Композиції нyr1-похідних і способи лікування ними

Реферат: Винахід пропонує виділені поліпептиди Нуr1. Винахід також пропонує вакцини і антитіла для лікування або профілактики кандидозу або інфекцій Acinetobacter або і того, й іншого. UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 Заявлений винахід було здійснено за підтримки уряду щодо грантів Міністерства охорони здоров'я та соціальних послуг R01 AI19990, R01 AI063382, R01 AI063503, R03 AI083251 і R21 AI082414. Уряд США має певні права на даний винахід. ОБЛАСТЬ ТЕХНІКИ Даний винахід відноситься загалом до композицій і способів виявлення, лікування та профілактики інфекційних захворювань у пацієнта. ПЕРЕДУМОВИ ДЛЯ СТВОРЕННЯ ВИНАХОДИ Вид Candida, третя найбільш поширена причина інфекцій крові, пов'язаних з охороною здоров'я, призводить приблизно до 60 000 випадків кандидозу, що поширюється в крові, на рік в США, викликаючи багатомільярдні витрати на охорону здоров'я. Незважаючи на поточний стан протигрибкової терапії, смертність залишається неприйнятно високою. Через зростаючу частоту загрози життю кандидозу та високої частоти невдалого лікування необхідні більш ефективні стратегії профілактики та терапії. Основним захисним механізмом організму проти поширюваного кандидозу є імунологічне фагоцитарне знищення. Тільки фагоцитарні клітини здатні безпосередньо знищувати Candida in vitro. Крім цього, протягом 30 хвилин після внутрішньовенної інокуляції Candida у мишей, кроликів, собак або людей дріжджі зберігаються в ретикулоендотеліальній системі, особливо в печінці. Печінка, багата макрофагами Купфера, здатна очистити 99,9 % дріжджів в портальній системі за один прогін, підкреслюючи ефективність фагоцитарних захисних механізмів проти грибка. Отже, стійкість C. albicans до фагоцитарного знищення є важливою вірулентною функцією організму. Білки, прикріплені до глікозилфосфатідилинозитолу (ГФІ) поверхні клітин знаходяться на критичній поверхні контакту між патогенним мікроорганізмом і імунною системою, що робить ці білки ймовірними учасниками взаємодії між імунною системою і патогенним мікроорганізмом. Ідентифікація ефекторів в регуляторних шляхах організму, які сприяють вірулентності, дає можливість для терапевтичного втручання за допомогою способів або композицій, які краще за якістю ніж сучасні протигрибкові речовини. Ідентифікація білків клітинних поверхонь або гіфальних білків, які негативно впливають на регуляторний шлях, залучений в вірулентність, є особливо перспективною, оскільки визначення характеристик білка дозволяє застосувати імунотерапевтичні способи, які, ймовірно, краще за якістю або діють спільно з існуючими протигрибковими засобами в боротьбі з кандидозною інфекцією. Вірулентність C. albicans регулюється кількома передбачуваними факторами вірулентності, з яких адгезія до складових організму-носія і здатність трансформуватися з дріжджів в гіфи є одними з найбільш критичних при визначенні патогенності. Хоча існують сильні протигрибкові засоби, які є бактерицидними для Candida, смертність, яка відноситься на рахунок кандидемії, становить приблизно 38 %, навіть при лікуванні сильними протигрибковими засобами, такими як амфотерицин B. Крім того, існуючі засоби, такі як амфотерицин B, мають тенденцію до прояву небажаної токсичності. Хоча можуть бути розроблені додаткові протигрибкові засоби, які менш токсичні ніж амфотерицин B, малоймовірно, що будуть розроблені засоби, які сильніші. Тому пасивна або активна імунотерапія для лікування або профілактики поширюваного кандидозу є перспективною альтернативою стандартної протигрибкової терапії. Летальні інфекції стійких до антибіотиків патогенних бактерій, як і інфекції, що викликаються Candida, стають все більш частими. Більше того, ризик зараження цими летальними інфекціями надмірно високий для багатьох пацієнтів, схильних до нього, які щорічно перебувають у відділеннях інтенсивної терапії, а також для солдатів, що знаходяться на передній лінії зон бойових дій. Види Acinetobacter часто є джерелом інфекції для госпіталізованих пацієнтів і солдатів, зокрема вид Acinetobacter baumannii. Acinetobacter є родом грамнегативних бактерій, що належать до гаммапротеобактерій. Види Acinetobacter сприяють мінералізації ароматичних сполук у грунті. На жаль в даний час не існує технології, яка перешкоджає інфекціям, що викликаються Acinetobacter, крім стандартного миття рук та інших способів уникнути інфекції в лікарняній обстановці. Активна і пасивна імунізація пацієнтів проти стійких до антибіотиків патогенних бактерій є зручним і потенційно економічним способом спроби боротьби з цими інфекціями. Однак виявлення і розробка ефективних антигенних мішеней для здійснення пасивної та активної імунізації проти бактерій в загальному становить серйозну трудність внаслідок величезного масиву видів бактерій. Виявлення сполук, які впливають на вірулентність конкретних сімейств або родів бактерій, дає можливість розробляти нові терапевтичні втручання. Зокрема, розпізнавання повсюдних білків клітинних поверхонь, які присутні на сімействах або родах бактерій, які можуть бути ідентифіковані імунною системою людини, дозволять розробити 1 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 способи імунотерапії. Ці способи ймовірно будуть кращими ніж антибіотики і будуть діяти спільно з останніми для профілактики або лікування бактеріальних інфекцій. Відповідно, існує потреба у з'єднаннях і способах, які знижують ризик інфекційних захворювань, пов'язаних з Candidia, і бактеріальних інфекцій і забезпечують ефективну терапію. Справжній винахід задовольняє цю потребу і пропонує пов'язані з цим переваги. РОЗКРИТТЯ ВИНАХОДУ Було встановлено, що фрагменти білка Hyr1 поверхонь клітин Candida допомагають імунізувати пацієнта від інфекцій Candida. Також було встановлено, що білок Hyr1 також бореться з інфекціями Acinetobacter. Відповідно, в першому аспекті винахід пропонує виділений поліпептид, що включає будь-яку амінокислотну послідовність з SEQ ID NO: 3-10, або варіант послідовності, що має до трьох замін, делецій або додавань до будь-якої амінокислотної послідовності з SEQ ID NO: 3-10, причому поліпептид не включає більш ніж 20 суміжних амінокислот з SEQ ID NO: 2. У деяких варіантах здійснення поліпептид включає будь-яку одну амінокислотну послідовність з SEQ ID NO: 3-10. У деяких варіантах здійснення поліпептид складається з 14-20 амінокислот. У деяких варіантах здійснення N-кінцевим амінокислотним залишком або C-кінцевим амінокислотним залишком поліпептиду є цистеїн. В інших варіантах здійснення амінокислотна послідовність поліпептиду включає або складається з будь-якої амінокислотної послідовності з SEQ ID NO: 11-18. У другому аспекті винахід пропонує виділений кон'югат, що включає поліпептид першого аспекту, кон'югований з носієм. Наприклад, носієм може бути гемоціанин фіссурелли (KLH), CRM197, або токсоїд правця, або фаг, дріжджі, вірус, віросома, або рекомбінантна вірусоподібна частинка. У деяких варіантах здійснення кон'югатом є рекомбінантний складовий білок. У третьому аспекті винахід пропонує вакцину, що включає імуногену кількість поліпептиду першого аспекту або кон'югату другого аспекту і фармацевтично прийнятний наповнювач. У деяких варіантах здійснення вакцина включає суміш різних поліпептидів першого аспекту або кон'югатів другого аспекту. У деяких варіантах здійснення вакцина крім того включає ад'ювант, наприклад, Альгідрогель. У деяких варіантах здійснення поліпептид першого аспекту або кон'югат другого аспекту отримують синтетично або рекомбінантно. У деяких варіантах здійснення вакцина призначена для вакцинації ссавця, наприклад, людини, проти кандидозу або вакцинації ссавця проти Acinetobacter. У деяких варіантах здійснення вакцина повинна вводитися внутрішньом'язово, підшкірно або внутрішньошкірно. У деяких варіантах здійснення вакцинація крім того включає введення бустер-дози. У деяких варіантах здійснення кандидозом є розсіяний кандидоз, наприклад, розсіяний в крові кандидоз, або кандидозом є кандидоз слизової, або кандидозом є вагінальний кандидоз, або кандидоз викликаний Candida, таким як Candida albicans, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis або Candida tropicalis. У четвертому аспекті винахід пропонує спосіб вакцинації ссавця, наприклад, людини, проти кандидозу, що включає введення ссавцю вакцини третього аспекту, цим вакцинуючи ссавця проти кандидозу або вакцинуючи ссавця проти Acinetobacter. У деяких варіантах здійснення вакцину вводять внутрішньом'язово, підшкірно або внутрішньошкірно. У деяких варіантах здійснення введення крім того включає введення бустер-дози. У деяких варіантах здійснення кандидозом є розсіяний кандидоз, наприклад, розсіяний в крові кандидоз, або кандидозом є кандидоз слизової або вагінальний кандидоз, або кандидоз викликаний Candida, таким як Candida albicans, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis або Candida tropicalis. У п'ятому аспекті винахід пропонує спосіб отримання химерної вакцини, що включає наступні етапи: (a) отримання фагу, дріжджів або вірусу; (b) введення в фаг, дріжджі або вірус молекули нуклеїнової кислоти, яка кодує поліпептид першого аспекту; (c) експресію поліпептиду в фазі, дріжджах або вірусі; (d) виділення фагу, дріжджів або вірусу з етапу (c), включаючи експресований поліпептид; та (e) додавання фармацевтично прийнятного наповнювача до виділеного фагу, дріжджів або вірусу з етапу (d). У деяких варіантах здійснення поліпептид проявляють на поверхні фагу, дріжджів або вірусу після етапу (c). У шостому аспекті винахід пропонує виділене моноклональне антитіло, яке зв'язується з поліпептидом першого аспекту або кон'югатом другого аспекту. У деяких варіантах здійснення антитіло є людським або гуманізованим або є химерним. У деяких варіантах здійснення антитіло отримують рекомбінантно або синтезують хімічно. У сьомому аспекті винахід пропонує діагностичну композицію, що включає антитіло шостого аспекту. У восьмому аспекті винахід пропонує фармацевтичну композицію, що включає антитіло шостого аспекту та фармацевтично прийнятний наповнювач. У деяких варіантах здійснення 2 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 фармацевтична композиція включає суміш антитіл шостого аспекту з декількома окремими специфічними характеристиками. У дев'ятому аспекті винахід пропонує фармацевтичну композицію, що включає поліклональні антитіла, які зв'язуються з поліпептидом першого аспекту або кон'югатом другого аспекту, або які зв'язуються з сумішшю різних поліпептидів першого аспекту або кон'югатів другого аспекту. У деяких варіантах здійснення восьмого або дев'ятого аспекту фармацевтична композиція призначена для використання при пасивній імунізації ссавця, наприклад, людини, проти кандидозу або проти Acinetobacter. Наприклад, фармацевтична композиція може бути введена внутрішньом'язово, підшкірно або внутрішньошкірно. У деяких варіантах здійснення кандидозом є розсіяний кандидоз, наприклад, розсіяний в крові кандидоз, або кандидозом є кандидоз слизової, такий як вагінальний кандидоз, або кандидоз викликаний Candida, таким як Candida albicans, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, або Candida tropicalis. У десятому аспекті винахід пропонує спосіб пасивної імунізації ссавця, наприклад, людини, проти кандидозу, що включає введення ссавцю ефективної кількості фармацевтичної композиції восьмого або дев'ятого аспекту, в результаті чого ссавець імунізується проти кандидозу або проти Acinetobacter. У деяких варіантах здійснення фармацевтичну композицію вводять внутрішньом'язово, підшкірно або внутрішньошкірно або навіть інтраназально. У деяких варіантах здійснення кандидозом є розсіяний кандидоз, наприклад, розсіяний в крові кандидоз, або кандидозом є кандидоз слизової, такий як вагінальний кандидоз, або кандидоз викликаний Candida, таким як Candida albicans, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis або Candida tropicalis. В інших аспектах винахід пропонує розкриті в цьому документі композиції і способи, які засновані, щонайменше частково, на виявленні того, що імунна реакція, така як антитіла та інші механізми, які націлені на поліпептид Candida HYR1 і забезпечують захист від інфекції Acinetobacter, такий як Acinetobacter baumannii. Підходи активної або пасивної імунізації, що використовують поліпептид HYR1 або специфічні білки Acinetobacter baumannii, розкриті в цьому документі, підходять для захисту від інфекцій, що викликаються грамнегативними бактеріями, включаючи, але без обмеження, Acinetobacter baumannii. Деякі види використання композицій і способів, розкритих у цьому документі, включають пасивну вакцинацію пацієнтів з гострими ризиками такою дозою антитіла до HYRl, щоб запобігти отримання інфекції Acinetobacter baumannii. Крім цього, пацієнти з активною інфекцією Acinetobacter baumannii можуть отримувати лікування тільки цим антитілом або в поєднанні з іншими протибактеріальними засобами. Альтернативно, пацієнти з ризиком розвитку таких інфекцій, наприклад, військовослужбовці, можуть бути активно вакциновані поліпептидами HYR1 або специфічними поліпептидами Acinetobacter baumannii, розкритими в даному документі, щоб запобігти таким інфекціям. В інших аспектах винахід в цьому контексті пропонує пасивну або активну вакцинацію, як вона розкрита в даному документі, яка здатна помітно зменшити отримання стійкої до ліків, летальної інфекції Acinetobacter baumannii. Оскільки в даний час немає антибіотиків з активністю проти роду Acinetobacter, запобігання таких інфекцій має дуже важливе значення. Крім цього, вакцина та фармацевтичні композиції, розкриті в даному документі, мають потенціал дії проти інших інфекцій, що викликаються грамнегативними паличками, оскільки пасивні та активні стратегії, пропоновані винаходом, діють проти ксеноантітела Candida albicans, яке має значну структурну гомологію з антигенами до грамнегативних паличок, включаючи такі з виду Acinetobacter baumannii. Використання антигену не до Acinetobacter для захисту проти інфекції Acinetobacter дає велику перевагу в боротьбі з інфекцією. Винахід тому пропонує активну вакцинацію, відповідну для запобігання інфекцій у госпіталізованих пацієнтів, з використанням поліпептиду HYR1 або його фрагмента або білків Acinetobacter baumannii, розкритих у цьому документі. Винахід також пропонує способи і композиції для активної вакцинації, щоб запобігти інфекції Acinetobacter у військовослужбовців, що вкрай бажано, оскільки Acinetobacter є однією з найбільш поширених причин інфікування ран в бойових умовах. Винахід крім того пропонує способи і композиції для пасивної імунізації в якості додаткової терапії при активній інфекції з використанням антитіла, як поліклонального, так і моноклонального, діючого проти поліпептиду HYR1 або білків Acinetobacter baumannii, розкритих у даному документі. Крім того, винахід пропонує діагностичний біомаркер, шляхом виявлення антитіла або ПЛР, щоб визначати присутність Acinetobacter в інфікованих рідинах або тканинах. Винахід також пропонує, що вищевказані застосування можуть бути поширені на інші медично важливі грамнегативні бактерії. 3 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 В інших аспектах винахід відноситься до нуклеїнових кислот, які кодують специфічні поліпептиди HYR1 або їх фрагменти, які можуть діяти як антигени для створення імунної реакції на грамнегативні бактерії, включаючи бактерії роду Acinetobacter, наприклад, Acinetobacter baumannii. Наприклад, в деяких аспектах винаходу нуклеїнові кислоти винаходу кодують поліпептид HYR1, що включає амінокислотну послідовність, обрану з однієї або декількох з SEQ ID NO: 3-10 або з однієї або декількох з CGPSAPESESDLNTP (SEQ ID NO: 11), CGNRDHFRFEYYPDT (SEQ ID NO: 12), CGYDSKLFRIVNSRG (SEQ ID NO: 13), CKIKGTGCVTADEDT (SEQ ID NO: 14), CLKNAVTYDGPVPNN (SEQ ID NO: 15), NSKSSTSFSNFDIGC (SEQ ID NO: 16), CEPTHNFYLKDSKSS (SEQ ID NO: 17) і TSRIDRGGIQGFHGC (SEQ ID NO: 18). Більше того, в деяких аспектах винаходу, поліпептид HYR1 може включати менше ніж 937, 936, 935, 934, 933, 932, 931, 930, 920, 910, 900, 890, 880, 870, 860, 850, 840, 830, 820, 810, 800, 790, 780, 770, 760, 750, 740, 730, 720, 710, 700, 690, 680, 670, 660, 650, 640, 630, 620, 610, 600, 590, 580, 570, 560, 550, 540, 530, 520, 510, 500, 490, 480, 470, 460, 450, 440, 430, 420, 410, 400, 390, 380, 370, 360, 350, 340, 320, 310, 300, 290, 280, 270, 260, 250, 240, 230, 220, 210, 200, 190, 180, 170, 160, 150, 140, 130, 120, 110, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30 або 20 амінокислотних залишків у довжину і може бути імуногенним. У деяких аспектах винаходу нуклеїнові кислоти винаходу не кодують поліпептид HYR1 SEQ ID NO: 1 або 2. В інших аспектах нуклеїнові кислоти кодують будь-яку одну з SEQ ID NO: 3-10 або 11-18 окремо або в поєднанні. Винахід також пропонує варіанти здійснення, в яких нуклеїнокислотна послідовність кодує більше ніж одну амінокислотну послідовність у будь-якій одній з SEQ ID NO: 3-10 або SEQ ID NO: 11-18 окремо або в поєднанні. Наприклад, нуклеїнокислотна послідовність винаходу може кодувати дві амінокислотні послідовності, наприклад, SEQ ID NO: 15 у поєднанні з SEQ ID NO: 12 або, альтернативно, SEQ ID NO: 11 у поєднанні з SEQ ID NO: 17, або, альтернативно, SEQ ID NO: 13 у поєднанні з SEQ ID NO: 18. При цьому розуміється, що нуклеїнові кислоти винаходу можуть кодувати дві, три, чотири, п'ять, шість, сім або всі вісім амінокислотних послідовностей, які обрані з SEQ ID NO: 11-18. При цьому також розуміється, що кодована амінокислотна послідовність не обов'язково буде безперервної і може бути пов'язана проміжними спейсерними послідовностями, які можуть, наприклад, дозволяти експресованому поліпептиду представляти бажану амінокислотну послідовність або епітоп для створення імунної реакції. У деяких аспектах винаходу амінокислотна послідовність, кодована нуклеїновими кислотами винаходу, включає по суті таку ж амінокислотну послідовність, яка міститься в будь-якій одній з SEQ ID NO: 3-10 або SEQ ID NO: 11-18. Наприклад, амінокислотна послідовність може мати щонайменше 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 98 % або 99 % ідентичності з будь-якою однією з SEQ ID NO: 3-10 або 11-18, причому поліпептид може бути зв'язаний антитілом з HYR1, розкритим в даному документі. В інших аспектах поліпептид HYR1, експресований нуклеїновими кислотами винаходу може бути імуногенним і здатним активувати створення антитіла до HYR1 або імуногенну реакцію у пацієнта. Після введення в різні системи експресії білків, відомі фахівцям в даній галузі, молекули нуклеїнових кислот, описані в даному документі, підходять для отримання поліпептиду (поліпептидів) винаходу. Крім цього, такі молекули нуклеїнових кислот або їх фрагменти можуть бути помічені легко виявленими замінником та використані як гібридизаційні пробники для аналізу на наявність та/або кількість грамнегативних бактерій, таких як, наприклад, Acinetobacter baumannii в пробі. Описані тут молекули нуклеїнових кислот та їх фрагменти також підходять для використання в якості праймерів і / або шаблонів в реакції ПЛР для ампліфікації нуклеїнових кислот, що кодують поліпептиди винаходу або описані тут білки. Винахід також пропонує вектори, що містять нуклеїнові кислоти винаходу. Відповідні експресуючі вектори добре відомі в даній галузі і включають вектори, здатні експресувати нуклеїнову кислоту, оперативно зв'язувану з регуляторною послідовністю або елементом, таким як ділянка промотера або ділянка енхансера, який здатний регулювати експресію нуклеїнової кислоти. Відповідні експресуючі вектори включають вектори, які можуть відтворюватися в еукаритичних клітинах і / або прокариотичних клітинах, і вектори, які залишаються епісомними або інтегруються в геном клітини-господаря. В інших аспектах винахід додатково пропонує виділене білкове антитіло до Acinetobacter. " Білкове антитіло до Acinetobacter " розпізнає щонайменше один білок або його фрагмент, який зустрічається в природних умовах у Acinetobacter baumannii. Антитіло винаходу до HYR1, яке має специфічну реактивність з поліпептидом HYR1, розкритим в даному документі, є одним прикладом білкового антитіла до Acinetobacter. Як розкрито в даному документі, були виявлені специфічні білки Acinetobacter baumannii, які зв'язуються з антитілами, виведеними проти поліпептиду HYR1, що має амінокислотну послідовність SEQ ID NO: 15. Ці білки Acinetobacter 4 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 baumannii включають білок 1 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок 2 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок рецептора з сидерофорною активністю до заліза Acinetobacter baumannii, білок теплового шоку Dnak Acinetobacter baumannii, фактор елонгації G Acinetobacter baumannii, прекурсор білка толерантності до органічного розчинника Acinetobacter baumannii, трансмембрана передбачуваного прекурсору ліпопротеїну (VacJ) Acinetobacter baumannii, передбачуваний чутливий до глюкози порин (подібний OprB) Acinetobacter baumannii, складовий білок мембрани AdeA Acinetobacter baumannii, білок поділу клітин Acinetobacter baumannii або білок FtsZ поділу клітин Acinetobacter baumannii. Білкове антитіло винаходу до Acinetobacter може бути моноклональним або поліклональним. Винахід крім того пропонує клітинні лінії, що виробляють моноклональні антитіла, що мають специфічну реактивність з фрагментом HYR1, розкритим в даному документі, білком 1 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білком 2 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білком рецептора з сидерофорною активністю до заліза Acinetobacter baumannii, білком теплового шоку Dnak Acinetobacter baumannii, фактор елонгації G Acinetobacter baumannii, прекурсор білка толерантності до органічного розчинника Acinetobacter baumannii, трансмембрана передбачуваного прекурсору ліпопротеїну (VacJ) Acinetobacter baumannii, передбачуваний чутливий до глюкози порин (подібний OprB) Acinetobacter baumannii, складовий білок мембрани AdeA Acinetobacter baumannii, білок поділу клітин Acinetobacter baumannii або білок FtsZ поділу клітин Acinetobacter baumannii. В інших аспектах винахід крім того пропонує спосіб діагностики інфекції Acinetobacter у пацієнта. Ці способи можуть включати наступні етапи: (a) отримання проби для перевірки від пацієнта; (b) контакт проби зі засобом, який може зв'язувати виділену нуклеїнову кислоту, яка кодує розкритий тут білок Acinetobacter або розкритий тут білок Acinetobacter в відповідних умовах; та (c) порівняння величини специфічного зв'язування в пробі для перевірки з величиною специфічного зв'язування в контрольній пробі, причому підвищена або знижена величина специфічного зв'язування в пробі для перевірки в порівнянні з контрольною пробою діагностує інфекцію Acinetobacter. Умови, які використовуються у способах винаходу, розуміються як такі, що дозволяють специфічне зв'язування засобів з нуклеїновою кислотою або білком. Як сказано в даному описі, білки Acinetobacter, які кодуються виділеними нуклеїновими кислотами способу, включають білок 1 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок 2 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок рецептора з сидерофорною активністю до заліза Acinetobacter baumannii, білок теплового шоку Dnak Acinetobacter baumannii, фактор елонгації G Acinetobacter baumannii, прекурсор білка толерантності до органічного розчинника Acinetobacter baumannii, трансмембрана передбачуваного прекурсору ліпопротеїну (VacJ) Acinetobacter baumannii, передбачуваний чутливий до глюкози порин (подібний OprB) Acinetobacter baumannii, складовий білок мембрани AdeA Acinetobacter baumannii, білок поділу клітин Acinetobacter baumannii або білок FtsZ поділу клітин Acinetobacter baumannii. Засоби, які можуть бути використані в способах винаходу включають білкове антитіло до Acinetobacter, яке розкрито в даному документі, або олігонуклеотид, що включає від 15 до 300 суміжних нуклеотидів, які кодують білок 1 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок 2 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок рецептора з сидерофорною активністю до заліза Acinetobacter baumannii, білок теплового шоку Dnak Acinetobacter baumannii, фактор елонгації G Acinetobacter baumannii, прекурсор білка толерантності до органічного розчинника Acinetobacter baumannii, трансмембрана передбачуваного прекурсору ліпопротеїну (VacJ) Acinetobacter baumannii, передбачуваний чутливий до глюкози порин (подібний OprB) Acinetobacter baumannii, складовий білок мембрани AdeA Acinetobacter baumannii, білок поділу клітин Acinetobacter baumannii або білок FtsZ поділу клітин Acinetobacter baumannii. Додатково винахід пропонує олігонуклеотиди, що включають від 15 до 300 суміжних нуклеотидів, які кодують частину білка 1 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок 2 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок рецептора з сидерофорною активністю до заліза Acinetobacter baumannii, білок теплового шоку Dnak Acinetobacter baumannii, фактор елонгації G Acinetobacter baumannii, прекурсор білка толерантності до органічного розчинника Acinetobacter baumannii, трансмембрана передбачуваного прекурсору ліпопротеїну (VacJ) Acinetobacter baumannii, передбачуваний чутливий до глюкози порин (подібний OprB) Acinetobacter baumannii, складовий білок мембрани AdeA Acinetobacter baumannii, білок поділу клітин Acinetobacter baumannii або білок FtsZ поділу клітин Acinetobacter baumannii. Використовуваний в даному описі термін "олігонуклеотид " відноситься до молекули нуклеїнової кислоти, яка включає щонайменше 15 суміжних нуклеотидів з контрольної нуклеотидної послідовності і може включати щонайменше 16, 17, 18, 19, 20 або щонайменше 25 суміжних 5 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 нуклеотидів і часто включає щонайменше 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, до 350 суміжних нуклеотидів з контрольної нуклеотидної послідовності. Контрольною нуклеотидною послідовністю може бути смисловий ланцюг або антисмисловий ланцюг. Виділені молекули нуклеїнових кислот винаходу можуть бути використані для різних діагностичних і терапевтичних застосувань. Наприклад, виділені молекули нуклеїнових кислот винаходу можуть бути використані в якості зондів і праймерів. Винахід таким чином пропонує способи виявлення нуклеїнової кислоти в пробі. Способи виявлення нуклеїнової кислоти в пробі можуть бути або якісними або кількісними, за вибором. Наприклад, присутність, достатність, цілісність або структура нуклеїнової кислоти можуть бути визначені, за вибором, в залежності від формату аналізу і зонда, використовуваного для гібридизації або пари праймерів, вибраних для застосування. Відповідно, в деяких варіантах здійснення винахід пропонує спосіб виявлення молекули нуклеїнових кислот Acinetobacter в пробі, що включає контакт проби з двома або більше олігонуклеотидами, що включають від 15 до 300 суміжних нуклеотидів, які кодують частину білка 1 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок 2 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок рецептора з сидерофорною активністю до заліза Acinetobacter baumannii, білок теплового шоку Dnak Acinetobacter baumannii, фактор елонгації G Acinetobacter baumannii, прекурсор білка толерантності до органічного розчинника Acinetobacter baumannii, трансмембрана передбачуваного прекурсору ліпопротеїну (VacJ) Acinetobacter baumannii, передбачуваний чутливий до глюкози порин (подібний OprB) Acinetobacter baumannii, складовий білок мембрани AdeA Acinetobacter baumannii, білок поділу клітин Acinetobacter baumannii або білок FtsZ поділу клітин Acinetobacter baumannii, ампліфікацію молекули нуклеїнової кислоти і виявлення згаданої ампліфікації. У деяких аспектах винаходу ампліфікацію виконують, використовуючи полімеразну ланцюгову реакцію. Так, в деяких аспектах винахід пропонує набір для виявлення присутності Acinetobacter в пробі, що включає щонайменше один олігонуклеотид, що включає від 15 до 300 суміжних нуклеотидів, які кодують частину білка 1 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок 2 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок рецептора з сидерофорною активністю до заліза Acinetobacter baumannii, білок теплового шоку Dnak Acinetobacter baumannii, фактор елонгації G Acinetobacter baumannii, прекурсор білка толерантності до органічного розчинника Acinetobacter baumannii, трансмембрана передбачуваного прекурсору ліпопротеїну (VacJ) Acinetobacter baumannii, передбачуваний чутливий до глюкози порин (подібний OprB) Acinetobacter baumannii, складовий білок мембрани AdeA Acinetobacter baumannii, білок поділу клітин Acinetobacter baumannii або білок FtsZ поділу клітин Acinetobacter baumannii. У деяких варіантах здійснення винаходу також запропонований набір для виявлення присутності Acinetobacter в пробі, що включає виділене білкове антитіло до Acinetobacter, яке розкрито в даному документі. Таким чином, відповідно до варіантів здійснення даного винаходу, запропоновані діагностичні системи у формі набору, які включають щонайменше одну нуклеїнову кислоту або антитіло винаходу в підходящій упаковці. Діагностичні набори, містять нуклеїнові кислоти, отримані з описаних тут кодуючих нуклеїнових кислот. В одному варіанті здійснення, наприклад, діагностичні нуклеїнові кислоти отримані з будь-якої частини нуклеїнокислотної послідовності, що кодує білок 1 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок 2 зовнішньої мембрани Acinetobacter baumannii, білок рецептора з сидерофорною активністю до заліза Acinetobacter baumannii, білок теплового шоку Dnak Acinetobacter baumannii, фактор елонгації G Acinetobacter baumannii, прекурсор білка толерантності до органічного розчинника Acinetobacter baumannii, трансмембрана передбачуваного прекурсору ліпопротеїну (VacJ) Acinetobacter baumannii, передбачуваний чутливий до глюкози порин (подібний OprB) Acinetobacter baumannii, складовий білок мембрани AdeA Acinetobacter baumannii, білок поділу клітин Acinetobacter baumannii або білок FtsZ поділу клітин Acinetobacter baumannii, або будь-який один з олігонуклеотидів винаходу. Діагностичні системи винаходу підходять для аналізу на присутність або відсутність нуклеїнової кислоти в геномній ДНК або мРНК. Підходяща діагностична система включає щонайменше одну нуклеїнову кислоту або антитіло винаходу і окремо упакований хімічний реагент (реагенти) в кількості, достатній щонайменше для одного аналізу. Що стосується діагностичного набору, що містить нуклеїнові кислоти винаходу, то він зазвичай буде включати дві або більше нуклеїнові кислоти. Якщо діагностичний набір повинен використовуватися для ПЛР, то він буде містити щонайменше два олігонуклеотиди, які можуть служити як праймери для ПЛР. Фахівці в даній області можуть легко об'єднати нуклеїнові зонди винаходи і/або праймери або антитіла винаходу у форму 6 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 набору в поєднанні з підходящими буферами і розчинами для здійснення на практиці описаних тут способів винаходу. Набір, що містить антитіло, може містити реакційний коктейл, який забезпечує належні умови для виконання аналізу, наприклад, твердофазного імуноферментного аналізу (ELISA) або іншого імунологічного аналізу, для визначення рівня експресії поліпептиду в пробі, і може містити контрольні проби, які включають відомі кількості поліпептиду і, за бажанням, іншого антитіла, специфічного для антитіла винаходу. Вміст набору винаходу, наприклад, нуклеїнові кислоти або антитіла, поміщені в пакувальний матеріал, який переважно створює стерильне середовище без забруднень. Крім того, пакувальний матеріал містить інструкції про те, як матеріали в наборі можуть бути використані для виявлення присутності або відсутності конкретної послідовності або білка або для діагностики присутності бактеріальної інфекції або схильності до стану, пов'язаному з бактеріальною інфекцією. Інструкції з використання зазвичай включають чітку вказівку, що описує концентрацію реагенту або щонайменше один параметр способу виконання аналізу, такий як відносні кількості реагенту і проби, які необхідно змішати, час, протягом якого можна використовувати суміші реагенту / проби, температуру, буферні умови і т.д. Під "ад'ювантом" розуміється одна або кілька речовин, які викликають стимуляцію імунної системи. У цьому контексті ад'ювант використовується для посилення імунної реакції на один або кілька антигенів або антитіл вакцини. Ад'ювант може бути введений пацієнту до, разом або після введення вакцини або антитіла. Приклади хімічних сполук, що використовуються в якості ад'ювантів, включають, але без обмеження, сполуки алюмінію (наприклад, галун, Альгідрогель), масла, блок-полімери, імуностимулюючі комплекси, вітаміни та мінерали (наприклад, вітамін E, вітамін A, селен і вітамін B12) Квіл A (сапоніни), компоненти клітинних стінок бактерій і грибків (наприклад, ліпополісахариди, ліпопротеїни і глікопротеїни), гормони, цитокіни і спільно стимулюючі чинники. Інші приклади ад'ювантов включають, наприклад, повний ад'ювант Фрейнда, неповний ад'ювант Фрейнда, ад'юванти з алюмінієм, MF59, QS21 імуномодулюючий ад'ювант, такий як токсин, цитокін і мікобактеріальний дериват; масляну композицію, полімер, міцелоутворюючий ад'ювант, сапонін, матрицю імуностимулюючого комплексу (матриця ISCOM ®), частинку, DDA (диметилдіоктадециламоній) бромід, ад'юванти ДНК і інкапсулюючий ад'ювант. Ліпосомні композиції також, як відомо, дають ефекти ад'ювантів, і тому ліпосомні ад'юванти також включені відповідно до винаходу. Ад'юванти можуть сприяти поглинанню молекул вакцини клітинами, що представляють антигени, такими як дендритні клітини, і активувати ці клітини. Здатність ад'юванта підвищувати імунну реакцію проявляється в підвищенні імуноопосередкованого захисту. Підвищення гуморального імунітету можна визначити, наприклад, щодо збільшення титру антитіла, виведеного для антигену. Підвищенняклітинного імунітету можна виміряти, наприклад, позитивним тестом шкіри, цитотоксичним аналізом T-клітин імуноферментним спот-аналізом ELISPOT на гамма-інтерферон або IL-2. Під "антитілом" розуміються цілі антитіла, імуноглобуліни або будь-який їх антигензв'язуючий фрагмент або одиночні ланцюги. Антитіла, які використовуються в даному описі, можуть бути антитілами ссавця (наприклад, людини або миші), гуманізованими, химерними, рекомбінантними, отриманими шляхом синтезу або виділеними в природних умовах, і можуть бути, наприклад, моноклональними або поліклональними. У більшості ссавців, включаючи людину, цілі антитіла мають щонайменше два важкі (H) ланцюги і два легкі (L) ланцюги, з'єднані дисульфідними зв'язками. Кожна важкий ланцюг складається із змінної ділянки важкого ланцюга (тут у скороченні VH) і постійної ділянки важкого ланцюга. Постійна ділянка важкого ланцюга складається з трьох доменів, CH, CH2, і CH3 і шарнірної ділянки між CH1 і CH2. Кожен легкий ланцюг складається із змінної ділянки легкого ланцюга (тут у скороченні VL) і постійної ділянки легкого ланцюга. Постійна ділянка легкого ланцюга складається з одного домену, CL. Ділянки VH і VL можуть бути далі підрозділені на ділянки гіперваріабельні, звані ділянками визначення комплементарності (CDR), з вкрапленнями ділянок, які більш консервативні і називаються каркасними ділянками (FR). Кожен VH і VL складається з трьох CDR і чотирьох FR, розташованих від аміно-кінця до карбокси-кінця в наступному порядку: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. Змінні ділянки важкого і легкого ланцюгів містять зв'язуючий домен, який взаємодіє з антигеном. Постійні ділянки антитіл можуть опосередковувати зв'язування імуноглобуліну з тканинами або факторами організму-господаря, включаючи різні клітини імунної системи (наприклад, клітини ефектора) і перший компонент (Clq) класичної комплементарної системи. Антитіла даного винаходу включають всі відомі форми антитіл та інших білкових каркасів з властивостями, подібними антитілам. Наприклад, антитіло може бути антитілом людини, гуманізованим антитілом, біспецифічним антитілом, химерним антитілом або білковим каркасом з властивостями, подібними антитілу, таким як повтори фібронектину або анкирина. Антитілом 7 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 також може бути Fab, Fab'2, scFv, SMIP, димерні міні- антитіла, нанотіла, аптамери, або доменне антитіло. Антитіло може мати будь-який з наступних ізотипів IgG (наприклад, IgG1, IgG2, IgG3 і IgG4), IgM, IgA (наприклад, IgA1, IgA2 і IgAsec), IgD або IgE. Використовуваний тут термін "фрагмент антитіла" відноситься до одного або кількох фрагментів антитіла, які зберігають здатність специфічно зв'язуватися з антигеном. Функція антитіла зв'язуватися з антигеном може бути виконана фрагментами антитіла повної довжини, які включають, але без обмеження: (i) фрагмент Fab, одновалентний фрагмент, що складається з доменів VL, VH, CL і CH1; (ii) фрагмент F (ab ') 2, двовалентний фрагмент, що містить два фрагменти Fab, пов'язаних дисульфідним містком у шарнірній області; (iii) фрагмент Fd, що складається з доменів VH і CH1; (iv) фрагмент Fv, що складається з доменів VL і VH однієї гілки антитіла, (v) фрагмент dAb, що включає домени VH і VL; (vi) фрагмент dAb (Вард та ін. (Ward et al.), Nature 341:544-546 (1989)), який складається з домену VH; (vii) фрагмент dAb, який складається з домену VH або VL; (viii) виділена ділянка, що визначає компліментарність (CDR); та (ix) поєднання двох або більше виділених CDR, які можуть бути пов'язані, за вибором, синтетичним лінкером. Крім того, хоча два домени фрагмента Fv, VL і VH, кодуються різними генами, вони можуть бути об'єднані рекомбінантними способами з використанням синтетичного лінкеру, який дозволяє зробити їх одним білковим ланцюгом, в якій ділянки VL і VH спарені, щоб сформувати одновалентні молекули (відомий як один ланцюг Fv (scFv); дивіться, наприклад, Берд та ін. (Bird et al.), Science 242:423-426 (1988) і Хастон та ін. (Huston et al.), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883 (1988)). Ці фрагменти антитіла отримують, використовуючи способи, відомі фахівцям в даній галузі, і ці фрагменти піддають скринінгу на придатність таким же чином, як і інтактні антитіла. Фрагменти антитіла можуть бути отримані способами рекомбінантної ДНК або ферментним або хімічним розщепленням інтактних імуноглобулінів. Під "антигеном" розуміється молекула, з якою антитіло може селективно зв'язуватися. Антигеном-мішенню може бути білок (наприклад, антигенний пептид), вуглеводень, нуклеїнова кислота, ліпід, гаптен або інше природне або синтетичне з'єднання. Антигеном-мішенню може бути поліпептид або пептидний мімік. Антиген також може бути введений тварині, щоб створити імунну реакцію у тварини. Під "носієм" у контексті кон'югату розуміється частка або частка, наприклад, KLH, CRM197, токсоїд правця, фаг, дріжджі, вірус, віросома або рекомбінантна вірусоподібна частинка, яка підходить для з'єднання з нею або для відображення поліпептиду, як сказано вище. Під "химерним антитілом" розуміється імуноглобулін або антитіло, змінні ділянки якого є похідними першого виду і постійні ділянки якого є похідними другого виду. Химерні антитіла можуть бути отримані, наприклад, методами генної інженерії з сегментів гена імуноглобуліну, що належать різним видам (наприклад, миші і людини). Під "химерної вакциною" розуміється вакцина, яка включає щонайменше два різних антигени, з'єднаних, наприклад, ковалентно. Одним прикладом химерної вакцини є композиція, яка включає поліпептид, відображений, наприклад, на поверхні частки, такий як фаг, вірус, дріжджі, віросома або рекомбінантна вірусоподібна частинка. Під "кон'югатом" розуміється з'єднання, яке включає поліпептид винаходу, пов'язаний з іншою часткою або часткою, наприклад, KLH, CRM197, токсоїд правця, фаг, вірус, дріжджі, віросома або рекомбінантна вірусоподібна частинка. Під "консервативної заміною" в амінокислотній послідовності розуміється заміна однієї амінокислоти іншою в сімействі амінокислот, які споріднені за хімічною природою їх бічних ланцюгів. Генетично кодовані амінокислоти можуть бути розділені на чотири групи: кислі (аспартат, глутамат); основні (лізин, аргінін, гістидин); неполярні (аланін, валін, лейцин, ізолейцин, пролін, фенілаланін, метіонін, триптофан) і незаряджені полярні (гліцин, аспарагін, глутамін, цистеїн, серин, треонін, тирозин). Фенілаланін, триптофан і тирозин іноді об'єднують в групу ароматичних амінокислот. Подібним же чином амінокислоти також можуть бути розділені на наступні групи: кислі (аспартат, глутамат), основні (лізин, аргінін, гістидин); аліфатичні (гліцин, аланін, валін, лейцин, ізолейцин, серин, треонін), притому що серин і треонін, за вибором, можуть бути окремо об'єднані в групу аліфатично-гідроксильних; ароматичні (фенілаланін, тирозин, триптофан); амідні (аспарагін, глутамін) і сірковмісні (цистеїн, метіонін). Чи призводить зміна в амінокислотній послідовності до функціонального варіанту, можна визначити шляхом оцінки спроможності варіантного поліпептиду функціонувати подібно поліпептиду дикого типу, використовуючи стандартні способи, такі як описані в даному документі. Під "діагностичною композицією" розуміється композиція, що містить поліпептид, кон'югат, вакцину або антитіло винаходу, підготовлена для використання разом зі способом діагностики. 8 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 Під "ефективною кількістю" у контексті пасивної імунізації з використанням фармацевтичної композиції, наприклад, включає антитіло, розуміється кількість фармацевтичної композиції, що вимагається для пасивної імунізації клінічним способом. Ефективна кількість фармацевтичної композиції, що використовується для здійснення на практиці способів пасивної імунізації, описаних у даному документі, змінюється залежно від способу введення, віку, маси тіла і загального здоров'я пацієнта. У кінцевому рахунку питання підходящої кількості та режиму дозування вирішують лікарі, які виписують призначення. Під "фланкуючою амінокислотою" розуміється амінокислота в поліпептидній послідовності, яка безпосередньо примикає до N- або C-кінця конкретної послідовності. Бажано, щоб фланкуюча амінокислота присутня на N- та / або C-кінці амінокислотної послідовності SEQ ID NO: 1 або 2 або її фрагмента, і більше бажано, щоб 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 або 10 фланкуючих амінокислот були присутні на N- та/або C-кінці амінокислотної послідовності SEQ ID NO: 1 або 2 або її фрагмента. Під "складовим білком" розуміється білок, який включає поліпептид винаходу, наприклад, фрагмент або варіант HYR1 і з'єднуючий об'єкт. Під "з'єднуючим об'єктом" розуміється гетерологічна послідовність, яка може бути з'єднана з поліпептидом винаходу, наприклад, фрагментом або варіантом HYR1. Приклади з'єднуючих об'єктів описані в даному документі і включають маркери виявлення, стабілізуючі домени, послідовності, які сприяють отриманню або очищенню білка, або домени, які підвищують антигенність поліпептиду. Під "поліпептидом HYR1" розуміється поліпептид, який по суті ідентичний амінокислотній послідовності SEQ ID NO: 1. Бажано, щоб поліпептид HYR1 мав щонайменше 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 99 % або навіть 100 % ідентичності з амінокислотною послідовністю SEQ ID NO: 1. Під "фрагментом HYR1" або "фрагментом поліпептиду HYR1" розуміється частина поліпептиду HYR1, що містить менше ніж 937, 936 або 935 амінокислот. У деяких варіантах здійснення фрагменти HYR1 по довжині мають 300-350 або 250-500 амінокислот. У деяких варіантах здійснення фрагмент має менше ніж 937, 936, 935, 934, 933, 932, 931, або 930, 920, 910, 900, 890, 880, 870, 860, 850, 840, 830, 820, 810, 800, 790, 780, 770, 760, 750, 740, 730, 720, 710, 700, 690, 680, 670, 660, 650, 640, 630, 620, 610, 600, 590, 580, 570, 560, 550, 540, 530, 520, 510, 500, 490, 480, 470, 460, 450, 440, 430, 420, 410, 400, 390, 380, 370, 360, 350, 340, 330, 320, 310, 300, 290, 280, 270, 260, 250, 240, 230, 220, 210, 200, 190, 180, 170, 160, 150, 140, 130, 120, 110, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 25, 20, 15 або 10 амінокислот і в деяких випадках є імуногенним. Прикладом фрагмента HYR1 є Hyr1p-N (SEQ ID NO: 2), або його фрагмент. У деяких випадках фрагменти Hyr1p-N мають у довжину від 14 до 20 амінокислот. Загалом, фрагменти можуть мати менше ніж, наприклад, 325, 320, 310, 300, 290, 280, 270, 260, 250, 240, 230, 220, 210, 200, 190, 180, 170, 160, 150, 140, 130, 120, 110, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12 або 11 амінокислот і, бажано, бути імуногенними. У деяких випадках фрагмент Hyr1p-N має від 14 до 20 амінокислот. Крім цього, фрагменти HYR1 можуть містити, наприклад, одну або більше консервативних замін амінокислот в послідовності SEQ ID NO: 2. Також бажано, щоб фрагменти HYR1 містили одну або більше консервативних замін амінокислот в послідовності SEQ ID NO: 2 і/або щонайменше одну фланкуючу амінокислоту (наприклад, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 або 10 фланкуючих амінокислот) на N- та / або C-кінці послідовності SEQ ID NO: 2. Інші переважні фрагменти HYR1 містять сім чи більше безперервних амінокислотних послідовностей SEQ ID NO: 2. Необмежені приклади фрагмента HYR1 включають амінокислоти 1-40, 10-50, 20-60, 30-70, 40-80, 50-90, 60-100, 70-110, 80-120, 90-130, 100-140, 110-150, 120-160, 130-170, 140-180, 150190, 160-200, 170-210, 180-220, 190-230, 200-240, 210-250, 220-260, 230-270, 240-280, 250-290, і 260-300, 270-310, 280-320 і 290-331 амінокислотної послідовності SEQ ID NO: 2; і ці фрагменти мають одну або більше з таких ознак: одна або кілька консервативних замін амінокислот (наприклад, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 або 16 консервативних замін амінокислот) в послідовності SEQ ID NO: 2; одна або кілька амінокислот (наприклад, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 або 16 амінокислот), відсічених від N і / або C-кінці послідовності SEQ ID NO: 2, і щонайменше одну фланкуючу амінокислоту (наприклад, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 або 10 фланкуючих амінокислот) на N- та / або C-кінці послідовності SEQ ID NO: 2. Під "імуногенним" розуміється будь-яка речовина, яке здатна індукувати імунну реакцію у пацієнта. 9 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 Під "імуногенною кількістю" у контексті вакцини розуміється кількість вакцини, що вимагається для того, щоб індукувати імунну реакцію у пацієнта клінічним чином. Імуногенна кількість вакцини, що використовується при здійсненні на практиці описаних у даному документі способів вакцинації, змінюється залежно від способу введення, віку, маси тіла і загального здоров'я пацієнта. У кінцевому рахунку питання підходящої кількості та режиму дозування вирішують лікарі, які виписують призначення. Використовуваний тут термін "імуногенна кількість" відноситься до ефективної кількості конкретного поліпептиду винаходу чи його фрагмента, яке може індукувати імунну реакцію у пацієнта проти поліпептиду або інфекційного агента, який експресує поліпептид. Ця кількість зазвичай становить від 20 мкг до 10 мг антигену на дозу вакцини і залежить від пацієнта, здатності імунної системи пацієнта синтезувати антитіла і бажаного ступеня захисту. Точна необхідна кількість імуногенна можна обчислити різними способами, такими як, наприклад, титрування антитіла. Термін "ефективна кількість" відноситься до кількості сполуки або композицій, якої достатньо для отримання бажаного результату. Таким чином, при використанні для опису вакцини ефективна кількість відноситься до кількості сполуки або композиції (наприклад, антигену), якого достатньо для отримання захисної імунної реакції. Ефективна кількість по відношенню до імунологічної композиції є кількістю, якої достатньо для того, щоб викликати імунну реакцію незалежно від того, є вона захисною. "Виділене" або "очищене" розуміється як відокремлене від інших природно супроводжуючих компонентів. Зазвичай з'єднання (наприклад, нуклеїнова кислота, поліпептид, антитіло або невелика молекула) по суті виділено, якщо воно щонайменше на 60 % за масою вільне від білків і / або зустрічаються в природі органічних молекул, з якими воно природньо пов'язане. Це визначення також поширюється, наприклад, на поліпептид або молекулу нуклеїнової кислоти, виділену з її фланкуючих послідовностей (наприклад, для амінокислотної послідовності "виділена" відноситься до послідовності, яка вільна від фланкуючих амінокислот, з якими ця послідовність природньо пов'язана в поліпептиді). У деяких випадках з'єднання виділено щонайменше на 75 %, більш переважно щонайменше на 90 % і найбільш переважно щонайменше на 99 % за масою. Виділене з'єднання, наприклад поліпептид, може бути отримано стандартними способами, наприклад, екстракцією з натурального джерела (наприклад, очищення з клітки, інфікованої Candida); експресією рекомбінантної нуклеїнової кислоти, що кодує фрагмент або варіант HYR1 або його складовий білок, або хімічним синтезом поліпептиду. Чистота може бути виміряна підходящим способом, наприклад, хроматографією, електрофорезом на поліакриламідному гелі або аналізом РХВР. Використання термінів "виділений" і/або "очищений" в даному описі і формулі винаходу як модифікаторів ДНК, РНК, поліпептидів або білків означає, що відповідні ДНК, РНК, поліпептиди або білки були отримані в такій формі людиною і, таким чином, відокремлені від їх природного клітинного середовища in vivo. Під "пов'язаним з" або "кон'югованим з" в контексті кон'югату розуміється ковалентна або ковалентна взаємодія між поліпептидом і носієм або з'єднуючим об'єктом. Не ковалентні взаємодії включають, але без обмеження, водневий зв'язок, іонні взаємодії між зарядженими групами, електростатичне зв'язування, ванн-дер-ваальсові взаємодії, гідрофобні взаємодії між неполярними групами, ліпофобні взаємодії і тяжіння, засновані на LogP. Під "моноклональним антитілом" розуміється антитіло, отримане з популяції по суті гомогенних антитіл, тобто, індивідуальні антитіла, що складають популяцію, є ідентичними за винятком можливих в природі мутацій, що зустрічаються, які можуть бути присутніми в малих кількостях. Моноклональні антитіла є високо специфічними і спрямованими на один антигенний сайт. Крім того, на противагу традиційним препаратам з (поліклональних) антитіл, які зазвичай включають різні антитіла, спрямовані проти різних детермінант (епітопів), кожне моноклональне антитіло спрямоване проти однієї детермінанти на антигені. Моноклональні антитіла можуть бути приготовані з використанням будь-якого способу, визнаного в даній області і способів, описаних у даному документі, таких як, наприклад, гібридомний спосіб, описаний Колером та ін. (Kohler et al.), Nature 256:495 (1975), трансгенної тварини (наприклад, Лонберг та ін. (Lonberg et al.), Nature 368 (6474):856-859 (1994)), способів рекомбінантної ДНК (наприклад, патент США № 4,816,567) або з використанням бібліотек антитіл фагів, дріжджів або синтетичних каркасів способами, описаними, наприклад, клаксони та ін. (Clackson et al.), Nature 352:624-628 (1991) і Марксом та ін. (Marks et al.), J. Mol. Biol. 222:581-597 (1991). Під "молекулою нуклеїнової кислоти" розуміється молекула, наприклад, РНК або ДНК, що має послідовність з двох або більше ковалентно пов'язаних, що зустрічаються в природі або модифікованих нуклеотидів. Молекула нуклеїнової кислоти може бути одно- або двохнитковою і 10 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 може включати модифіковані або немодифіковані нуклеотиди або їх суміші або комбінації. Сюди також включені різні солі, змішані солі і вільні форми кислоти. Термін "нуклеїнова кислота", також згадуваний як полінуклеотиди, охоплює рибонуклеїнової кислоту (РНК) або дезоксирибонуклеїнову кислоту (ДНК), зонди, олігонуклеотиди і праймери і може бути одно- або двохнитковими. ДНК може бути комплементарною ДНК (кДНК) або геномної ДНК і може представляти смисловий ланцюг, антисмисловий ланцюг або обидва. Прикладами нуклеїнових кислот є РНК, кДНК або виділена геномна ДНК. Такі нуклеїнові кислоти включають, але без обмеження, нуклеїнові кислоти, що містять по суті такі ж нуклеотидні послідовності, які описані у даному документі. Під "пацієнтом" розуміється ссавець, включаючи, але без обмеження, людину або іншого ссавця, такого як корова, кінь, собака, вівця або кішка. "Пацієнт" або "індивідуум" використовуються тут взаємозамінно і відносяться до хребетного, переважно ссавця, більш переважно людини. Ссавці включають, але без обмеження, мишей, щурів, кроликів, мавп, корів, овець, свиней, собак, кішок, сільськогосподарських тварин, спортивних тварин, домашніх вихованців, коней і приматів, зокрема людей. Терміни "фармацевтично прийнятний носій" і "фармацевтично прийнятний наповнювач" використовуються як взаємозамінні і означають носій або наповнювач, який фізіологічно прийнятний для пацієнта при збереженні терапевтичних властивостей з'єднання, з яким його вводять. Одним прикладом речовини фармацевтично прийнятного носія є фізіологічний розчин. Інші фізіологічно прийнятні носії та їх склади відомі фахівцям в даній області і описані, наприклад, у фармацевтиці Ремінгтона (20- е видання), під ред. Е. Геннаро, 2000, Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, PA. Під "фармацевтичною композицією" розуміється композиція, що містить поліпептид, кон'югат, вакцину або антитіло винаходу, разом з фармацевтично прийнятним наповнювачем, яка виробляється і продається зі схвалення державного регулюючого органу як частина терапевтичного режиму для лікування або профілактики захворювання або події у ссавця. Фармацевтичні композиції можуть мати форму, наприклад, для внутрішньовенного введення (наприклад, стерильний розчин, вільний від закупорюючих частинок і в системі розчинника, підходящої для внутрішньовенного застосування), для перорального введення (наприклад, таблетка, капсула, овальна таблетка, желатинова капсула або сироп) або будь-яку іншу форму, описану в даному документі, наприклад, форму разових доз. Винахід також пропонує фармацевтичну композицію, що включає фармацевтично прийнятний носій і з'єднання, що містить білкове антитіло до Acinetobacter, яке розкрито в даному документі, або антитіло до HYR1, що має специфічну реактивність з білком HYR1 (SEQ ID NO: 1) або його фрагментом, який розкритий в цьому документі. Винахід додатково пропонує спосіб лікування або профілактики інфекцій від грамнегативних бактерій, таких як бактерії роду Acinetobacter включаючи, наприклад, Acinetobacter baumannii, для пацієнта, який цього потребує. Способи винаходу можуть включати введення терапевтично ефективної кількості фармацевтичної композиції, що містить фармацевтично прийнятний носій і з'єднання, що включає білкове антитіло до Acinetobacter, яке розкрито в даному документі, або антитіло до HYR1, що має специфічну реактивність з білком HYR1 (SEQ ID NO: 1) або його фрагментом. Винахід додатково пропонує спосіб лікування або профілактики бактеріальної інфекції у пацієнта, який цього потребує, шляхом введення терапевтично ефективної кількості композиції вакцини, розкритої у даному документі. Використовуваний тут термін "поліпептид " стосується двох чи більше амінокислот. Такі поліпептиди звичайно є безперервним і нерозгалуженим пептидом. Пептидом є короткий полімер з мономерів амінокислот. "Білки" включають один або кілька поліпептидів, розташованих біологічно функціональним чином. Амінокислоти, що включають поліпептиди винаходу, можуть бути з'єднані пептидними або іншими зв'язками, наприклад, складними або простими ефірами. Амінокислоти, що містять поліпептиди винаходу, можуть включати не генетично кодуючі амінокислоти, які або зустрічаються в природі, або синтезовані хімічним шляхом. Поліпептид винаходу також може включати одну або декілька консервативних замін. Консервативні заміни кодованих амінокислот включають, наприклад, амінокислоти, які належать до наступних груп: (1) неполярні амінокислоти (Gly, Ala, Val, Leu і Ile), (2) полярні нейтральні амінокислоти (Cys, Met, Ser, Thr, Asn і Gln), (3) полярні кислі амінокислоти (Asp і Glu); (4) полярні основні амінокислоти (Lys, Arg і His) і (5) ароматичні амінокислоти (Phe, Trp, Tyr і His). Інші малі модифікації також включені в поліпептиди винаходу, якщо поліпептид зберігає деякі або всі з його функцій, які описані в даному документі. Поліпептиди винаходу можуть також включати їх похідні, аналоги і міметики за умови, що такий поліпептид зберігає деякі або всі його функції, розкриті в даному документі. Наприклад, 11 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 похідні можуть включати хімічні модифікації поліпептиду, такі як алкілування, ацилювання, карбамілірування, йодування або будь-яку модифікацію, яка дає похідну поліпептиду. Такі похідні молекули включають, наприклад, ті молекули, у яких вільні аміногрупи були дериватовані, щоб утворити амінгідрохлориди, p-толуолсульфонільні групи, карбобензоксигрупи, t-бутилоксикарбонілгрупи, хлороацетилгрупи або формілгрупи. Вільні карбоксильні групи можуть бути дериватовані для утворення солей, метилових і етилових складних ефірів або інших типів складних ефірів або гідразидів. Вільні гідроксильні групи можуть бути деритовані для утворення O-ацильних або O-алкильних похідних. Імідазольний азот гістидину може бути деритований для утворення N-ім-бензилгістідину. Також включені в якості похідних або аналогів ті пептиди, які містять одну або декілька похідних амінокислот, що зустрічаються в природі, з двадцяти стандартних амінокислот, наприклад, 4 гідроксипролін, 5 гідроксилізин, 3 метилгістидин, гомосерин, орнітин або карбоксиглутамат, і можуть включати амінокислоти, що не з'єднані пептидними зв'язками. Поліпептиди даного винаходу також включають будь-який поліпептид, що має одне або кілька додавань і/або делецій залишків щодо послідовності поліпептиду, яка показана в даному документі, якщо зберігається імуногенна активність, розкрита в даному документі. Поліпептиди винаходу можуть бути виділені різними способами, добре відомими в даній галузі, такими як рекомбінантні експресуючі системи, осадження, гель-фільтрація, іонний обмін, хроматографія з оберненою фазою і афінна хроматографія і т.д. Інші добре відомі способи описані у Дойчера та ін. (Deutscher et al.), Guide to Protein Purification: Methods in Enzymology (Інструкція з очищення білків: способи в ферментології) Vol. 182, (Academic Press, (1990)). Альтернативно, виділені поліпептиди даного винаходу можуть бути отримані шляхом використання добре відомих рекомбінантних способів (дивіться, наприклад, Осубель та ін. (Ausubel et al.), "Імунологія", Short Protocols in Molecular Biology (Короткі протоколи в молекулярній біології), John Wiley & Sons, Inc. Chapter 11. Page 11.1-11.29 (1999); Сембрук і Расселл (Sambrook and Russell), "Molecular Cloning: A Laboratory Manual" ("Молекулярне клонування: лабораторне керівництво), Cold Spring Harbor Laboratory (2001)). Способи та умови для біохімічної очистки поліпептиду винаходу можуть бути обрані фахівцями в даній області, і очищення можна контролювати, наприклад, імунологічним аналізом або функціональним аналізом. Прикладом засобу для приготування поліпептиду винаходу є експресія нуклеїнових кислот, що кодують поліпептид винаходу в підходящій клітині-господарі, такій як бактеріальна клітина, клітина дріжджів, клітина амфібії, такій як ооцит, або клітка ссавця, з використанням способів, добре відомих в даній області, і витягнення експресованого поліпептиду знову з використанням добре відомих способів очищення, описаних у даному документі. Поліпептиди винаходу можуть бути виділені безпосередньо з клітин, які були трансформовані експресуючими векторами, як сказано в даному документі. Поліпептиди винаходу також можуть бути отримані шляхом хімічного синтезу. Способи хімічного синтезу поліпептидів добре відомі в даній галузі і комерційно доступні. Рекомбінантно експресовані поліпептиди винаходу також можуть бути експресовані як складові білки з підходящими з'єднуючими об'єктами. Підходящим з'єднуючим об'єктом може бути амінокислотна послідовність, яка зазвичай не з'єднана з амінокислотної послідовністю, такою як гетерологічна послідовність, яка виконує конкретну функцію або надає додаткову характеристику поліпептидам винаходи. Необмежені приклади підходящих гетерологічних послідовностей включають маркер, який виявляється, стабілізуючий домен, білок-носій для створення антитіла, лінкерну послідовність і послідовність, яка сприяє очищенню поліпептиду. Послідовності, які можуть сприяти очищенню поліпептидів винаходу включають афінні мітки, такі як глутатіон-S-трансфераза (GST) або полі-His. Таким чином, в деяких аспектах винахід пропонує складовий білок, що має поліпептид, який розкритий в даному документі, об'єднаний з гетерологічною послідовністю, білком-носієм, афінної міткою або лінкерною послідовністю. Даний винахід також пропонує композиції, що містять прийнятний носій і будь-який з виділених поліпептидів, розкритих у даному документі, окремо або в поєднанні один з одним. Ці поліпептиди можуть бути отримані рекомбінантними способами, синтезовані хімічно або очищені від природних джерел. Використовуваний тут термін "фармацевтично прийнятний носій" охоплює будь-які зі стандартних фармацевтичних носіїв, відомих в даній області, такі як фосфатний буферний розчин, вода і емульсії, такі як масляна і водна емульсія, і різні типи змочувальних агентів. Винахід також пропонує спосіб експресії поліпептиду, розкритого в даному документі, шляхом культивування клітин, що містять нуклеїнову кислоту, яка кодує поліпептид в умовах, відповідних для експресії поліпептиду. Таким чином, запропонований спосіб рекомбінантного 12 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 отримання поліпептиду винаходу шляхом експресії нуклеїнокислотних послідовностей, що кодують поліпептид в підходящих клітинах-господарях. Системи експресії рекомбінантних ДНК, які підходять для отримання поліпептидів, описані в даному документі і добре відомі в даній галузі (дивіться Осубель та ін, вище, 1999). Наприклад, вищеописані нуклеотидні послідовності можуть бути введені в вектори для подальшого маніпулювання. Вектори можуть включати плазмід або вірус рекомбінантної ДНК або РНК, що містить дискретні елементи, які використовуються для введення гетерологічної ДНК в клітини для експресії або реплікації. Під виразом "специфічно зв'язується " розуміється переважний зв'язок частки, що зв'язує, (наприклад, антитіло, фрагмент антитіла, рецептор, ліганд або невелика частка молекули агента, описаного в даному документі) з молекулою-мішенню (наприклад, поліпептид або кон'югат, що включає його) або з клітиною або тканиною, що має цю молекулу-мішень (наприклад, антиген клітинної поверхні, такий як рецептор або ліганд), а не з молекулами, клітинами або тканинами, не мають цієї молекули-мішені. Визнано, що певна ступінь неспецифічної взаємодії може відбуватися між часткою, що зв'язує, і молекулою, яка не є мішенню (присутній окремо або у поєднанні з клітиною або тканиною). Тим не менш, специфічне зв'язування можна відрізнити як опосередковане через специфічне розпізнавання молекулимішені. Специфічне зв'язування призводить до більш короткого зв'язку між частками, що зв'язуються (наприклад, антитіло) і молекулою-мішенню (наприклад, поліпептид або кон'югат, що включає) ніж між часткою, що зв'язується, і, наприклад, молекулами, які не є мішенями, або іншими композиціями без молекули-мішені. Специфічне зв'язування зазвичай призводить до більш ніж дворазового, переважно більше ніж п'ятикратному, більш переважно більш ніж десятикратного і найбільш переважно більше ніж стократному збільшенню кількості зв'язаної частки, що зв'язується (в одиницю часу), наприклад, клітини або тканини, що має молекулумішень або маркер, порівняно з кліткою або тканиною без такої молекули-мішені або маркера. Частки, що зв'язуються, з'єднуються з молекулою-мішенню або маркером з константою -6 -7 -8 -9 -10 -11 дисоціації, наприклад, менше ніж 10 M, менше ніж 10-10 M, 10 M, 10 M, 10 M, 10 M або 10 12 -13 -14 -15 M, або навіть менше ніж 10 M, 10 M або 10 M. Специфічне зв'язування з білком в таких умовах вимагає частки, що зв'язується, яку обирають за її специфічність для цього конкретного білка. Різні формати аналізу підходять для вибору часток, що зв'язуються (наприклад, антитіл), здатних специфічно зв'язуватися з конкретної клітиною-мішенню. Наприклад, твердофазний імунологічний аналіз ELISA зазвичай використовують для вибору моноклональних антитіл, специфічно імунореактивних з білком. Дивіться: Херлоу і Лейн (Harlow & Lane), Антитіла, Лабораторне керівництво, Cold Spring Harbor Publications, New York (1988), в частині опису форматів імунологічних аналізів та умов, які можуть бути використані для визначення специфічної імунореактивності. Під "по суті ідентичною" розуміється амінокислотна послідовність або нуклеїнокислотна послідовність, яка має щонайменше 50 % ідентичність з контрольною послідовністю. Така послідовність зазвичай ідентична щонайменше, наприклад, на 50 %, 60 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % або 99 % на рівні амінокислоти або рівні нуклеїнової кислоти з контрольною послідовністю. Загалом, для поліпептидів довжина послідовностей порівняння може становити щонайменше п'ять амінокислот, наприклад, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 125, 150, 175, 200, 250, 300 або більше амінокислот, до повної довжини поліпептиду. Для нуклеїнових кислот довжина послідовностей порівняння звичайно може становити щонайменше 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 125, 150, 175, 200, 250, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900 або більше нуклеотидів, до повної довжини молекули нуклеїнової кислоти. При цьому розуміється, що для цілей визначення ідентичності послідовності при порівнянні послідовності ДНК з послідовністю РНК нуклеотид тимін еквівалентний нуклеотиду урацилу. Як використовується в даному документі, коли поліпептид або нуклеїнокислотна послідовність згадується як така, що має "щонайменше X % ідентичності послідовності" з контрольною послідовністю, це означає, що щонайменше X відсотків амінокислот або нуклеотидів в поліпептиді або нуклеїновій кислоті ідентичні таким у контрольній послідовності, коли послідовності оптимально вирівняні. Оптимальне вирівнювання послідовностей можна визначити різними шляхами, які відомі фахівцеві в даній галузі, наприклад, з використанням алгоритму вирівнювання Сміта - Уотермана (Сміт та ін.(Smith et al.), J. Mol. Biol. 147:195-7, 1981) і алгоритму BLAST (програма знаходження ділянок локальної подібності між послідовностями; Альтшуль та ін. (Altschul et al.), J. Mol. Biol. 215:403-10, 1990). Ці та інші алгоритми вирівнювання доступні через загальнодоступне програмне забезпечення для комп'ютера, таке як "Best Fit" (Сміт і Уотерман (Smith and Waterman), Advances in Applied Mathematics (Досягнення прикладної математики), 482-489, 1981), яке включено в програму GeneMatcher PlusTM (Шварц і Дейхоф (Schwarz and Dayhof), Atlas of Protein Sequence and Structure (Атлас білкових послідовностей і 13 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 структур), Dayhoff, MO, Ed pp 353-358, 1979), BLAST, BLAST-2, BLAST-P, BLAST-N, BLAST-X, WU-BLAST-2, ALIGN, ALIGN-2, CLUSTAL або Megalign (DNASTAR). Крім цього, фахівці в даній області можуть визначити відповідні параметри для вимірювання вирівнювання, включаючи будь-які алгоритми, необхідні для досягнення оптимального вирівнювання по довжині порівнюваних послідовностей. "Молекула-мішень" або "клітина-мішень" означає молекулу (наприклад, поліпептиду, епітопу, антигену, рецептора або ліганду) або клітку, з якою може специфічно з'єднуватися частка, що зв'язується (наприклад, антитіло). У деяких випадках молекули-мішені відкриті зовні клітини-мішені (наприклад, на клітинній поверхні або секретированому білку), але молекулимішені можуть альтернативно або також бути присутнім усередині клітини-мішені. "Терапевтично ефективна кількість" буде змінюватися в залежності від використовуваних композицій білків, поліпептидів або антитіл, захворювання і його важкості, віку, ваги і т.д. пацієнт, причому все це входить в знання лікуючого лікаря. Передбачається, що терапевтично ефективну кількість однієї або декількох описаних тут композицій білків, поліпептидів або антитіл буде змінювати патогенність грамнегативних бактерій. Терапевтично ефективна кількість відрізняється від кількості, що має біологічний ефект. Композиції білків, поліпептидів або антитіл даного винаходу можуть мати один або більше біологічних ефектів in vitro або навіть in vivo, наприклад, зниження функції білка або поліпептиду, експресованого грамнегативними бактеріями. Біологічний ефект, однак, може не призвести до якогось клінічно вимірному терапевтичному ефекту, який описаний в даному документі і який може бути визначений способами, відомими лікуючому лікарю. Під "лікуванням " розуміється медичний догляд за пацієнтом з наміром вилікувати, зменшити, стабілізувати знизити ймовірність або запобігти захворюванню, патологічний стан, порушення або подія шляхом введення фармацевтичної композиції. Цей термін включає активне лікування, тобто лікування, специфічно спрямоване на поліпшення, або пов'язане з лікуванням захворювання, патологічного стану, порушення або події, а також включає етіотропну терапію, тобто лікування, спрямоване на усунення причини відповідного захворювання, патологічного стану, порушення або події. Крім того, цей термін включає паліативне лікування тобто лікування, призначене для зниження симптомів, а не на лікування захворювання, патологічного стану, порушення або події; симптоматичне лікування, тобто лікування, спрямоване на системні симптоми відповідного захворювання, патологічного стану, порушення або події; профілактичне лікування, тобто лікування, спрямоване на мінімізацію або часткове або повне інгібування розвитку відповідного захворювання, патологічного стану, порушення або події, наприклад, у пацієнта, який ще не хворий, але який сприйнятливий або має інший ризик до конкретному захворюванню, патологічного стану, порушення або події; та підтримуючу терапію, тобто лікування, що застосовується для доповнення іншої специфічної терапії, спрямованої на поліпшення відповідного захворювання, патологічного стану, порушення або події. Під "вакциною", як вона тут використовується, розуміється композиція, яка викликає імунну реакцію у пацієнт, якому вона введена. Під терміном "вакцинувати", як він тут використовується, розуміється лікування пацієнта шляхом введення вакцини, наприклад для запобігання або зменшення симптомів захворювання, патологічного стану, порушення або події. Під "варіантом" у контексті поліпептиду або його частини, як тут описано, або молекули нуклеїнової кислоти, що їх кодує, розуміється включення замін чи змін в амінокислотну послідовність або нуклеїнокислотну послідовність, що призводить, наприклад, до по суті ідентичної послідовності. Поліпептид, що має варіантну послідовність, може зберігати щонайменше одну біологічну активність оригінального поліпептиду, наприклад, імуногенну активність. Термін " варіант " включає, наприклад, інсерційні похідні амінокислот, такі як амінота/або карбоксикінцеві гібриди, а також вставки однієї або декількох амінокислот в послідовності. Інсерційні амінокислотні варіанти це ті, в яких один або кілька амінокислотних залишків введені в певний сайт в білку. Випадкова вставка також можлива при відповідному скринінгу отриманого продукту. Делеціонні варіанти характеризуються видаленням однієї або декількох амінокислот з послідовності. Варіанти амінокислот з замінами - це ті, в яких щонайменше один залишок вставлений на його місце. Якщо необхідно отримати похідну білка шляхом заміни амінокислоти, амінокислоти зазвичай заміняють консервативними замінами, наприклад, іншими амінокислотами, що мають схожі фізико-хімічні властивості, такі як гідрофобність, гідрофільність, електронегативність, об'ємні бічні ланцюги і т.д. Для цілей даного винаходу варіанти також включають поодинокі або множинні заміни, делеції і/або додавання будь-якого компонента (або компонентів), природньо або штучно 14 UA 115305 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 пов'язаного з частиною білка, що зустрічається в природі, з якого може бути отриманий поліпептид, такий як вуглеводень, ліпід і/або інші білкові частки. Всі такі молекули охоплюються терміном "варіант". Під "варіантної послідовністю" розуміється амінокислотна або нуклеїнокислотна послідовність варіанту, згідно з наведеним визначенням. Інші ознаки та переваги винаходу стануть очевидними з подальшого докладного опису, креслень і формули винаходу. КОРОТКИЙ ОПИС КРЕСЛЕНЬ Фіг.1A-1B: поліпшене виживання та знижене грибкове навантаження після введення вакцини rHyr1p-N мишам з інфекцією Candida albicans. (A) Виживання вакцинованих або контрольних мишей (n=15 в одній групі), інфікованих внутрішньовенно Candida albicans штам 15563, клінічний ізолят (9×105 на дозу), *, P