 (SEQ ID NO:76). Отримані CTL, вказані вище, продемонстрували сильну специфічну CTL-активність проти клітин-мішеней, мічених відповідними пептидами. Ці результати демонструють, що ТОРК являє собою антиген, що розпізнається CTL, та що пептиди є епітопними пептидами ТОРК, обмеженими HLA-A24 або HLA-A2. Отже, такі пептиди можуть бути ефективними як антигенимішені для цитотоксичності, спричиненої CTL. Оскільки ген ТОРК надмірно експресується в ракових клітинах та тканинах, включаючи, наприклад, клітини та тканини AML, раку сечового міхура, раку молочної залози, раку шийки матки, холангіоцелюлярного раку, раку прямої та товстої кишки, раку шлунку дифузного типу, NSCLC, лімфоми, остеосаркоми, раку простати, раку нирки, SCLC та пухлини м’якої тканини, та не експресується у більшості здорових органів, то він є гарною мішенню для імунотерапії. Отже, цим винаходом пропонуються нонапептиди (пептиди, що складаються з дев'яти амінокислотних залишків) та декапептиди (пептиди, що складаються з десяти амінокислотних залишків), що відповідають епітопам від ТОРК, що розпізнаються CTL. Особливо переважні приклади нонапептидів та декапептидів цього винаходу включають ті пептиди, які мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40 та від 42 до 84. Взагалі, програмне забезпечення, яке зараз є доступним, наприклад, в Інтернеті, таке, яке описано у Parker KC et al., J Immunol 1994, 152(1): 163-75 та Nielsen M et al., Protein Sci 2003; 12: 1007-17, можна застосовувати для розрахунку афінітету зв'язування між різними пептидами та антигенами HLA при комп'ютерному моделюванні експерименту. Афінітет зв'язування з антигенами HLA можна вимірити як описано, наприклад, у Parker KC et al., J Immunol 1994, 152(1): 163-75, Kuzushima K et al., Blood 2001, 98(6): 1872-81, Larsen MV et al. BMC Bioinformatics. 2007; 8: 424, Buus S et al. Tissue Antigens., 62:378-84, 2003, Nielsen M et al., Protein Sci 2003; 12: 1007-17, та Nielsen M et al. PLoS ONE 2007; 2: e796, які узагальнено, наприклад, у Lafuente EM et al., Current Pharmaceutical Design, 2009, 15, 3209-3220. Способи визначення афінітету зв'язування описані, наприклад, в Journal of Immunological Methods 1995, 185: 181-190 і Protein Science 2000, 9: 1838-1846. Отже, будь-хто може легко застосовувати таке програмне забезпечення для вибору тих фрагментів, які походять від ТОРК та які мають високий афінітет зв'язування з антигенами HLA. Відповідно, цей винахід охоплює пептиди, що складаються з будь-яких фрагментів, які походять від ТОРК і які можна визначити за допомогою таких відомих програм, як такі, що зв'язуються з антигенами HLA. Крім того, такі пептиди можуть бути складеними з послідовності ТОРК повної довжини. 11 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Пептиди цього винаходу, особливо нонапептиди та декапептиди цього винаходу, можна фланкувати додатковими амінокислотними залишками, доки одержаний в результаті цього пептид зберігає свою спроможність індукувати CTL. Особливі додаткові амінокислотні залишки можуть складатися з амінокислот будь-якого типу, доки вони не ослаблюють спроможність індукувати CTL оригінального пептиду. Отже, цей винахід охоплює пептиди, які мають спроможність індукувати CTL, зокрема пептиди, що походять від ТОРК (наприклад, пептиди, які включають амінокислотну послідовність SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27, 28, 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 або 76). Такі пептиди складаються, наприклад, з менш ніж приблизно 40 амінокислот, часто менш ніж приблизно 20 амінокислот, зазвичай менш ніж приблизно 15 амінокислот. Взагалі, відомо, що модифікації однієї, двох або більше амінокислот у пептиді не впливають на функцію пептиду або у деяких випадках навіть підсилюють бажану функцію оригінального білка. Фактично, відомо, що модифіковані пептиди (тобто, пептиди, що складаються з амінокислотної послідовності, у якій 1, 2 або декілька амінокислотних залишків було модифіковано (тобто, заміщено, додано, видалено та/або вставлено) порівняно з оригінальною контрольною послідовністю)) зберігають біологічну активність оригінального пептиду (Mark et al., Proc Natl Acad Sci USA 1984, 81: 5662-6; Zoller and Smith, Nucleic Acids Res 1982, 10: 6487500; Dalbadie-McFarland et al., Proc Natl Acad Sci USA 1982, 79: 6409-13). Отже, в одному варіанті здійснення цього винаходу пептиди мають як спроможність індукувати CTL, так і амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40 та від 42 до 84, у якій одна, дві або навіть більше амінокислот додані, видалені, вставлені та/або заміщені. Іншими словами, пептиди цього винаходу мають як спроможність індукувати CTL, так і амінокислотну послідовність, у якій одна, дві або декілька амінокислот заміщені, видалені, вставлені та/або додані в амінокислотній послідовності, вибраній серед SEQ ID NO: від 2 до 40 та від 42 до 84, за умовою, якщо модифіковані пептиди зберігають спроможність оригінального пептиду індукувати CTL. Фахівці у цій галузі зрозуміють, що, внаслідок окремих модифікацій (тобто, видалень, вставок, додавань та/або заміщень) амінокислотної послідовності, які змінюють єдину амінокислоту або невеликий відсоток від загальної амінокислотної послідовності, зберігаються властивості бічного ланцюга оригінальної амінокислоти. Отже, вони часто називаються "консервативними заміщеннями" або "консервативними модифікаціями", де внаслідок зміни білка утворюється модифікований білок з функцією, аналогічною функції оригінального білка. Таблиці консервативних заміщень, які пропонують функціонально подібні амінокислоти, є добре відомими у цій галузі. Приклади властивостей амінокислотних бічних ланцюгів, які є бажаними для консервації, включають, наприклад, гідрофобні амінокислоти (A, I, L, M, F, P, W, Y, V), гідрофільні амінокислоти (R, D, N, C, E, Q, G, H, K, S, T) та бічні ланцюги, які мають наступні спільні функціональні групи або характеристики: аліфатичний бічний ланцюг (G, A, V, L, I, P); бічний ланцюг, що містить гідроксильну групу (S, T, Y); бічний ланцюг, що містить атом сірки (С, М); бічний ланцюг, що містить амід та карбонову кислоту (D, N, E, Q); бічний ланцюг, що містить основу (R, K, H), та бічний ланцюг, що містить ароматичну групу (H, F, Y, W). Крім того, як це прийнято у цій галузі, наступні вісім груп, кожна з яких містить амінокислоти, є консервативними заміщеннями одного іншим: 1) Аланін (A), Гліцин (G); 2) Аспарагінова кислота(D), Глутамінова кислота (E); 3) Аспарагін (N), Глутамін (Q); 4) Аргінін (R), Лізин (K); 5) Ізолейцин (I), Лейцин (L), Метіонін (M), Валін (V); 6) Фенілаланін (F), Тирозин (Y), Триптофан (W); 7) Серин (S), Треонін (T) та 8) Цитстеїн (C), Метіонін (M) (див., наприклад, Creighton, Proteins 1984). Вважають також, що такі консервативно модифіковані пептиди є також пептидами цього винаходу. Проте, пептиди цього винаходу не обмежуються ними та вони можуть включати неконсервативні модифікації, доки отриманий модифікований пептид зберігає спроможність індукувати CTL оригінального немодифікованого пептиду. Крім того, модифіковані пептиди не повинні виключати пептиди зі спроможністю індукувати CTL, які походять від поліморфних варіантів, міжвидових гомологів та алелей ТОРК. Амінокислотні залишки можна вставляти, заміщувати та/або додавати до пептидів цього винаходу, або, альтернативно, амінокислотні залишки можна з них видаляти, щоб досягти більш високого афінітету зв'язування. Для того, щоб зберегти необхідну спроможність індукувати CTL, переважно модифікують (тобто, видаляють, вставляють, додають та/або 12 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 заміщують) тільки невелику кількість (наприклад, 1, 2 або декілька) або невеликий відсоток амінокислот. У цьому описі винаходу термін "декілька" означає 5 або менше амінокислот, наприклад, 4 або 3 або менше. Відсоток амінокислот, які слід модифікувати, переважно становить 20% або менше, більш переважно 15% або менше та навіть більш переважно 10% або менше, наприклад, від 1 до 5%. Коли ці пептиди застосовуються в імунотерапії, тоді пептиди цього винаходу слід презентувати на поверхні клітини або екзосоми, переважно як комплекс з антигеном HLA. Отже, переважно вибирати пептиди, які не тільки індукують CTL, але також мають високий афінітет зв’язування з антигеном HLA. Виходячи з цього, пептиди можна модифікувати шляхом заміщення, вставлення, видалення та/або додавання амінокислотних залишків, щоб отримати модифікований пептид, що має вищий афінітет зв’язування. Окрім пептидів, які природно виникають, оскільки закономірність послідовностей пептидів, що виникають внаслідок зв'язування з антигенами HLA, є вже відомою (J Immunol 1994, 152: 3913; Immunogenetics 1995, 41: 178; J Immunol 1994, 155: 4307), можна вводити модифікації на основі такої закономірності в імуногенні пептиди цього винаходу. Наприклад, пептиди, які мають високий афінітет зв'язування з HLA-A24, мають тенденцію, щоб їх друга амінокислота від N-кінця, була заміщена фенілаланіном, тирозином, метіоніном або триптофаном. Подібно до цього пептиди, у яких С-кінцева амінокислота заміщена фенілаланіном, лейцином, ізолейцином, триптофаном або метіоніном, мають тенденцію мати високий афінітет зв’язування з HLA-A24. Отже, може бути бажаним заміщувати другу амінокислоту від N-кінця фенілаланіном, тирозином, метіоніном або триптофаном, та/або амінокислоту на С-кінці - фенілаланіном, лейцином, ізолейцином, триптофаном або метіоніном з метою підвищення афінітету зв’язування з HLA-A24. Отже, цим винаходом охоплюються пептиди, що мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40 (особливо SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28), у якій друга амінокислота від N-кінця амінокислотної послідовності SEQ ID NO заміщена фенілаланіном, тирозином, метіоніном або триптофаном, та/або у якій С-кінець амінокислотної послідовності SEQ ID NO заміщений фенілаланіном, лейцином, ізолейцином, триптофаном або метіоніном. Крім того, цей винахід охоплює пептиди, які включають амінокислотну послідовність, у якій одна, дві або декілька амінокислот заміщені, видалені, вставлені та/або додані в амінокислотній послідовності, вибраній серед SEQ ID NO: від 2 до 40 (особливо SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28), при цьому такі пептиди мають одну або обидві з наступних характеристик: (а) друга амінокислота від N-кінця - це фенілаланін, тирозин, метіонін або триптофан; та (b) С-кінцева амінокислота - це фенілаланін, лейцин, ізолейцин, триптофан або метіонін. У переважних варіантах здійснення пептиди цього винаходу включають амінокислотну послідовність, у якій друга амінокислота від N-кінця заміщена фенілаланіном, тирозином, метіоніном або триптофаном, та/або С-кінцева амінокислота заміщена фенілаланіном, лейцином, ізолейцином, триптофаном або метіоніном в амінокислотній послідовності, вибраній серед SEQ ID NO: від 2 до 40 (особливо SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28). Подібно до цього, пептиди, які демонструють високий афінітет зв’язування з HLA-A2, мають тенденцію мати другу амінокислоту від N-кінця, заміщену лейцином або метіоніном, та/або амінокислоту на С-кінці, заміщену валіном або лейцином. Альтернативно, може бути бажаним заміщувати другу амінокислоту від N-кінця децином або метіоніном, та/або амінокислоту на Скінці валіном або лейцином, щоб підвищити афінітет зв’язування з HLA-A2. Отже, цим винаходом охоплюються пептиди, які мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 42 до 84 (особливо SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76), у якій друга амінокислота від N-кінця амінокислотної послідовності SEQ ID NO заміщена лейцином або метіоніном, та/або у якій С-кінець амінокислотної послідовності SEQ ID NO заміщений валіном або лейцином. Також, цей винахід охоплює пептиди, які включають амінокислотну послідовність, у якій одна, дві або декілька амінокислот заміщені, видалені, вставлені та/або додані в амінокислотній послідовності, вибраній серед SEQ ID NO: від 42 до 84 (особливо SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76), при цьому такі пептиди мають одну або обидві з наступних характеристик: (а) друга амінокислота від N-кінця це лейцин або метіонін; та (b) С-кінцева амінокислота - це валін або лейцин. У переважних варіантах здійснення пептиди цього винаходу включають амінокислотну послідовність, у якій друга амінокислота від N-кінця заміщена лейцином або метіоніном, та/або С-кінцева амінокислота заміщена валіном або лейцином в амінокислотній послідовності, вибраній серед SEQ ID NO: від 42 до 84 (особливо SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76). Заміщення можна вводити не тільки на кінцевих амінокислотах, але також на позиції можливого розпізнавання пептидів рецептором Т-клітин (TCR). Декілька досліджень 13 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 продемонстрували, що пептидз амінокислотними заміщеннями може бути еквівалентним або кращим за оригінал, наприклад, CAP1, p53 (264-272), Her-2/neu (369-377) або gp100 (209-217) (Zaremba et al. Cancer Res. 57, 4570-4577, 1997, T. K. Hoffmann et al. J Immunol. (2002);168(3):1338-47., S. O. Dionne et al. Cancer Immunol immunother. (2003) 52: 199-206 та S. O. Dionne et al. Cancer Immunology, Immunotherapy (2004) 53, 307-314). Цим винаходом також передбачається додавання однієї, двох або декількох амінокислот до N-кінця та/або С-кінця пептидів цього винаходу. Такі модифіковані пептиди зі спроможністю індукувати CTL також включено до цього винаходу. Наприклад, цим винаходом пропонується виділений пептид, який має довжину менш ніж 15, 14, 13, 12, 11 або 10 амінокислот, який має спроможність індукувати CTL та який включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, яка складається з: (i) амінокислотної послідовності, вибраної серед SEQ ID NO: від 2 до 24 та від 42 до 60; (ii) амінокислотної послідовності, у якій одна, дві або декілька амінокислот модифіковані в амінокислотній послідовності, вибраній з групи, що складається з SEQ ID NO: від 2 до 24 та від 42 до 60, де пептид має спроможність індукувати цитотоксичний Т-лімфоцит; (iii) амінокислотної послідовності за (ii), де, у контексті HLA-A24, амінокислотна послідовність має одну або обидві з наступних характеристик: (а) друга амінокислота від N-кінця згаданих SEQ ID NO є або модифікована так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, яка складається з фенілаланіну, тирозину, метіоніну та триптофану, та (b) С-кінцева амінокислота згаданих SEQ ID NO є або модифікована так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, яка складається з фенілаланіну, лейцину, ізолейцину, триптофану та метіоніну; та (iv) амінокислотної послідовності за (іі), де, у контексті HLA-A2, амінокислотна послідовність має одну або обидві з наступних характеристик: (с) друга амінокислота від N-кінця згаданої SEQ ID NO є або модифікована так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з лейцину та метіоніну; (d) С-кінцева амінокислота згаданої SEQ ID NO є або модифікована так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з валіну та лейцину. Крім того, цим винаходом також пропонується виділений пептид, який має довжину менш ніж 15, 14, 13, 12, 11 або 10 амінокислот, який має спроможність індукувати CTL та який включає амінокислотну послідовність, вибрану з групи, що складається з: (i’) амінокислотної послідовності, вибраної серед SEQ ID NO: від 25 до 40 та від 61 до 84; (ii’) амінокислотної послідовності, у якій одна, дві або декілька амінокислот модифіковані в амінокислотній послідовності, вибраній з групи, що складається з SEQ ID NO: від 25 до 40 та від 61 до 84, де пептид має спроможність індукувати цитотоксичний Т-лімфоцит; (iii’) амінокислотної послідовності за (ii'), де, у контексті HLA-A24, амінокислотна послідовність має одну або обидві з наступних характеристик: (а’) друга амінокислота від N-кінця згаданих SEQ ID NO є або модифікована так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з фенілаланіну, тирозину, метіоніну та триптофану, та (b’) С-кінцева амінокислота згаданих SEQ ID NO є або модифікована так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з фенілаланіну, лейцину, ізолейцину, триптофану та метіоніну. (iv’) амінокислотної послідовності за (іi’), де, у контексті HLA-A2, амінокислотна послідовність має одну або обидві з наступних характеристик: (с’) друга амінокислота від N-кінця згаданих SEQ ID NO є або модифікована так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з лейцину та метіоніну; (d’) С-кінцева амінокислота згаданих SEQ ID NO є або модифікована так, щоб бути амінокислотою, вибраною з групи, що складається з валіну та лейцину. Ці пептиди зв’язуються з антигенами HLA на АРС, щоб бути представленими на APC як комплекс з антигеном HLA, коли ці пептиди контактують з АРС. Альтернативно, ці пептиди вводяться в APC та перероблюються у фрагменти, які мають амінокислотну послідовність, вибрану серед (i)-(iv) та (i')-(iv'), в APC, щоб бути представленими на APC як комплекси з антигенами HLA, коли ці пептиди контактують з АРС. Отже, індукуються CTL, специфічні до таких пептидів. Проте, коли пептидна послідовність є ідентичною до частини амінокислотної послідовності ендогенного або екзогенного білка, який має відмінну функцію, тоді можуть виникати негативні побічні ефекти, такі як автоімунні розлади та/або алергічні симптоми проти специфічних речовин. Отже, може бути бажаним спочатку виконати пошук гомології, застосовуючи доступні 14 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 бази даних, щоб уникнути ситуацій, коли послідовність пептиду відповідає амінокислотній послідовності іншого білка. Коли з пошуків гомології стає очевидним, що у природі не існує однаковий з цільовим пептидом пептид або пептид з різницею в 1 або 2 амінокислоти, порівняно з цільовим пептидом, тоді цільовий пептид можна модифікувати для підвищення його афінітету зв'язування з антигенами HLA та/або підвищення його спроможності індукувати CTL без будь-якої загрози таких побічних ефектів. Незважаючи на те, що очікується, що пептиди, які мають високий афінітет зв'язування з антигенами HLA, як описано вище, є надзвичайно ефективними, пептидів-кандидатів, які вибрані згідно з наявністю високого афінітету зв'язування як індикатора, далі досліджують на присутність спроможності індукувати CTL. У цьому описі винаходу фраза "спроможність індукувати CTL" вказує на спроможність пептиду індукувати цитотоксичні Т-лімфоцити (CTL), коли вони представлені на антиген-презентуючих клітинах (АРС). Крім того, поняття "спроможність індукувати CTL" включає спроможність пептиду індукувати активацію CTL, проліферацію CTL, сприяти лізису клітин-мішеней за допомогою CTL та підвищувати виробництво CTL IFN-гамма. Підтвердження спроможності індукувати CTL виконується шляхом індукування АРС, які несуть антигени МНС людини (наприклад, В-лімфоцити, макрофаги та дендритні клітини (DC)), або більш специфічно DC, що походять від мононуклеарних лейкоцитів периферійної крові людини, та після стимуляції АРС пептидами, що випробовуються, змішування АРС з CD8позитивними Т-клітинами для індукування CTL, та наступного вимірювання IFN-гамма, виробленого та вивільненого CTL проти клітин-мішеней. Як реакційну систему можна застосовувати трансгенних тварин, яких отримали для експресії антигену HLA людини (наприклад, тварин, описаних у BenMohamed L, Krishnan R, Longmate J, Auge C, Low L, Primus J, Diamond DJ, Hum Immunol 2000, 61(8): 764-79, Related Articles, Books, Linkout Induction of CTL response by a minimal epitope vaccine in HLA-A*0201/DR1 transgenic mice: dependence on HLA class II restricted T(H) response). Альтернативно, клітини-мішені можна мітити радіоактивним 51 ізотопом Cr та йому подібним, та цитотоксичну активність CTL можна розрахувати з радіоактивності, вивільненої з клітин-мішеней. Альтернативно, спроможність індукувати CTL можна досліджувати шляхом вимірювання IFN-гамма, виробленого та вивільненого CTL у присутності АРС, які несуть іммобілізовані пептиди, а також шляхом візуалізації зони інгібування на середовищах із застосуванням моноклональних антитіл проти IFN-гамма. Внаслідок дослідження спроможності пептидів індукувати CTL, як описано вище, визначили, що нонапептиди або декапептиди, вибрані серед амінокислотних послідовностей, позначених SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27, 28, 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, демонстрували особливо високу спроможність індукувати CTL, а також високий афінітет зв’язування з антигеном HLA. Отже, ці пептиди є прикладами переважних варіантів здійснення цього винаходу. Крім того, аналізи гомології продемонстрували, що такі пептиди не мають суттєвої гомології з пептидами, що походять від інших відомих генних продуктів людини. Відповідно, ймовірність невідомих та небажаних імунних реакцій, виникаючих, коли їх застосовують для імунотерапії, зменшується. Отже, також виходячи з цього аспекту, ці пептиди знаходять використання для викликання імунітету проти TOРК у пацієнтів з раком. Отже, переважні приклади пептидів цього винаходу включають, проте не обмежуються ними, ті пептиди, що мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27, 28, 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, та одержані з них модифіковані пептиди. Як зазначається вище, пептиди цього винаходу мають спроможність індукувати CTL, специфічний до ТОРК. Наприклад, пептиди, що мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28, або одержані з них модифіковані пептиди мають спроможність індукувати CTL, який може демонструвати специфічну цитотоксичність проти клітини, яка презентує пептид, що походить від ТОРК, за допомогою HLA-A24 (наприклад, клітин, які експресують ТОРК та HLA-A24). Приклади таких клітин включають HLA-A24-позитивні ракові клітини. Подібно до цього, пептиди, що мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, або одержані з них модифіковані пептиди мають спроможність індукувати CTL, який може демонструвати специфічну цитотоксичність проти клітини, яка презентує пептид, що походить від ТОРК, за допомогою HLA-A2 (наприклад, клітин, які експресують ТОРК та HLA-A2). Приклади таких клітин включають HLA-A2-позитивні ракові клітини. Окрім вищеописаних модифікацій пептиди цього винаходу можуть також бути зшитими з іншими пептидами, доки отриманий зшитий пептид зберігає необхідну спроможність оригінального пептиду індукувати CTL та,більш переважно, також зберігає необхідну 15 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 спроможність зв’язуватися з HLA. Приклади придатних "інших" пептидів включають: пептиди цього винаходу або пептиди, які мають спроможність індукувати CTL та які походять від інших ТАА. Пептиди цього винаходу можна безпосередньо або опосередковано зшити з "іншим" пептидом за допомогою лінкера. Лінкери між пептидами є добре відомими у цій галузі, наприклад, AAY (P. M. Daftarian et al., J Trans Med 2007, 5:26), AAA, NKRK (R. P. M. Sutmuller et al., J Immunol. 2000, 165: 7308-7315) або K (S. Ota et al., Can Res. 62, 1471-1476, K. S. Kawamura et al., J Immunol. 2002, 168: 5709-5715). Наприклад, пептиди не-TOРК пухлинасоційованих антигенів можна також застосовувати послідовно або одночасно, щоб підвищити імунну реакцію через HLA класу І та/або HLA класу ІІ. Добре встановлено, що ракові клітини можуть експресувати більш ніж один пухлинасоційований ген. Отже, до обсягу здійснення звичайного експерименту звичайним фахівцем у цій галузі входить визначення того, чи експресує певний суб'єкт додаткові пухлинасоційовані гени, а потім включити пептиди, що зв'язуються з HLA класу І та/або HLA класу ІІ, які походять від таких генних продуктів, у фармацевтичні композиції або вакцини цього винаходу. Деякі пептиди, що зв'язуються з HLA класу І та HLA класу ІІ, є відомими для звичайних фахівців у цій галузі (наприклад, див. Coulie, Stem Cells 13:393-403, 1995), та їх можна застосовувати у цьому винаході за подібними способами, як описано у цьому описі винаходу. Таким чином, звичайний фахівець у даній галузі може легко отримати поліпептиди, які включають один або більше пептидів TOРК та один або більше пептидів не-TOРК, або нуклеїнові кислоти, що кодують такі поліпептиди, застосовуючи стандартні процедури молекулярної біології. Описані вище зшиті пептиди називаються у цьому описі винаходу "політопами", тобто це групи з двох або більше потенційно імуногенних пептидів або пептидів, що стимулюють імунну реакцію, які можна з'єднати разом у різних конфігураціях (наприклад, з'єднати ланцюгом, з'єднати з перекриванням). Політоп (або нуклеїнову кислоту, що кодує політоп) можна вводити за стандартним протоколом імунізації, наприклад, тваринам, для того, щоб випробувати ефективність політопу стосовно стимулювання, підсилення та/або викликання імунної реакції. Пептиди можна з'єднувати разом безпосередньо або завдяки застосуванню фланкуючих послідовностей, щоб утворити політопи, та застосування політопів як вакцин є добре відомим у цій галузі (див., наприклад, Thomson et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA 92(13):5845-5849, 1995; Gilbert et al., Nature Biotechnol. 15(12):1280-1284, 1997; Thomson et al., J Immunol. 157(2):822-826, 1996; Tarn et al., J Exp. Med. 171(l):299-306, 1990). Політопи, що містять різну кількість та різні комбінації епітопів, можна отримати та випробувати стосовно розпізнавання їх CTL та стосовно ефективності у підвищенні імунної реакції. Пептиди цього винаходу можна також зшивати з іншими речовинами, доки отриманий зшитий пептид зберігає необхідну спроможність оригінального пептиду індукувати CTL. Приклади підхожих речовин включають, наприклад, пептиди, ліпіди, цукор та цукрові ланцюги, ацетил-групи, природні та синтетичні полімери тощо. Пептиди можуть містити модифікації, такі як глікозилування, окиснення бічних ланцюгів або фосфорилування тощо, доки модифікації не руйнують біологічну активність оригінального пептиду. Ці типи модифікацій можна здійснювати для надання додаткових функцій (наприклад, функції потрапляння у мішень та функції доставки) або для того, щоб стабілізувати пептид. Наприклад, для того, щоб підвищити стабільність поліпептиду in vivo, у цій галузі відомо введення D-амінокислот, амінокислотних міметиків або неприродних амінокислот; цю концепцію можна також адаптувати для пептидів цього винаходу. Стабільність пептиду можна проаналізувати рядом способів. Наприклад, для того, щоб випробувати стабільність, можна застосовувати пептидази та різні біологічні середовища, такі як плазма або сироватка людини (дивись, наприклад, Verhoef et al., Eur J Drug Metab Pharmacokin 1986, 11: 291-302). Крім того, як вказано вище, серед модифікованих пептидів, у яких заміщені, видалені, вставлені або додані один, два або декілька амінокислотних залишків, ті пептиди, які мають таку саму або більш високу активність порівняно з оригінальними пептидами, можна піддати скринінгу або вибрати. Цим винаходом, отже, також пропонується спосіб скринінгу для вибору модифікованих пептидів, які мають таку саму або більш високу активність порівняно з оригінальними. Показовий спосіб може включати етапи: а: модифікування (тобто, заміщення, видалення, вставлення або додавання) принаймні одного амінокислотного залишку пептиду цього винаходу, b: визначення активності пептиду, та с: вибір пептиду, який має таку саму або більш високу активність порівняно з оригінальним. У переважних варіантах здійснення цим винаходом пропонується спосіб скринінгу для пептиду, що має спроможність індукувати CTL, який має специфічну цитотоксичність проти 16 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 клітини, яка презентує фрагмент, що походить від ТОРК, при цьому спосіб включає наступні етапи: (і) отримання послідовності-кандидата, що складається з амінокислотної послідовності, модифікованої шляхом заміщення, видалення, вставлення та/або додавання одного, двох або декількох амінокислотних залишків до оригінальної амінокислотної послідовності, де оригінальну амінокислотну послідовність вибирають з групи, що складається з SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27, 28, 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76; (іі) вибір послідовності-кандидата, що не має суттєвої серйозної гомології (або ідентичності послідовності) з пептидами, що походять з будь-яких відомих генних продуктів людини, відмінних від ТОРК; (ііі) контактування пептиду, що складається з послідовності-кандидата з етапу (іі), з антигенпрезентуючою клітиною; (iv) контактування антиген-презентуючої клітини з етапу (iii) з CD8-позитивною Т-клітиною; та (v) ідентифікування пептиду, у якого спроможність індукувати CTL є такою самою або більшою ніж у пептиду, який складається з оригінальної амінокислотної послідовності. У цьому описі винаходу активність, яку слід проаналізувати, може включати активність зв'язуватися з МНС, спроможність індукувати АРС або CTL та цитотоксичну активність. Переважно, активність пептиду, яку слід проаналізувати, - це спроможність індукувати CTL. III. Отримання пептидів ТОРК Пептиди цього винаходу можна отримати, застосовуючи добре відомі способи. Наприклад, пептиди можна отримати шляхом синтезу, за технологією рекомбінантної ДНК або шляхом хімічного синтезу. Пептиди цього винаходу можна синтезувати окремо або як довші поліпептиди, які включають два або більше пептидів. Пептиди можна потім виділити, тобто очистити або по суті відокремити від інших природно виникаючи білків клітин-хазяїнів або їх фрагментів, або від інших хімічних речовин. Пептиди цього винаходу можуть містити модифікації, такі як глікозилування, окиснення бічного ланцюга або фосфорилування, за умови, що такі модифікації не руйнують біологічну активність оригінального пептиду. Інші приклади модифікацій включають включення однієї або більше D-амінокислот або інших амінокислотних міметиків, які можна застосовувати, наприклад, для подовження періоду напівжиття пептидів у сироватці. Пептиди цього винаходу можна отримати за допомогою хімічного синтезу на основі вибраної амінокислотної послідовності. Приклади традиційних способів синтезу пептидів, які можна застосувати для цього синтезу, включають: (i) Peptide Synthesis, Interscience, New York, 1966; (ii) The Proteins, Vol. 2, Academic Press, New York, 1976; (iii) Peptide Synthesis (на японській мові), Maruzen Co., 1975; (iv) Basics and Experiment of Peptide Synthesis (на японській мові), Maruzen Co., 1985; (v) Development of Pharmaceuticals (second volume) (на японській мові), Vol. 14 (peptide synthesis), Hirokawa, 1991; (vi) WO99/67288; та (vii) Barany G. & Merrifield R.B., Peptides Vol. 2, "Solid Phase Peptide Synthesis", Academic Press, New York, 1980, 100-118. Альтернативно, пептиди цього винаходу можна отримати, адаптувавши будь-які відомі способи генної інженерії для отримання пептидів (наприклад, Morrison J, J Bacteriology 1977, 132: 349-51; Clark-Curtiss & Curtiss, Methods in Enzymology (eds. Wu et al.) 1983, 101: 347-62). Наприклад, по-перше, придатний вектор, який містить полінуклеотид, що кодує цільовий пептид у придатній для експресії формі (наприклад, праворуч від регуляторної послідовності, яка відповідає послідовності промотору), отримують та трансформують у придатній клітині-хазяїні. Клітину-хазяїна потім культивують з метою отримання пептиду, який представляє інтерес. Пептид можна також отримати in vitro, застосовуючи систему трансляції in vitro. IV. Полінуклеотиди: Цим винаходом також пропонуються полінуклеотиди, які кодують будь-які з вищезгаданих пептидів цього винаходу. Вони включають полінуклеотиди, які походять від природно виникаючого гена TOРК (наприклад, SEQ ID NO: 85 (GenBank Accession No. NM_018492)), та також полінуклеотиди, які мають їх консервативно модифіковані нуклеотидні послідовності. У цьому описі винаходу фраза "консервативно модифікована нуклеотидна послідовність" відноситься до послідовностей, які кодують ідентичні або по суті ідентичні амінокислотні послідовності. Внаслідок дегенерації генетичного коду велика кількість функціонально ідентичних нуклеїнових кислот кодує будь-який даний білок. Наприклад, усі кодони GCA, GCC, GCG та GCU кодують амінокислотний залишок аланін. Отже, на кожній позиції, де аланін 17 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 визначається кодоном, цей кодон можна перетворити на будь-який з відповідних описаних кодонів без зміни кодованого поліпептиду. Такі варіації нуклеїнових кислот є "мовчазними варіаціями", які є одним з видів консервативно модифікованих варіацій. Кожна нуклеїновокислотна послідовність у цьому описі винаходу, яка кодує пептид, також описує кожну можливу мовчазну варіацію нуклеїнової кислоти. Звичайний фахівець у цій галузі зрозуміє, що кожен кодон у нуклеїновій кислоті (за винятком AUG, який зазвичай є єдиним кодоном для метіоніну, та TGG, який зазвичай є єдиним кодоном для триптофану) можна модифікувати з метою отримання функціонально ідентичної молекули. Відповідно, кожна мовчазна варіація нуклеїнової кислоти, що кодує пептид, імпліцитно описана в кожній розкритій послідовності. Полінуклеотид цього винаходу може складатися з ДНК, РНК та їх похідних. Як добре відомо у цій галузі, ДНК придатним чином складається з основ, таких як A, T, C та G, при цьому Т заміщується U в РНК. Фахівець у цій галузі зрозуміє, що неприродно виникаючі основи можуть бути також включеними до полінуклеотидів. Полінуклеотиди цього винаходу можуть кодувати численні пептиди цього винаходу з проміжними амінокислотними послідовностями або без них. Наприклад, проміжна амінокислотна послідовність може забезпечити сайт розщеплення (наприклад, послідовність розпізнавання ферментом) полінуклеотиду або трансльованих пептидів. Крім того, полінуклеотид може включати будь-які додаткові послідовності до кодувальної послідовності, яка кодує пептид цього винаходу. Наприклад, полінуклеотид може бути рекомбінантним полінуклеотидом, який включає регуляторні послідовності, необхідні для експресії пептиду, або може бути вектором експресії (плазмідою) з маркерними генами або їм подібним. Взагалі, такі рекомбінантні полінуклеотиди можна отримати завдяки маніпуляції з полінуклеотидами за допомогою традиційних рекомбінантних способів, застосовуючи, наприклад, полімерази та ендонуклеази. Як рекомбінантні способи, так і способи хімічного синтезу можна застосовувати для отримання полінуклеотидів цього винаходу. Наприклад, полінуклеотид можна отримати шляхом вставки у відповідний вектор, який може експресуватися, коли трансфектується у компетентну клітину. Альтернативно, полінуклеотид можна ампліфікувати, застосовуючи способи ПЛР або експресію у придатних хазяїнах (див., наприклад, Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1989). Альтернативно, полінуклеотид можна синтезувати, застосовуючи твердофазні способи, як описано у Beaucage SL & Iyer RP, Tetrahedron 1992, 48: 2223-311; Matthes et al., EMBO J 1984, 3: 801-5. V. Екзосоми Цим винаходом далі пропонуються внутрішньоклітинні візикули, що називаються екзосомами, які презентують комплекси, утворені між пептидами цього винаходу та антигенами HLA, на їх поверхнях. Екзосоми можна отримати, наприклад, застосовуючи способи, докладно описані у опублікованій японській патентній заявці Kohyo Publications No. Hei 11-510507 та WO99/03499, та їх можна отримати, застосовуючи АРС, узятті від пацієнтів, яких піддають лікуванню та/або профілактиці. Екзосоми цього винаходу можна інокулювати як вакцини, подібно до пептидів цього винаходу. Тип антигенів HLA, включених в комплекси, має відповідати типу суб'єкта, якому необхідне лікування та/або профілактика. Наприклад, для представника японської національності достатньо домінуючими є HLA-A24 та HLA-A2, особливо HLA-A*2402, HLA-A*0201 та HLAA*0206, та, отже, вони будуть відповідними для лікування пацієнтів японської національності. Застосування типу HLA-A24, що надзвичайно експресується серед представників японської національності та представників білої європейської раси, є переважним для отримання ефективних результатів, та знаходять також застосування підтипи, такі як HLA-A*2402, HLAA*0201 та HLA-A*0206. Зазвичай, у клінічній практиці тип антигену HLA пацієнта, якому потрібне лікування, досліджується заздалегідь, що дозволяє зробити відповідний вибір пептидів, які мають високі рівні афінітету зв'язування з цим антигеном або які мають спроможність індукувати CTL внаслідок антиген-презентації. Крім того, для того, щоб отримати пептиди, які демонструють високий афінітет зв'язування та спроможність індукувати CTL, можна здійснювати заміщення, видалення, вставлення та/або додавання однієї, двох або декількох амінокислот на основі амінокислотної послідовності природно виникаючого часткового пептиду TOРК. Коли екзосоми цього винаходу мають тип HLA-A24 як антиген, тоді особливого застосування знаходять пептиди, які включають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40 (особливо SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28). Альтернативно, коли екзосоми цього винаходу мають тип HLA-A2 як антиген, тоді 18 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 особливого застосування знаходять пептиди, які включають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 42 до 84 (особливо SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76). У деяких варіантах здійснення екзосоми цього винаходу - це екзосоми, які презентують на своїй поверхні комплекс пептиду цього винаходу та антиген HLA-A24 або HLA-A2. У звичайних варіантах здійснення екзосоми цього винаходу презентують на своїй поверхні комплекс пептиду, який має амінокислотну послідовність SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 або 28, (або його модифікованого пептиду) та HLA-A24. В інших варіантах здійснення екзосома цього винаходу презентує на своїй поверхні комплекс пептиду, який має амінокислотну послідовність SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 або 76, (або його модифікованого пептиду) та HLA-A2. VI. Антиген-презентуючі клітини (АРС) Цим винаходом також пропонуються виділені антиген-презентуючі клітини (АРС), які презентують на їх поверхні комплекси, утворені між антигенами HLA та пептидами цього винаходу. АРС можуть походити від пацієнтів, які піддаються лікуванню та/або профілактиці, та їх можна вводити як вакцини самостійно або у комбінації з іншими ліками, включаючи пептиди, екзосоми або CTL цього винаходу. АРС не обмежуються певним типом клітин. Приклади АРС включають, проте не обмежуються тільки ними, дендритні клітини (DC), клітини Лангерганса, макрофаги, В-клітини та активовані Т-клітини, про які відомо, що вони презентують білковоподібні антигени на своїй клітинній поверхні, так що вони розпізнаються лімфоцитами. Оскільки дендритні клітини є прикладом АРС з найсильнішою серед АРС дією індукувати CTL, то DC можна переважно застосовувати як АРС цього винаходу. Наприклад, АРС цього винаходу можна отримати шляхом індукування DC з моноцитів периферійної крові з наступним піддаванням контактуванню (стимулюванню) їх з пептидами цього винаходу in vitro, ex vivo або in vivo. Коли пептиди цього винаходу вводяться суб'єктам, тоді АРС, які презентують пептиди цього винаходу, індукуються у тілі суб'єкта. У цьому описі винаходу фраза "індукування APC" включає контактування (стимулювання) антигенпрезентуючої клітини з пептидами цього винаходу або введення полінуклетиду, що кодує пептид цього винаходу, в антиген-презентуючу клітину, щоб отримати АРС, яка представляє комплекс, утворений між антигеном HLA та пептидом цього винаходу, на клітинній поверхні. Наприклад, АРС цього винаходу можна отримати шляхом узяття АРС від суб'єкта після введення одного або більше пептидів цього винаходу суб'єктові. Альтернативно, АРС цього винаходу можна отримати шляхом контактування АРС, узятих від суб'єкта, з пептидом цього винаходу. АРС цього винаходу можна вводити суб'єктові для індукування імунної реакції проти раку у цього суб'єкта самі по собі або у комбінації з іншими ліками, включаючи пептиди, екзосоми або CTL цього винаходу. Наприклад, введення ex vivo може включати етапи: а: узяття АРС у першого суб'єкта, b: контактування АРС з етапу (а) з пептидом, та с: введення АРС з етапу (b) другому суб'єктові. Перший суб'єкт та другий суб'єкт можуть бути одним й тим же суб'єктом або можуть бути різними суб'єктами. АРС, отримані на етапі (b), можуть вироблятися та вводитися як вакцина для лікування та/або профілактики різних видів раку, приклади яких включають, проте не обмежуються ними, рак сечового міхура, рак молочної залози, рак шийки матки, холангіоцелюлярний рак, CML, рак прямої та товстої кишки, рак стравоходу, рак шлунку, рак шлунку дифузного типу, NSCLC, лімфому, остеосаркому, рак яєчника, рак підшлункової залози, рак простати, SCLC, пухлину м’якої тканини та рак яєчка. В контексті цього винаходу можна використовувати один або більше пептидів цього винаходу для виробництва фармацевтичної композиції для індукування антиген-презентуючої клітини. У цьому описі винаходу пропонується спосіб або процес виробництва фармацевтичної композиції для індукування антиген-презентуючої клітини, та переважно він включає етап змішування пептиду винаходу з фармацевтично прийнятним носієм або введення його до складу. Цим винаходом також пропонується застосування пептиду цього винаходу для індукування антиген-презентуючої клітини. Згідно з аспектом цього винаходу АРС цього винаходу мають спроможність індукувати CTL. У контекстіАРС, фраза "спроможність індукувати CTL" позначає спроможність АРС індукувати CTL, коли вона контактує з CD8-позитивною Т-клітиною. Крім того, "спроможність індукувати CTL" включає спроможність АРС індукувати активацію CTL, проліферацію CTL, сприяти лізису 19 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 клітини-мішені за допомогою CTL та збільшувати виробництво IFN-гамма CTL. Зокрема, АРС цього винаходу мають спроможність індукувати CTL, специфічні до ТОРК. Такі АРС, які мають спроможність індукувати CTL, можна отримати за допомогою способу, який включає етап перенесення полінуклеотиду, який кодує пептид цього винаходу, до АРС in vitro, а також за допомогою способу, згаданого вище. Введені полінуклеотиди можуть бути у формі ДНК або РНК. Приклади способів введення включають, без особливих обмежень, різні способи, які традиційно здійснюються у цій галузі, такі як ліпофекція, електропорація та спосіб осадження з фосфатом кальцію. Детальніше, введення можна здійснювати так, як описано у Cancer Res 1996, 56: 5672-7; J Immunol 1998, 161: 5607-13; J Exp Med 1996, 184: 465-72; в опублікованому японському перекладі міжнародної публікації № 2000-509281. Внаслідок перенесення гена, що кодує пептид цього винаходу, до АРС ген піддається транскрипції, трансляції та тому подібному у клітині, а потім отриманий білок обробляється МНС класу І або класу ІІ, та вони проходять крізь каскад реакцій презентації, щоб презентувати пептиди цього винаходу. Альтернативно, АРС цього винаходу можна одержати за способом, який включає етап контактування АРС з пептидом цього винаходу. У деяких варіантах здійснення АРС цього винаходу - це АРС, які презентують комплекси антигену HLA-A24 або HLA-A2 та пептиду цього винаходу на своїй поверхні. У звичайних варіантах здійснення АРС цього винаходу презентує на своїй поверхні комплекс пептиду, який має амінокислотну послідовність SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 або 28, (або його модифікованого пептиду) та HLA-A24. В інших варіантах здійснення АРС цього винаходу презентує на своїй поверхні комплекс пептиду, який має амінокислотну послідовність SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 або 76, (або його модифікованого пептиду) та HLA-A2. VII. Цитотоксичні Т-лімфоцити (CTL) CTL, індукований проти будь-якого з пептидів цього винаходу, підсилює in vivo імунну реакцію, яка націлена на ракові клітини, та внаслідок цього його можна застосовувати як вакцину, подібно до пептидів самих по собі. Отже, цим винаходом пропонуються виділені CTL, які специфічно індукуються або активуються будь-яким з пептидів цього винаходу. Такі CTL можна отримати шляхом (1) введення пептиду (пептидів) цього винаходу суб'єктові, шляхом (2) контактування (стимулювання) похідних від суб'єкта АРС та CD8позитивних Т-клітин або мононуклеарних лейкоцитів периферійної крові in vitro з пептидом (пептидами) цього винаходу, шляхом (3) контактування CD8-позитивних Т-клітин або мононуклеарних лейкоцитів периферійної крові in vitro з АРС або екзосомами, які презентують комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу на їх поверхні, або шляхом (4) введення полінуклеотиду/полінуклеотидів, що кодують субодиниці рецептора Т-клітин (TCR), які можуть утворювати TCR, який має спроможність зв'язуватися з комплексом антигену HLA та пептиду цього винаходу на клітинній поверхні. Такі АРС або екзосоми для метода (3) можна отримати за допомогою способів, описаних вище. Деталі способу (4) докладно описано нижче у розділі "VIII. Рецептор Т-клітин (TCR)". CTL цього винаходу можуть походити від пацієнтів, яких піддають лікуванню та/або профілактиці, та їх можна вводити самих по собі або у комбінації з іншими ліками, які включають пептиди, АРС або екзосоми, з метою отримання регуляційних ефектів. Отримані CTL діють специфічно проти клітин-мішеней, які презентують пептиди цього винаходу, наприклад, такі самі пептиди, що застосовуються для індукції. Клітини-мішені можуть бути клітинами, які ендогенно експресують ТОРК, такими як ракові клітини, або клітинами, які трансфектуються геном ТОРК; а клітини, які презентують пептиди цього винаходу на клітинній поверхні внаслідок стимуляції пептидом, можуть також слугувати мішенями атаки активованих CTL. В деяких варіантах здійснення CTL цього винаходу можуть розпізнавати клітини, які презентують комплекси антигену HLA-A24 або HLA-A2 та пептиду цього винаходу на їх поверхні. У контексті CTL, фраза "розпізнають клітину" відноситься до зв'язування комплексу антигену HLA-A24 або HLA-A2 та пептиду цього винаходу на клітинній поверхні через їх TCR та до демонстрування специфічної цитотоксичної активності проти цієї клітини. У цьому описі фраза "специфічна цитотоксична активність" відноситься до демонстрування цитотоксичної активності проти клітини, що презентує комплекс антигену HLA-A24 або HLA-A2 та пептиду цього винаходу, але не проти інших клітин. Відповідно, CTL, які демонструють специфічну цитотоксичність проти клітини, яка презентує пептид цього винаходу, включені в цей винахід. У звичайних варіантах здійснення CTL цього винаходу здатен розпізнавати клітину, яка презентує пептид, що має амінокислотну послідовність SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 або 28, (або його модифікований пептид) за допомогою HLA-A24. У переважних варіантах здійснення такий CTL цього винаходу здатен розпізнавати клітину, яка експресує ТОРК та HLA-A24 (наприклад, HLAA24-позитивну ракову клітину). 20 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 В інших варіантах здійснення CTL цього винаходу здатен розпізнавати клітину, яка презентує пептид, що має амінокислотну послідовність SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 або 76, (або його модифікований пептид) за допомогою HLA-A2. У переважних варіантах здійснення такий CTL цього винаходу здатен розпізнавати клітину, яка експресує ТОРК та HLA-A2 (наприклад, HLA-A2-позитивну ракову клітину). VIII. Рецептор Т-клітин (TCR) Цим винаходом також пропонується композиція, яка містить один або більше полінуклеотидів, які кодують поліпептиди, які є спроможними утворювати субодиницю рецептора Т-клітин (TCR), та способи її застосування. Такі субодиниці TCR мають спроможність утворювати TCR, які надають специфічності Т-клітинам проти пухлинних клітин, які експресують TOРК. Застосовуючи відомі у цій галузі способи, можна ідентифікувати полінуклеотид, що кодує кожний з альфа- та бета-ланцюгів субодиниць TCR лімфоциту CTL, індукованого пептидами цього винаходу (WO2007/032255 і Morgan et al., J Immunol, 171, 3288 (2003)). Наприклад, спосіб ПЛР є переважним для аналізу TCR. Праймерами ПЛР для аналізу можуть бути, наприклад, 5'R праймери (5'-gtctaccaggcattcgcttcat-3') (SEQ ID NO: 87) як 5' бічний праймер, та 3-TRa-C праймери (5'-tcagctggaccacagccgcagcgt-3') (SEQ ID NO: 88), специфічні до С-ділянки альфа ланцюга TCR, 3-TRb-C1 праймери (5'-tcagaaatcctttctcttgac-3') (SEQ ID NO: 89), специфічні до С1ділянки бета ланцюга TCR, або 3-TRbeta-C2 праймери (5'-ctagcctctggaatcctttctctt-3') (SEQ ID NO: 90), специфічні до С2-ділянки бета ланцюга TCR, як 3' бічні праймери, проте вони не обмежуються ними. Похідні TCR можуть зв'язуватися з клітинами-мішенями, які презентують пептид TOРК, з високою авідністю, та вони довільно опосередковують ефективне вбивство клітин-мішеней, які презентують пептид TOРК цього винаходу in vivo та in vitro. Полінуклеотид/полінуклеотиди, що кодують субодиниці TCR (тобто полінуклеотид, що кодує обидві субодиниці TCR, або полінуклеотиди, що кодують кожну з субодиниць TCR), можуть бути включеними у придатні вектори, наприклад, ретровірусні вектори. Ці вектори є добре відомими у галузі. Полінуклеотиди або вектори, що їх включають, можна з користю перенести у Т-клітину (наприклад, у CD8-позитивну Т-клітину), наприклад, Т-клітину від пацієнта. Переважно, цим винаходом пропонується готова до негайного використання композиція, яка дозволяє швидко модифікувати власні Т-клітини пацієнта (або клітини іншого ссавця), щоб швидко і легко отримати модифіковані Т-клітини, які мають відмінні властивості вбивати ракові клітини. Специфічні TCR проти пептидів цього винаходу повинні бути спроможними специфічно розпізнавати комплекс пептиду цього винаходу та антигену HLA, надаючи Т-клітині специфічної активності проти клітини-мішені, яка презентує комплекс пептиду цього винаходу та антигену HLA, коли TCR єкспресується на поверхні Т-клітини. Необхідну активність можна підтвердити будь-якими відомими способами, що CTL, одержаний шляхом введення поліпептиду(ів), що кодує(ють) такі субодиниці TCR, можуть специфічно розпізнавати такі клітини-мішені. Переважні приклади таких методів включають, наприклад, тетрамерний аналіз із застосуванням молекул HLA та пептидів цього винаходу та імуноферментний спот-аналіз (ELISPOT). Виконуючи імуноферментний спот-аналіз, можна підтвердити, що CTL, одержані за способом, описаним вище, здатні специфічно розпізнавати клітини-мішені, та що сигнали, які генеруються таким розпізнаванням, можуть бути передані внутрішньоклітинно. Крім того, відомим способом можна підтвердити, що CTL, одержані за описаним вище методом, мають специфічну цитотоксичну активність проти клітин-мішеней. Приклади таких способів включають, наприклад, аналіз вивільнення хрому із використанням клітин, які експресують як антиген HLA-A24 або HLA-A2, так і TOРК. В одному аспекті цим винаходом пропонуються CTL, які отримують шляхом трансдукції полінуклеотидом/полінуклеотидами, які кодують поліпептиди субодиниць TCR (наприклад, полінуклеотид, що кодує обидві субодиниці TCR, або полінуклеотиди, що кодують кожну з субодиниць TCR), де TCR, утворений такими субодиницями TCR, може зв'язуватися з комплексом пептиду TOРК, який має амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40, та антигену HLA-A24 на клітинній поверхні, або може зв’язуватися з комплексом пептиду ТОРК, який має амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 42 до 84, та антигену HLA-A2 на клітинній поверхні. Трансдуковані CTL є спроможними надавати хомінг раковим клітинам in vivo, та їх можна розмножувати згідно з добре відомими способами культивування in vitro (наприклад, Kawakami et al., J Immunol., 142, 3452-3461 (1989)). CTL цього винаходу можна застосовувати для утворення імуногенної композиції, корисної як при лікуванні, так і при профілактиці раку у пацієнта, якому потрібне лікування або захист (див. WO2006/031221, змісти якої включено в цей опис шляхом посилання). IX. Фармацевтичні агенти або композиції 21 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Оскільки експресія TOРК специфічно підвищується при різних видах раку, приклади яких включають, проте не обмежуються тільки ними, AML, рак сечового міхура, рак молочної залози, рак шийки матки, холангіоцелюлярний рак, рак прямої та товстої кишки, рак шлунку дифузного типу, NSCLC, лімфому, остеосаркому, рак простати, рак нирки, SCLC та пухлину м’якої тканини, порівняно зі здоровою тканиною, то пептиди або полінуклеотиди цього винаходу можна застосовувати для індукування імунної реакції проти раку, що, у свою чергу, служить для лікування, та/або профілактики раку, та/або попередження метастазу, та/або попередження післяопераційного рецидиву раку. Отже, цим винаходом пропонуються фармацевтичні композиції або агенти, складені для лікування та/або профілактики раку та/або попередження післяопераційного рецидиву раку, при цьому такі композиції або агенти включають один або більше пептидів або полінуклеотидів цього винаходу як один або більше активних інгредієнтів. Альтернативно, пептиди цього винаходу можуть експресуватися на поверхні будь-яких вищезгаданих екзосом або клітин, таких як АРС, для застосування як фармацевтичних композицій або агентів. Крім того, вищезгадані CTL, які націлені на будь-який один з пептидів цього винаходу, можна також застосовувати як активний інгредієнт фармацевтичних композицій або агентів цього винаходу. Відповідно, цим винаходом пропонуються агенти або композиції, які включають принаймні один активний інгредієнт, вибраний серед: (а) одного або більше пептидів цього винаходу; (b) одного або більше полінуклеотидів, що кодують такий пептид цього винаходу, у придатній для експресії формі; (с) однієї або більше АРС або екзосом цього винаходу; та (d) одного або більше CTL цього винаходу. Фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу також знаходять застосування як вакцина. У контексті цього винаходу термін "вакцина" (також називається імуногенною композицією) означає агента або композицію, яка має функцію покращувати, підсилювати та/або індукувати протипухлинний імунітет після інокуляції у тварин. Іншими словами, цим винаходом пропонуються фармацевтичні агенти або композиції для індукування імунної реакції проти раку у суб’єкта. Фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу можна застосовувати для лікування та/або профілактики раку та/або попередження післяопераційного або метастатичного рецидиву раку у суб'єктів або пацієнтів. Приклади таких суб’єктів включають людей, а також інших ссавців, включаючи, проте не обмежуючись тільки ними, мишей, щурів, морських свинок, кролів, котів, собак, овець, козлів, свиней, велику рогату худобу, коней, мавп, павіанів та шимпанзе, особливо комерційно важливих тварин або домашніх тварин. У деяких варіантах здійснення фармацевтичні агенти або композиції цього винаходу можуть бути виготовлені для введення суб’єктові, антиген HLA якого - це HLA-A24 або HLA-A2. В іншому варіанті здійснення цим винаходом також пропонується застосування активного інгредієнта у виробництві фармацевтичної композиції або агента для лікування та/або профілактики раку або пухлини, та/або для попередження післяопераційного рецидиву раку, при цьому згаданий активний інгредієнт вибирають серед: (а) пептиду цього винаходу; (b) полінуклеотиду, що кодує такий пептид цього винаходу, у придатній для експресії формі; (с) АРС, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; (d) екзосоми, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; та (е) цитотоксичної Т-клітини цього винаходу. Альтернативно, цим винаходом далі пропонується активний інгредієнт для застосування для лікування та/або профілактики раку або пухлин, та/або для попередження післяопераційного рецидиву раку, при цьому згаданий активний інгредієнт вибирають серед: (а) пептиду цього винаходу; (b) полінуклеотиду, що кодує такий пептид цього винаходу, у придатній для експресії формі; (с) АРС, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; (d) екзосоми, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; та (е) цитотоксичної Т-клітини цього винаходу. Альтернативно, цим винаходом далі пропонується спосіб або процес виробництва фармацевтичної композиції або агента для лікування та/або профілактики раку або пухлини, та/або для попередження післяопераційного рецидиву раку, де спосіб або процес включає етап виготовлення складу з фармацевтично або фізіологічно прийнятного носія та активного інгредієнта, вибраного серед: (а) пептиду цього винаходу; 22 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 (b) полінуклеотиду, що кодує такий пептид цього винаходу, у придатній для експресії формі; (с) АРС, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; (d) екзосоми, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; та (е) цитотоксичної Т-клітини цього винаходу. В іншому варіанті здійснення цим винаходом також пропонується спосіб або процес виробництва фармацевтичної композиції або агента для лікування та/або профілактики раку або пухлини, та/або попередження післяопераційного рецидиву раку, де спосіб або процес включає етап змішування активного інгредієнта з фармацевтично або фізіологічно прийнятним носієм, де активний інгредієнт вибирають серед: (а) пептиду цього винаходу; (b) полінуклеотиду, що кодує такий пептид цього винаходу, у придатній для експресії формі; (с) АРС, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; (d) екзосоми, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; та (е) цитотоксичної Т-клітини цього винаходу. В іншому варіанті здійснення цим винаходом також пропонується спосіб лікування та/або профілактики раку або пухлини, та/або попередження післяопераційного рецидиву раку, де спосіб включає етап введення суб’єктові принаймні одного активного інгредієнта, вибраного серед: (а) пептиду цього винаходу; (b) полінуклеотиду, що кодує такий пептид цього винаходу, у придатній для експресії формі; (с) АРС, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; (d) екзосоми, що презентує на своїй поверхні пептид цього винаходу; та (е) цитотоксичної Т-клітини цього винаходу. Згідно з цим винаходом пептиди, що мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40, можуть бути HLA-A24-обмеженими епітопними пептидами. Серед цих пептидів пептиди, що мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28, можуть ефективно індукувати сильну та специфічну імунну реакцію проти раку, який експресує HLA-A24 та ТОРК у суб’єкта. Подібно до цього, пептиди, що мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 42 до 84, можуть бути HLA-A2-обмеженими епітопними пептидами. Серед цих пептидів пептиди, що мають амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, можуть ефективно індукувати сильну та специфічну імунну реакцію проти раку, що експресує HLA-A2 та ТОРК у суб’єкта. Отже, фармацевтичні композиції або агенти, які включають будь-які пептиди з амінокислотною послідовністю, вибраною серед SEQ ID NO: від 2 до 40 (особливо SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28), та їх модифіковані пептиди, є особливо придатними для введення суб’єктам, антиген HLA яких - це HLA-A24. Подібно до цього, фармацевтичні композиції або агенти, які включають будь-які пептиди з амінокислотною послідовністю, вибраною серед SEQ ID NO: від 42 до 84 (особливо SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76), та їх модифіковані пептиди, є особливо придатними для введення суб’єктам, антиген HLA яких - це HLA-A2. Таке саме застосовується до фармацевтичних композицій або агентів, які містять полінуклеотиди, що кодують будь-які з цих пептидів (тобто, полінуклеотиди цього винаходу). Види раку, які слід лікувати фармацевтичними композиціями або агентами цього винаходу, включають усі види раку, у яких бере участь ТОРК, проте не обмежуючись ними, AML, рак сечового міхура, рак молочної залози, рак шийки матки, холангіоцелюлярний рак, рак прямої та товстої кишки, рак шлунку дифузного типу, NSCLC, лімфому, остеосаркому, рак простати, рак нирки, SCLC та пухлину м’якої тканини. Фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу можуть містити окрім вищезгаданих активних інгредієнтів інші пептиди, що мають спроможність індукувати CTL проти ракових клітин,інші полінуклеотиди, які кодують інші пептиди, інші клітини, які презентують інші пептиди, та їм подібне. Приклади таких "інших" пептидів, які мають спроможність індукувати CTL проти ракових клітин, включають, але не обмежуються тільки ними, специфічні для раку антигени (наприклад, ідентифіковані ТАА). За необхідністю фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу можуть необов'язково містити інші терапевтичні речовини як додатковий активний інгредієнт, доки речовина не інгібує протипухлинний ефект активного інгредієнта, наприклад, будь-якого з пептидів цього винаходу. Наприклад, лікарські форми можуть включати протизапальні речовини, знеболювальні речовини, хіміотерапевтичні речовини та їм подібне. Окрім введення інших терапевтичних речовин у сам медикамент, медикаменти цього винаходу можна також вводити послідовно або одночасно з одним або декількома іншими фармакологічними композиціями. Кількість медикаменту та фармакологічної композиції залежить, наприклад, від типу фармакологічної 23 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 композиції (композицій), що застосовується, хвороби, яку лікують, та протоколу та способів введення. Фахівці у цій галузі легко зрозуміють, що, окрім інгредієнтів, які особливо згадуються у цьому описі винаходу, фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу можуть містити інші речовини, які є традиційними у цій галузі, враховуючи тип лікарської форми, що розглядається (наприклад, наповнювачі, зв'язувальні агенти, розріджувачі, ексципієнти тощо). В одному варіанті цього винаходу фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу можна упакувати в одиниці виробництва, наприклад набори, що містять матеріали, які є корисними для лікування патологічних станів хвороби, яку слід лікувати, наприклад, раку. Одиниця виробництва може включати контейнер з міткою з будь-якими фармацевтичними композиціями або агентами цього винаходу. Придатні контейнери включають пляшки, ампули та пробірки. Контейнери можна виготовити з різноманітних матеріалів, таких як скло або пластик. Мітка на контейнері має вказувати композицію або агент, який застосовується для лікування або попередження одного або більше станів хвороби. Мітка може також вказувати на способи введення тощо. Окрім контейнера, описаного вище, набір, який включає фармацевтичну композицію або агент цього винаходу, може необов'язково далі включати другий контейнер, який містить фармацевтично прийнятний розріджувач. Він може далі включати інші матеріали, що є бажаними з комерційної точки зору та з точки зору користувача, при цьому вони включають інші буфери, розріджувачі, фільтри, голки, шприци та листівку-вкладиш з інструкціями для застосування. Фармацевтичні композиції або агенти можуть, якщо бажано, знаходитися в упаковці або у пристрої з дозатором, що може містити одну або більше лікарських форм, які містять активний інгредієнт. Упаковка може, наприклад, включати металеву або пластикову плівку, наприклад блістерна упаковка. Упаковка або пристрій з дозатором можуть супроводжуватися інструкціями для введення. (1) Фармацевтичні агенти або композиції, що містять пептиди як активний інгредієнт. Пептиди цього винаходу можна вводити безпосередньо як фармацевтичну композицію або агент або, якщо необхідно, їх можна виготовляти за допомогою традиційних способів виготовлення лікарських форм. В останньому випадку, окрім пептидів цього винаходу, носії, ексципієнти та їм подібне, що зазвичай застосовується для ліків, можна включати як те, що є відповідним, без особливих обмежень. Приклади таких носіїв включають, проте не обмежуються ними, стерилізовану воду, фізіологічний сольовий розчин, фосфатний буфер, культуральну рідину та їм подібне. Крім того, фармацевтичні композиції або агенти можуть містити, якщо необхідно, стабілізатори, суспензії, консерванти, сурфактанти та їм подібне. Фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу можна застосовувати для протиракових цілей. Пептиди цього винаходу можна отримати у комбінації, яка складається з двох або більше пептидів цього винаходу, щоб індукувати CTL in vivo. Комбінація пептидів може бути у вигляді коктейлю, або їх можна зв'язати один з одним, застосовуючи стандартні способи. Наприклад, пептиди можна зшити хімічними способами, або їх можна експресувати як послідовність єдиного злитого поліпептиду. Пептиди у комбінації можуть бути однаковими або різними. Внаслідок введення пептидів цього винаходу пептиди презентуються на АРС з високою щільністю антигенами HLA, потім індукуються CTL, які специфічно реагують у напрямку комплексу, утвореного між виявленим пептидом та антигеном HLA. Альтернативно, АРС (наприклад, DC) беруться у суб'єктів, а потім їх стимулюють пептидами цього винаходу для отримання АРС, які презентують будь-який з пептидів цього винаходу на їх клітинній поверхні. Ці АРС знов вводяться суб'єктам з метою індукування CTL у суб'єктів, внаслідок чого можна збільшити агресивність стосовно пухлинасоційованого ендотелію. Фармацевтичні композиції або агенти для лікування та/або профілактики раку, які містять будь-який пептид цього винаходу як активний інгредієнт, можуть також містити ад'ювант, про який відомо, що він ефективно запроваджує клітинний імунітет. Альтернативно, фармацевтичні композиції або агенти можна вводити з іншими активними інгредієнтами та вони можуть бути введені у такій лікарській формі як гранули. Ад'ювант означає сполуку, яка підсилює імунну реакцію проти білка, коли його вводять разом (або послідовно) з білком, який має імунологічну активність. Ад'юванти, передбачені у цьому описі, включають ті ад'юванти, які описані у літературі (Clin Microbiol Rev 1994, 7: 277-89). Приклади підхожих ад'ювантів включають, проте не обмежуються ними, фосфат алюмінію, гідроксид алюмінію, галун, токсин холери, токсин сальмонели, неповний ад'ювант Фрейнда (IFA), повний ад'ювант Фрейнда (CFA), ISCOMatrix, GM-CSF, CpG, емульсію типу "масло-у-воді" та їм подібне. 24 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Крім того, можна традиційно застосовувати ліпосомні лікарські форми, гранулярні лікарські форми, у яких пептид зв'язаний з гранулами діаметром декілька мікрометрів, та лікарські форми, у яких ліпід зв'язаний з пептидом. В іншому варіанті здійснення цього винаходу пептиди цього винаходу можна також вводити у формі фармацевтично прийнятної солі. Приклади переважних солей включають солі з лужним металом, солі з металом, солі з органічною основою, солі з органічною кислотою (наприклад, оцтовою кислотою, мурашиною кислотою, пропіоновою кислотою, фумаровою кислотою, малеїновою кислотою, бурштиновою кислотою, винною кислотою, лимонною кислотою, яблучною кислотою, щавлевою кислотою, бензойною кислотою, метансульфоновою кислотою тощо) та солі з неорганічною кислотою (наприклад, хлористоводневою кислотою, фосфорною кислотою, бромистоводневою кислотою, сірчаною кислотою тощо). Як використовується у цьому описі винаходу, фраза "фармацевтично прийнятна сіль" означає ті солі, які зберігають біологічну ефективність і властивості сполуки і які одержують реакцією з неорганічними кислотами або основами, такими як хлористоводнева кислота, бромистоводнева кислота, сірчана кислота, азотна кислота, фосфорна кислота, метансульфонова кислота, етансульфонова кислота, п-толуолсульфонова кислота, саліцилова кислота та їм подібні. У деяких варіантах здійснення фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу можуть також містити компонент, який застосовує CTL. Ліпіди ідентифікували як речовини, спроможні застосовувати CTL in vivo проти вірусних антигенів. Наприклад, залишки пальмітинової кислоти можна приєднати до епсилон- та альфа-аміногруп залишку лізину, а потім зшити з пептидом цього винаходу. Ліпідований пептид можна потім вводити або безпосередньо у міцелі або частинці, включеній в ліпосому, або емульсованим в ад'юванті. Як інший приклад застосовування реакцій CTL ліпідом, ліпопротеїни E. Coli, такі як трипальмітоїл-Sгліцерилцистеїніл-серил-серин (P3CSS), можна застосовувати для застосовування CTL, коли він ковалентно приєднаний до відповідного пептиду (див., наприклад, Deres et al., Nature 1989, 342: 561-4). Приклади підхожих способів введення включають, але необов'язково обмежуються тільки ними, пероральний спосіб, інтрадермальну, підшкірну, внутрішньом'язову, внутрішньокісткову, перитонеальну та внутрівенну ін'єкцію або їм подібне, та введення може бути системним або місцевим біля ділянок-мішеней (тобто, пряма ін’єкція). Введення можна здійснювати шляхом єдиного введення або шляхом вторинних множинних введень. Дозу пептидів цього винаходу можна привести у відповідність до хвороби, яку слід лікувати, віку пацієнта, маси, способу введення та їм подібного, та вона зазвичай становить від 0,001 мг до 1000 мг, наприклад, від 0,01 мг до 100 мг, наприклад, від 0,1 мг до 10 мг, наприклад, від 0,5 мг до 5 мг, та її можна вводити один раз на період від декілька днів до декілька місяців. Фахівець у цій галузі може відповідним чином вибрати придатні та оптимальні дози. (2) Фармацевтичні агенти або композиції, що містять полінуклеотиди як активний інгредієнт Фармацевтичні композиції або агенти цього винаходу можуть також містити нуклеїнові кислоти, які кодують пептиди цього винаходу у здатній до експресії формі. У цьому описі винаходу фраза "у здатній для експресії формі" означає, що полінуклеотид, коли вводиться у клітину, буде експресуватися in vivo як поліпептид, який індукує протипухлинний імунітет. У прикладі варіанту здійснення послідовність нуклеїнової кислоти полінуклеотиду, що представляє інтерес, включає регуляторні елементи, які є необхідними для експресії полінуклеотиду. Полінуклеотид(и) може(уть) бути обладнаним(и) так, щоб здійснити стійку вставку в геном клітини-мішені (див., наприклад, Thomas KR & Capecchi MR, Cell 1987, 51: 50312 стосовно опису гомологічних рекомбінантних касетних векторів. Дивись, наприклад, Wolff et al., Science 1990, 247: 1465-8; патенти США № 5,580,859; 5,589,466; 5,804,566; 5,739,118; 5,736,524; 5,679,647 та WO 98/04720. Приклади способів доставки на основі ДНК включають "оголену ДНК", полегшену (опосередковану бупівакаїном, полімерами, пептидом) доставку, катіонні ліпідні комплекси та опосередковану частинками ("генна гармата") або опосередковану тиском доставку (дивись, наприклад, патент США № 5,922,687). Пептиди цього винаходу можуть також експресуватися вірусними або бактеріальними векторами. Приклади векторів експресії включають ослаблених вірусних хазяїнів, таких як коров'яча віспа або віспа домашніх птахів. Такий підхід залучає застосування вірусу коров'ячої віспи, наприклад, як вектора для експресії нуклеотидних послідовностей, які кодують пептид. Після введення у хазяїна рекомбінантний вірус коров'ячої віспи експресує імуногенний пептид та тим самим викликає імунну реакцію. Вектори коров'ячої віспи та способи, корисні для здійснення протоколів імунізації, описано у, наприклад, патенті США № 4,722,848. Інший вектор - це BCG (бацила Кальмета-Герена). Вектори BCG описано у Stover et al., Nature 1991, 351: 45660. Очевидним буде широке різноманіття інших векторів, що є корисними для терапевтичного 25 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 введення або імунізації, наприклад, вектори адено- та адено-асоційованих вірусів, ретровірусні вектори, вектори сальмонели тифі (Salmonella typhi), детоксифіковані вектори сибірської виразки та їм подібне. Див., наприклад, Shata et al., Mol Med Today 2000, 6: 66-71; Shedlock et al., J Leukoc Biol 2000, 68: 793-806; Hipp et al., In Vivo 2000, 14: 571-85. Доставка полінуклеотиду пацієнтові може бути або безпосередньою, у випадку якої пацієнт безпосередньо піддається впливу вектора, що несе полінуклеотид, або непрямою, у випадку якої клітини спочатку трансформуються in vitro полінуклеотидом, що представляє інтерес, а потім клітини трансплантуються пацієнтові. Ці два підходи називаються, відповідно, генною терапією in vivo та ex vivo. Для загального огляду способів генної терапії див. Goldspiel et al., Clinical Pharmacy 1993, 12: 488-505; Wu and Wu, Biotherapy 1991, 3: 87-95; Tolstoshev, Ann Rev Pharmacol Toxicol 1993, 33: 573-96; Mulligan, Science 1993, 260: 926-32; Morgan & Anderson, Ann Rev Biochem 1993, 62: 191-217; Trends in Biotechnology 1993, 11(5): 155-215). Способи, які є загально відомими у галузі технології рекомбінантної ДНК та які можна застосовувати до цього винаходу, описані Ausubel зі співавторами в Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY, 1993; та Krieger в Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, Stockton Press, NY, 1990. Подібно до введення пептидів, введення полінуклеотидів може бути здійснене пероральним способом, інтрадермальною, підшкірною, внутрівенною, внутрішньом'язовою, внутрішньокістковою та/або перитонеальною ін'єкцією або їм подібним та системним введенням або місцевим введенням біля ділянок-мішеней. Введення можна здійснювати шляхом єдиного введення або шляхом вторинних множинних введень. Дозу полінуклеотиду у придатному носії або клітинах, трансформованих полінуклеотидом, що кодує пептиди цього винаходу, можна привести у відповідність до хвороби, яку слід лікувати, віку пацієнта, маси, способу введення та їм подібного, та вона зазвичай становить від 0,001 мг до 1000 мг, наприклад, від 0,01 мг до 100 мг, наприклад, від 0,1 мг до 10 мг, наприклад, від 0,5 мг до 5 мг, та її можна вводити один раз на період від декілька днів до декілька місяців. Фахівець у цій галузі може відповідним чином визначити придатні та оптимальні дози. X. Способи застосування пептидів, полінуклеотиду, екзосом, АРС та CTL Пептиди та полінуклеотиди цього винаходу можна застосовувати для отримання або індукування АРС та CTL. Екзосоми та АРС цього винаходу можна також застосовувати для приготування та індукування CTL. Пептиди, полінуклеотиди, екзосоми та АРС можна застосовувати у комбінації з будь-якими іншими сполуками, доки додаткові сполуки не інгібують їхню спроможність індукувати CTL. Отже, будь-які з вищезгаданих фармацевтичних композицій або агентів цього винаходу можна застосовувати для отримання або індукування CTL. Окрім цього, ті агенти або композиції, які містять пептиди та полінуклеотиди, можна також застосовувати для отримання або індукування АРС, як пояснюється далі. (1) Спосіб індукування антиген-презентуючих клітин (АРС) Цим винаходом пропонуються способи індукування АРС з високою спроможністю індукувати CTL внаслідок застосування пептидів або полінуклеотидів цього винаходу. Способи цього винаходу включають етап контактування АРС з пептидами цього винаходу in vitro, ex vivo або in vivo. Наприклад, спосіб індукування АРС ex vivo може включати етапи: а: узяття АРС у суб'єкта; та b: контактування АРС з етапу (а) з пептидом цього винаходу. АРС не обмежуються певним типом клітин. Приклади АРС включають, але не обмежуються тільки ними, DC, клітини Лангерганса, макрофаги, В-клітини та активовані Т-клітини, про які відомо, що вони презентують білкові антигени на своїй клітинній поверхні, так що вони розпізнаються лімфоцитами. Переважно, можна застосовувати DC, оскільки вони мають найсильнішу серед АРС спроможність індукувати CTL. Будь-який з пептидів цього винаходу можна застосовувати самостійно або в комбінації з іншими пептидами цього винаходу або пептидами, які індукують CTL та походять з ТАА, відмінних від ТОРК. З іншого боку, коли пептиди цього винаходу вводяться суб'єктові, тоді АРС вступають у контакт з пептидами in vivo, та отже, АРС зі спроможністю індукувати CTL індукуються у тілі суб'єкта. Отже, спосіб цього винаходу може включати введення пептидів цього винаходу суб'єктові, щоб індукувати АРС зі спроможністю індукувати CTL у тілі суб’єкта. Подібно до цього, коли полінуклеотиди цього винаходу вводяться суб'єктові у придатній для експресії формі, тоді пептиди цього винаходу експресуються та контактують з АРС in vivo, та отже, АРС зі спроможністю індукувати CTL індукуються у тілі суб'єкта. Отже, спосіб цього винаходу може включати етап введення полінуклеотидів цього винаходу суб'єктові, щоб індукувати АРС зі спроможністю індукувати CTL у тілі суб’єкта. Фраза "придатна для експресії форма" описується вище у розділі "IX. Фармацевтичні агенти або композиції, (2) Фармацевтичні агенти або 26 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 композиції, що містять полінуклеотиди як активний інгредієнт". Альтернативно, способи цього винаходу можуть включати етап введення полінуклеотиду, що кодує пептид цього винаходу, в АРС з метою індукувати АРС зі спроможністю індукування CTL. Наприклад, спосіб включає етапи: а: узяття АРС у суб'єкта; та b: введення полінуклеотиду, що кодує пептид цього винаходу, в АРС з етапу "а". Етап "b" можна здійснювати так, як описано вище у розділі "VI. Антиген-презентуючі клітини". Альтернативно, способи цього винаходу можуть включати етап отримання антигенпрезентуючої клітини (АРС), яка специфічно індукує активність CTL проти TOРК, при цьому спосіб включає один з наступних етапів: (а) контактування АРС з пептидом цього винаходу in vitro, ex vivo або in vivo; та (b) введення полінуклеотиду, що кодує пептид цього винаходу, в АРС. Альтернативно, способи цього винаходу можуть служити для індукування АРС, яка має спроможність індукувати CTL, причому способи включають етап, вибраний серед: (а) контактування АРС з пептидом цього винаходу, (b) введення полінуклеотиду, що кодує пептид цього винаходу, в АРС. У переважному варіанті здійснення цим винаходом пропонується спосіб індукування або отримання АРС, яка має спроможність індукувати CTL, при цьому такий спосіб включає один з наступних етапів: (а) контактування АРС, що експресує HLA-A2, з пептидом, який має амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40 (особливо SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28), або його модифікованим пептидом in vitro, ex vivo або in vivo; та (b) введення полінуклеотиду, що кодує пептид, який має амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 2 до 40 (особливо SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28), або його модифікований пептид, в АРС, яка експресує HLA-A2. АРС, індуковані вищеописаним способом, презентують на своїй поверхні такі пептиди за допомогою HLA-A24 та можуть індукувати CTL, які мають специфічну цитотоксичну активність проти клітин, що експресують HLA-A24 та TOPK. В іншому варіанті здійснення цим способом пропонується спосіб індукування або отримання АРС, які мають спроможність індукувати CTL, при цьому такий спосіб включає один з наступних етапів: (а) контактування АРС, що експресує HLA-A2, з пептидом, який має амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 42 до 84 (особливо SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76), або його модифікованим пептидом in vitro, ex vivo або in vivo; та (b) введення полінуклеотиду, що кодує пептид, який має амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: від 42 до 84 (особливо SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76), або його модифікований пептид, в АРС, що експресує HLA-A2. АРС, індуковані вищеописаним способом, презентують на своїй поверхні такі пептиди за допомогою HLA-A2 та здатні індукувати CTL, які мають специфічну цитотоксичну активність проти клітин, що експресують HLA-A2 та TOPK. Способи цього винаходу можна здійснювати in vitro, ex vivo або in vivo. Переважно, способи цього винаходу можна здійснювати in vitro або ex vivo. АРС, використовувані для індукування АРС, які мають спроможність індукувати CTL, можуть переважно бути АРС, які експресують антиген HLA-A24 або HLA-A2. Такі АРС можна отримати за способами, добре відомими у цій галузі, з мононуклеарних клітин периферійної крові (РВМС), узятих у суб’єкта, антиген HLA якого - це HLA-A24 або HLA-A2. АРС, індуковані за способом цього винаходу, можуть бути АРС, які презентують на своїй поверхні комплекс пептиду цього винаходу та антигену HLA (антигену HLA-A24 або HLA-A2). Коли АРС, індуковані за способом цього винаходу, вводяться суб’єктові з метою індукувати імунні реакції проти раку у суб’єкта, тоді суб’єкт є переважно тим самим суб’єктом, від якого походять АРС. Проте, суб’єкт може бути відмінним від донора АРС, доки суб’єкт має однаковий тип HLA з донором АРС. В іншому варіанті здійснення цим винаходом пропонуються агенти або композиції для застосування в індукуванні APC, що має спроможність індукувати CTL, і такі агенти або композиції включають один або більше пептидів або полінуклеотидів цього винаходу. В іншому варіанті здійснення цим винаходом пропонується застосування пептиду цього винаходу або полінуклеотиду, що кодує пептид, у виробництві агента або композиції, складеної для індукування APC. Альтернативно, цим винаходом далі пропонується пептид цього винаходу або поліпептид, що кодує цей пептид, для застосування в індукуванні APC, що мають спроможність індукувати 27 UA 114298 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 CTL. (2) Спосіб індукування CTL Цим винаходом також пропонуються способи індукування CTL із застосуванням пептидів, полінуклеотидів, екзосом або АРС цього винаходу. Цим винаходом також пропонуються способи індукування CTL із застосуванням полінуклеотиду/полінуклеотидів, що кодують поліпептиди (тобто, субодиниці TCR), які є спроможними утворювати рецептор Т-клітини (TCR), який є здатним розпізнавати комплекс пептиду цього винаходу та антигену HLA. Переважно, способи індукування CTL включають принаймні один етап, який вибирається серед: a) контактування CD8-позитивної Т-клітини з антиген-презентуючою клітиною, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу; b) контактування CD8-позитивної Т-клітини з екзосомою, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу; та с) введення полінуклеотиду/полінуклеотидів, що кодують поліпептиди, які є спроможними утворювати TCR, який є спроможним розпізнавати комплекс пептиду цього винаходу та антигену HLA, у CD8-позитивну Т-клітину. Коли пептиди, полінуклеотиди, АРС або екзосоми цього винаходу вводяться суб'єктові, тоді індукуються CTL у тілі суб'єкта та збільшується сила імунної реакції, що націлена на ракові клітини, які експресують ТОРК. Отже, замість вищевказаного етапу, способи цього винаходу можуть включати етап введення пептидів, полінуклеотидів, АРС або екзосом цього винаходу суб'єктові. Альтернативно, CTL можна також індукувати, застосовуючи їх ex vivo або in vivo, та після індукування CTL активовані CTL можна повернути суб'єктові. Наприклад, спосіб може включати етапи: а: узяття АРС у суб'єкта; b: контактування АРС з етапу "а" з пептидом цього винаходу; та с: спільне культивування АРС з етапу "b" з CD8-позитивними Т-клітинами. АРС, які слід культивувати разом з CD8-позитивними Т-клітинами на вищевказаному етапі "с", можна також отримати шляхом перенесення полінуклеотиду цього винаходу, в АРС, як описано вище у розділі "VI. Антиген-презентуючі клітини", проте цей винахід не обмежується цим, та він охоплює будь-які АРС, які ефективно презентують на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу. Замість вищезгаданих АРС можна не обов’язково застосовувати екзосому, яка презентує на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу. А саме, цей винахід може включати етап спільного культивування екзосом, які презентують на своїй поверхні комплекс антигену HLA та пептиду цього винаходу. Такі екзосоми можна отримати за способами, описаними вище у розділі "V. Екзосоми". Придатні АРС та екзосоми для способу цього винаходу презентують на своїй поверхні комплекс пептиду цього винаходу та HLA-A24 або HLA-A2. Наприклад, АРС або екзосому, які презентують на своїй поверхні комплекс HLA-A24 та пептиду, що має амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: 2, 3, 6, 27 та 28, (або його модифікованого пептиду, можна з перевагою застосовувати для індукування CTL, який має специфічну цитотоксичну активність проти клітини, яка експресує HLA-A24 та TOPK. Подібно до цього, АРС або екзосому, які презентують на своїй поверхні комплекс HLA-A2 та пептиду, що має амінокислотну послідовність, вибрану серед SEQ ID NO: 42, 45, 47, 50, 51, 53, 54, 62, 63, 64, 66, 71, 72 та 76, (або його модифікованого пептиду), можна з перевагою застосовувати для індукування CTL, який має специфічну цитотоксичну активність проти клітини, яка експресує HLA-A2 та TOPK. Крім того, CTL цього винаходу можна індукувати шляхом введення у CD8-позитивну Тклітину полінуклеотиду/полінуклеотидів, що кодують субодиниці TCR, при цьому TCR, утворений такими субодиницями TCR, є спроможним зв'язуватися з комплексом антигену HLA та пептиду цього винаходу на клітинній поверхні. Таку трансдукцію можна виконати, як описано вище у розділі "VIII. Рецептор Т-клітин (TCR)". Способи цього винаходу можна здійснювати in vitro, ex vivo або in vivo. Переважно, способи цього винаходу можна здійснювати in vitro або ex vivo. CD8-позитивні Т-клітини, що застосовуються для індукування CTL, можна отримати за добре відомими у цій галузі способами від РВМС, узятих у суб’єкта. У переважних варіантах здійснення донор CD8позитивних Т-клітин може бути суб’єктом, антиген HLA якого - це HLA-A24 або HLA-A2. CTL, індуковані за способами цього винаходу, можуть бути CTL, які розпізнають клітини, які презентують на своїй поверхні комплекс пептиду цього винаходу та антигену HLA. Такі CTL можуть демонструвати специфічну цитотоксичну активність проти клітин, які презентують на 28
ДивитисяДодаткова інформація
Назва патенту англійськоюTork peptides and vaccines including the same
Автори англійськоюNakamura, Yusuke, Tsunoda, Takuya, Osawa, Ryuji, Yoshimura, Sachiko, Watanabe, Tomohisa, Nakayama, Gaku
Автори російськоюНакамура Юсуке, Цунода Такуя, Осава Рюдзи, Йосимура Сатико, Ватанабэ Томохиса, Накаяма Гаку
МПК / Мітки
МПК: G01N 33/574, A61K 48/00, C07K 7/00, C12N 15/09, A61K 38/03, C12N 5/10, C07K 16/18
Мітки: вакцина, пептид, містить, торк
Код посилання
<a href="https://ua.patents.su/81-114298-peptid-tork-ta-vakcina-shho-jjogo-mistit.html" target="_blank" rel="follow" title="База патентів України">Пептид торк та вакцина, що його містить</a>
Попередній патент: Сполуки анілінового типу
Наступний патент: Хітоолігосахариди та способи застосування при стимулюванні росту рослин
Випадковий патент: Стрічка конвейєрна